我們觀察到簇1、簇2和簇4的可達(dá)性比較高，并逐漸向兩個(gè)分枝的頂端遞減。接下來，研究者使用chromVAR計(jì)算不同簇中可及性TF序列基序，沿著軌跡推斷確定的兩個(gè)分支，可觀察到譜系特異性造血TF基序的可及性的動(dòng)態(tài)變化（如GATA1、TAL1、KLF1、HTF4、ID4、IRF8和TFE2），其中GATA1是紅系細(xì)胞、巨核細(xì)胞和肥大細(xì)胞分化的重要調(diào)節(jié)因子，且*在scRNA-seq數(shù)據(jù)集中的MEMP簇中表達(dá)；TAL1有兩種不同的結(jié)合基序，在胎兒造血過程中，這兩種基序在不同的造血祖細(xì)胞中均具有活性；CEBPD和IRF8的活性對(duì)髓系和樹突狀細(xì)胞的分化至關(guān)重要；ID4和HTF4參與淋巴系的建立；這與scRNA-seq數(shù)據(jù)中的觀察結(jié)果一致（圖3F 3H）。ATM對(duì)PTEN的磷酸化驅(qū)動(dòng)細(xì)胞周期進(jìn)程。云南課題分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
6、CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化促進(jìn)CRLM
將弱轉(zhuǎn)移的CRC細(xì)胞系SW480和RKO與miR-934mimics預(yù)處理的THP-1細(xì)胞的CM共培養(yǎng)。結(jié)果顯示，無論是體內(nèi)還是體外，侵襲和轉(zhuǎn)移能力都隨著miR-934mimics外泌體處理而升高，隨著anti-miR-934外泌體處理而下降（Fig.6c–g）。這些結(jié)果表明，CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化可以增強(qiáng)CRC細(xì)胞的侵襲和肝轉(zhuǎn)移能力。
7、CRC細(xì)胞來源的外泌體miR-934誘導(dǎo)M2巨噬細(xì)胞極化，通過***CRC細(xì)胞中的CXCL13/CXCR5軸促進(jìn)CRLM
用HCT-8細(xì)胞來源的外泌體與陰性對(duì)照處理或PMA預(yù)處理的THP-1細(xì)胞孵育，分析趨化因子水平。如Fig.7a所示，CXCL13、IL-10和CCL22的表達(dá)水平遠(yuǎn)遠(yuǎn)高于其他趨化因子的水平。然后，PMA-pretreatedTHP-1細(xì)胞轉(zhuǎn)染miR-934mimics或NC，ELISA表明CXCL13的表達(dá)***增加(大約10倍)而CCL22和IL-10(二至三倍)，這表明CXCL13可能在CRLM的進(jìn)展扮演了一個(gè)重要的角色（Fig.7b）。此外，結(jié)果顯示，過表達(dá)miR-934或下調(diào)miR-934可部分增強(qiáng)或減弱HT29/HCT8細(xì)胞來源外泌體對(duì)M2巨噬細(xì)胞分泌CXCL13的增強(qiáng)作用（Fig.7c）。 寧夏課題詢問報(bào)價(jià)有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于無肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者。
五、SIM2對(duì)ar介導(dǎo)的基因表達(dá)有***影響
利用RNAseq研究SIM2沉默后SIM2對(duì)基因表達(dá)的影響。沉默SIM2使dht調(diào)控的基因數(shù)量增加了一倍多，2394個(gè)基因受到雄***調(diào)控，而只有180個(gè)基因受到雄***調(diào)控(圖8a, b)。此外，沉默SIM2導(dǎo)致6867個(gè)deg，其中2937個(gè)deg受到雄***調(diào)控(圖8c, d, Supplementary Fig. S19f)。SIM2沉默也減輕了雄***對(duì)AR表達(dá)的抑制(補(bǔ)充圖S20)。根據(jù)RT-qPCR的評(píng)估，ARNT沉默實(shí)質(zhì)上再現(xiàn)了SIM2對(duì)選定AR靶基因和DEGs的影響(補(bǔ)充圖S21a, b)。對(duì)雄***調(diào)節(jié)基因集的meta分析顯示，通過SIM2沉默，幾種途徑***富集。A_up/ siSIM2_up基因組和A_up/siSIM2_dn基因組中富集的**上面的通路分別是膜運(yùn)輸和細(xì)胞對(duì)外界刺激的反應(yīng)(圖8e）。
