miR-335-5p通過靶向RASA1促進(jìn)CRC細(xì)胞的遷移和侵襲
作者使用TargetScan、miRDB和miRTarBasemiR-335-5p三種生物信息學(xué)算法預(yù)測潛在的靶基因。從TCGA下載的數(shù)據(jù)分析表明，RASA1的表達(dá)與CRC患者的miR-335-5p水平顯著相關(guān)。通過生物信息學(xué)分析確定的RASA13'UTR中的假定的miR-335-5p靶位點。使用野生型(WT)RASA13'UTR在SW480細(xì)胞中進(jìn)行的熒光素酶報告實驗，結(jié)果表明轉(zhuǎn)染miR-335-5p模擬物后熒光素酶活性顯著降低。相比之下，突變(mut)RASA1序列的報告基因的熒光素酶活性不受miR-335-5p的影響，表明miR-335-5p直接靶向RASA13'UTR的特定區(qū)域。為了確定miR-335-5p對RASA1的影響，使用Lipofectamine3000將miR-335-5p模擬物瞬時轉(zhuǎn)染到SW480和SW620細(xì)胞中。用定量逆轉(zhuǎn)錄酶PCR(qRT-PCR)和蛋白質(zhì)印跡進(jìn)行評估表明mRNARASA1和蛋白質(zhì)水平在模擬轉(zhuǎn)染細(xì)胞中顯著下調(diào)。此外，miR-335-5p轉(zhuǎn)染增加了Ras蛋白的表達(dá)。miR-335-5p的上調(diào)可能伴隨著EMT***，如SW480和SW620細(xì)胞中波形蛋白表達(dá)增加和E-鈣粘蛋白表達(dá)降低所證明的。此外，miR-335-5p水平升高顯著促進(jìn)遷移和侵襲，而用miR-335-5p抑制劑抑制miR-335-5p顯著抑制CRC細(xì)胞的遷移和侵襲。 上海英拜生物的動物建模實驗。北京運(yùn)動誘發(fā)定位科研
自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進(jìn)行運(yùn)輸、溶解。研究表明，自噬異常會影響疾病進(jìn)程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會增強(qiáng)*細(xì)胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進(jìn)而影響疾病進(jìn)程。
1.構(gòu)建LIR預(yù)測模型pLAM
收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應(yīng)蛋白,確定了LIR的序列信息。
驗證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預(yù)測，并對預(yù)測到的LIR基序?qū)?yīng)的基因進(jìn)行GO、Pathway富集分析。
2.LIR基序突變預(yù)測
收集TCGA、ICGC和COSMIC數(shù)據(jù)庫突變數(shù)據(jù)并進(jìn)行整合，獲得2,963,952個獨特的SNV。提取其中LIR基序的突變信息。分析發(fā)現(xiàn)STBD1蛋白，參與糖原代謝，在之前尚未報道過與**自噬有關(guān)。 遼寧上皮間充質(zhì)轉(zhuǎn)化科研促進(jìn)胰腺*的生長和轉(zhuǎn)移。
現(xiàn)今研究表明tRNA-derived small noncoding RNAs（sncRNAs）主要分為兩類：tRNA halves (tiRNAs)和fragments (tRFs)。前者在人類實體**中的的生物學(xué)功能吸引了越來越多的關(guān)注，但是其在**發(fā)生中的生物學(xué)機(jī)制仍知之甚少。tiRNAs和剪切相關(guān)蛋白之間的相關(guān)作用更是為未可知。本研究***發(fā)現(xiàn)一個5’-tRNA halves，即tiRNA-Gly通過與RBM17結(jié)合誘導(dǎo)可變剪切進(jìn)而促進(jìn)**狀甲狀腺*（PTC）的增殖和遷移。本文于2021年7月發(fā)表在影響因子7.068的《Journal of Experimental and Clinical Cancer Research》期刊上.
