二、RIT1與MAD2和p31conmet的相互作用由CDK1磷酸化調(diào)控
在間期，RIT1 s c端尾部介導(dǎo)質(zhì)膜(PM)結(jié)合然而，在分析有絲分裂細(xì)胞時(shí)，我們觀察到RIT1在細(xì)胞進(jìn)入有絲分裂和進(jìn)入中期并在后期快速易位到PM時(shí)的彌漫性胞質(zhì)分布(圖2A和2B)。同樣，在有絲分裂細(xì)胞裂解物中檢測(cè)到內(nèi)源性RIT1的主要胞質(zhì)分布(圖2C)。(S209D/E)磷酸化，而非(S209A)缺磷，突變破壞了RIT1-MAD2/p31conmet結(jié)合(圖2D)。RIT1磷酸化在有絲分裂過(guò)程中**為豐富(圖2E)。抑制CDK1***降低了重組RIT1的磷酸化(圖2F)。免疫印跡檢測(cè)和質(zhì)譜證實(shí)CDK1/CyclinB1磷酸化RIT1 S209，(圖2G和2H)。 解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。糖尿病課題免費(fèi)設(shè)計(jì)
3）DRD2重新編碼MφM1表型，下調(diào)IL-6和IL-10
據(jù)報(bào)道，DRD2可調(diào)節(jié)M1的極化。結(jié)果顯示，在DRD2表達(dá)水平較高的BrCa組織中，M1Mφ的浸潤(rùn)增加，M2Mφ的浸潤(rùn)減少(圖3A)。為進(jìn)一步研究DRD2對(duì)TAMs的調(diào)控作用，構(gòu)建了BrCa與Mφ共培養(yǎng)體系。當(dāng)Mφ與表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞共培養(yǎng)時(shí)，qRT-PCR顯示M1表型標(biāo)記增加，M2Mφ標(biāo)記下調(diào)(圖3B-C)。qRT-PCR也證實(shí)了載體轉(zhuǎn)染的BrCa細(xì)胞將Mφ調(diào)節(jié)為M2型(圖3C)[12]。WB結(jié)果顯示，表達(dá)DRD2的BrCa細(xì)胞上調(diào)M1標(biāo)記iNOS，下調(diào)M2標(biāo)記CD206(圖3D)。IF染色顯示，與表達(dá)DRD2的**細(xì)胞共培養(yǎng)后，Mφ表現(xiàn)為M1表型(圖3E)。上述結(jié)果表明，BrCa中的DRD2具有將Mφ重新編碼為M1表型的能力。為了探索使Mφ向M1表型分化的關(guān)鍵調(diào)控因子，我們進(jìn)行了細(xì)胞因子陣列分析。結(jié)果表明，TNF-α和兩種誘導(dǎo)M1極化的經(jīng)典細(xì)胞因子IFNγ均未增加。而與Mφ共培養(yǎng)后，DRD2***下調(diào)IL-6和IL-10(圖3F)。分析熒光值，進(jìn)一步證實(shí)IL-6和IL-10下調(diào)(圖3F)。因此，DRD2可以將Mφ重新編碼為M1表型，并在crosstalk過(guò)程中***下調(diào)IL-6和IL-10。 上海課題省自然科學(xué)基金根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。
結(jié)果1）circPDE4B在OA組織中表達(dá)較低
我們之前對(duì)3個(gè)臨床OA和3個(gè)對(duì)照樣本的軟骨細(xì)胞核糖體RNA缺失的總RNA進(jìn)行了RNA-seq分析。在數(shù)量**多的50個(gè)***調(diào)控異常的circRNA中，circPDE4B的表達(dá)水平排名***。我們?cè)u(píng)估了每個(gè)病例的OA嚴(yán)重程度(圖1A)。同時(shí)，我們進(jìn)行了組織形態(tài)學(xué)和熒光原位雜交實(shí)驗(yàn)，結(jié)果顯示軟骨降解程度增加對(duì)應(yīng)軟骨細(xì)胞中circPDE4B的表達(dá)降低(圖1B)。RT-qPCR檢測(cè)到嚴(yán)重OA組織軟骨細(xì)胞中circPDE4BRNA水平下調(diào)，而mPDE4BmRNA水平保持相對(duì)一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達(dá)與OA的嚴(yán)重程度呈負(fù)相關(guān)?？紤]到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測(cè)了circPDE4B在人/小鼠軟骨細(xì)胞中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達(dá)，且呈時(shí)間依賴性(圖1D)。核分離實(shí)驗(yàn)結(jié)合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現(xiàn)，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細(xì)胞質(zhì)中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調(diào)，因此可能參與了OA的進(jìn)展。
