空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題省自然科學(xué)基金

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-10-27

本文在一組臨床定義明確的SLE伴活檢證實(shí)的腎炎患者中進(jìn)行的T細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)和代謝研究表明,高IFN信號(hào)可驅(qū)動(dòng)CD8 + T細(xì)胞線粒體代謝途徑的變化,使其生物能量不適應(yīng)且更容易死亡。本文證明在SLE患者的CD8 + T細(xì)胞中觀察到的代謝重編程是延長IFNα暴露和TCR刺激的結(jié)果。在這兩種刺激的持續(xù)組合下,這可能是SLE患者特有的一種情況,CD8 + T細(xì)胞表現(xiàn)出與NAD + 消耗增強(qiáng)、線粒體氧化能力降低和存活率下降相關(guān)的PARP基因表達(dá)增加(圖7)。總的來說,本文的發(fā)現(xiàn)證明高ISG特征與SLE CD8 + T細(xì)胞的代謝適合性之間的聯(lián)系,以及它們?cè)趬毫ο禄驅(qū)乖偌ぐl(fā)的反應(yīng)中存活的能力。促*分泌體通過外泌體傳遞和運(yùn)輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵??臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題省自然科學(xué)基金

食道*是世界上第六大**常見的**,據(jù)報(bào)道患者5年生存率只有12-20%。N6-甲基腺苷(m6A)修飾是真核生物mRNA中**豐富的RNA修飾,主要由m6A調(diào)節(jié)劑介導(dǎo)。m6A修飾調(diào)節(jié)RNA穩(wěn)定性和翻譯效率、染色質(zhì)狀態(tài)、替代聚腺苷酸化和前體mRNA剪接。***我們來講一篇刊登在NatureCommunications(IF=14.91)上的一篇文章,題名為METTL3promotestumourdevelopmentbydecreasingAPCexpressionmediatedbyAPCmRNAN6-methyladenosine-dependentYTHDFbinding。

上調(diào)METTL3與ESCC患者的不良生存相關(guān)為探討食管*中中METTL3的表達(dá)譜,分析了**基因組圖譜(TCGA)數(shù)據(jù),發(fā)現(xiàn)與11個(gè)相鄰的正常食管上皮組織相比,95個(gè)食管*標(biāo)本中METTL3的表達(dá)***上調(diào)。對(duì)包含81對(duì)ESCC標(biāo)本和鄰近正常食管上皮組織的組織芯片進(jìn)行IHC染色顯示,ESCC組織中的METTL3表達(dá)水平***高于配對(duì)鄰近正常組織。Kaplan-Meier分析顯示,高表達(dá)METTL3的患者總生存時(shí)間比低表達(dá)METTL3的患者短。9種不同ESCC細(xì)胞系中METTL3mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)水平高于Het-1a永生化正常食管上皮細(xì)胞。這些結(jié)果表明,METTL3在食管鱗*中表達(dá)上調(diào),并與食管鱗*患者生存時(shí)間呈負(fù)相關(guān)。 鐵死亡臨床醫(yī)學(xué)課題細(xì)胞實(shí)驗(yàn)課題CRO服務(wù)找上海英拜。

從各組小鼠中分離出外周血CD4+T細(xì)胞,結(jié)果顯示miR-208b-OE組中PDCD4的***下調(diào),miR-208-KD組的結(jié)果則相反(圖7E和7F)。然而,在PDCD4mRNA水平上沒有觀察到差異(圖7G)。從血清中分離出外泌體,檢測(cè)miR-208b水平(圖7H)。如預(yù)期的,miR-208b在miR-208b-OE組中***升高,而miR-208b-KD組中miR-208b水平下降(圖7I)。這些結(jié)果表明,**分泌的miR-208b在體內(nèi)可以充分地傳遞到CD4+T細(xì)胞中,抑制PDCD4的表達(dá)。此外,這種現(xiàn)象在奧沙利鉑***組更加***(miR-208b-OE+OXA和miR-208b-KD+OXA)。

