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六、多組學(xué)方法分析表征近端小管細胞子集

Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉(zhuǎn)變過程中染色質(zhì)可及性的變化。VCAM1和TPM1轉(zhuǎn)錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動子區(qū)域染色質(zhì)可及性增加相關(guān)(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉(zhuǎn)錄降低(圖6c)與染色質(zhì)可及性降低相關(guān)(圖6c，補充圖15)。通過評估chromVAR轉(zhuǎn)錄因子的活性，我們發(fā)現(xiàn)了可能調(diào)節(jié)近端小管和PT_VCAM1之間過渡的轉(zhuǎn)錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們在PT_VCAM1細胞核中驗證了減少的HNF4A蛋白表達(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個約60kb的開放染色質(zhì)區(qū)域，該區(qū)域包含一個與VCAM1啟動子相互作用的RELA基序(通過ciscoaccessibilitynetwork)。實際上，ChIP-qPCR擴增了該位點，使其能夠與RELA結(jié)合(圖6f，補充圖17b)，為該細胞類型中RELA調(diào)控VCAM1表達提供了實驗證據(jù)。 英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。上海課題歡迎咨詢

人類人臍帶來源的間充質(zhì)干細胞（hUC-MSCs）移植被證實是***系統(tǒng)性紅斑狼瘡（SLE）的有效方法，但是詳細的潛在機制仍不明確。轉(zhuǎn)運miRNAs可能是MSCs交流其它細胞的方法。Sirt1是一種NAD依賴的去乙酰化酶，通過去乙酰化p53來防止細胞衰老。本研究旨在探討在MRL/lpr狼瘡小鼠模型中，hUC-MSCs是否通過miRNA調(diào)節(jié)Sirt1/p53來影響脾CD4+ T細胞的衰老。本文于2021年1月發(fā)表在《Theranostics》IF：8.597期刊上。

1、hUC-MSCs減輕緩解MRL/lpr小鼠的疾病進展

為了評估對MRL/lpr小鼠狼瘡綜合征的***作用，從17周齡開始用5×105hUC-MSCs或PBS***MRL/lpr小鼠，并在21周齡時處死所有小鼠(圖1A)。與PBS處理的小鼠相比，hUC-MSC處理的小鼠的腎臟病變明顯減少(圖1B)。此外，與PBS處理的MRL/lpr小鼠相比，hUC-MSCs處理后小鼠的脾臟重量和蛋白尿明顯降低(圖1C-D)。hUC-MSCs***組的血清anti-dsDNA抗體水平較低，但未達到統(tǒng)計學(xué)水平(圖1E)。數(shù)據(jù)表明hUC-MSCs改善MRL/lpr小鼠的狼瘡疾病。 江西課題省自然科學(xué)基金動物建模模型實驗的整體服務(wù)。

3）FTO是SsD的直接靶點

基于基因芯片數(shù)據(jù)，SsD介導(dǎo)的白血病發(fā)生抑制主要是由于m6A通路，我們假設(shè)SsD可能調(diào)節(jié)白血病m6ARNA甲基化。我們確定了FTO在白血病發(fā)生中起作用。為了驗證SsD與FTO的直接結(jié)合，我們首先基于已發(fā)表的FTO晶體結(jié)構(gòu)進行分子對接分析。SsD的比較好結(jié)合位點表現(xiàn)出與底物結(jié)合位點互補的特殊形狀，占據(jù)了整個結(jié)合口袋(圖3A-B)。4個氨基酸殘基(R96,K216,E234,R332)參與了與SsD的相互作用(圖3C)，在抑制FTO活性方面發(fā)揮了關(guān)鍵作用。在NB4和Kas-1AML細胞中，SsD與FTO蛋白的結(jié)合導(dǎo)致了明顯的熱轉(zhuǎn)移，表明對熱降解有保護作用(圖3D)。

circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細胞的免疫防御反應(yīng)

為了研究參與circNDUFB2的信號通路，使用RNA測序（RNA-seq）進行了轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明circNDUFB2過表達影響934個基因的表達水平，其中743個基因上調(diào)，191個基因被下調(diào)?；虮倔w生物學(xué)過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號傳導(dǎo)?；蚣患治觯℅SEA）也表明目標(biāo)基因的信號傳導(dǎo)途徑參與了免疫反應(yīng)。確認(rèn)了在circNDUFB2過表達的NSCLC細胞中一組免疫基因表達被上調(diào)，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細胞中這些基因的水平。這些結(jié)果表明，過量表達circNDUFB2，而不是其具有相同序列的線性RN**段，導(dǎo)致免疫基因上調(diào)。 酶聯(lián)免疫吸附試驗（ELISA）證實circNDUFB2過表達顯著增加了細胞培養(yǎng)上清液中CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的水平，而circNDUFB2敲低降低了細胞培養(yǎng)上清液中這些細胞因子的水平。這些結(jié)果證明circNDUFB2在NSCLC細胞中引發(fā)免疫應(yīng)答。 阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配

N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)節(jié)基因表達，并改變修飾RNA分子的命運。新的證據(jù)表明m6A修飾與**增殖、分化、**發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān)，并在**發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運輸、穩(wěn)定性和降解以及影響**細胞的增殖、浸潤和轉(zhuǎn)移等生物過程。***我們來講一篇關(guān)于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulatorsandinteractivecodingandnon-codingRNAsacross32cancertypes，是南京醫(yī)科大學(xué)實驗團隊發(fā)表在Molecularcancer（IF=27.4）期刊的文章。該文章在泛*環(huán)境中***評估編碼和非編碼RNA的m6A相互作用基因。按照實驗設(shè)計路線和實驗結(jié)果進行文章的構(gòu)思與潤色。陜西課題地區(qū)科學(xué)基金

解決了對確定因果調(diào)節(jié)機制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。上海課題歡迎咨詢

2、白樺素下調(diào)SREBP靶基因，降低細胞脂質(zhì)水平

由于SREBP-2是其自身的直接靶標(biāo)，因此白樺素將其表達下調(diào)40％（圖3A）。與SREBP-2是膽固醇生物合成的主要轉(zhuǎn)錄因子這一觀點一致，膽固醇合成途徑中的10個被測基因，例如HMGCR，HMG-CoA合酶（HMGCS）和角鯊烯環(huán)氧酶（SE），都被白樺素處理抑制了（圖3A）。類似地，與脂肪酸和甘油三酸酯合成有關(guān)的所有9個基因，例如SREBP-1c，脂肪酸合酶（FAS）和乙酰輔酶A羧化酶α（ACC），都被白樺素顯著下調(diào)（圖3B）。與早期觀察結(jié)果一致（圖1A），包括ABCG5和ABCG8在內(nèi)的LXR靶基因不受白樺素的影響（圖3C）。 上海課題歡迎咨詢

公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。

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