二、偽時(shí)間軌跡，染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)分析揭示Flow-Dependent內(nèi)皮細(xì)胞重新編程
我們的分析明確了3種主要的分化細(xì)胞類型:(1)ec，(2)免疫細(xì)胞(巨噬細(xì)胞，樹(shù)突狀細(xì)胞和T細(xì)胞)，以及(3)SMCs和纖維細(xì)胞(圖3A)。此外，在每一細(xì)胞類型走向的軌跡路徑上，還有許多其他細(xì)胞出現(xiàn)，表明它們響應(yīng)d-flow的過(guò)渡性去分化狀態(tài)。為了更好地理解軌跡結(jié)果，我們將分析分為四種實(shí)驗(yàn)條件(圖3B)。在s-flow條件下(2D-R和2W-R)，大部分細(xì)胞分化良好，少數(shù)細(xì)胞處于過(guò)渡狀態(tài)。相反，d-flow條件誘導(dǎo)許多ec進(jìn)入過(guò)渡狀態(tài)，潛在地向smc和纖維轉(zhuǎn)化分化，表明EndMT。令人驚訝的是，我們還發(fā)現(xiàn)許多ec在急性d-flow條件下(2D-L)向免疫細(xì)胞轉(zhuǎn)移，在慢性d-flow條件下(2W-L)進(jìn)一步增加。 產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測(cè)試的假設(shè)。
肝細(xì)胞*(HCC)是全球第四大致命惡性**類型。然而，參與HCC進(jìn)展的確切分子機(jī)制尚不清楚。本研究發(fā)現(xiàn)缺氧誘導(dǎo)的CFL1通過(guò)***PLD1/AKT通路增加HCC的增殖、遷移、侵襲和EMT。本文于2021年3月發(fā)表在《Clinical and Translational Medicine》IF：7.919期刊上。
1、CFL1在HCC中高表達(dá)門靜脈瘤血栓(PVTT)是HCC預(yù)后不良的重要危險(xiǎn)因素。取3對(duì)HCC和配對(duì)的PVTT組織進(jìn)行iRTAQ檢測(cè)，挖掘到946個(gè)差異表達(dá)蛋白。圖1A列舉了*****上調(diào)的10個(gè)蛋白，其中CFL1在HCC中***高表達(dá)。WB和免疫組化表明CFL1在*旁組織，HCC和PVTT組織中表達(dá)逐漸上調(diào)（圖1B-C）。隨后在100對(duì)HCC和**組織，以及6株細(xì)胞系中檢測(cè)了CFL1的表達(dá)，證實(shí)CFL1在HCC中高表達(dá)。 Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對(duì)肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。青海課題省自然科學(xué)基金
可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。糖尿病課題免費(fèi)設(shè)計(jì)
1、在響應(yīng)CDK4/6抑制中瘤內(nèi)記憶類CD8+T細(xì)胞的表現(xiàn)
為了***評(píng)價(jià)CDK4/6抑制對(duì)抗**T細(xì)胞免疫的影響，使用多模式單細(xì)胞測(cè)序(CITE-seq)分析了CDK4/6抑制劑palbociclib或?qū)φ仗幚淼腗C38-OVA**小鼠的瘤內(nèi)T細(xì)胞群體(Fig.1A)。維度分析顯示MC38-OVA**中有10個(gè)不同的T細(xì)胞群(Fig.1B)。用CDK4/6i處理的**有較低頻率的CD4+調(diào)節(jié)性T細(xì)胞(Foxp3+Tregs)，而CD8+記憶類T細(xì)胞頻率更高，以Tcf7、Sell、Bcl2和Cd7高表達(dá)為特征(Fig.1B-D)。CD8+T細(xì)胞池的基因動(dòng)態(tài)表達(dá)揭示來(lái)源于CDK4/6i處理的小鼠的CD8+**免疫浸潤(rùn)（TILs）向更早、更像干細(xì)胞的分化狀態(tài)傾斜(Fig.1E-F)。與此一致，較早出現(xiàn)假時(shí)間軌跡的細(xì)胞表達(dá)更高水平的記憶相關(guān)基因(Tcf7,Sell,Il7r)，和更低水平的效應(yīng)相關(guān)基因(Prf1,Gzmb)和耗損標(biāo)志物(PD-1,TIM3)(Fig.1G)。 糖尿病課題免費(fèi)設(shè)計(jì)
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
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