8.過表達(dá)Caspase-11加重MCD誘導(dǎo)的小鼠肝脂肪變性
由于缺乏Caspase-11減弱MCD誘導(dǎo)的肝脂肪變性，我們檢測肝臟中Caspase-11過表達(dá)對(duì)MCD誘導(dǎo)的肝脂肪變性的影響。我們在Alb-Cre小鼠肝細(xì)胞中過表達(dá)Caspase-11(圖8A)。正常情況下，對(duì)照組和過表達(dá)Caspase11的小鼠肝臟組織學(xué)形態(tài)正常。MCD處理導(dǎo)致對(duì)照和過表達(dá)Caspase11的小鼠肝臟出現(xiàn)明顯的脂質(zhì)積聚(空泡)。此外，過表達(dá)caspase-11的小鼠肝臟中的空泡比對(duì)照小鼠肝臟中的大且多(圖8B)。相應(yīng)的，與MCD處理的對(duì)照組相比，過表達(dá)Caspase-11的小鼠脂肪變性評(píng)分(圖8C)和膨脹評(píng)分(圖8D)***升高。類似地，與對(duì)照組小鼠相比，MCD處理的caspase-11過表達(dá)的的小鼠血清中ALT(圖8E)、AST(圖8F)和肝臟甘油三酯(圖8G)升高。 caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細(xì)胞的標(biāo)志物。
3.構(gòu)建微生物群共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)并進(jìn)行聚類分析
使用SparCC算法構(gòu)建差異ASV共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)。
分析并比較了腺瘤和對(duì)照組中生物標(biāo)志物的模式，將它們進(jìn)一步組裝成具有不同分類學(xué)組成的四個(gè)簇。這些簇與患者的年齡，性別和BMI等特征沒有緊密聯(lián)系。此外，還探討了CRC患者腸道菌群在24種生物標(biāo)記物組中的共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)，并產(chǎn)生了三個(gè)簇。聚類1的細(xì)小螺旋藻科物種被分配的ASV**少，而聚類2在分類學(xué)上是異質(zhì)的，在CRC個(gè)體中患病率較高。
4.結(jié)腸*、腺瘤分類模型的驗(yàn)證
結(jié)果表明，微生物來源的生物標(biāo)志物組在檢測大腸腺瘤方面優(yōu)于FIT，并且它們的組合可以提高非侵入性腺瘤診斷的準(zhǔn)確性。
5.在**隊(duì)列中驗(yàn)證結(jié)直腸腺瘤標(biāo)志物
本研究納入了另外兩個(gè)來自美國（驗(yàn)證組1）和中國（驗(yàn)證組2）的**隊(duì)列。驗(yàn)證隊(duì)列1由70名對(duì)照和102例腺瘤患者組成，而驗(yàn)證隊(duì)列2中有57例腺瘤患者和52例CRC患者。 Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。新疆課題創(chuàng)新服務(wù)
高通量分子實(shí)驗(yàn)的后續(xù)標(biāo)書申請(qǐng)指導(dǎo)服務(wù)。云南課題分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
環(huán)狀RNA（circRNA）是動(dòng)植物中一類豐富且保守的RNA。**近的研究表明，circRNA可以通過充當(dāng)非編碼RNA或編碼RNA發(fā)揮多種生物學(xué)作用。體外合成的circRNA可以不依賴于帽的方式進(jìn)行翻譯。但鑒定circRNA編碼的蛋白質(zhì)是困難的，主要是因?yàn)閏ircRNA序列及其宿主基因的同源線性mRNA具有較大的重疊。近期NucleicAcidsResearch雜志在線發(fā)表了題名為：TransCirc:aninteractivedatabasefortranslatablecircularRNAsbasedonmulti-omicsevidence的文章，該文章主要講述了circRNA翻譯預(yù)測和分析的數(shù)據(jù)庫——TransCirc。云南課題分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)