外泌體circ_0072083的分泌依賴(lài)于TMZ抗性神經(jīng)膠質(zhì)瘤細(xì)胞中的Warburg效應(yīng)
為了探索circ_0072083是否通過(guò)外泌體攜帶，從TMZ抗性和敏感細(xì)胞的培養(yǎng)基中分離外泌體。外泌體通過(guò)TEM 確認(rèn)。大小主要在 100-200 nm，抗性細(xì)胞比敏感細(xì)胞具有更高濃度的外泌體。外泌體還通過(guò)特定標(biāo)記物（CD63、CD81 和 TSG101）鑒定。此外，與 U251 和 U87 細(xì)胞相比，U251/TR 和 U87/TR 細(xì)胞中的外泌體 circ_0072083 水平明顯升高。此外，在抗性細(xì)胞中發(fā)現(xiàn)了比敏感細(xì)胞更高的 Warburg 效應(yīng)，這通過(guò)乳酸產(chǎn)生、葡萄糖攝取和關(guān)鍵酶（GLUT1、LDHA 和 PKM2）水平的增加來(lái)揭示。 m6A表達(dá)水平較高的**患者淋巴轉(zhuǎn)移***增加。成都血清/血漿芯片科研
進(jìn)一步使用E8聚類(lèi)分析顯示，這些暴露于慢性d-flow的ec向免疫細(xì)胞樣類(lèi)型(EndICLT)轉(zhuǎn)變，但沒(méi)有達(dá)到完全分化的免疫細(xì)胞狀態(tài)(圖3C和S3)。圖3D顯示了EC簇中EndMT、Tagln、Acta2、Cnn1和Snai1的四個(gè)標(biāo)記物，分別**了s流(E2)、急性d流(E6)和慢性d流(E8)染色質(zhì)可及性的變化。與s-流(E2)和急性d-流(E6)相比，慢性d-流在E8的啟動(dòng)子區(qū)域(箭頭)增加了這些基因的可及性。從scRNA-seq數(shù)據(jù)的小提琴圖中可以看出，E8中相應(yīng)基因的表達(dá)量增加，進(jìn)一步證實(shí)了這一結(jié)果(圖3E)。
如圖4所示，與LS相比，慢性O(shè)S降低了KLF2和KLF4的表達(dá)，同時(shí)誘導(dǎo)了EndMT標(biāo)記物(SNAI1和TAGLN)。重要的是，慢性O(shè)S誘導(dǎo)了兩個(gè)巨噬細(xì)胞標(biāo)記基因(C1QC和C5AR1)的表達(dá)，直接證明了OS可以在體外誘導(dǎo)EndICLT。此外，我們利用小鼠PCL模型進(jìn)行了一項(xiàng)en - face共免疫染色研究，以確定體內(nèi)CDH5+ ECs中是否表達(dá)巨噬細(xì)胞標(biāo)記蛋白。如圖4A-4D所示，C1QA和LYZ在LCA ECs中明顯被誘導(dǎo)，而在rca中沒(méi)有，這為血流誘導(dǎo)的eniclt提供了更有力的證據(jù)。我們分析了由基因本體結(jié)果確定的d-flow條件***的致***通路(圖2E)。 遼寧轉(zhuǎn)錄組科研大黃酸處理改變腸道菌群組成。
六、多組學(xué)方法分析表征近端小管細(xì)胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉(zhuǎn)變過(guò)程中染色質(zhì)可及性的變化。VCAM1和TPM1轉(zhuǎn)錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動(dòng)子區(qū)域染色質(zhì)可及性增加相關(guān)(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉(zhuǎn)錄降低(圖6c)與染色質(zhì)可及性降低相關(guān)(圖6c，補(bǔ)充圖15)。通過(guò)評(píng)估chromVAR轉(zhuǎn)錄因子的活性，我們發(fā)現(xiàn)了可能調(diào)節(jié)近端小管和PT_VCAM1之間過(guò)渡的轉(zhuǎn)錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強(qiáng)大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們?cè)赑T_VCAM1細(xì)胞核中驗(yàn)證了減少的HNF4A蛋白表達(dá)(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個(gè)約60kb的開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域，該區(qū)域包含一個(gè)與VCAM1啟動(dòng)子相互作用的RELA基序(通過(guò)ciscoaccessibilitynetwork)。實(shí)際上，ChIP-qPCR擴(kuò)增了該位點(diǎn)，使其能夠與RELA結(jié)合(圖6f，補(bǔ)充圖17b)，為該細(xì)胞類(lèi)型中RELA調(diào)控VCAM1表達(dá)提供了實(shí)驗(yàn)證據(jù)。
