6）MAPK1-109aa通過競爭性結(jié)合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化
為了研究MAPK1-109aa抑制GC的分子機(jī)制，我們將標(biāo)記的MAPK1-109aa質(zhì)粒轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞。在flag標(biāo)記的MAPK1-109aa免疫沉淀復(fù)合物中，潛在的相互作用蛋白被拉下(圖7a)。采用蛋白MS分析對差異表達(dá)蛋白進(jìn)行鑒定。在被識別的蛋白質(zhì)列表中，豐度比較高的蛋白質(zhì)是MEK1，表明MEK1是MAPK1-109aa潛在的相互作用蛋白(圖7b，c)。此外，flag標(biāo)記的MAPK1-109aa可以與MEK1相互作用，證實(shí)了MAPK1-109aa與MEK1之間的直接相互作用(圖7d)。免疫熒光染色顯示MAPK1-109aa與MEK1共定位(圖7e)。此外，我們采用MEK1抗體免疫共沉淀，探討MAPK1-109aa對MAPK1通路的潛在調(diào)控作用。 為鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶對RNA下拉沉淀物進(jìn)行質(zhì)譜分析。天津標(biāo)書
這些基因的體細(xì)胞突變狀態(tài)如圖所示。平均突變頻率比較高的基因是TP53（31.4%）、PTEN（5.7%）、NOTCH1（3.6%）、CTNNB1（3.6%）、XIST（3.4%）和MALAT1（3.4%）。還觀察到在子宮內(nèi)膜體*（UCEC）中有相對較高的突變頻率（7.6%）。
在泛*中構(gòu)建 m6A 亞型和特征
我們使用K-means算法分別將患者分為不同的m6A亞型。Elbow法確定了三種亞型。對數(shù)秩檢驗(yàn)發(fā)現(xiàn)，在排除死亡比例的**后，27種**中有24種**的定義亞型與總生存率***相關(guān)?<?10%。具體來說，我們定義了按中位生存時(shí)間（MST）排序的聚類。MST**長的組定義為第1組，MST**短的組定義為第3組，中間組定義為第2組。與第1組相比，第2組和第3組在27種**中有22種的生存率***降低。此外，當(dāng)臨床結(jié)果為無進(jìn)展間期（PFI）時(shí)，分類在大多數(shù)**類型中仍然***（16/26）或疾病特異性生存率（DSS）（18/26）。在總體人群的KM生存率分析中，m6A亞型在調(diào)整**類型后可***分層患者的生存率。四個體細(xì)胞突變在不同m6A亞型中的分布有***性差異，包括TP53、NOTCH1、CTNNB1和PTEN。 非酒精性脂肪性肝炎標(biāo)書省自然科學(xué)基金我們使用miR-127-3p抑制劑和模擬物在circSDHC缺失或過表達(dá)后進(jìn)行拯救實(shí)驗(yàn).
一、YTHDF1在胃*中的過表達(dá)
通過評估YTHDF1突變的分布，我們發(fā)現(xiàn)65%的突變是基因擴(kuò)增，這通常會導(dǎo)致基因產(chǎn)物的過表達(dá)(圖1A).通過對TCGA數(shù)據(jù)集進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)YTHDF1在胃*患者中的表達(dá)確實(shí)明顯高于正常組織(圖1B)。YTHDF1的高表達(dá)與胃*進(jìn)展(圖1C)和較差的總生存期(圖1D)相關(guān)。對正常胃組織和胃*標(biāo)本進(jìn)行免疫組化分析，證實(shí)**組織中YTHDF1蛋白表達(dá)上調(diào)(圖1F)。此外，YTHDF1在胃*患者中的異常高表達(dá)與更嚴(yán)重的臨床病理特征(如神經(jīng)周圍侵犯、侵襲性**分期(III/IV期vs.I/II期)、靜脈侵犯等***相關(guān)(圖1G）。KaplanMeier生存分析也顯示，YTHDF1高表達(dá)的胃*患者4年總生存期較差。綜上所述，YTHDF1在胃*發(fā)生中具有潛在的致瘤作用。
因此，我們使用了競爭結(jié)合試驗(yàn)，其中滴定MAD2野生型(WT)或R133E/Q134A(RQ)，一個二聚體和p31結(jié)合缺陷的突變體，未能抑制rit1-p31conmet結(jié)合(圖1E)。由于RIT1g結(jié)構(gòu)域與其他Ras-GTPases，特別是它的鄰域RIT2之間的相似性，假設(shè)RIT1s的n端或c端延伸可能介導(dǎo)與MAD2和p31conmet的相互作用(圖1F)。隨后分析了RIT1N-或c-末端缺失突變體，證明了c-末端結(jié)構(gòu)域?qū)τ贛AD2和p31conmet星結(jié)合是必要和充分的(圖1G、1H和S1J)。
