非酒精性脂肪性肝炎(NASH)是一種結(jié)果嚴(yán)重的炎癥性疾病。肝細(xì)胞死亡，包括凋亡、壞死和焦亡，在NASH的病理生理學(xué)中已被證實(shí)。到目前為止，Caspase-11在NASH中的確切作用仍不清楚。本文詳細(xì)介紹了2021年4月發(fā)表于“Cell Mol Gastroenterol Hepatol”（IF=7.706）的文章“Caspase-11–Mediated Hepatocytic Pyroptosis Promotes the Progression of Nonalcoholic Steatohepatitis”。本研究探討了Caspase-11在NASH中的潛在作用。NASH小鼠肝臟中Caspase-11表達(dá)上調(diào)。MCD處理的Caspase-11缺乏的小鼠肝損傷、纖維化和炎癥減輕。MCD***后Caspase-11缺乏小鼠Gasdermin D和IL-1β的***被抑制。過(guò)表達(dá)Caspase-11促進(jìn)脂肪性肝炎。也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。cancer課題免費(fèi)設(shè)計(jì)
4、hnRNPA2B1在外泌體miR-934向巨噬細(xì)胞轉(zhuǎn)移中發(fā)揮作用
據(jù)報(bào)道，外泌體RNA的分泌需要一種特定的RNA結(jié)合蛋白來(lái)轉(zhuǎn)運(yùn)。通過(guò)RNApull-down分析和質(zhì)譜分析，鑒定了三種可能參與miR-934轉(zhuǎn)運(yùn)的RNA結(jié)合蛋白，并發(fā)現(xiàn)敲除hnRNPA2B1可以降低外泌體miR-934的表達(dá)（Fig.4a,b）。hnRNPA2B1是一種RNA結(jié)合蛋白，通過(guò)與特定基序GGAG/CCCU結(jié)合，參與miRNAs的運(yùn)輸和轉(zhuǎn)錄后調(diào)控。特別是，由于miR-934序列中有兩個(gè)GGAG基序，我們推測(cè)hnRNPA2B1可能通過(guò)與GGAG序列結(jié)合，介導(dǎo)miR-934包裝成外泌體的過(guò)程。此外，miRNApull-down分析顯示，在細(xì)胞質(zhì)和外泌體中，miR-934和hnRNPA2B1之間存在***的結(jié)合關(guān)系，然而，突變miR-934的結(jié)合序列(GGAG)可削弱這種結(jié)合（Fig.4c）。RNA免疫沉淀分析進(jìn)一步證明，無(wú)論是在CRC細(xì)胞及其外泌體裂解物中，miR-934在anti-hnrnpa2b1抗體組中比在anti-IgG抗體組中更***富集（Fig.4d）。此外，敲除hnRNPA2B1可以抑制外泌體miR-934從HCT8和LoVo細(xì)胞轉(zhuǎn)移到巨噬細(xì)胞的過(guò)程（Fig.4e）。因此，這些結(jié)果證實(shí)hnRNPA2B1可以通過(guò)與miR-934的GGAG序列結(jié)合，介導(dǎo)miR-934包裝到CRC細(xì)胞外泌體中，并將外泌體miR-934轉(zhuǎn)移到巨噬細(xì)胞中。 項(xiàng)目課題免費(fèi)設(shè)計(jì)提供整體課題外包實(shí)驗(yàn)構(gòu)思。
單細(xì)胞RNA測(cè)序（scRNA-seq）技術(shù)可以在單細(xì)胞水平下研究復(fù)雜的多細(xì)胞生物的轉(zhuǎn)錄組譜。這為科學(xué)家提供了一種研究表達(dá)模式中細(xì)胞異質(zhì)性的新工具，尤其是疾病細(xì)胞的異質(zhì)性。更重要的是，scRNA-seq的快速發(fā)展帶來(lái)了在疾病微環(huán)境中探索細(xì)胞亞群的見(jiàn)識(shí)，這有助于研究疾病的發(fā)***展，耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病例對(duì)照研究中差異表達(dá)基因的識(shí)別以及細(xì)胞亞群之間差異的識(shí)別。
***我們來(lái)講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=11.502），題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個(gè)人工收集的數(shù)據(jù)庫(kù)，能為研究者提供各種疾病的各種細(xì)胞類型準(zhǔn)確的基因表達(dá)譜資源。該網(wǎng)站通過(guò)回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻(xiàn)，并開(kāi)發(fā)了SC2disease數(shù)據(jù)庫(kù)，通過(guò)疾病、組織和細(xì)胞類型整理數(shù)據(jù)。SC2disease包含946481條數(shù)據(jù)，對(duì)應(yīng)341種細(xì)胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數(shù)據(jù)庫(kù)中的每個(gè)條目都包含不同細(xì)胞類型、組織和疾病相關(guān)健康狀況之間差異表達(dá)基因的比較。
