單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)可以在單細(xì)胞水平下研究復(fù)雜的多細(xì)胞生物的轉(zhuǎn)錄組譜。這為科學(xué)家提供了一種研究表達(dá)模式中細(xì)胞異質(zhì)性的新工具，尤其是疾病細(xì)胞的異質(zhì)性。更重要的是，scRNA-seq的快速發(fā)展帶來了在疾病微環(huán)境中探索細(xì)胞亞群的見識，這有助于研究疾病的發(fā)***展，耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病例對照研究中差異表達(dá)基因的識別以及細(xì)胞亞群之間差異的識別。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=11.502），題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個(gè)人工收集的數(shù)據(jù)庫，能為研究者提供各種疾病的各種細(xì)胞類型準(zhǔn)確的基因表達(dá)譜資源。該網(wǎng)站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻(xiàn)，并開發(fā)了SC2disease數(shù)據(jù)庫，通過疾病、組織和細(xì)胞類型整理數(shù)據(jù)。SC2disease包含946481條數(shù)據(jù)，對應(yīng)341種細(xì)胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數(shù)據(jù)庫中的每個(gè)條目都包含不同細(xì)胞類型、組織和疾病相關(guān)健康狀況之間差異表達(dá)基因的比較。 肺*是**常診斷的**之一也是大多數(shù)國家**死亡的主要原因。山西標(biāo)書詢問報(bào)價(jià)
現(xiàn)今研究表明tRNA-derivedsmallnoncodingRNAs（sncRNAs）主要分為兩類：tRNAhalves(tiRNAs)和fragments(tRFs)。前者在人類實(shí)體**中的的生物學(xué)功能吸引了越來越多的關(guān)注，但是其在**發(fā)生中的生物學(xué)機(jī)制仍知之甚少。tiRNAs和剪切相關(guān)蛋白之間的相關(guān)作用更是為未可知。本研究***發(fā)現(xiàn)一個(gè)5’-tRNAhalves，即tiRNA-Gly通過與RBM17結(jié)合誘導(dǎo)可變剪切進(jìn)而促進(jìn)**狀甲狀腺*（PTC）的增殖和遷移。本文于2021年7月發(fā)表在影響因子7.068的《JournalofExperimentalandClinicalCancerResearch》期刊上。自噬醫(yī)學(xué)相關(guān)標(biāo)書地區(qū)科學(xué)基金體外實(shí)驗(yàn)證實(shí)circNDUFB2過表達(dá)******NSCLC細(xì)胞的增殖遷移和侵襲.
此外，MYC在BC組織中高表達(dá)，并與 FUBP1的表達(dá)呈正相關(guān)。為了確認(rèn)ACTN4在BC中的生物學(xué)功能，構(gòu)建了ACTN4過表達(dá)和干擾質(zhì)粒，為了探究 circACTN4 的作用與 ACTN4 無關(guān)，進(jìn)行了共轉(zhuǎn)染實(shí)驗(yàn)，結(jié)果表明 ACTN4 敲低不影響促進(jìn)作用circACTN4 對 MYC 轉(zhuǎn)錄的過度表達(dá)，ACTN4 的上調(diào)并沒有逆轉(zhuǎn) qRT-PCR 和蛋白質(zhì)印跡對 circACTN4 敲低對 MYC 表達(dá)的抑制作用。WB結(jié)果表明circACTN4可以促進(jìn)MYC及其下游蛋白CDK4和CCND2的表達(dá)。這些數(shù)據(jù)表明 circACTN4 可以與 FUBP1 結(jié)合并促進(jìn) MYC 的表達(dá)。
六、THDF1通過FZD7調(diào)控Wnt/b-catenin通路
A，典型Wnt/b-catenin通路示意圖。B, YTHDF1敲低或過表達(dá)MGC-803和HGC-27細(xì)胞中總(B -catenin)和非磷酸化(Ser33/37/Thr41, activated B -catenin) B -catenin的蛋白水平。C, IF染色分析YTHDF1敲低、過表達(dá)或突變過表達(dá)的MGC-803和HGC-27細(xì)胞中總(紅色)和***的(綠色) b-catenin的亞細(xì)胞定位。D，免疫印跡分析b-catenin靶基因、HMGA2、cyclin D、CDC25A、COX2、SOX9、VEGFA在YTHDF1敲低、過表達(dá)或突變過表達(dá)MGC-803和HGC-27細(xì)胞中的表達(dá)。E，定量分析YTHDF1敲低和過表達(dá)MGC- 803和HGC-27細(xì)胞中b-catenin靶基因的RNA水平(n =3)。 與未接受FMT***的受傷小鼠相比接受FMT***的小鼠表現(xiàn)出相對更大的運(yùn)動恢復(fù)。
D.箱形圖描述了在0 I級aGvHD患者和II IV級aGvHD患者移植前時(shí)間點(diǎn)預(yù)測ASVs的對數(shù)轉(zhuǎn)化相對豐度。在aGvHD 0級I和II級IV的患者中基于樹的稀疏LDA識別出普雷沃氏科和放線菌科ASVs的E軌跡，包括ASV 226和ASV 568，這些ASV 226和ASV 568可以預(yù)測aGvHD(粗體線).