與對(duì)照組相比，來(lái)自轉(zhuǎn)染miR101/miR-423模擬物的THP-1細(xì)胞上清液的外泌體***抑制Daoy細(xì)胞的增殖能力。我們用轉(zhuǎn)染miR-101-3p/miR-423-5p的THP-1單核細(xì)胞培養(yǎng)上清液進(jìn)一步培養(yǎng)Daoy細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)Daoy細(xì)胞的增殖能力受到***抑制，而在含GW4869的培養(yǎng)基中培養(yǎng)后則無(wú)明顯變化。這些結(jié)果表明，對(duì)細(xì)胞增殖的影響至少部分歸因于外泌體的存在，并且GW4869處理可部分逆轉(zhuǎn)這些影響。與THP-1細(xì)胞類(lèi)似，我們發(fā)現(xiàn)HMO6細(xì)胞也能分泌含有miR-101-3p和miR-423-5p的外泌體， MB組織中存在CD68+細(xì)胞。***，我們從MB患者和健康對(duì)照者的外周血中分離CD14單核細(xì)胞。與對(duì)照組相比，在MB患者來(lái)源的CD14單核細(xì)胞培養(yǎng)上清中，外體miR-101-3p和miR-423-5p的表達(dá)更高?？傊?，這些結(jié)果表明MB患者的單核細(xì)胞-巨噬細(xì)胞分泌含有miR-101-3p和miR-423-5p的外泌體，這些外泌體可以轉(zhuǎn)移到MB細(xì)胞。英拜有一支高精尖的團(tuán)隊(duì)。
5）過(guò)表達(dá)miR-337-3p和miR-137抑制子宮內(nèi)膜*細(xì)胞的惡性生物學(xué)行為
為了研究miR-337-3p和miR-137在子宮內(nèi)膜*生物學(xué)行為中的可能作用，我們分別用agomir-337-3p/137和antagomir-3373p/137轉(zhuǎn)染Ishikawa和HEC-1A細(xì)胞。使用CCK-8和EdU檢測(cè)細(xì)胞增殖(圖5A和5B)。傷口愈合和Transwell檢測(cè)分別用于評(píng)估細(xì)胞遷移和侵襲。過(guò)表達(dá)miR-33373p和miR-137降低了Ishikawa和HEC-1A細(xì)胞的遷移和侵襲能力(圖5C和5D)。流式細(xì)胞術(shù)檢測(cè)并分析細(xì)胞周期分布(圖5E)。以上實(shí)驗(yàn)結(jié)果證實(shí)，與miR-NC組相比，miR-337-3p和miR-137過(guò)表達(dá)***抑制了細(xì)胞的增殖、侵襲和遷移。 大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。浙江代謝組學(xué)科研
英拜提供一年三節(jié)的購(gòu)物卡津貼。成都血清/血漿芯片科研
為了驗(yàn)證tRFs&tiRNA-Seq數(shù)據(jù)，作者檢測(cè)了91對(duì)PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達(dá)，其中，tiRNA-Gly在人類(lèi)PTC組織中的表達(dá)水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達(dá)***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達(dá)在*和*旁中無(wú)***差異（圖1H）?？傊瑃iRNA-Gly可能在PTC的進(jìn)展中起致*作用。
在小鼠模型中，tiRNA-Gly調(diào)節(jié)PTC細(xì)胞的增殖和遷移，并影響**生長(zhǎng)
首先檢測(cè)了tiRNA-Gly在3株P(guān)TC細(xì)胞系中的表達(dá)，如圖2A所示，K1細(xì)胞系中tiRNA-Gly的表達(dá)***低于BCPAP和TPC-1細(xì)胞系。因此，對(duì)于功能獲得性實(shí)驗(yàn)，合成帶有5’磷酸末端的tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染至K1細(xì)胞系（圖2B）。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與對(duì)照組相比，tiRNA-Gly***促進(jìn)K1細(xì)胞的增殖和遷移（圖2C-D）。對(duì)于功能缺失實(shí)驗(yàn)，在BCPAP和TPC-1細(xì)胞系中轉(zhuǎn)染siRNA干擾tiRNA-Gly的表達(dá)，結(jié)果顯示細(xì)胞的增殖和遷移都***下降（圖2E-G）。體內(nèi)實(shí)驗(yàn)得出了類(lèi)似的結(jié)果，干擾tiRNA-Gly表達(dá)導(dǎo)致**體積減小，Ki67表達(dá)下降?？傊?，體內(nèi)體外實(shí)驗(yàn)都表明tiRNA-Gly是PTC的惡性因子。 成都血清/血漿芯片科研
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7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)