了解流量調(diào)節(jié)內(nèi)皮基因的表達(dá)在轉(zhuǎn)錄和體內(nèi)外遺傳性染色質(zhì)易訪問性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標(biāo)部分頸動脈結(jié)扎(PCL)模型或豬動脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內(nèi)，d-flow快速誘導(dǎo)，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發(fā)展。PCL模型包括結(jié)扎左側(cè)頸總動脈(LCA)的4個遠(yuǎn)端分支中的3個以誘導(dǎo)d-血流，同時使用繼續(xù)暴露于s-血流的對側(cè)右側(cè)頸總動脈(RCA)作為內(nèi)部控制。我們進(jìn)一步開發(fā)了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內(nèi)皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測序(RNA-seq)分析這些聚合的整體RNA，以識別mRNA轉(zhuǎn)錄組和受ECs流量調(diào)節(jié)的microRNAs。這些研究導(dǎo)致了大量的流動敏感基因和microrna的發(fā)現(xiàn)，這些基因和microrna在內(nèi)皮生物學(xué)和***中的作用已經(jīng)被詳細(xì)描述和研究。我們還能夠從lca和rca中獲得大量DNA樣本，并通過減少代表性亞硫酸氫鹽測序(RRBS)方法進(jìn)行分析。本研究表明，d-flow和s-flow差異調(diào)控ECs的表觀基因組DNA甲基化譜，鑒定了許多受流量調(diào)控的基因位點。文章使用FMT(糞微生態(tài)移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對結(jié)腸炎有療效。湖南科研
乳腺*細(xì)胞外泌體增加TPH-1細(xì)胞中miR-138-5p的表達(dá)但抑制KDM6B的表達(dá)，但這種作用被miR-138-5p抑制劑處理廢除（圖3F-G）。轉(zhuǎn)染miR-138-5pmimic的乳腺*細(xì)胞增加了外泌體miR-138-5p的水平（圖3H）。過表達(dá)miR-138-5p的乳腺*細(xì)胞外泌體增加了miR-138-5p水平，抑制了THP-1細(xì)胞中KDM6B的表達(dá)（圖3I-J）?？傊?，這些結(jié)果表明，*細(xì)胞分泌的外泌體miR-138-5p被傳遞到巨噬細(xì)胞中，并抑制KDM6B。
4、外泌體miR-138-5p通過抑制KDM6B表達(dá)調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞極化
隨后，作者研究了在不同培養(yǎng)條件下TPH-1的表達(dá)譜。首先，和**細(xì)胞共培養(yǎng)抑制了M1相關(guān)基因的表達(dá)，IL-6，TNF-α，和IL-1β，但是增加了M2相關(guān)基因的表達(dá)CD163，Arg-1，IL-10,TGF-β和VEGFA。過表達(dá)KDM6B部分抑制了上述表現(xiàn)改變（圖4A-B）。流式檢測顯示乳腺*細(xì)胞和TPH-1的共培養(yǎng)增加了CD163陽性細(xì)胞數(shù)比例，但是過表達(dá)KDM6N可以抑制這種效果（圖6C）。類似的，過表達(dá)KDM6B抑制了miR-138-5p誘導(dǎo)的M2極化（圖4D-F）。 海南科研贈送提供技術(shù)路線英拜生物提供生物科學(xué)內(nèi)的專業(yè)的技術(shù)咨詢，技術(shù)合作。
這些基因的體細(xì)胞突變狀態(tài)如圖所示。平均突變頻率比較高的基因是TP53（31.4%）、PTEN（5.7%）、NOTCH1（3.6%）、CTNNB1（3.6%）、XIST（3.4%）和MALAT1（3.4%）。還觀察到在子宮內(nèi)膜體*（UCEC）中有相對較高的突變頻率（7.6%）。
在泛*中構(gòu)建 m6A 亞型和特征
我們使用K-means算法分別將患者分為不同的m6A亞型。Elbow法確定了三種亞型。對數(shù)秩檢驗發(fā)現(xiàn)，在排除死亡比例的**后，27種**中有24種**的定義亞型與總生存率***相關(guān)?<?10%。具體來說，我們定義了按中位生存時間（MST）排序的聚類。MST**長的組定義為第1組，MST**短的組定義為第3組，中間組定義為第2組。與第1組相比，第2組和第3組在27種**中有22種的生存率***降低。此外，當(dāng)臨床結(jié)果為無進(jìn)展間期（PFI）時，分類在大多數(shù)**類型中仍然***（16/26）或疾病特異性生存率（DSS）（18/26）。在總體人群的KM生存率分析中，m6A亞型在調(diào)整**類型后可***分層患者的生存率。四個體細(xì)胞突變在不同m6A亞型中的分布有***性差異，包括TP53、NOTCH1、CTNNB1和PTEN。
