用戶界面SC2disease提供瀏覽器和搜索引擎，以查詢有關(guān)不同疾病中特定于細(xì)胞類型的基因的詳細(xì)信息，具體流程如圖。
“疾病”和“單元格類型”是SC2disease瀏覽器的根類別?！凹膊 备悇e中總共包括25種疾病，通過單擊疾病名稱可以顯示與所關(guān)注疾病相關(guān)的特定于細(xì)胞類型的基因的詳細(xì)信息。**初將所有細(xì)胞類型分為16組，以幫助想要瀏覽特定細(xì)胞類型中標(biāo)記基因的研究人員。還可以使用“搜索”功能搜索他們感興趣的疾病，基因或細(xì)胞類型。每個(gè)基因的信息將在表格中以一行顯示，其中包括疾病名稱，實(shí)驗(yàn)組織，細(xì)胞類型，基因名稱，用于描述基因表達(dá)的變量名稱（log 2 FC或均值），變量的值，DEG比較，源發(fā)布的標(biāo)識(shí)符，排序平臺(tái)和詳細(xì)信息。 ATM對(duì)PTEN的磷酸化驅(qū)動(dòng)細(xì)胞周期進(jìn)程。創(chuàng)傷性腦損傷課題產(chǎn)學(xué)研合作
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research題名為MarkerDB: an online database of molecular biomarkers的文章。MarkerDB是一個(gè)整合已知臨床和選定的臨床前分子生物標(biāo)志物的數(shù)據(jù)庫，包括四種主要類型的分子生物標(biāo)記（化學(xué)，蛋白質(zhì)，DNA [遺傳]和核型）和四種生物標(biāo)記類別（診斷，預(yù)測，預(yù)后和暴露）。MarkerDB提供的信息包括：生物標(biāo)志物名稱和同義詞，相關(guān)條件或病理，詳細(xì)的疾病描述，詳細(xì)的生物標(biāo)志物描述，生物標(biāo)志物特異性，敏感性和ROC曲線，標(biāo)準(zhǔn)參考值（對(duì)于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)志物），變體（對(duì)于SNP或遺傳標(biāo)志物） ），序列信息（用于遺傳和蛋白質(zhì)標(biāo)記），分子結(jié)構(gòu)（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），組織或生物流體來源（用于蛋白質(zhì)和化學(xué)標(biāo)記），染色**置和結(jié)構(gòu)（用于遺傳和核型標(biāo)記），臨床批準(zhǔn)狀態(tài)和相關(guān)文獻(xiàn)參考。肝脂肪變性課題課題設(shè)計(jì)高通量測序后續(xù)的機(jī)制實(shí)驗(yàn)。
揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時(shí)間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標(biāo)，對(duì)于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機(jī)制至關(guān)重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測量基因調(diào)控的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時(shí)間或空間上）的管道方法都沒有使用時(shí)間序列模型來分配GRN內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。
TIMEOR是***個(gè)基于Web的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。TIMEOR通過利用時(shí)間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。
五、SIM2對(duì)ar介導(dǎo)的基因表達(dá)有***影響
利用RNAseq研究SIM2沉默后SIM2對(duì)基因表達(dá)的影響。沉默SIM2使dht調(diào)控的基因數(shù)量增加了一倍多，2394個(gè)基因受到雄***調(diào)控，而只有180個(gè)基因受到雄***調(diào)控(圖8a, b)。此外，沉默SIM2導(dǎo)致6867個(gè)deg，其中2937個(gè)deg受到雄***調(diào)控(圖8c, d, Supplementary Fig. S19f)。SIM2沉默也減輕了雄***對(duì)AR表達(dá)的抑制(補(bǔ)充圖S20)。根據(jù)RT-qPCR的評(píng)估，ARNT沉默實(shí)質(zhì)上再現(xiàn)了SIM2對(duì)選定AR靶基因和DEGs的影響(補(bǔ)充圖S21a, b)。對(duì)雄***調(diào)節(jié)基因集的meta分析顯示，通過SIM2沉默，幾種途徑***富集。A_up/ siSIM2_up基因組和A_up/siSIM2_dn基因組中富集的**上面的通路分別是膜運(yùn)輸和細(xì)胞對(duì)外界刺激的反應(yīng)(圖8e）。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達(dá)譜。
創(chuàng)傷性腦損傷（TBI）是重要的健康問題，每年有超過5000萬新發(fā)TBI病例。在TBI的病理生理過程中，會(huì)發(fā)生各種形式的細(xì)胞死亡，包括細(xì)胞凋亡，壞死，程序性壞死，自噬，焦亡和鐵死亡。目前尚未充分挖掘TBI中鐵死亡的發(fā)病機(jī)理。***我們講一篇蘇州大學(xué)團(tuán)隊(duì)在JOURNAL OF PINEAL RESEARCH（IF=14.526）期刊發(fā)表的題名為Deletion of ferritin H in neurons counteracts the protective effect of melatonin against traumatic brain injury-induced ferroptosis的文獻(xiàn)。該文獻(xiàn)主要講述褪黑素通過FTH調(diào)節(jié)TBI中鐵死亡。阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配。鐵死亡課題整體服務(wù)
深耕科研行業(yè)提高科研的高效。創(chuàng)傷性腦損傷課題產(chǎn)學(xué)研合作
作者收集并分析了黑色素瘤患者在***過程中的連續(xù)血液樣本，在此期間，患者接受CDK4/6i聯(lián)合靶向MEK抑制劑***，隨后接受PD-1和CTLA-4 ICB聯(lián)合***（Fig.6 F），患者達(dá)到完全緩解。使用CITE-seq技術(shù)評(píng)估一系列患者樣本，觀察到CDK4/6i + MEKi***后CD8 + T細(xì)胞記憶群的頻率呈時(shí)間依賴性增加，其特征為SELL、IL7R和TCF7的高表達(dá)（Fig.6G-I），這與臨床分析一致。事實(shí)上，偽時(shí)間分析揭示了從記憶樣群體到效應(yīng)細(xì)胞的分化軌跡，CDK4/6i在該軌跡早期抑制CD8 + T細(xì)胞，隨后的ICB***加速了分化（Fig.6J）。跨越該時(shí)間的TCR克隆追蹤也發(fā)現(xiàn)，CDK4/6抑制增加了罕見T細(xì)胞克隆的頻率，主要存在于記憶群體內(nèi)，隨后ICB處理擴(kuò)增了這些克?。‵ig.6K）。這表明ICB***釋放了外周血中更多種類T細(xì)胞受體。總之，這些數(shù)據(jù)表明，CDK4/6i可用作ICB給藥前促進(jìn)更有利T細(xì)胞表型的啟動(dòng)工具。
這項(xiàng)研究證明了在細(xì)胞毒性T細(xì)胞中藥理學(xué)抑制CDK4/6可誘導(dǎo)RB介導(dǎo)的G1期阻滯，并促進(jìn)記憶表型的獲得，可***增強(qiáng)這些細(xì)胞的長期抗**活性(Fig. 7)。 創(chuàng)傷性腦損傷課題產(chǎn)學(xué)研合作
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)