3.YTHDC2抑制LUAD的胱氨酸攝取和下游抗氧化程序
為了研究YTHDC2對代謝物的影響，作者對YTHDC2低表達和高表達的LUAD標本(分別稱為YTHDC2low和YTHDC2high)進行代謝組學分析(n=20/組)。如圖3A顯示，GSH代謝在KEGG通路中排名前20。在***改變的代謝產物中，與YTHDC2high的**相比，YTHDC2low的**中胱氨酸含量增加了3.975倍(圖3B)。此外，在cohort#1(n=100)中，YTHDC2和胞內胱氨酸呈負相關(圖3C)。這些數(shù)據表明YTHDC2減少了細胞內的胱氨酸。 上海英拜生物提供可靠可信可參觀的實驗平臺。深圳功能恢復科研
二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進展和轉移
YTHDF1在不同胃*細胞株中的蛋白表達水平，遠高于正常胃腺細胞GES-1。為了進一步探討YTHDF1在胃*中的作用，采用了胃*細胞系、細胞系來源的異種移植(CDX)和PDX模型(圖2A)。首先，通過產生兩種穩(wěn)定的shRNA表達人胃*細胞株MGC-803和HGC-27，研究了YTHDF1的抑制作用，這兩種細胞株在所有被檢測的胃*細胞株中YTHDF1的表達相對較高(補充圖S2B)。YTHDF1基因敲除確實降低了胃*細胞的增殖(圖2B)。此外，在MGC-803和HGC-27細胞中YTHDF1敲除降低細胞的遷移和侵襲能力(圖2C)。隨后通過皮下注射YTHDF1敲除的MGC-803細胞到免疫缺陷裸鼠，研究YTHDF1的抑制是否會影響體內胃*的發(fā)生。 胃腸道消化科研國家自然科學基金**近科研技術的開發(fā)。
2）下調MIR210HG可抑制子宮內膜*細胞的增殖、遷移和侵襲
我們研究了MIR210HG在子宮內膜*細胞中的生物學功能。我們發(fā)現(xiàn)MIR210HG的下調有效地降低了Ishikawa和HEC-1A細胞的增殖(圖2A和2B)。采用創(chuàng)面愈合實驗和Transwell實驗研究MIR210HG對**遷移和侵襲的影響。與sh陰性對照組(NC)相比，轉染sh-MIR210HG的細胞遷移和侵襲減少(圖2C和2D)。流式細胞術分析細胞周期分布(圖2E)。以上結果提示MIR210HG在子宮內膜*中起致*基因的作用。
3）MIR210HG可能參與了由lncRNA-miRNA-mRNA調控網絡介導的子宮內膜惡性生物學行為
利用TCGA數(shù)據集對子宮內膜*樣本進行基因**富集分析，探索MIR210HG參與調控子宮內膜*的生物學通路。MIR210HG的表達與TGF-b和Wnt通路***相關，而Smad3基因在這些關聯(lián)中發(fā)揮了重要作用(圖3A)。搜索工具STRING的分析也顯示SMAD3和HMGA2是強相關的(圖3B)。我們探究HMGA2是否為MIR210HG的下游基因，發(fā)現(xiàn)MIR210HG下調后HMGA2蛋白表達水平降低。相反，當MIR210HG高表達時，HMGA2的表達***增加(圖3C)。這表明MIR210HG可能通過上調HMGA2的表達來促進子宮內膜*細胞的惡性生物學行為。
由于MLL1在HoxBlinc過表達介導的異常造血過程中至關重要，HSPC中HoxBlinc過表達可能通過增加MLL1募集來***其靶基因，從而提高H3K4me3占用率，以促進增強子/啟動子染色質的可及性。為了證實這一點，使用WT和HoxBlincTg LSK細胞進行了MLL1和H3K4me3 ChIP-seq。ChIP-seq和CHIRP-seq聯(lián)合分析顯示HoxBlinc和MLL1的基因組結合位點存在高度重疊（圖6e-g）。令人驚訝的是，51.2%的基因HoxBlinc結合增加顯示MLL1招募增加，其中大部分(31.7%)也顯示H3K4me3占用增加，包括NPM1c+-標記基因，如前HoxB、后HoxA、Meis1和Runx1，以及其他造血基因，如Stat1和Cdr2（圖6e-g）。這些數(shù)據表明，HoxBlinc過表達通過增加MLL1的募集和隨后H3K4me3占用的增強來介導靶基因的表達。
總之，本文發(fā)現(xiàn)HOXBLINC過表達是驅動白血病發(fā)生的關鍵事件，通過控制MLL1招募、染色質結構域和啟動子的順式和反式表達，建立異常NPM1c+標記基因表達程序。因此，本研究不僅為HSC和NPM1突變的AML的生物學提供了分子視角，而且還為NPM1c+ AML的藥物靶點識別創(chuàng)造了獨特的機會。 乳酸菌是益生菌在嘌呤代謝中發(fā)揮關鍵作用。
SIM2是否也影響AR與染色質的結合，我們在SIM2沉默后進行AR ChIP-seq。如圖7所示，受體與大多數(shù)arb的結合沒有改變。然而,SIM2沉默影響2265 ARBs藥物通過降低和增加染色質占用大約相同數(shù)量的地點(圖7 a、b)。當反映這些siSIM2-affected染色質易訪問性的變化,有趣的是,減少可訪問性是在690年siSIM2-DN ARBs藥物(圖7 c、e、f),而在siSIM2-UP arb中，染色質可及性的變化不明顯(圖7c)。其余的(1744)siSIM2位點在AR結合方面沒有變化。大多數(shù)由SIM2沉默改變的arb并不與FOXA1缺失改變的arb重疊，這得到了基元分析的支持，表明FOXA1基元在siSIM2-DN arb上的富集少于在AR結合沒有變化的位點上的富集(圖7d）。思路是您的操作我們來做。收縮壓科研實驗外包
FOXO3A誘導的LINC00926限制乳腺瘤細胞的生長和轉移。深圳功能恢復科研
耗盡的**內T細胞會經歷嚴重的缺氧
雖然缺氧在**中很常見，但尚不清楚**內T細胞亞群是否比其他T細胞更容易缺氧。我們首先在8-10 mm(第14天)B16黑色素瘤中沿著衰竭譜對CD8+**浸潤淋巴細胞(TILs)進行表型分析(擴展數(shù)據圖1a)。**終衰竭的T細胞被定義為高水平和持續(xù)表達PD-1和共表達Tim-3(圖1a)，具有高的LAG3和Tox表達，低的TCF1表達，通過將gp100特異的Pmel-1 T細胞轉移到攜帶b16的小鼠中，一旦它們達到**終衰竭，就會重新刺激它們，從而測定抗原特異性反應(擴展數(shù)據圖1b)。與LN-resident Pmel-1 T細胞相比，gp100-restimulated T細胞的多功能性要少得多(圖1f)。在處死B16**小鼠之前，將其注入一種缺氧示蹤劑吡莫硝唑，使用抗吡莫硝唑和抗hif1 α抗體，發(fā)現(xiàn)與其他亞群相比，**終耗盡的T細胞缺氧程度比較高(圖1g,h)。因此，缺氧是**代謝景觀的主要代謝組成部分，與其他亞群相比，**終衰竭的T細胞會經歷更高的缺氧。 深圳功能恢復科研
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7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