醫(yī)學(xué)科研課題贈(zèng)送提供技術(shù)路線

接下來，在低氧條件下，在HCCLM3和Hep3B細(xì)胞中敲低CFL1的表達(dá)（圖5A）。結(jié)果表明，CFL1敲除***逆轉(zhuǎn)了缺氧誘導(dǎo)的HCCLM3細(xì)胞增殖、細(xì)胞遷移和侵襲以及EMT（圖5A-D）。綜上所述，這些結(jié)果表明CFL1表達(dá)受HIF-1α的轉(zhuǎn)錄調(diào)控，介導(dǎo)缺氧誘導(dǎo)的HCC進(jìn)展。

6、CFL1通過抑制泛素介導(dǎo)的PLD1降解來維持PLD1的表達(dá)為了進(jìn)一步探索CFL1在HCC中致*作用的下游機(jī)制，利用KEGG數(shù)據(jù)庫篩選了受CFL1影響的通路。其中CFL1的高表達(dá)與細(xì)胞膜中細(xì)胞粘附分子和蛋白的定位密切相關(guān)（圖6A）。然后，基于蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫預(yù)測(cè)了CFL1和PLD1之間的潛在相互作用（圖6B）。CFL1敲低降低了HCCLM3細(xì)胞中PLD1的蛋白水平，而CFL1過表達(dá)增強(qiáng)了Hep3B細(xì)胞中PLD1蛋白表達(dá)（圖6C）。co-IP實(shí)驗(yàn)表明，CFL1與PLD1相互作用，敲低CFL1可促進(jìn)肝*細(xì)胞中PLD1的泛素化(圖6D-E)。用放線菌酮(CHX，2μg/mL)阻斷肝*細(xì)胞蛋白質(zhì)合成。繪制蛋白降解曲線，表明CFL1敲低時(shí)PLD1蛋白降解更快（圖6F）。此外，蛋白酶體抑制劑MG132(25μM)處理可阻斷CFL1敲低誘導(dǎo)的HCC細(xì)胞中PLD1降解（圖6F）。因此，這些結(jié)果表明CFL1抑制肝*細(xì)胞中泛素介導(dǎo)的PLD1蛋白水解。 進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對(duì)基因毒性損傷的反應(yīng)。醫(yī)學(xué)科研課題贈(zèng)送提供技術(shù)路線

5、血漿外泌體S100A4和OPN水平聯(lián)合可以作為HCC患者術(shù)后的強(qiáng)力預(yù)后因子

在168例接受肝切除術(shù)的HCC患者中，進(jìn)一步研究了血漿外泌體S100A4和OPN水平的臨床意義。結(jié)果發(fā)現(xiàn)外泌體S100A4水平和OPN的表達(dá)***正相關(guān)，并且外泌體S100A4低表達(dá)組患者的總體生存率和無疾病生存率要***高于外泌體S100A4高表達(dá)組（圖6b-d）。隨后，基于外泌體S100A4水平和OPN水平的聯(lián)合分析，將患者分為4組，結(jié)果發(fā)現(xiàn)雙低水平S100A4和OPN組具有比較好的預(yù)后，而雙高組則預(yù)后**差（圖6e-f）。 cancer課題贈(zèng)送提供技術(shù)路線***ATM對(duì)PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。

TRIM25是介導(dǎo)IGF2BP泛素化的E3連接酶

為了進(jìn)一步鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶，RNA pulldown質(zhì)譜結(jié)果中在156種潛在的相互作用蛋白中發(fā)現(xiàn)了兩種E3連接酶TRIM25和HECTD3。 使用WB分析， TRIM25與circNDUFB2特異性相關(guān)。 RIP分析進(jìn)一步證實(shí)了circNDUFB2與TRIM25的關(guān)聯(lián)。RNA FISH免疫熒光分析表明circNDUFB2與TRIM25在細(xì)胞質(zhì)***定位。進(jìn)行Co-IP結(jié)果顯示TRIM25與所有三個(gè)IGF2BP結(jié)合。免疫熒光分析表明TRIM25與所有三個(gè)IGF2BP蛋白共定位在細(xì)胞質(zhì)中。IGF2BPs的mRNA水平不受TRIM25的影響，但是在TRIM25敲低時(shí)，IGF2BPs的蛋白水平顯著增加，而在TRIM25的過表達(dá)中，IGF2BPs的蛋白水平分別降低。在TRIM25過表達(dá)的A549細(xì)胞中，IGF2BP的泛素化水平顯著增加。這些結(jié)果表明，TRIM25是E3泛素連接酶，可與IGF2BP蛋白相互作用，并通過泛素-蛋白酶體途徑降解NSCLC細(xì)胞。