為了直接評(píng)價(jià)MAOIs是否能在體內(nèi)重編程人TAM的極化,建立了人**/TAM異種移植NSG小鼠模型。A375人黑色素瘤細(xì)胞與健康供者外周血單個(gè)核細(xì)胞(PBMCs)分離的單核細(xì)胞混合,注射到NSG小鼠中形成實(shí)體瘤,接種后給予或不給予苯乙肼***(圖6h)。苯乙肼能有效抑制人TAMs的免疫抑制極化(圖6i-j)。接下來,研究了MAOI誘導(dǎo)的人TAM重編程是否會(huì)影響人T細(xì)胞的抗**活性,使用3D人**/TAM/T細(xì)胞類***培養(yǎng)。NY-ESO-1是一種公認(rèn)的**抗原,通常在多種人類**中表達(dá),被選為模型**抗原。A375人黑素瘤細(xì)胞系設(shè)計(jì)為共表達(dá)NY-ESO-1及其匹配的MHC分子HLA-A2作為人**靶點(diǎn)(命名為A375-A2-ESO)。NY-ESO-1特異性人CD8+T細(xì)胞的構(gòu)建是通過將Retro/ESO-TCR編碼NY-ESO-1特異性TCR(命名為ESO-TCR)的逆轉(zhuǎn)錄病毒載體轉(zhuǎn)導(dǎo)至健康供體外周血CD8+T細(xì)胞,將該細(xì)胞命名為ESO-T細(xì)胞,它表達(dá)ESO-TCRs,特異性靶向A375-A2-ESO**細(xì)胞,從而建立**特異性人CD8+T細(xì)胞模型。將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。

二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進(jìn)展和轉(zhuǎn)移

YTHDF1在不同胃*細(xì)胞株中的蛋白表達(dá)水平,遠(yuǎn)高于正常胃腺細(xì)胞GES-1。為了進(jìn)一步探討YTHDF1在胃*中的作用,采用了胃*細(xì)胞系、細(xì)胞系來源的異種移植(CDX)和PDX模型(圖2A)。首先,通過產(chǎn)生兩種穩(wěn)定的shRNA表達(dá)人胃*細(xì)胞株MGC-803和HGC-27,研究了YTHDF1的抑制作用,這兩種細(xì)胞株在所有被檢測(cè)的胃*細(xì)胞株中YTHDF1的表達(dá)相對(duì)較高(補(bǔ)充圖S2B)。YTHDF1基因敲除確實(shí)降低了胃*細(xì)胞的增殖(圖2B)。此外,在MGC-803和HGC-27細(xì)胞中YTHDF1敲除降低細(xì)胞的遷移和侵襲能力(圖2C)。隨后通過皮下注射YTHDF1敲除的MGC-803細(xì)胞到免疫缺陷裸鼠,研究YTHDF1的抑制是否會(huì)影響體內(nèi)胃*的發(fā)生。 英拜生物對(duì)實(shí)驗(yàn)可行性分析。cancer免疫課題技術(shù)指導(dǎo)

可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系??臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題省自然科學(xué)基金

支持了轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析,流式細(xì)胞術(shù)表明帶有**記憶(Tcm)表型(CD44+CD62L+)的CD8+ TILs的比例***更高,這在不同的**模型中是一致的(Fig. 1H)。為了檢驗(yàn)抑制CDK4/6對(duì)抗**T細(xì)胞免疫的長期功能效應(yīng),用CDK4/6i在短時(shí)間 (抗**T細(xì)胞反應(yīng)**活躍的3-13天)處理MC38-OVA荷瘤小鼠,然后停藥。在停止***時(shí),CDK4/6i處理小鼠和對(duì)照小鼠的**體積是相等的(Fig. 1I-J)。引人注目的是,在停止***后,既往使用CDK4/6i***的小鼠中有21只小鼠**完全***,而對(duì)照組只有9只(Fig. 1K)??傊?,這些數(shù)據(jù)表明CDK4/6的藥理抑制促進(jìn)T細(xì)胞記憶,并產(chǎn)生能夠驅(qū)動(dòng)有效和持續(xù)的抗**反應(yīng)的瘤內(nèi)T細(xì)胞室。空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題省自然科學(xué)基金

公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ),利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái),提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū),實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀,客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度,保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。

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4.二代測(cè)序:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序

5.芯片:信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn):DNA甲基化實(shí)驗(yàn)(BSP,MSP,焦磷酸測(cè)序),RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證,過表達(dá),干擾),基因突變及SNP檢測(cè),F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖,凋亡,流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)