機(jī)制研究課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)

來源: 發(fā)布時(shí)間:2021-11-09

2021年6月,在Oncogene雜志上發(fā)表了文章“Chromatin-directed proteomics-identified network of endogenous androgen receptor in prostate cancer cells..”。此報(bào)道通過運(yùn)用了一種強(qiáng)大的染色質(zhì)導(dǎo)向蛋白質(zhì)組學(xué)方法,稱為ChIP-SICAP,揭示去勢抗性前列腺*(CRPC)細(xì)胞中內(nèi)源性AR周圍染色質(zhì)蛋白網(wǎng)絡(luò)(染色質(zhì)蛋白網(wǎng)絡(luò))的組成。在CRPC細(xì)胞雄***信號通路的背景下,進(jìn)一步研究了與AR相關(guān)蛋白作用的染色質(zhì)重塑者SMARCA4和SIM2。通過整合ChIP-seq、RNA-seq、ATAC-seq和功能實(shí)驗(yàn)的數(shù)據(jù),揭示SMARCA4和AR在染色質(zhì)上***共存,SMARCA4缺失影響了一組AR靶基因的染色質(zhì)可及性和表達(dá),也抑制了CRPC細(xì)胞的生長,驗(yàn)證了SMARCA4在CRPC細(xì)胞中的功能。雖然SIM2的沉默同樣降低了染色質(zhì)的可及性,但它影響了更多的雄***調(diào)節(jié)基因的表達(dá)。在雞胚絨膜尿囊膜實(shí)驗(yàn)中,SIM2沉默也降低了CRPC細(xì)胞的增殖和**的大小??傊搜芯胯b定的AR染色體是研究這一重要藥物靶點(diǎn)的重要資源。完善的實(shí)驗(yàn)平臺提供可視化的建模服務(wù)。機(jī)制研究課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)

6、MiR-199a-5p改善MRL/lpr小鼠疾病

接下來,在體內(nèi)評估了miR-199a-5p對MRL/lpr小鼠的影響。17周齡MRL/lpr小鼠每4天注射20nmolmiR-199a-5pagomir或?qū)φ?agomirnc),共4周(圖6A)。末次注射后48h處死小鼠,分離脾臟CD4+T細(xì)胞。與對照組相比,miR-199a-5pagomir處理組顯示miR-199a-5p水平升高(圖6B),Sirt1表達(dá)降低(圖6C),衰老標(biāo)志物p21和p16的表達(dá)***上調(diào)(圖6D)。這些數(shù)據(jù)表明hUC-MSCs通過miR-199a-5p增加MRL/lpr脾CD4+T細(xì)胞衰老。

接下來,研究系統(tǒng)給予miR-199a-5p agomir是否能挽救MRL/lpr小鼠的狼瘡表型。與agomir nc組相比,miR-199a-5p agomir處理組脾臟和淋巴結(jié)明顯縮小(圖7A-B),血清中anti-dsDNA抗體、IgG水平下降(圖7D-E)。血清ANA水平有下降趨勢(圖7C)。miR-199a-5p agomir處理組的腎損傷,表現(xiàn)為尿蛋白下降(圖7F),腎小球增大和細(xì)胞增生減少(圖7G),外周***袢中IgG沉積減少(圖7h)。綜上所述,這些數(shù)據(jù)表明hUC-MSCs移植通過miR -199a-5p介導(dǎo)的Sirt1信號下調(diào)從而增加脾CD4+ T細(xì)胞的衰老,改善MRL/lpr小鼠的疾病表型。 外泌體課題CRO將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。

小泛素修飾(SUMO)結(jié)合稱為SUMO修飾,其作為生物活性分類的誘導(dǎo)劑分子進(jìn)入細(xì)胞外囊泡(EVs),觸發(fā)淋巴管生成,進(jìn)一步驅(qū)動**淋巴結(jié)(LN)轉(zhuǎn)移,但確切的機(jī)制仍不清楚。本研究發(fā)現(xiàn),SUMOylation促進(jìn)細(xì)胞外囊泡介導(dǎo)的lncRNA ELNAT1的傳遞和膀胱*的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。該文于2021年4月發(fā)表在《The Journal of Clinical Investigation》IF: 14.808。

1.SUMOylation參與膀胱*的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移

為了探討SUMOylation在膀胱*(BCa)的淋巴結(jié)(LN)轉(zhuǎn)移中的作用,作者基于淋巴*與TCGA數(shù)據(jù)庫中比較SUMOylation的表達(dá)譜,發(fā)現(xiàn)BCas中UBC9的高表達(dá),同時(shí)生成分析顯示,與UBC9表達(dá)較低的患者相比,UBC9表達(dá)較高的患者總生存率(OS)和無病生存期(DFS)較低(Figure1A-E)。為了證明UBC9在LN轉(zhuǎn)移中的作用,作者通過242例的BCas患者樣本,發(fā)現(xiàn)UBC9在LN轉(zhuǎn)移過程中高表達(dá)(Figure1F)。

