生物學(xué)科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

來(lái)源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-11

NPC-EVs通過(guò)轉(zhuǎn)染miR-144增強(qiáng)體外和體內(nèi)HUVECs的血管樣管形成

我們?cè)u(píng)估NPC-EVs來(lái)源的miR-144對(duì)HUVECs血管樣管結(jié)構(gòu)的影響,以闡明**分泌的miR-144在血管生成中的作用。基于基質(zhì)膠的體外血管生成實(shí)驗(yàn)(圖4A)表明,miR-144模擬物處理的鼻咽*細(xì)胞EVs***促進(jìn)了體外HUVECs的血管樣管形成,這與miR-144抑制劑處理的鼻咽*細(xì)胞EVs的結(jié)果形成了鮮明對(duì)比。接下來(lái),為了進(jìn)一步證明NPC-EVs來(lái)源的miR-144的促血管生成活性,我們?cè)诼闶笾羞M(jìn)行了體內(nèi)Matrigel實(shí)驗(yàn),以鑒定移植凝膠栓中新形成的血管(圖4B和4C)。我們發(fā)現(xiàn),來(lái)自miR-144模擬處理的鼻咽*細(xì)胞的EVs增強(qiáng)了凝膠塞中新形成的增強(qiáng)血管,而來(lái)自miR-144抑制劑處理的鼻咽*細(xì)胞的EVs則降低了血管,這與體外基質(zhì)凝膠血管生成實(shí)驗(yàn)的結(jié)果一致?;谏鲜鼋Y(jié)果,NPC-EVs來(lái)源的miR-144增強(qiáng)了體外和體內(nèi)HUVECs的血管樣管形成。 血清或尿液中尿酸濃度的升高與痛風(fēng)腎臟和血管疾病密切相關(guān)。生物學(xué)科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

Circ-0004872(本研究稱為““circMAPK1”)來(lái)自MAPK1基因的第2-4個(gè)外顯子,形成一個(gè)490 nt的重疊環(huán)狀轉(zhuǎn)錄本(圖1e)。Sanger測(cè)序證實(shí)了擴(kuò)增的circMAPK1的頭尾剪接(圖1f)。接下來(lái),我們研究了circMAPK1在GC細(xì)胞系中的表達(dá)水平。如圖1g所示,與正常的胃粘膜上皮細(xì)胞系相比,培養(yǎng)的GC細(xì)胞系中circMAPK1表達(dá)***下調(diào)。另外,circMAPK1*從cDNA中擴(kuò)增,而不是從gDNA中擴(kuò)增(圖1h),說(shuō)明circMAPK1的環(huán)結(jié)構(gòu)是由back-splicing產(chǎn)生的。然后我們進(jìn)一步評(píng)估了circMAPK1的穩(wěn)定性和定位。經(jīng)過(guò)放線菌素D處理后,circMAPK1的半衰期明顯長(zhǎng)于線性MAPK1(圖1i)。與MAPK1 mRNA的線性形式相比,circMAPK1對(duì)RNase R的降解具有抗性(圖1j)。隨后的細(xì)胞組分qRT-PCR分析(圖1k)和熒光原位雜交分析(圖1l)顯示,circMAPK1主要定位于細(xì)胞質(zhì)而不是細(xì)胞核??蒲蟹?wù)兩年METTL14上調(diào)促進(jìn)胰腺*生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。

如圖5所示,E8中的d-flow改變了白細(xì)胞流量和炎癥標(biāo)志物(Il1β、Il6、Ccl2和Ccl3);ECM調(diào)節(jié)(Adamts4, Lamb1, Timp3,和Timp4);血管調(diào)節(jié)(Nos3, Ptgs2,和Edn1);和脂質(zhì)代謝(Tm6sf2、Lsr和Mgll),并與E2的s-flow進(jìn)行比較(圖5A-5D)。這些結(jié)果表明,d-flow***了致***的內(nèi)皮反應(yīng),同時(shí)通過(guò)改變轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性水平上的基因表達(dá)來(lái)抑制抗***通路。

三、體內(nèi)血流依賴TF結(jié)合基序的鑒定

使用Signac和ChromVar軟件包通過(guò)我們的scATAC-seq數(shù)據(jù)集來(lái)識(shí)別流敏感的TF結(jié)合基序(圖6)。在每個(gè)內(nèi)皮聚類(E1- E8)中識(shí)別出前20個(gè)TF結(jié)合基序,并繪制成熱圖(圖6A)。圖6B和6C顯示了TF結(jié)合基序和它們被發(fā)現(xiàn)的各自的細(xì)胞簇。

