1）NOX4水平在阿爾茨海默病患者皮質(zhì)區(qū)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞中升高
為了探討NOX4在AD患者星形膠質(zhì)細(xì)胞損傷中的作用，我們分析了AD患者大腦皮質(zhì)星形膠質(zhì)細(xì)胞中NOX4蛋白水平是否升高。我們采用免疫熒光染色法檢測AD患者或非AD供者(正常)顳葉皮質(zhì)組織GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中的NOX4蛋白水平(圖1A和B)。免疫熒光染色顯示AD患者皮質(zhì)區(qū)分子層GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中NOX4陽性染色強(qiáng)度相對于非AD供者增加(圖1A)。此外，AD患者皮質(zhì)區(qū)ML中受損的GFAP陽性星形膠質(zhì)細(xì)胞中的NOX4陽性染色強(qiáng)度高于非AD供者(圖1A和B)。值得注意的是，AD患者中NOX4與GFAP亞細(xì)胞共定位陽性的受損星形膠質(zhì)細(xì)胞數(shù)量***增加(圖1C)。與非AD供者相比，每一位AD患者的NOX4水平普遍較高。這些結(jié)果提示，AD患者星形膠質(zhì)細(xì)胞受損時NOX4蛋白水平升高。 可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。過氧化物
2、MAO-A直接調(diào)節(jié)TAM極化并影響TAM相關(guān)的T細(xì)胞抗**活性
為了確定MAO-A是否直接調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞，進(jìn)行一個骨髓（BM）轉(zhuǎn)移實(shí)驗(yàn)，從MaoaWT或KO小鼠中獲得的BM細(xì)胞被連續(xù)轉(zhuǎn)移到BoyJ(CD45.1)WT受體小鼠中，然后該小鼠接受B16-OVA黑色素瘤細(xì)胞接種（圖2a）。在本實(shí)驗(yàn)中，MAO-A缺乏的比較***于免疫細(xì)胞。結(jié)果顯示免疫細(xì)胞中MAO-A缺陷導(dǎo)致**生長抑制（圖2b-c），改變TAM極化（圖2d-f），增強(qiáng)**浸潤C(jī)D8+T細(xì)胞***，表明MAO-A直接調(diào)節(jié)免疫細(xì)胞抗**活性，特別是TAM極化和T細(xì)胞抗**反應(yīng)。 過氧化物促*分泌體通過外泌體傳遞和運(yùn)輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。
6、CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化促進(jìn)CRLM
將弱轉(zhuǎn)移的CRC細(xì)胞系SW480和RKO與miR-934mimics預(yù)處理的THP-1細(xì)胞的CM共培養(yǎng)。結(jié)果顯示，無論是體內(nèi)還是體外，侵襲和轉(zhuǎn)移能力都隨著miR-934mimics外泌體處理而升高，隨著anti-miR-934外泌體處理而下降（Fig.6c–g）。這些結(jié)果表明，CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化可以增強(qiáng)CRC細(xì)胞的侵襲和肝轉(zhuǎn)移能力。
7、CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化，通過***CRC細(xì)胞中的CXCL13/CXCR5軸促進(jìn)CRLM
用HCT-8細(xì)胞來源的外泌體與陰性對照處理或PMA預(yù)處理的THP-1細(xì)胞孵育，分析趨化因子水平。如Fig.7a所示，CXCL13、IL-10和CCL22的表達(dá)水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其他趨化因子的水平。然后，PMA-pretreatedTHP-1細(xì)胞轉(zhuǎn)染miR-934mimics或NC，ELISA表明CXCL13的表達(dá)***增加(大約10倍)而CCL22和IL-10(二至三倍)，這表明CXCL13可能在CRLM的進(jìn)展扮演了一個重要的角色（Fig.7b）。此外，結(jié)果顯示，過表達(dá)miR-934或下調(diào)miR-934可部分增強(qiáng)或減弱HT29/HCT8細(xì)胞來源外泌體對M2巨噬細(xì)胞分泌CXCL13的增強(qiáng)作用（Fig.7c）。