2021年，美國(guó)華盛頓大學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)與醫(yī)學(xué)教育系和華盛頓大學(xué)兒科等團(tuán)隊(duì)合作在Elife（IF=7.08） 雜志上發(fā)表了文章“Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq.”。此報(bào)道開(kāi)發(fā)了一種新的scATAC-seq工作流程，增加了信噪比，并允許對(duì)細(xì)胞表面標(biāo)記物和染色質(zhì)可及性進(jìn)行配對(duì)測(cè)量:染色質(zhì)環(huán)境和表位的整合細(xì)胞索引，稱為ICICLE-seq。用基于液滴的多組學(xué)平臺(tái)擴(kuò)展了這種方法，開(kāi)發(fā)了一種三峰分析方法，可以同時(shí)測(cè)量數(shù)千個(gè)單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(scRNA-seq)、表位和染色質(zhì)可及性(scATAC-seq)，并稱之為TEA-seq。這些多模式單細(xì)胞檢測(cè)提供了一個(gè)新的工具箱來(lái)識(shí)別基于表型定義的細(xì)胞類型的類型特異性基因調(diào)控和表達(dá)。IGF-1信號(hào)在Pex誘導(dǎo)的肝纖維化中起重要作用。
3）FTO是SsD的直接靶點(diǎn)
基于基因芯片數(shù)據(jù)，SsD介導(dǎo)的白血病發(fā)生抑制主要是由于m6A通路，我們假設(shè)SsD可能調(diào)節(jié)白血病m6ARNA甲基化。我們確定了FTO在白血病發(fā)生中起作用。為了驗(yàn)證SsD與FTO的直接結(jié)合，我們首先基于已發(fā)表的FTO晶體結(jié)構(gòu)進(jìn)行分子對(duì)接分析。SsD的比較好結(jié)合位點(diǎn)表現(xiàn)出與底物結(jié)合位點(diǎn)互補(bǔ)的特殊形狀，占據(jù)了整個(gè)結(jié)合口袋(圖3A-B)。4個(gè)氨基酸殘基(R96,K216,E234,R332)參與了與SsD的相互作用(圖3C)，在抑制FTO活性方面發(fā)揮了關(guān)鍵作用。在NB4和Kas-1AML細(xì)胞中，SsD與FTO蛋白的結(jié)合導(dǎo)致了明顯的熱轉(zhuǎn)移，表明對(duì)熱降解有保護(hù)作用(圖3D)。 生命科學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的精細(xì)研究。cancer課題贈(zèng)送提供技術(shù)路線
小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。cancer課題免費(fèi)設(shè)計(jì)
3、CRC細(xì)胞來(lái)源的外泌體miR-934誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化
為了探索miR-934促進(jìn)CRLM的分子和細(xì)胞基礎(chǔ)，通過(guò)Cytoscape軟件注釋了TCGAcohort中191個(gè)miR-934相關(guān)基因的細(xì)胞功能，發(fā)現(xiàn)miR-934***參與多種炎癥反應(yīng)，提示miR-934可能參與了CRC免疫微環(huán)境（Fig.3a）。然后發(fā)現(xiàn)miR-934與巨噬細(xì)胞的基因信號(hào)特異性相關(guān)（Fig.3b）。為了研究在CRLM中TAM的浸潤(rùn)與miR-934之間的相關(guān)性，我們?cè)谠l(fā)性結(jié)直腸*組織和CRLM組織樣本中采用免疫組化染色檢測(cè)TAM標(biāo)記CD163。如圖3c所示，在CRLM組織中CD163+TAM浸潤(rùn)豐富的區(qū)域觀察到miR-934表達(dá)升高。將THP-1細(xì)胞與PMA孵育，誘導(dǎo)分化為M0巨噬細(xì)胞，M0巨噬細(xì)胞具有適當(dāng)?shù)馁N壁形態(tài)和巨噬細(xì)胞標(biāo)志物CD68的高表達(dá)（Fig.3d）。接下來(lái)，研究了CRC細(xì)胞來(lái)源的外泌體對(duì)巨噬細(xì)胞M2極化的影響。如Fig.3e所示，當(dāng)與巨噬細(xì)胞共培養(yǎng)時(shí)，標(biāo)記有DiO(綠色)的CRC細(xì)胞來(lái)源的外泌體被未染色的巨噬細(xì)胞內(nèi)化。相比于低表達(dá)miR-934的細(xì)胞的外泌體孵育的巨噬細(xì)胞或PBS孵育的細(xì)胞，M2標(biāo)記物(CD206,arginase-1,IL10和CD163)的表達(dá)在高表達(dá)miR-934的CRC細(xì)胞的外泌體孵育的巨噬細(xì)胞中***增加，而M1標(biāo)記物(iNOS和IL-1β)幾乎無(wú)差異（Fig.3f,g）。 cancer課題免費(fèi)設(shè)計(jì)
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