一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合

共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)集中分析的大部分細(xì)胞相互重疊，這表明在大多數(shù)細(xì)胞簇中，染色質(zhì)可及性和相應(yīng)的基因轉(zhuǎn)錄表達(dá)的變化是一致的(圖2A)。整合結(jié)果顯示，兩個(gè)數(shù)據(jù)集中所有巨噬細(xì)胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細(xì)胞簇沒有明確區(qū)分。scATAC-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的單個(gè)UMAP圖顯示了各自的小區(qū)集群標(biāo)識(shí)(圖2B和2C)。然后使用每個(gè)細(xì)胞簇中**個(gè)上調(diào)的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現(xiàn)出許多與致***途徑相關(guān)的已知生物學(xué)過程的誘導(dǎo)。 阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配。

METTL3降低APC表達(dá)，促進(jìn)β-catenin介導(dǎo)的下游基因表達(dá)、有氧糖酵解、ESCC細(xì)胞增殖和**發(fā)展

APC功能的喪失使β-連環(huán)蛋白穩(wěn)定，從而誘導(dǎo)下游基因（CCND1和MYC）的表達(dá)。CCND1促進(jìn)細(xì)胞周期，c-Myc增強(qiáng)有氧糖酵解。正如預(yù)期的那樣，METTL3缺失增強(qiáng)了KYSE180細(xì)胞中APC的表達(dá)，降低了β-連環(huán)蛋白、細(xì)胞CCND1、c-Myc和PKM2的表達(dá)。此外，METTL3缺失降低了葡萄糖攝取、乳酸產(chǎn)生、細(xì)胞增殖和細(xì)胞集落數(shù)。值得注意的是，這種METTL3缺失引起基因表達(dá)（圖6a）、糖酵解（圖6b，c）、細(xì)胞增殖（補(bǔ)充圖6f）和集落形成的抑制在很大程度上被這些細(xì)胞中的APC缺失所消除。相反，METTL3過度表達(dá)引起葡萄糖消耗和乳酸產(chǎn)生的增加，這被YTHDF2消耗所消除。這些結(jié)果表明METTL3降低APC表達(dá)，促進(jìn)β-catenin介導(dǎo)的下游基因表達(dá)、有氧糖酵解和ESCC細(xì)胞增殖。

為了確定METTL3誘導(dǎo)的APC表達(dá)下調(diào)在小鼠**生長(zhǎng)中的作用，將KYSE180細(xì)胞皮下注射到裸鼠體內(nèi)。發(fā)現(xiàn)通過APC去除，METTL3去除使**大小、體積和重量減小，并且**組織中的乳酸量恢復(fù)。IHC染色顯示，METTL3缺失增加AP的表達(dá)，相應(yīng)地減少了**組織中β-連環(huán)蛋白、cyclind1、c-Myc和PKM2的表達(dá)。這些結(jié)果表明METTL3抑制APC的表達(dá)可以促進(jìn)**的發(fā)展。 促*分泌體通過外泌體傳遞和運(yùn)輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。推薦課題免費(fèi)設(shè)計(jì)

zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。醫(yī)學(xué)科研課題贈(zèng)送提供技術(shù)路線

三、染色質(zhì)可及性與細(xì)胞類型特異性轉(zhuǎn)錄因子活性和染色質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)有關(guān)

HNF4A編碼驅(qū)動(dòng)近端小管分化的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子。chromVAR檢測(cè)到近端小管DAR中HNF4A結(jié)合基序的富集(圖3b，基序活性)，這是HNF4A中染色質(zhì)可及性增強(qiáng)(圖3b，基因活性)和snRNA-seq數(shù)據(jù)集中HNF4A轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)(圖3b，基因表達(dá))所支持的。我們通過染色質(zhì)免疫沉淀，然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗(yàn)證了HNF4A與腎近端小管上皮細(xì)胞(RPTEC，補(bǔ)充圖8a)中選定的靶基因位點(diǎn)(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預(yù)測(cè)的HNF4A結(jié)合位點(diǎn)的結(jié)合。 然而，在RPTEC中可檢測(cè)到HNF4A的表達(dá)水平低于腎皮質(zhì)，這表明HNF4A與該細(xì)胞類型中的這些位點(diǎn)具有強(qiáng)大的相互作用(補(bǔ)充圖8b)。 醫(yī)學(xué)科研課題贈(zèng)送提供技術(shù)路線

公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。

1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)

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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序

5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)