作者進(jìn)行了PAR-CLIP實(shí)驗(yàn)，以評估SLC7A11 mRNA-YTHDC2相互作用是否依賴于m6A甲基化。結(jié)果表明，在H1299細(xì)胞中，通過過表達(dá)METTL3來提高m6A的甲基化水平，促進(jìn)YTHDC2與SLC7A11 mRNA的結(jié)合(圖6D)。無論METTL3是否過表達(dá)，YTH結(jié)構(gòu)域的缺失都阻斷了SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用(圖6D)。作者通過SLC7A11 3’-UTR探針進(jìn)行RNA-pull down實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)YTHDC2WT，優(yōu)先結(jié)合于含有m6A的SLC7A11 mRNA的3'UTR，而不是含有未甲基化腺苷的mRNA(圖6E)。此外，YTHDC2傾向于結(jié)合m6A共識基元GGAC (圖6E)。通過在H1299和H1975細(xì)胞中進(jìn)行METTL3的功能增加和丟失實(shí)驗(yàn)，發(fā)現(xiàn)細(xì)胞內(nèi)SLC7A11 mRNA-YTHDC2的相互作用是由m6A水平?jīng)Q定的(圖6F和G)。這些數(shù)據(jù)表明YTHDC2優(yōu)先與m6A甲基化的SLC7A11 mRNA結(jié)合。使用motif和CHIP-seq預(yù)測影響基因簇表達(dá)的轉(zhuǎn)錄因子。
二、偽時間軌跡，染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)分析揭示Flow-Dependent內(nèi)皮細(xì)胞重新編程
我們的分析明確了3種主要的分化細(xì)胞類型:(1)ec，(2)免疫細(xì)胞(巨噬細(xì)胞，樹突狀細(xì)胞和T細(xì)胞)，以及(3)SMCs和纖維細(xì)胞(圖3A)。此外，在每一細(xì)胞類型走向的軌跡路徑上，還有許多其他細(xì)胞出現(xiàn)，表明它們響應(yīng)d-flow的過渡性去分化狀態(tài)。為了更好地理解軌跡結(jié)果，我們將分析分為四種實(shí)驗(yàn)條件(圖3B)。在s-flow條件下(2D-R和2W-R)，大部分細(xì)胞分化良好，少數(shù)細(xì)胞處于過渡狀態(tài)。相反，d-flow條件誘導(dǎo)許多ec進(jìn)入過渡狀態(tài)，潛在地向smc和纖維轉(zhuǎn)化分化，表明EndMT。令人驚訝的是，我們還發(fā)現(xiàn)許多ec在急性d-flow條件下(2D-L)向免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)移，在慢性d-flow條件下(2W-L)進(jìn)一步增加。 進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對基因毒性損傷的反應(yīng)。過氧化物
caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細(xì)胞的標(biāo)志物。過氧化物
對snATAC-seq數(shù)據(jù)集使用97%置信閾值對細(xì)胞類型分配進(jìn)行過濾，以去除異型雙重體。通過標(biāo)簽轉(zhuǎn)移獲得的snATAC-seq細(xì)胞類型預(yù)測(圖1d)與無監(jiān)督簇的編輯注釋(圖1e, f)的比較表明，所有主要的細(xì)胞類型都存在于這兩個數(shù)據(jù)集中，并且在檢測和分配細(xì)胞身份方面，snATAC-seq與snRNA-seq具有可比性(補(bǔ)充圖3)。使用基于基因活性的細(xì)胞類型分配進(jìn)行下游分析，這是通過對snatc -seq數(shù)據(jù)集的無監(jiān)督聚類獲得的。有趣的是，snATAC-seq能夠檢測到近端小管簇內(nèi)的兩個亞群，這可能**近端曲小管(圖1e, PCT)和近端直小管(圖1e, PST)。PCT顯示編碼SGLT2的SLC5A2具有更強(qiáng)的染色質(zhì)可及性;而PST在編碼SGLT1的SLC5A1(圖1f，補(bǔ)充圖4)中表現(xiàn)出更強(qiáng)的可達(dá)性。SGLT2在近端小管S1和S2段重新吸收葡萄糖，SGLT1位于S3。過氧化物
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