QKI促進(jìn)NSCLC細(xì)胞中circNDUFB2的生物發(fā)生
circNDUFB2和NDUFB2均來自NDUFB2 pre-mRNA，而NDUFB2 mRNA在NSCLC中略有上調(diào)。因此，推測circNDUFB2的下調(diào)在轉(zhuǎn)錄后發(fā)生。我們在circNDUFB2中搜索與潛在QRE匹配的序列。接下來進(jìn)行了RIP分析，確認(rèn)QKI確實(shí)與NDUFB2 pre-mRNA中的假定QRE結(jié)合。在NSCLC細(xì)胞中QKI過表達(dá)可能會(huì)上調(diào)circNDUFB2。 這些數(shù)據(jù)表明，QKI與NDUFB2 pre-mRNA的circNDUFB2形成外顯子側(cè)翼的內(nèi)含子結(jié)合，從而促進(jìn)circNDUFB2的形成。 采用UPGMAPCoA和NMDS評估不同群體的腸道菌群β-多樣性.炎癥標(biāo)書實(shí)驗(yàn)可參觀
TransCirc數(shù)據(jù)庫整合了各種與翻譯相關(guān)的證據(jù)，檢索的結(jié)果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關(guān)證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質(zhì)譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個(gè)，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個(gè)circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個(gè)circRNA。有IRES預(yù)測結(jié)果的314138個(gè)circRNA，有m6A修飾位點(diǎn)信息的39397個(gè)circRNA，有翻譯起始位點(diǎn)信息（TIS）的9394個(gè)circRNA，有ORF信息的305016個(gè)circRNA。
APCmRNA上的METTL3依賴性m6A上調(diào)抑制APC表達(dá)為了確定METTL3依賴的m6A調(diào)控對APC表達(dá)的影響，構(gòu)建了一個(gè)熒光素酶報(bào)告基因，熒光素酶分析顯示，METTL3缺失**增加了WTAPC的熒光素酶活性，而突變的APC提高了熒光素酶活性并使該活性抵抗METTL3缺失的調(diào)節(jié)。相反，METTL3過表達(dá)抑制了WT-APC的熒光素酶活性，但沒有突變的APC。這些結(jié)果表明METTL3介導(dǎo)的m6A水平的APCmRNA上調(diào)抑制了APC的表達(dá)。與這一發(fā)現(xiàn)一致，METTL3缺失增加了APCmRNA和蛋白質(zhì)表達(dá)（，并且這些增加被KYSE450細(xì)胞中rMETTL3的重組表達(dá)所消除。此外，METTL3的過表達(dá)降低了KYSE450細(xì)胞中APC的表達(dá)，四環(huán)素劑量依賴性增加的METTL3表達(dá)水平與APC水平呈負(fù)相關(guān)。相反，METTL3非活性突變體與WT對應(yīng)物不同，未能調(diào)節(jié)APC表達(dá)。值得注意的是，ESCC細(xì)胞中的METTL14缺失消除了METTL3的過度表達(dá)降低了APC的表達(dá)。這些結(jié)果表明，在ESCC細(xì)胞中，METTL3與METTL14共同介導(dǎo)的APCmRNAm6A上調(diào)抑制了APCmRNA和蛋白的表達(dá)。
然后使用單細(xì)胞RNA-seq來描述移植后30天脾臟中存留的T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜（Fig. 4G）。使用pseudobulk RNA-seq分析和預(yù)轉(zhuǎn)移體外培養(yǎng)的基因比較，生成了持續(xù)細(xì)胞的基因標(biāo)記，其標(biāo)志是記憶相關(guān)基因(Sell，F(xiàn)oxp1，Tcf7，Cd7，Il7r，Klf2，Ccl5)的高表達(dá)和效應(yīng)相關(guān)基因(Gzmd，Ifng，Prf1，Gzma，Gzmb)的低表達(dá)(Fig. 4H-I)。對先前的體外單細(xì)胞數(shù)據(jù)（Fig. 2H-J）的進(jìn)一步分析顯示，CDK4/6i處理后，具有這種持續(xù)性特征的細(xì)胞頻率從7.5%增加至26.8%（Fig. 4J-K）。這些數(shù)據(jù)表明，抑制CDK4/6促進(jìn)T細(xì)胞向真實(shí)的記憶表型分化，其特征是功能的長期持久性。FMT處理加速SCI小鼠的胃腸道消化。
接著作者為了進(jìn)一步證明YTHDC2與LUAD的關(guān)系，與相鄰的*旁組織相比，在LUAD**中觀察到Y(jié)THDC2 mRNA和蛋白的***下調(diào)(圖1E-G)，組織芯片檢測(TMA)評估cohort #1中YTHDC2的表達(dá)，結(jié)果顯示51% (98/192) LUAD患者的YTHDC2表達(dá)下調(diào)(圖1H、I)。值得注意的是，YTHDC2表達(dá)下調(diào)與更大的**直徑和更晚期的分期相關(guān)(圖1J、K)。表明抑制YTHDC2可促進(jìn)LUAD的**進(jìn)展。
2.過表達(dá)YTHDC2抑制細(xì)胞活力和**發(fā)生為了探索YTHDC2在體內(nèi)的m6A解讀器功能，作者構(gòu)建AAV5表達(dá)系統(tǒng)(KPYWT、KPYΔYTH和對照KPE)(圖2A)。與KPE小鼠***25周后的**相比，KPYWT和KPYΔYTH小鼠的**證實(shí)了YTHDC2持續(xù)上調(diào)(圖2B)，這表明AAV5表達(dá)系統(tǒng)具有持久的效率。雖然YTHDC2不能阻止**的發(fā)生，但**發(fā)生時(shí)間延遲，**負(fù)荷明顯受到抑制，KPYWT小鼠的生存時(shí)間比KPE小鼠和KPYΔYTH小鼠更長(圖2C-F)。 FMT可能通過***IL-1β/ NF-κB信號通路來緩解神經(jīng)炎癥。內(nèi)分泌標(biāo)書實(shí)驗(yàn)外包
FMT處理促進(jìn)神經(jīng)元存活和突觸重建。炎癥標(biāo)書實(shí)驗(yàn)可參觀
然而，在單細(xì)胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應(yīng)用于高度特定的功能免疫細(xì)胞類型。我們系統(tǒng)地測試了PBMCs的全細(xì)胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測量細(xì)胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細(xì)胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測量中超過了傳統(tǒng)的細(xì)胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細(xì)胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細(xì)胞方法可以與基于液滴的多組學(xué)平臺相結(jié)合，從而能夠同時(shí)測量細(xì)胞的三個(gè)不同的分子隔間:mRNA(通過scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標(biāo)記抗體)和DNA(通過scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為TEA-seq(圖4)?？傊瑢渭?xì)胞水平上基因調(diào)控和表達(dá)的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。炎癥標(biāo)書實(shí)驗(yàn)可參觀
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