表觀基因組學(xué) (ChIP-Seq) 模塊
ChIP-seq 模塊目前包含大量染色質(zhì)免疫沉淀測序 (ChIP-seq) 數(shù)據(jù)，反映了特定的衰老相關(guān)基因座是如何受組蛋白修飾和轉(zhuǎn)錄因子調(diào)節(jié)的。這些數(shù)據(jù)有助于闡明調(diào)控因素如何在全基因組范圍內(nèi)影響衰老過程中的基因表達(dá)。ChIP-seq 數(shù)據(jù)來自已發(fā)表的與衰老相關(guān)的文章，并使用相同的分析方法處理原始數(shù)據(jù)以保持一致性。直觀地顯示了衰老過程中特定基因組位點不同轉(zhuǎn)錄因子的富集或組蛋白修飾的變化。
蛋白質(zhì)組學(xué)（蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用）模塊
衰老過程中蛋白質(zhì)穩(wěn)態(tài)受損是典型的，蛋白質(zhì)相互作用隨著年齡的增長而發(fā)生顯著變化。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用模塊（PPI）旨在允許查詢感興趣的蛋白質(zhì)及其與衰老相關(guān)的相互作用蛋白。結(jié)果以兩種方式呈現(xiàn)：交互式表格和網(wǎng)絡(luò)圖。前者提供了更詳細(xì)的信息，包括相互作用蛋白的數(shù)量、細(xì)胞/組織類型和支持相互作用的出版物；后者允許蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的可視化，并提供使用在線工具對選定數(shù)據(jù)執(zhí)行基因本體或 KEGG 通路分析的選項。因此，PPI 將成為分析細(xì)胞衰老過程中關(guān)鍵蛋白質(zhì)相互作用的有用模塊，從而可以在蛋白質(zhì)水平上更好地了解人類衰老。 大黃酸處理對正常組沒有任何明顯的副作用或促炎反應(yīng)。
條件誘導(dǎo)的腸上皮通透性可促進(jìn)細(xì)菌易位和菌血癥，被認(rèn)為是急性移植物抗宿主病(aGvHD)發(fā)病機(jī)制的第一步。急性GvHD是同種異體造血干細(xì)胞移植的常見副作用，同種異體供體T細(xì)胞對宿主體內(nèi)健康組織(包括腸道上皮)表現(xiàn)出細(xì)胞毒性活性。根據(jù)受影響***的程度，急性GvHD的嚴(yán)重程度可分為四個等級:0級I表現(xiàn)為無或輕度，II級IV表現(xiàn)為中度至重度aGvHD。**近，研究表明較低的腸道微生物群多樣性與aGvHD和aGvHD死亡率相關(guān)，并且某些細(xì)菌類群在HSCT后可能參與促進(jìn)aGvHD。然而，在HSCT之前的微生物群組成是否在預(yù)測可能的aGvHD嚴(yán)重程度方面具有預(yù)測價值尚未被檢驗，本研究對此進(jìn)行了探討。
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接下來研究RASA1是否參與了CRC細(xì)胞中外泌體miR-335-5p對遷移、侵襲和EMT的誘導(dǎo)。蛋白質(zhì)印跡分析顯示，miR-335-5p模擬物-exo增加了Ras和波形蛋白的蛋白水平，但降低了RASA1和E-鈣粘蛋白的蛋白水平；對于RASA1過表達(dá)，觀察到這些蛋白質(zhì)的反向表達(dá)趨勢。此外，RASA1過表達(dá)逆轉(zhuǎn)了miR-335-5p模擬物-exo誘導(dǎo)的SW480細(xì)胞遷移和侵襲。這些結(jié)果表明外泌體miR-335-5p可能通過靶向RASA1誘導(dǎo)遷移、侵襲和EMT。
該研究揭示了外泌體 miR-335-5p 在 CRC 轉(zhuǎn)移中的新功能，并闡明了外泌體包裹的 miR-335-5p 通過直接靶向 RASA1 促進(jìn) CRC 細(xì)胞侵襲、轉(zhuǎn)移和 EMT 轉(zhuǎn)化。 這些發(fā)現(xiàn)強(qiáng)烈表明外泌體 miR-335-5p 可能是一種預(yù)后生物標(biāo)志物，并為解決 CRC 轉(zhuǎn)移提供有價值的***策略。 湖南科研
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