一、PBMC單核、單細(xì)胞ATAC序列優(yōu)化
A.snATAC、scATAC和ICICLE-seq方法的主要步驟概要。ficoll純化的PBMCs和白細(xì)胞分離純化的PBMCs之間的一個(gè)主要區(qū)別是ficoll純化樣品中存在殘留的中性粒細(xì)胞。我們使用熒光***細(xì)胞分選(FACS)從高中性粒細(xì)胞含量的PBMC樣本中檢測去除死細(xì)胞和碎片的方法，包括去除中性粒細(xì)胞和不去除中性粒細(xì)胞。
B.這種單核分析利用低滲裂解、洗滌劑和皂苷的組合來分離細(xì)胞核，而不保留線粒體DNA。使用這種方法進(jìn)行snATAC-seq，測序，并將數(shù)據(jù)質(zhì)量指標(biāo)(材料和方法)制成表格后，鑒定了兩個(gè)主要的細(xì)胞條碼群體。細(xì)胞核制備的scATAC-seq文庫包含更多來自核小體DN**段的reads，而來自細(xì)胞核的非細(xì)胞條形碼(灰線)包含的這些片段比細(xì)胞條形碼更多。 與未接受FMT***的受傷小鼠相比接受FMT***的小鼠表現(xiàn)出相對更大的運(yùn)動(dòng)恢復(fù)。四川標(biāo)書實(shí)驗(yàn)可參觀
核磷蛋白(Nucleophosmin，NPM1)是急性髓系白血病(AML)中**常見的突變基因，會(huì)導(dǎo)致編碼的核仁蛋白(NPM1c+)發(fā)生異常胞漿易位。NPM1c +維持一個(gè)獨(dú)特的白血病基因表達(dá)程序，以***HOXA/B簇和MEIS1*基因?yàn)樘卣?，促進(jìn)白血病發(fā)生。然而，NPM1c+控制這種基因表達(dá)模式促進(jìn)白血病發(fā)生的機(jī)制仍在很大程度上未知。本文揭示了HOXBLINC lncRNA***在NPM1c +白血病中扮演促*作用。HOXBLINC和其合作者M(jìn)LL1是NPM1c+ AML的潛在***靶點(diǎn)。本文于2021年3月發(fā)表在《Nature Communications》IF:14.919。福建標(biāo)書實(shí)驗(yàn)外包LAG抗體***富集ciRS-7但未富集circNDUFB2.
隨著全球老齡化人口的逐步增長，研究和制定健康老齡化戰(zhàn)略的需求變得越來越重要，并呈現(xiàn)出新的緊迫性。衰老是一個(gè)復(fù)雜的過程，受遺傳和表觀遺傳調(diào)控、翻譯后調(diào)控、代謝調(diào)控、宿主-微生物組相互作用、生活方式和許多其他因素的影響。近年來，高通量組學(xué)技術(shù)（包括基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、表觀基因組學(xué)、代謝組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)、藥物基因組學(xué)和宏基因組學(xué)）已廣泛應(yīng)用于衰老研究，從而對衰老相關(guān)的分子變化進(jìn)行大規(guī)模分析。因此，與衰老相關(guān)的有價(jià)值的數(shù)據(jù)量越來越大，需要一個(gè)開放和集成的數(shù)據(jù)庫來支持新的衰老研究領(lǐng)域。
二、偽時(shí)間軌跡，染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)分析揭示Flow-Dependent內(nèi)皮細(xì)胞重新編程
我們的分析明確了3種主要的分化細(xì)胞類型:(1)ec，(2)免疫細(xì)胞(巨噬細(xì)胞，樹突狀細(xì)胞和T細(xì)胞)，以及(3)SMCs和纖維細(xì)胞(圖3A)。此外，在每一細(xì)胞類型走向的軌跡路徑上，還有許多其他細(xì)胞出現(xiàn)，表明它們響應(yīng)d-flow的過渡性去分化狀態(tài)。為了更好地理解軌跡結(jié)果，我們將分析分為四種實(shí)驗(yàn)條件(圖3B)。在s-flow條件下(2D-R和2W-R)，大部分細(xì)胞分化良好，少數(shù)細(xì)胞處于過渡狀態(tài)。相反，d-flow條件誘導(dǎo)許多ec進(jìn)入過渡狀態(tài)，潛在地向smc和纖維轉(zhuǎn)化分化，表明EndMT。令人驚訝的是，我們還發(fā)現(xiàn)許多ec在急性d-flow條件下(2D-L)向免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)移，在慢性d-flow條件下(2W-L)進(jìn)一步增加。 circNDUFB2與IGF2BPs相互作用促進(jìn)泛素/蛋白酶體介導(dǎo)的IGF2BPs降解.
N6-甲基腺苷（m6A）是一種真核mRNA修飾，通過改變mRNA穩(wěn)定性、剪接、運(yùn)輸、定位、翻譯、微RNA（miRNA）處理和RNA-蛋白質(zhì)相互作用來調(diào)節(jié)基因表達(dá)，并改變修飾RNA分子的命運(yùn)。新的證據(jù)表明m6A修飾與**增殖、分化、**發(fā)生、侵襲和轉(zhuǎn)移相關(guān)，并在**發(fā)展中發(fā)揮重要作用。此外，m6A修飾還受許多蛋白質(zhì)編碼基因調(diào)控，非編碼RNA（如miRNAs、lncRNAs）通過相互作用控制切割、定位、運(yùn)輸、穩(wěn)定性和降解以及影響**細(xì)胞的增殖、浸潤和轉(zhuǎn)移等生物過程。***我們來講一篇關(guān)于泛*m6A相互作用的RNA的文章，文章題名為：Comprehensiveanalysesofm6Aregulatorsandinteractivecodingandnon-codingRNAsacross32cancertypes，是南京醫(yī)科大學(xué)實(shí)驗(yàn)團(tuán)隊(duì)發(fā)表在Molecularcancer（IF=27.4）期刊的文章。該文章在泛*環(huán)境中***評估編碼和非編碼RNA的m6A相互作用基因。大部分circSDHC定位于細(xì)胞質(zhì).遼寧標(biāo)書免費(fèi)設(shè)計(jì)
miR-127-3p是一種*****因子可下調(diào)CDKN3/E2F1軸的活性。四川標(biāo)書實(shí)驗(yàn)可參觀
IGF2BP結(jié)合區(qū)域包含“ GGAC” N6-甲基腺苷（m6A）**基序。IGF2BPs是m6A結(jié)合蛋白。為了探索circRNA和IGF2BP之間的相互作用是否通過m6A依賴性的方式進(jìn)行調(diào)節(jié)，對circNDUFB2進(jìn)行了MeRIP，并觀察到circNDUFB2中m6A的顯著富集。敲低METTL3和METTL14顯著降低了circNDUFB2中m6A修飾的水平，并且沒有改變circNDUFB2的水平。METTL3 / 14敲低顯著削弱了circNDUFB2和IGF2BP之間的相互作用。 這些數(shù)據(jù)表明，circNDUFB2以依賴于m6A的方式與三個(gè)IGF2BP物理相互作用。四川標(biāo)書實(shí)驗(yàn)可參觀
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
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7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)