circACTN4增加遷移和侵襲并調(diào)節(jié)BC細(xì)胞的細(xì)胞周期進(jìn)程
為了進(jìn)一步評(píng)估circACTN4在BC進(jìn)展中的作用，在circACTN4過表達(dá)或敲低后研究了BC細(xì)胞的遷移、侵襲和細(xì)胞周期。劃痕和transwell試驗(yàn)表明，BC細(xì)胞的侵襲和遷移能力因circACTN4的上調(diào)而顯著增加，但被circACTN4的下調(diào)顯著抑制。WB結(jié)果發(fā)現(xiàn)過表達(dá)或敲低BC細(xì)胞中MMP9和MMP2蛋白水平明顯升高或降低，nm23-H1表達(dá)明顯降低或升高。式細(xì)胞術(shù)測(cè)定細(xì)胞周期分析，結(jié)果顯示與對(duì)照組相比，circACTN4的敲低導(dǎo)致S期BC細(xì)胞比例較低，G1期BC細(xì)胞比例較高，這表明circACTN4沉默導(dǎo)致G1期阻滯BC細(xì)胞。此外，WB顯示BC細(xì)胞中敲低circACTN4后，CDK4、CCNE1和CCND1蛋白水平顯著下調(diào)，這可能阻止了BC細(xì)胞的細(xì)胞周期進(jìn)程。 我們使用抗體陣列評(píng)估了表達(dá)PTEN- wt或PTEN- 398a的MCF10A細(xì)胞裂解液的應(yīng)激反應(yīng)和凋亡通路的活性。創(chuàng)傷性腦損傷課題CRO
QKI促進(jìn)NSCLC細(xì)胞中circNDUFB2的生物發(fā)生
circNDUFB2和NDUFB2均來自NDUFB2 pre-mRNA，而NDUFB2 mRNA在NSCLC中略有上調(diào)。因此，推測(cè)circNDUFB2的下調(diào)在轉(zhuǎn)錄后發(fā)生。我們?cè)赾ircNDUFB2中搜索與潛在QRE匹配的序列。接下來進(jìn)行了RIP分析，確認(rèn)QKI確實(shí)與NDUFB2 pre-mRNA中的假定QRE結(jié)合。在NSCLC細(xì)胞中QKI過表達(dá)可能會(huì)上調(diào)circNDUFB2。 這些數(shù)據(jù)表明，QKI與NDUFB2 pre-mRNA的circNDUFB2形成外顯子側(cè)翼的內(nèi)含子結(jié)合，從而促進(jìn)circNDUFB2的形成。 過表達(dá)課題課題設(shè)計(jì)深耕科研行業(yè)提高科研的高效。
二、偽時(shí)間軌跡，染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)分析揭示Flow-Dependent內(nèi)皮細(xì)胞重新編程
我們的分析明確了3種主要的分化細(xì)胞類型:(1)ec，(2)免疫細(xì)胞(巨噬細(xì)胞，樹突狀細(xì)胞和T細(xì)胞)，以及(3)SMCs和纖維細(xì)胞(圖3A)。此外，在每一細(xì)胞類型走向的軌跡路徑上，還有許多其他細(xì)胞出現(xiàn)，表明它們響應(yīng)d-flow的過渡性去分化狀態(tài)。為了更好地理解軌跡結(jié)果，我們將分析分為四種實(shí)驗(yàn)條件(圖3B)。在s-flow條件下(2D-R和2W-R)，大部分細(xì)胞分化良好，少數(shù)細(xì)胞處于過渡狀態(tài)。相反，d-flow條件誘導(dǎo)許多ec進(jìn)入過渡狀態(tài)，潛在地向smc和纖維轉(zhuǎn)化分化，表明EndMT。令人驚訝的是，我們還發(fā)現(xiàn)許多ec在急性d-flow條件下(2D-L)向免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)移，在慢性d-flow條件下(2W-L)進(jìn)一步增加。
4）miR-337-3p/miR-137在子宮內(nèi)膜*組織中表達(dá)較低，miR-337-3p/miR-137是MIR210HG的靶點(diǎn)
