一、scRNA-Seq和scATAC-Seq的整合
共嵌入的UMAP圖顯示，scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)集中分析的大部分細胞相互重疊，這表明在大多數(shù)細胞簇中，染色質(zhì)可及性和相應(yīng)的基因轉(zhuǎn)錄表達的變化是一致的(圖2A)。整合結(jié)果顯示，兩個數(shù)據(jù)集中所有巨噬細胞簇幾乎完全重疊，表明我們的研究中確定的所有巨噬細胞簇沒有明確區(qū)分。scATAC-seq和scRNA-seq數(shù)據(jù)的單個UMAP圖顯示了各自的小區(qū)集群標識(圖2B和2C)。然后使用每個細胞簇中**個上調(diào)的基因生成熱圖(圖2D)。如圖2E所示，暴露于慢性d-流中的ec表現(xiàn)出許多與致***途徑相關(guān)的已知生物學(xué)過程的誘導(dǎo)。 TIMEOR是***個基于 Web 的自適應(yīng)時間序列多組學(xué)管道方法。河北課題實驗可參觀
此外，GFP-INPP4B的表達在基礎(chǔ)和wnt刺激條件下降低了GSK3β蛋白水平，與GSK3β的增強破壞一致(圖6d)。通過HrsshRNA消耗抑制晚期核內(nèi)體形成后，降低的GSK3β蛋白水平得以恢復(fù)(圖6f,g)。GFP-INPP4B而不是gfp載體細胞表現(xiàn)出明顯的GSK3β蛋白酶保護，這與GSK3β向晚期核內(nèi)體轉(zhuǎn)運的增強相一致(圖6h)。免疫熒光證實了這一點，在GFP-INPP4B中觀察到RFP-GSK3與LysoTracker共定位，這是一種積累在晚期核內(nèi)體/溶酶體中的染料，而不是gfp載體細胞(圖6i)。陜西課題分子生物學(xué)實驗我們接下來研究了Pex對HSCs生物學(xué)行為的影響。
但tbi暴露后，Ran***1染色分布異常，細胞核和細胞質(zhì)強度高(圖2E）。與對照組相比，腦外傷后Ran***1分布異常的細胞百分比明顯增高(圖2F）。反復(fù)的創(chuàng)傷損傷會干擾Ran***1在大腦中的定位。TBI大鼠損傷皮質(zhì)(同側(cè)半球)下海馬區(qū)域的腦細胞表現(xiàn)出錯誤定位和/或聚集(箭頭)或強烈的Ran***1核染色(箭頭)，而假手術(shù)對照組主要是光滑的核周染色(圖2H)。與假對照相比，創(chuàng)傷性腦損傷大鼠的NUP62顯示了明顯的胞質(zhì)(箭頭)和核(箭頭)錯位，假對照顯示了很少的胞質(zhì)(而沒有核)錯位(圖2J)。創(chuàng)傷性腦損傷腦組織中NUP62病理細胞的百分比明顯高于假手術(shù)對照組(圖2K).
circPLCE1通過編碼circPLCE1-411抑制CRC細胞增殖和遷移
為了探索circPLCE1-411的生物學(xué)功能，我們進行了細胞實驗。結(jié)果表明，轉(zhuǎn)染circPLCE1或circPLCE1-411的CRC細胞可抑制集落形成、球的形成、不依賴于錨定的生長和PDOs生長。然而，用帶有起始密碼子突變體的circPLCE1載體(circPLCE1-ATGmut)轉(zhuǎn)染對CRC細胞增殖沒有影響。此外，細胞遷移和傷口愈合實驗也顯示，轉(zhuǎn)染circPLCE1或circPLCE1-411載體可抑制CRC細胞遷移和侵襲，而轉(zhuǎn)染circPLCE1-ATGmut對CRC細胞遷移沒有影響。這些數(shù)據(jù)表明，circPLCE1通過編碼circPLCE1-411而不是circPLCE1的circRNA形式來抑制CRC細胞的增殖和遷移。 高通量測序后續(xù)的機制實驗。
三、ICICLE-seq聯(lián)合測量可及性和表位
A.在標準的scATAC-seq協(xié)議下，細胞膜的去除切斷了細胞表面和細胞染色質(zhì)狀態(tài)之間的連接。為了測試我們在通透性細胞上同時測量細胞表面蛋白和染色質(zhì)狀態(tài)的能力，我們修改了我們優(yōu)化的通透性細胞scATAC-seq方法，將其納入使用商用條形碼抗體試劑的測量，我們將這種新方法稱為ICICLE-seq.ICICLE-seq協(xié)議利用定制的Tn5轉(zhuǎn)座復(fù)合體，其捕獲序列與基因組公司的10xscRNA-seq凝膠珠捕獲反應(yīng)兼容，可同時捕獲ATAC片段和多聚腺苷化抗體條形碼序列.
B.UMAP投影和ATAC標記轉(zhuǎn)移在ICICLE-seq數(shù)據(jù)上的分辨率與scATAC-seq在死亡細胞和***碎片后的完整通透細胞上的分辨率相似.
C.然而，基于poly-based的捕獲方法和置換片段的單端讀出限制了數(shù)據(jù)質(zhì)量。盡管如此，ICICLE-seq結(jié)果表明，通透細胞能夠同時捕獲細胞核染色質(zhì)可達性和高質(zhì)量的細胞表面表位定量。我們能夠利用額外的ADT數(shù)據(jù)聚集并根據(jù)細胞表面抗原識別細胞類型.
D.E.基于ADT數(shù)據(jù)的UMAP和JaccardLouvain聚類可以根據(jù)細胞類型特異性標記與聚類的明確關(guān)聯(lián)識別細胞類型特異性聚類。 英拜生物對實驗可行性分析。湖北課題整體服務(wù)
表達PTEN- 398A的細胞中上調(diào)的基因與G1/S檢查點的***有關(guān)。河北課題實驗可參觀
二、TBI破壞了NPC和Ran***1的分布，導(dǎo)致TBPH/NPC共聚集
使用鼻咽*標記Mab414，它可以識別包括Nup62在內(nèi)的幾個Nups的FG結(jié)構(gòu)域，我們發(fā)現(xiàn)在非tbi控制的果蠅大腦中，核膜上有一個主要的同質(zhì)的環(huán)狀標記。非腦外傷對照組的腹神經(jīng)索(VNC)鼻咽*染色呈均勻分布。相比之下，暴露于TBI的vnc核膜NPC染色不規(guī)則，顯示核形態(tài)紊亂。我們在腦外傷后觀察到核膜間隙和聚集(Mab414團塊)的出現(xiàn)(圖2A)。TBI腦中Mab414染色異常的細胞百分比明顯高于非TBI對照(圖2B）。tbi暴露的vnc中Tbph和Mab414的核周和細胞質(zhì)共聚集，而對照大腦顯示很少或沒有共聚集(圖2C)。定量結(jié)果顯示，與對照組相比，tbi暴露的vnc中具有共聚集的Mab414 tbph陽性細胞百分比***升高(圖2D)。Ran***1對Ran-GTP的水解對于核出口過程中貨物進入細胞質(zhì)至關(guān)重要。Ran***1維持核/細胞質(zhì)Ran梯度，其丟失會導(dǎo)致細胞死亡。在非tbi對照組大腦中，Ran***1在核膜內(nèi)分布均勻，少數(shù)細胞表現(xiàn)出強烈的核信號。 河北課題實驗可參觀
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