空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

沉默MIR210HG可以通過miR-337-3p/137-HMGA2軸阻斷TGF-b和Wnt信號(hào)通路

之前的GSEA表明MIR210HG與TGFb/Smad3和Wnt/b-catenin信號(hào)通路相關(guān)。為了進(jìn)一步研究MIR210HG調(diào)控子宮內(nèi)膜*細(xì)胞進(jìn)展的機(jī)制，我們檢測了MIR210HG、HMGA2、miR-337-3p和miR-137對TGF-b、Wnt和EMT通路相關(guān)蛋白水平的調(diào)控作用。MIR210HG的下調(diào)降低了TGF-bII、p-Smad3和Snail的表達(dá)以及b-catenin在細(xì)胞核中的分布(圖6A和6B)?；谶@些結(jié)果，我們推測MIR210HG可能通過靶向miR-3373p/137-HMGA2調(diào)控軸抑制EMT、TGF-b和Wnt信號(hào)通路。干擾HMGA2***降低TGF-bII、p-Smad3和Snail的表達(dá)，b-catenin在細(xì)胞核中的分布(圖6C和6D)。我們之前曾報(bào)道過HMGA2在Ishikawa和HEC-1A細(xì)胞系中調(diào)節(jié)Snail、Slug、N-cadherin、MMP-2和MMP-9的表達(dá)。我們接下來研究了miR-337-3p/137表達(dá)的誘導(dǎo)是否影響TGF-b、Wnt和EMT通路相關(guān)蛋白的水平。 上海英拜生物提供可靠可信可參觀的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

為了證明ELNAT1與BCa分泌的EV的關(guān)系，作者從BCa細(xì)胞培養(yǎng)基中分離出EVs，采用透射電子顯微鏡(TEM)、納米粒子**分析(NTA)及對EVs的蛋白標(biāo)志物檢測，證明了作者準(zhǔn)確分離出BCa分泌的EV（Figure 2 J-L）。并且從BCa患者和健康志愿者尿液樣本中分離的EVs中檢測ELNAT1的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)ELNAT1在BCa分泌的EV中過表達(dá)（Figure 2 I）。以上數(shù)據(jù)表明，EVs介導(dǎo)的ELNAT1過表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)。

3.EVs介導(dǎo)的ELNAT1促進(jìn)BCa體內(nèi)外淋巴管生成和淋巴轉(zhuǎn)移

為了確定EV介導(dǎo)的ELNAT1是否促進(jìn)體外淋巴管生成，作者用HLECs孵育BCa細(xì)胞分泌的EVs的檢測管形成和遷移。研究發(fā)現(xiàn)，干擾ELNAT1基因會(huì)破壞UM-UC-3和T24細(xì)胞分泌EVs誘導(dǎo)HLECs管形成和遷移的能力（Figure3A-C），這些結(jié)果表明EVs介導(dǎo)的ELNAT1誘導(dǎo)了體外淋巴管生成。 推廣科研整體服務(wù)**近科研技術(shù)的開發(fā)。

5）NOX4的升高通過抑制人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸和ATP的產(chǎn)生來促進(jìn)線粒體代謝的損傷，從而促進(jìn)氧化應(yīng)激

我們研究了AD期間NOX4升高誘導(dǎo)受損星形膠質(zhì)細(xì)胞氧化應(yīng)激的潛在分子機(jī)制。與對照組相比，NOX4過表達(dá)***抑制了OCR的基礎(chǔ)水平，且***降低了寡霉素和FCCP作用下的OCR水平(圖5A和B)。接下來，我們研究了NOX4上調(diào)對人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸途徑調(diào)控的分子靶點(diǎn)。我們分析了包括NADH在內(nèi)的5種線粒體ETC蛋白復(fù)合物的水平(圖5C)。與OCR水平一致，與對照組相比，NOX4過表達(dá)***抑制了5種線粒體氧化磷酸化酶復(fù)合物的蛋白水平并***減少ATP的產(chǎn)生(圖5D)。免疫熒光染色顯示，與對照組相比，NOX4的升高導(dǎo)致線粒體碎裂，并***增加了線粒體碎裂的細(xì)胞數(shù)量(圖5G)。這些結(jié)果表明，NOX4的升高通過抑制人類星形膠質(zhì)細(xì)胞線粒體呼吸和ATP的產(chǎn)生，從而損害線粒體代謝，從而促進(jìn)氧化應(yīng)激。

