5）DRD2通過(guò)阻斷TAK1的磷酸化來(lái)限制NF-κB信號(hào)的***NF-κB信號(hào)的***
對(duì)于觸發(fā)炎癥小體組裝和隨后的焦亡是必不可少的。IF染色顯示DRD2幾乎阻斷了p-p65的核易位(圖5A)，但這種抑制被Mφ所抵消(圖5B)。核和細(xì)胞質(zhì)提取物也顯示DRD2抑制了p-p65的核易位(圖5C)。如WB結(jié)果所示，在LPS刺激下，DRD2抑制IKKα/β、IκBα和p65的磷酸化(圖5D)。異位DRD2表達(dá)也***抑制了Mφ誘導(dǎo)的p65磷酸化和IKKα/β的上游***(圖5E)。WB結(jié)果顯示DRD2下調(diào)NF-κB的下游靶點(diǎn)ICAM-1。然而，這種下調(diào)被Mφ所抵消(圖5E)。抑制IKKα/β磷酸化提示DRD2負(fù)向介導(dǎo)IKK復(fù)合物上游。TAK1在催化IKKα和IKKβ中起關(guān)鍵作用。TAK1的磷酸化被異位DRD2表達(dá)***抑制(圖5D-E)。因此，DRD2通過(guò)阻斷上游激酶TAK1來(lái)抑制NF-κB信號(hào)通路的***。 小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。糖尿病課題創(chuàng)新服務(wù)
2020年12月，埃默里大學(xué)在Cell Rep（IF=8.087） 雜志上發(fā)表了文章“Endothelial Reprogramming by Disturbed Flow Revealed by Single-Cell RNA and Chromatin Accessibility Study”。此報(bào)道在PCL后，使用從小鼠頸動(dòng)脈腔內(nèi)獲得的富含內(nèi)皮細(xì)胞的單細(xì)胞和細(xì)胞核進(jìn)行了scRNA-seq和scATAC-seq檢測(cè)，以確定d-flow和s-flow對(duì)基因轉(zhuǎn)錄本和染色質(zhì)可及性譜的基因組和表觀基因組調(diào)控的差異影響。對(duì)scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)的單獨(dú)分析以及對(duì)兩個(gè)數(shù)據(jù)集的綜合分析顯示，即使在s-flow下，頸動(dòng)脈內(nèi)的ECs也是異質(zhì)性的。D-flow***改變了內(nèi)皮轉(zhuǎn)錄組和表觀基因組譜，將它們重新編程為炎癥細(xì)胞、間充質(zhì)細(xì)胞、干細(xì)胞/祖細(xì)胞樣細(xì)胞、造血細(xì)胞和免疫細(xì)胞樣表型。此外，我們還發(fā)現(xiàn)了一種依賴于d-flow和s-flow的TF結(jié)合位點(diǎn)和順式調(diào)節(jié)元件的富集。江西課題技術(shù)指導(dǎo)阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配
同時(shí)，circNDUFB2顯著增加了p-P65，p-IRF3，p-STAT1和p-STAT2。circNDUFB2還促進(jìn)了IRF3和P65進(jìn)入核內(nèi)的易位。免疫熒光分析證實(shí)circNDUFB2促進(jìn)了IRF3的磷酸化，并隨后觸發(fā)其轉(zhuǎn)移到細(xì)胞核中。更重要的是，RIG-1的敲除顯著消除了這些基因的蛋白質(zhì)水平或磷酸化水平的上調(diào)以及由circNDUFB2誘導(dǎo)的A549細(xì)胞中IRF3和P65的核易位。ELISAs測(cè)量細(xì)胞培養(yǎng)上清液中的細(xì)胞因子水平，發(fā)現(xiàn)RIG-1敲低顯著消除了對(duì)CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的誘導(dǎo)。上述結(jié)果表明RIG-1在介導(dǎo)NSCLC細(xì)胞中circNDUFB2的免疫應(yīng)答中起關(guān)鍵作用，而circNDUFB2引發(fā)的免疫應(yīng)答不依賴于circNDUFB2中m6A的修飾。
5.ELNAT1與UBC9啟動(dòng)子形成DNA-RNA三聯(lián)體，通過(guò)招募hnRNPA1增強(qiáng)H3K4me3修飾