此外,circPDE4B不影響MID1水平(圖4E)。RPD和序列IP分析都顯示circPDE4B促進(jìn)了RIC8A和MID1的結(jié)合(圖4F,G)。與這一發(fā)現(xiàn)相一致的是,體外結(jié)合試驗(yàn)表明,circPDE4B增加了重組RIC8A和MID1蛋白之間的關(guān)聯(lián)(圖4H)。通過co-IP,MID1與RIC8A在N端調(diào)控域結(jié)合(圖4I)。此外,我們檢測了RIC8A的功能位點(diǎn)。在HCs中免疫沉淀RIC8A并進(jìn)行MS分析,證實(shí)了RIC8A中氨基酸殘基的泛素化(圖4J)。在RIC8A、K143和K187中鑒定出10個(gè)泛素化位點(diǎn),并且在人類和小鼠之間并不保守(圖4J)。因此,我們將保守的RIC8A位點(diǎn)從賴氨酸(K)突變?yōu)榫彼?R),以排除泛素化。IP結(jié)果表明,與WT相比,K415的取代**降低了RIC8A的泛素化位點(diǎn)(圖4K)。有趣的是,K415在哺乳動物中高度保守(圖4L,M)。此外,在K415突變后,circPDE4B過表達(dá)或抑制不再調(diào)節(jié)RIC8A的泛素化水平(圖4N)。這些結(jié)果表明circPDE4B可以作為促進(jìn)RIC8A和MID1之間聯(lián)系的支架。致力于醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)和相關(guān)生物醫(yī)學(xué)課題的研究。

接下來,在低氧條件下,在HCCLM3和Hep3B細(xì)胞中敲低CFL1的表達(dá)(圖5A)。結(jié)果表明,CFL1敲除***逆轉(zhuǎn)了缺氧誘導(dǎo)的HCCLM3細(xì)胞增殖、細(xì)胞遷移和侵襲以及EMT(圖5A-D)。綜上所述,這些結(jié)果表明CFL1表達(dá)受HIF-1α的轉(zhuǎn)錄調(diào)控,介導(dǎo)缺氧誘導(dǎo)的HCC進(jìn)展。

6、CFL1通過抑制泛素介導(dǎo)的PLD1降解來維持PLD1的表達(dá)為了進(jìn)一步探索CFL1在HCC中致*作用的下游機(jī)制,利用KEGG數(shù)據(jù)庫篩選了受CFL1影響的通路。其中CFL1的高表達(dá)與細(xì)胞膜中細(xì)胞粘附分子和蛋白的定位密切相關(guān)(圖6A)。然后,基于蛋白質(zhì)相互作用數(shù)據(jù)庫預(yù)測了CFL1和PLD1之間的潛在相互作用(圖6B)。CFL1敲低降低了HCCLM3細(xì)胞中PLD1的蛋白水平,而CFL1過表達(dá)增強(qiáng)了Hep3B細(xì)胞中PLD1蛋白表達(dá)(圖6C)。co-IP實(shí)驗(yàn)表明,CFL1與PLD1相互作用,敲低CFL1可促進(jìn)肝*細(xì)胞中PLD1的泛素化(圖6D-E)。用放線菌酮(CHX,2μg/mL)阻斷肝*細(xì)胞蛋白質(zhì)合成。繪制蛋白降解曲線,表明CFL1敲低時(shí)PLD1蛋白降解更快(圖6F)。此外,蛋白酶體抑制劑MG132(25μM)處理可阻斷CFL1敲低誘導(dǎo)的HCC細(xì)胞中PLD1降解(圖6F)。因此,這些結(jié)果表明CFL1抑制肝*細(xì)胞中泛素介導(dǎo)的PLD1蛋白水解。 高通量測序后續(xù)的機(jī)制實(shí)驗(yàn)。RNA PULLdown課題分子生物學(xué)

進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對基因毒性損傷的反應(yīng)。機(jī)制研究課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)

LncExpDB提供101293個(gè)人類lncRNA基因(對應(yīng)于331244個(gè)轉(zhuǎn)錄本)***且高質(zhì)量的**。它包含了這些lncRNA在337個(gè)生物學(xué)條件下的豐富表達(dá)譜,這些條件屬于九個(gè)重要的生物學(xué)背景,涉及正常組織/細(xì)胞系、*細(xì)胞系、亞細(xì)胞定位、外泌體、細(xì)胞分化、植入前胚胎、***發(fā)育、晝夜節(jié)律和病毒***.此外,LncExpDB識別了25191個(gè)特征lncRNA基因,并表征了24508個(gè)lncRNA基因和17345個(gè)mRNA基因之間的28443865個(gè)共表達(dá)相互作用。

基于跨多個(gè)生物環(huán)境的綜合表達(dá)譜,LncExpDB具有增值管理和分析功能,可提供可靠轉(zhuǎn)錄的lncRNA基因。因此,我們發(fā)現(xiàn)92016個(gè)lncRNA基因(90.8%)得到可靠轉(zhuǎn)錄證據(jù)的支持(表達(dá)值閾值為1TPM),在九個(gè)生物學(xué)背景中分布不均。在可靠轉(zhuǎn)錄的基因中,大多數(shù)(82.6%)在至少兩種生物環(huán)境中表達(dá),3318個(gè)lncRNAs(3.6%)在所有9種環(huán)境中表達(dá)。 機(jī)制研究課題設(shè)計(jì)實(shí)驗(yàn)

公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ),利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺,提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū),實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀,客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度,保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。

1.整體課題外包服務(wù):RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究,設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性,為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)

2.標(biāo)書申請:提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫,標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展,設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn),中標(biāo)率很高。

3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持,探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關(guān)研究

4.二代測序:轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序

5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn):DNA甲基化實(shí)驗(yàn)(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證,過表達(dá),干擾),基因突變及SNP檢測,F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖,凋亡,流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)