在間期，RIT1 s c端尾部介導(dǎo)質(zhì)膜(PM)結(jié)合然而，在分析有絲分裂細(xì)胞時(shí)，我們觀察到RIT1在細(xì)胞進(jìn)入有絲分裂和進(jìn)入中期并在后期快速易位到PM時(shí)的彌漫性胞質(zhì)分布(圖2A和2B)。同樣，在有絲分裂細(xì)胞裂解物中檢測到內(nèi)源性RIT1的主要胞質(zhì)分布(圖2C)。(S209D/E)磷酸化，而非(S209A)缺磷，突變破壞了RIT1-MAD2/p31conmet結(jié)合(圖2D)。RIT1磷酸化在有絲分裂過程中**為豐富(圖2E)。抑制CDK1***降低了重組RIT1的磷酸化(圖2F)。免疫印跡檢測和質(zhì)譜證實(shí)CDK1/CyclinB1磷酸化RIT1 S209，(圖2G和2H)。 大量數(shù)據(jù)支持腸道微生物組在SCI中發(fā)揮重要作用。
結(jié)果1）Pex誘導(dǎo)肝纖維化微環(huán)境，促進(jìn)PDAC肝轉(zhuǎn)移
從小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)，大小約為50-150nm(圖1A，B)。進(jìn)一步的westernblot分析證實(shí)了分離的外泌體的存在(圖1C)。為了確定Pex在PDAC肝轉(zhuǎn)移中的作用，我們首先進(jìn)行了“教育”程序，并進(jìn)一步通過脾內(nèi)注射建立了PDAC肝轉(zhuǎn)移模型(圖1D)。在“教育”過程后，STE和原子力顯微鏡(AFM)顯示，與Npex組相比，Pex組小鼠的肝臟剛度***增加(圖1E，F(xiàn))。此外，肝組織膠原密度增加(圖1G)，肝ECM明顯重構(gòu)(圖1H，I)。同樣，PDAC原位植入模型也顯示原位**可增加肝臟膠原沉積。肝轉(zhuǎn)移模型顯示，與Npex組相比，Pex組肝轉(zhuǎn)移更多，肝質(zhì)量更高(圖1J)。這些數(shù)據(jù)表明，Pex可以通過重構(gòu)肝臟ECM來誘導(dǎo)肝纖維化微環(huán)境，促進(jìn)PDAC肝轉(zhuǎn)移。 RNA pull-down實(shí)驗(yàn)探索circNDUFB2是否通過與蛋白質(zhì)相互作用發(fā)揮功能。安徽標(biāo)書國家自然科學(xué)基金
在786-O和A498細(xì)胞中CDKN3敲除后的western blot分析證實(shí)了這一關(guān)系.天津標(biāo)書
3）IGF-1信號在Pex誘導(dǎo)的HSC活化和肝纖維化中至關(guān)重要
為了進(jìn)一步探索Pex調(diào)控HSC行為的機(jī)制，我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測序基因表達(dá)譜(圖3A)。在差異表達(dá)基因中，我們觀察到41個重疊的上調(diào)基因在Pan02exo組與Npex組和KPCexo組與Npex組之間存在部分交集(圖3B)。主要涉及的基因參與細(xì)胞外空間、細(xì)胞外區(qū)域和ECM(圖3C)，表明Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。此外，GO和KEGG通路分析顯示，IGF-1及其下游PI3K/AKT是受Pex影響的排名比較高的信號通路(圖3D，E)。westernblot分析支持了Pex***增加HSC中IGF-1R、IRS-1和AKT磷酸化的發(fā)現(xiàn)(圖3F)。當(dāng)使用IGF-1R抑制劑時(shí)，Pex誘導(dǎo)的p-IGF-1R、p-IRS-1和p-AKT的上調(diào)被阻斷(圖3G)?；谶@些結(jié)果，我們推測IGF-1信號可能是介導(dǎo)Pex依賴的HSC活化的關(guān)鍵因素。與預(yù)期的一樣，IGF-1R抑制劑抑制了Pex誘導(dǎo)的HSC的活化、增殖和遷移(圖4A-D)。此外，IGF-1R抑制劑逆轉(zhuǎn)了Pex誘導(dǎo)的HSC中ECM的產(chǎn)生(圖4E)。我們的體內(nèi)實(shí)驗(yàn)表明，IGF-1R抑制劑可以阻斷Pex誘導(dǎo)的肝纖維化(圖4F-I)。這些數(shù)據(jù)表明IGF-1信號在Pex誘導(dǎo)的肝纖維化中起重要作用。 天津標(biāo)書
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
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7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)