為了探索ELNAT1誘導(dǎo)BCa淋巴轉(zhuǎn)移的分子機(jī)制，我們使用NGS檢測(cè)過(guò)表達(dá)ELNAT1的BCa細(xì)胞和對(duì)照細(xì)胞（Figure5A），由于SUMOylation已經(jīng)被證明可以調(diào)節(jié)特異性RNA的識(shí)別，并參與RNA分選進(jìn)入EVs的過(guò)程，因此鑒定ELNAT1的SUMOylation相關(guān)靶基因。在受ELNAT1調(diào)控的925個(gè)基因中，作者發(fā)現(xiàn)UBC9是SUMOylation相關(guān)基因變化*****的（Figure5B-D）。接著通過(guò)RNA純化（ChIRP）檢驗(yàn)ELNAT1與UBC9中P1（153~143bp）啟動(dòng)子區(qū)域存在生理相互作用（Figure5E,F）。CD光譜證實(shí)ELNAT1/UBC9TTS1組在270~280nm處有一個(gè)***的正峰，在210nm處有一個(gè)負(fù)峰。 zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。
接下來(lái)，通過(guò)體外復(fù)制、配對(duì)子細(xì)胞實(shí)驗(yàn)和體內(nèi)競(jìng)爭(zhēng)移植研究了HoxBlinc過(guò)表達(dá)對(duì)造血干細(xì)胞自我更新和再生能力的影響。在HoxBlincTg LSK細(xì)胞中，連續(xù)4輪的復(fù)制電位均***高于WT細(xì)胞(圖3d)。使用WT和HoxBlincTg原始CD34?LSK細(xì)胞的配對(duì)子細(xì)胞檢測(cè)顯示，具有對(duì)稱(chēng)自我更新能力的HoxBlincTg CD34?LSK細(xì)胞比例更高，而進(jìn)行對(duì)稱(chēng)分化或不對(duì)稱(chēng)自我更新的細(xì)胞比WT減少（圖3e）。競(jìng)爭(zhēng)移植實(shí)驗(yàn)表明，HoxBlincTg BM細(xì)胞移植后，受體外周血中供體細(xì)胞(CD45.2+)嵌合率穩(wěn)定上升，移植7個(gè)月后達(dá)到~80%，而WT BM細(xì)胞移植后小鼠外周血中CD45.2+細(xì)胞群保持在~50%（圖3f）。有趣的是，接受HoxBlincTg BM細(xì)胞的小鼠在移植后2.5-7個(gè)月死亡率更高(圖3g)?？傮w而言，HoxBlinc基因在小鼠中的表達(dá)增強(qiáng)了HSC的自我更新，并擴(kuò)大了骨髓形成，導(dǎo)致AML樣疾病，與NPM1c/+小鼠中看到的表型相似。
Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對(duì)肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。糖尿病課題創(chuàng)新服務(wù)
6.翻譯產(chǎn)物的序列組成
所有天然蛋白質(zhì)的氨基酸（aa）序列*占據(jù)可能序列空間的一小部分，主要是因?yàn)橹挥幸恍〔糠中蛄锌梢孕纬煞€(wěn)定的蛋白質(zhì)。因此，具有“非天然”序列的蛋白質(zhì)傾向于快速降解，并且與所有天然蛋白質(zhì)的序列相似性可以作為強(qiáng)有力的預(yù)測(cè)指標(biāo)，以鑒定隨機(jī)氨基酸序列中的真實(shí)蛋白質(zhì)。使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法來(lái)預(yù)測(cè)天然蛋白給定序列的可能性，并應(yīng)用該預(yù)測(cè)來(lái)對(duì)circRNA編碼的給定ORF可以用作功能蛋白模板的可能性進(jìn)行評(píng)分。
7.質(zhì)譜/蛋白質(zhì)組學(xué)證據(jù)
質(zhì)譜法是準(zhǔn)確鑒定和表征蛋白質(zhì)的重要方法。已經(jīng)進(jìn)行了數(shù)個(gè)大規(guī)模質(zhì)譜實(shí)驗(yàn)來(lái)研究人類(lèi)蛋白質(zhì)組，但是即使考慮蛋白質(zhì)的翻譯后修飾，也只能可靠地將約50％的MS指紋圖譜與人類(lèi)mRNA編碼的已知肽匹配成功。這表明，非典型mRNA編碼了很大一部分“隱藏蛋白質(zhì)組”，其中也包括了可能來(lái)自circRNA的編碼產(chǎn)物。作者通過(guò)設(shè)計(jì)新的分析流程，從蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)中挖掘分析了可能由circRNA編碼的多肽，并展示了所有原始質(zhì)譜圖，這些質(zhì)譜圖可支持circRNA編碼的跨接口位點(diǎn)的肽段。circRNA特異性O(shè)RF 糖尿病課題創(chuàng)新服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)