自噬“貨物”是有選擇性裝載的，其中主要依靠LIR基序與LC3互作，形成自噬體。隨后，自噬體進(jìn)行運(yùn)輸、溶解。研究表明，自噬異常會(huì)影響疾病進(jìn)程。**中的自噬具有雙重作用：一方面自噬的發(fā)生會(huì)增強(qiáng)*細(xì)胞的生存能力；另一方面，抑制自噬會(huì)造成“廢物”的積累、基因突變等，誘發(fā)**。本研究旨在探索人類**中是否有某些突變通過影響LIR基序來改變自噬選擇性，進(jìn)而影響疾病進(jìn)程。

1.構(gòu)建LIR預(yù)測模型pLAM

收集人、釀酒酵母、其他物種LIR，并獲取相應(yīng)蛋白,確定了LIR的序列信息。

驗(yàn)證算法的可靠性，然后用于泛*LIR基序預(yù)測，并對預(yù)測到的LIR基序?qū)?yīng)的基因進(jìn)行GO、Pathway富集分析。

2.LIR基序突變預(yù)測

收集TCGA、ICGC和COSMIC數(shù)據(jù)庫突變數(shù)據(jù)并進(jìn)行整合，獲得2,963,952個(gè)獨(dú)特的SNV。提取其中LIR基序的突變信息。分析發(fā)現(xiàn)STBD1蛋白，參與糖原代謝，在之前尚未報(bào)道過與**自噬有關(guān)。

3.分析突變的LIR基序（LAMs）在泛*中的作用

使用TCGA數(shù)據(jù)庫分析發(fā)現(xiàn)，STDB1在泛*中為抑制**；在膠質(zhì)母細(xì)胞瘤中為促進(jìn)**。

大黃酸改變嘌呤代謝降低尿酸水平。

然而，在單細(xì)胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應(yīng)用于高度特定的功能免疫細(xì)胞類型。我們系統(tǒng)地測試了PBMCs的全細(xì)胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測量細(xì)胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細(xì)胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測量中超過了傳統(tǒng)的細(xì)胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細(xì)胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細(xì)胞方法可以與基于液滴的多組學(xué)平臺(tái)相結(jié)合，從而能夠同時(shí)測量細(xì)胞的三個(gè)不同的分子隔間:mRNA(通過scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標(biāo)記抗體)和DNA(通過scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為TEA-seq(圖4)。總之，對單細(xì)胞水平上基因調(diào)控和表達(dá)的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。Th1/Th2細(xì)胞失衡也是結(jié)腸炎的一個(gè)重要特征。云南科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

文章檢測了小鼠腸系膜淋巴結(jié)(MLN)中的Th17細(xì)胞（與結(jié)腸炎癥密切相關(guān)）?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

采用LEfSe方法分析經(jīng)DHEA和tempol處理后***改變的關(guān)鍵系統(tǒng)發(fā)育類型。Desulfovibrionaceae屬富集于oil+PBS組，而Muribaculaceae和Alloprevotella屬富集于DHEA+PBS和DHEA+tempol組(圖5A-B)，這表明tempol可以重塑微生物PCOS大鼠的腸道微生物群的結(jié)構(gòu)。通過分析細(xì)菌分類在門和屬水平上的相似性程度，進(jìn)一步比較三組腸道菌群的整體組成。在門水平上，厚壁菌門(Firmicutes)和擬桿菌門(Bacteroidetes)是3個(gè)類群的優(yōu)勢門(圖5)。DHEA處理增加了放線菌門(Actinobacteria)、擬桿菌門(Bacteroidetes)、Patescibacteria、軟毛桿菌門(Tenericutes)和Verrucomicrobia的豐度，減少了psilonbacteraeota和變形菌門(Proteobacteria)的數(shù)量。然而，在tempol干預(yù)下，放線菌門、Patescibacteria門、變形菌門和Tenericutes門的變化減弱了(圖5D)。在屬水平上，Lachnospiraceae_NK4A136_group和Multibaculaceae為優(yōu)勢屬(圖5E)。DHEA***提高了thaauera、葡萄球菌、Ideonella、棒狀桿菌和瘤胃球菌_2的豐度，降低了瘤胃球菌_1的豐度。這些變化被tempol處理抵消了(圖5F)?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)科研分子生物學(xué)實(shí)驗(yàn)

公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。

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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序

5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)