qPCR結(jié)果顯示，**組織中miR-337-3p和miR-137的表達(dá)明顯下調(diào)(圖4A)。此外，采用Pearson等級(jí)相關(guān)法分析miR-337-3p、miR-137與MIR210HG表達(dá)的相關(guān)性(圖4B)。隨后，我們分析了HMGA2與miR-337-3p/137表達(dá)的關(guān)系(圖4C)。我們進(jìn)行了熒光素酶實(shí)驗(yàn)，以確定MIR210HG是否可以直接靶向miR-337-3p和miR-137在預(yù)測(cè)的結(jié)合位點(diǎn)(圖4D)。為了確定MIR210HG是否與miRNA核糖**白復(fù)合物結(jié)合，我們使用抗AGO2抗體進(jìn)行RIP實(shí)驗(yàn)。與對(duì)照免疫球蛋白G免疫沉淀相比，lncRNAMIR210HG和miR-337-3p/miR-137在含AGO2的免疫沉淀中***富集(圖4E)。當(dāng)MIR210HG在Ishikawa和HEC-1A細(xì)胞中過表達(dá)時(shí)，miR-337-3p和miR-137表達(dá)水平降低。相比之下，轉(zhuǎn)染sh-MIR210HG后，細(xì)胞中miR-337-3p和miR-137的表達(dá)水平***升高，說明MIR210HG可以調(diào)控miR-337-3p和miR-137的表達(dá)(圖4F)。隨后，我們研究了miR-337-3p和miR-137是否負(fù)調(diào)控MIR210HG的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)過表達(dá)miR-337-3p/137會(huì)下調(diào)MIR210HG的表達(dá)，而敲除miR-337-3p/137會(huì)上調(diào)MIR210HG的表達(dá)(圖4G)。 解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。
生成的軌跡顯示出兩個(gè)分支，每個(gè)分支的染色質(zhì)可及性和分化有明顯的趨勢(shì)(圖3D和3E)。我們觀察到簇1、簇2和簇4的可達(dá)性比較高，并逐漸向兩個(gè)分枝的頂端遞減。接下來，研究者使用chromVAR計(jì)算不同簇中可及性TF序列基序，沿著軌跡推斷確定的兩個(gè)分支，可觀察到譜系特異性造血TF基序的可及性的動(dòng)態(tài)變化（如GATA1、TAL1、KLF1、HTF4、ID4、IRF8和TFE2），其中GATA1是紅系細(xì)胞、巨核細(xì)胞和肥大細(xì)胞分化的重要調(diào)節(jié)因子，且*在scRNA-seq數(shù)據(jù)集中的MEMP簇中表達(dá)；TAL1有兩種不同的結(jié)合基序，在胎兒造血過程中，這兩種基序在不同的造血祖細(xì)胞中均具有活性；CEBPD和IRF8的活性對(duì)髓系和樹突狀細(xì)胞的分化至關(guān)重要；ID4和HTF4參與淋巴系的建立；這與scRNA-seq數(shù)據(jù)中的觀察結(jié)果一致（圖3F3H）。小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。MCD誘導(dǎo)課題檢測(cè)服務(wù)
生命科學(xué)領(lǐng)域內(nèi)的精細(xì)研究。創(chuàng)傷性腦損傷課題CRO
YTHDC2抑制胱氨酸攝取和下游抗氧化程序
通常在具有高致瘤特性的**中觀察到代謝活性。為了研究YTHDC2對(duì)代謝物的影響，進(jìn)行了代謝組學(xué)分析，比較了具有低和高YTHDC2表達(dá)（的LUAD標(biāo)本。GSH代謝是確定的前20條KEGG途徑之一。在顯著改變的代謝物中，與YTHDC2高**相比，在YTHDC2低**中觀察到胱氨酸增加了3.975倍。此外，觀察到Y(jié)THDC2與細(xì)胞內(nèi)胱氨酸之間呈負(fù)相關(guān)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2減少細(xì)胞內(nèi)胱氨酸。為了驗(yàn)證YTHDC2是否降低了胱氨酸攝取，我們培養(yǎng)了具有高(pHY#1-8)或低(pLY#1-8)YTHDC2表達(dá)水平的原代患者來源的LUAD細(xì)胞。L-14C-胱氨酸攝取測(cè)定結(jié)果表明，YTHDC2通過其YTH結(jié)構(gòu)域抑制了H1299和H1975細(xì)胞產(chǎn)生的異種移植物、小鼠形成的LUAD和患者來源的LUAD細(xì)胞中的胱氨酸攝取。已顯示CHAC1mRNA水平的上調(diào)表明胱氨酸攝取受損。事實(shí)上，觀察到Y(jié)THDC2增加了CHAC1mRNA水平。 創(chuàng)傷性腦損傷課題CRO
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)