六、急性GvHD的嚴(yán)重程度可以在造血干細(xì)胞移植前同時(shí)從所有三個(gè)身體部位的微生物群預(yù)測
在一個(gè)聯(lián)合模型中，來自所有三個(gè)身體部位的分類群都可以預(yù)測HSCT之前樣本的aGvHD嚴(yán)重程度(圖6)。該報(bào)道發(fā)現(xiàn)了7種預(yù)測性asv，其中2種來自腸道，1種來自口腔，1種來自鼻子，2種主要在口腔中發(fā)現(xiàn)，但也在鼻子中發(fā)現(xiàn)，1種主要在口腔中發(fā)現(xiàn)，但也在鼻子和腸道中發(fā)現(xiàn)(圖6A)。3個(gè)類群(副弧菌屬ASV_131、放線菌屬ASV_568和梭菌屬ASV_166)起源于后來發(fā)展為II級和IV級aGvHD的患者。一致地，這些asv的log-transformed相對豐度在檢查前、適應(yīng)開始和HSCT當(dāng)天，在aGvHD分級為II級和IV級的患者中大多高于那些表現(xiàn)為0級和I級的患者(圖6B)。所有七個(gè)分類單元都在CTREE回歸框架中從所有身體部位識別出來，在身體站點(diǎn)特異性支持向量機(jī)線性核(svmLinear)模型和/或Boruta特征選擇和/或CTREE回歸框架中也檢測到(圖6C)。 circSDHC是一個(gè)很有前景的RCC患者潛在的預(yù)后生物標(biāo)志物和***靶點(diǎn)。山西標(biāo)書詢問報(bào)價(jià)
circNDUFB2通過增強(qiáng)泛素/蛋白酶體依賴性降解降低IGF2BPs的穩(wěn)定性。山西標(biāo)書詢問報(bào)價(jià)
為了證實(shí)FOXO3A/LINC00926/PGK1通路的體內(nèi)表型，我們首先通過將MDA-MB-231細(xì)胞注射到BALB/c小鼠的乳腺脂肪墊上，研究了LINC00926/PGK1軸對乳腺*生長的影響。與預(yù)期的一樣，下調(diào)LINC00926***增加了乳腺**的生長。相反，當(dāng)PGK1被敲除時(shí)，**生長被***。更重要的是，當(dāng)PGK1被敲除時(shí)，LINC00926敲除對**生長的影響***減弱(圖7A-7C)。接下來，我們研究了FOXO3A/LINC00926軸對乳腺*生長的影響。結(jié)果顯示FOXO3A過表達(dá)***降低了乳腺*的生長。當(dāng)LINC00926敲低時(shí)，**生長增加，F(xiàn)OXO3A過表達(dá)對**生長的影響***減弱(圖7D-7F)。接下來，我們研究了該途徑對乳腺*轉(zhuǎn)移的影響。與對照組相比，LINC00926基因***組在整個(gè)肺區(qū)域擴(kuò)散的結(jié)節(jié)數(shù)量明顯增加(圖7G)。相反，PGK1基因敲低導(dǎo)致乳腺*細(xì)胞向肺轉(zhuǎn)移擴(kuò)散的減少。然而，PGK1下調(diào)極大地減弱了下調(diào)LINC00926調(diào)節(jié)肺轉(zhuǎn)移的能力(圖7G)。與**生長實(shí)驗(yàn)結(jié)果一致，下調(diào)LINC00926***減弱了FOXO3A調(diào)控肺轉(zhuǎn)移的能力山西標(biāo)書詢問報(bào)價(jià)
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