3.IRES序列

由于circRNA是共價(jià)閉環(huán)分子,沒(méi)有游離末端,因此circRNA的翻譯必須使用一種非經(jīng)典的啟動(dòng)機(jī)制,即不依賴5’-帽子的翻譯啟動(dòng)。這種起始途徑往往通過(guò)IRES(內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn))驅(qū)動(dòng),IRES是具有特殊二級(jí)結(jié)構(gòu)的短RN**段。在病毒中發(fā)現(xiàn)并證明了大量的IRES元件,在一些特殊情況下,哺乳動(dòng)物內(nèi)源性的IRES元件也可以起始翻譯。作者團(tuán)隊(duì)也曾針對(duì)circRNA中IRES元件進(jìn)行了系統(tǒng)性的篩選驗(yàn)證。數(shù)據(jù)庫(kù)也使用了所有可用的IRES信息作為支持circRNA翻譯的證據(jù)。 代謝變化被認(rèn)為是腸病**重要的特征之一。

snoRNAs的生物學(xué)功能

snoRNAs與核糖體RNA加工

在核糖體RNA的加工過(guò)程中,核糖體RNA的2′-O–甲基化由C/DboxsnoRNAs來(lái)負(fù)責(zé)。C/DboxsnoRNAs包含有兩個(gè)短的序列元件,即位于5"末端的boxC(RUGAUGAR**A或G)和3"末端的boxD(CUGA)。多數(shù)boxC/DsnoRNAs基因的5"和3"末端都有4-5nt的反向重復(fù)序列,可以形成較為穩(wěn)定的短莖結(jié)構(gòu),這一結(jié)構(gòu)在snoRNAs的生物合成和核仁定位過(guò)程中起關(guān)鍵作用[7]。核糖體RNA的假尿嘧啶修飾主要是由H/ACAboxsnoRNAs來(lái)完成的。H/ACAboxsnoRNAs具有保守的“發(fā)夾-鉸鏈-發(fā)夾-尾”的二級(jí)結(jié)構(gòu)。boxH(ANANNA,N**任一核苷酸)位于單鏈形式的鉸鏈區(qū),ACA則一般位于3"末端上游3個(gè)核苷酸處。H/ACAboxsnoRNAs的指導(dǎo)序列位于單個(gè)或者兩個(gè)發(fā)夾內(nèi)部的“假尿嘧啶化泡”內(nèi),它們可以與靶RNA上的被修飾位點(diǎn)兩翼序列各形成4-8nt的互補(bǔ)配對(duì)。 結(jié)腸炎也會(huì)導(dǎo)致促炎細(xì)胞因子或趨化因子的增加。胞質(zhì)科研實(shí)驗(yàn)外包

思路是您的操作我們來(lái)做。生物學(xué)科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

4、miR-208b直接靶向和抑制CD4+T細(xì)胞中PDCD4的表達(dá)

為了進(jìn)一步探究miR-208b的分子機(jī)制,探究了其下游靶基因機(jī)制,使用生信預(yù)測(cè)了其靶基因,**終挑選到PDCD4(圖5A)。熒光素酶進(jìn)一步證實(shí)了miR-208b和PDCD4之間的結(jié)合(圖5C-D)。研究發(fā)現(xiàn),T細(xì)胞中PDCD4的表達(dá)在SW480外泌體處理組***下降,而這個(gè)抑制作用在SW480-OXA組更加明顯,PCD表達(dá)在miR-208b缺失組則***升高(圖5E)。此外,加入miR-208bmimics后,PDCD4蛋白***降低,而抑制miR-208b后,PDCD4蛋白的表達(dá)相對(duì)增強(qiáng),此外,PDCD4在mRNA水平的表達(dá)沒(méi)有明顯變化(圖5F)。然后,評(píng)估了miR-208b對(duì)CD4+T細(xì)胞擴(kuò)增的影響。研究表明,轉(zhuǎn)染miR-208bmimics***增強(qiáng)了Treg的擴(kuò)增,而抑制miR-208b水平則抑制了Treg的擴(kuò)增(圖5G-H)。這些結(jié)果表明miR-208b直接靶向抑制PDCD4的表達(dá),導(dǎo)致Treg分化。 生物學(xué)科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ),利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段,通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái),提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū),實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀,客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度,保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。

1.整體課題外包服務(wù):RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究,設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性,為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)

2.標(biāo)書申請(qǐng):提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫,標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展,設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn),中標(biāo)率很高。

3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持,探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關(guān)研究

4.二代測(cè)序:轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序

5.芯片:信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn):DNA甲基化實(shí)驗(yàn)(BSP,MSP,焦磷酸測(cè)序),RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證,過(guò)表達(dá),干擾),基因突變及SNP檢測(cè),F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖,凋亡,流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)