6.分析hubgene與臨床免疫指標(biāo)的相關(guān)性根據(jù)cBioPortal數(shù)據(jù)庫、TIMER數(shù)據(jù)庫對上述6基因進(jìn)行進(jìn)一步分析，并且計算了與CD8+T細(xì)胞浸潤水平的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)METTL8，HSPB3和ERLIN2）浸潤水平之間的***相關(guān)。
7.鑒定預(yù)后標(biāo)志物通過基于GENT2數(shù)據(jù)庫的Meta生存分析，分析了METTL8，HSPB3和ERLIN2。結(jié)果表明，METTTL8和HSPB3的有較大的預(yù)后價值。使用Kaplan–Meier檢測了METTL8，HSPB3和ERLIN2的預(yù)后價值，結(jié)果表明METTL8和ERLIN2與負(fù)面預(yù)后***相關(guān)。接下來，選擇METTL8作為預(yù)后的生物標(biāo)志物，以進(jìn)行進(jìn)一步的分析。
8.預(yù)后標(biāo)志物METTL8基因富集分析根據(jù)METTL8表達(dá)水平的中位數(shù)，將基于TCGA數(shù)據(jù)庫的LSCC表達(dá)圖譜分為高水平組和低水平組以進(jìn)行GSEA分析。
9.預(yù)后標(biāo)志物METTL8的功能驗證在細(xì)胞中進(jìn)行METTL8的敲低，結(jié)果表明METTL8的敲低可能抑制細(xì)胞凋亡、增殖能力，影響細(xì)胞周期。
在小鼠異種移植成瘤實驗中，進(jìn)行METTL8的干擾，結(jié)果表明METTL8的敲低抑制**生長，一直細(xì)胞增殖和周期。
在正常肺組織與LSCC組織中檢測相關(guān)指標(biāo)表達(dá)情況，與正常組織相比，LUSC組織中METTL8***高表達(dá)，CD8***低表達(dá)。
綜上， METTL8在LSCC**的免疫浸潤中起關(guān)鍵作用。 大黃酸導(dǎo)致嘌呤代謝正?；湍c道尿酸水平的降低。
盡管轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在過去幾十年中發(fā)展迅速，但由于芯片和RNA-seq之間固有的可變性差異，對混合數(shù)據(jù)的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了Rank-In來糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng)，從而能夠自由混合數(shù)據(jù)以進(jìn)行整合分析。網(wǎng)站首頁如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該網(wǎng)頁**終會給出調(diào)整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結(jié)果圖。
第一步：上傳表達(dá)文件
表達(dá)文件格式如下，需上傳***行為樣本名、***列為基因名的表達(dá)矩陣
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表達(dá)量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數(shù)據(jù)使用基因表達(dá)強(qiáng)度；如果下載GEO數(shù)據(jù)，需要對探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達(dá)文件。
第二步：上傳分組文件
分組文件***列文樣本名，第二列為分組?！?”表示來自正常組織的樣本，“2”表示**亞型1的樣本，“3”表示**亞型2的樣本，依此類推 英拜注重客戶的隱私。細(xì)胞凋亡基因芯片科研國家自然科學(xué)基金
血清或尿液中尿酸濃度的升高與痛風(fēng)腎臟和血管疾病密切相關(guān)。北京運(yùn)動誘發(fā)定位科研
單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)可以在單細(xì)胞水平下研究復(fù)雜的多細(xì)胞生物的轉(zhuǎn)錄組譜。這為科學(xué)家提供了一種研究表達(dá)模式中細(xì)胞異質(zhì)性的新工具，尤其是疾病細(xì)胞的異質(zhì)性。更重要的是，scRNA-seq的快速發(fā)展帶來了在疾病微環(huán)境中探索細(xì)胞亞群的見識，這有助于研究疾病的發(fā)***展，耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病例對照研究中差異表達(dá)基因的識別以及細(xì)胞亞群之間差異的識別。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=11.502），題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個人工收集的數(shù)據(jù)庫，能為研究者提供各種疾病的各種細(xì)胞類型準(zhǔn)確的基因表達(dá)譜資源。該網(wǎng)站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻(xiàn)，并開發(fā)了SC2disease數(shù)據(jù)庫，通過疾病、組織和細(xì)胞類型整理數(shù)據(jù)。SC2disease包含946481條數(shù)據(jù)，對應(yīng)341種細(xì)胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數(shù)據(jù)庫中的每個條目都包含不同細(xì)胞類型、組織和疾病相關(guān)健康狀況之間差異表達(dá)基因的比較。 北京運(yùn)動誘發(fā)定位科研
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