6.靶向遞送lnc-PMIFsiRNA接近骨形成表面的OPCs促進(jìn)老年小鼠骨形成
接下來評(píng)價(jià)lnc-PMIF在骨形成表面周圍的老年OPCs中系統(tǒng)靶向沉默對(duì)衰老相關(guān)骨質(zhì)疏松的影響。為促進(jìn)lnc-PMIFsiRNA（即si-PMIF）接近骨形成表面周圍的OPCs，si-PMIF或si-NC被包裹在骨形成表面靶向遞送系統(tǒng)（即，(DSS6)-脂質(zhì)體）。21月齡自然衰老的雄性和雌性小鼠靜脈注射(DSS6)-脂質(zhì)體-si-PMIF、(DSS6)-脂質(zhì)體-si-NC或(DSS6)-脂質(zhì)體單藥（溶劑）。si-PMIF處理組Gli1+細(xì)胞中l(wèi)nc-PMIF的表達(dá)***降低，si-PMIF處理組兩種性別小鼠的骨量更高，脛骨干骺端微結(jié)構(gòu)更好，BMD和BV/TV更高，MAR和BFR/BS較高。這些發(fā)現(xiàn)表明，靶向沉默骨形成表面周圍OPCs中的lnc-PMIF可以促進(jìn)衰老相關(guān)骨質(zhì)疏松小鼠的骨形成。 進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對(duì)基因毒性損傷的反應(yīng)。彌散圖
應(yīng)用ssGSEA計(jì)算了2236條典型路徑在基因組中的富集分?jǐn)?shù)。FDR校正后，共有949條通路（42.4%）與m6A信號(hào)***相關(guān)，表明m6A修飾與***的生物學(xué)過程相關(guān)，大多數(shù)**類型的結(jié)果一致。還發(fā)現(xiàn)了一些與*****相關(guān)的經(jīng)典途徑，如FOXM1途徑、細(xì)胞周期調(diào)控、polo樣激酶1（PLK1）相關(guān)途徑和AuroraA/B途徑。
與m6A修飾相互作用的潛在靶點(diǎn)
我們?cè)谥辽?0種PFDR**亞型中鑒定出114個(gè)與該特征相關(guān)的新基因<?0.05。在105個(gè)有可用**評(píng)分的基因中，78個(gè)基因（74.3%）通過了建議的閾值（**評(píng)分>?21.09），明顯高于**評(píng)分系統(tǒng)中隨機(jī)選擇*基因的比例（35%）。 高糖條件高表達(dá)的外泌體CD44v6和C1QBP是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移的很有前途的生物標(biāo)志物。
七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進(jìn)胃*進(jìn)展
和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細(xì)胞中轉(zhuǎn)染FZD7構(gòu)建物或空載體對(duì)照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細(xì)胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細(xì)胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細(xì)胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達(dá)結(jié)果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達(dá)的相關(guān)性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關(guān)檢驗(yàn))。I，三對(duì)胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結(jié)果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調(diào)節(jié)b-catenin信號(hào)通路促進(jìn)胃*進(jìn)展的示意圖。
由于HoxBlinc通過招募SETD1A和MLL1復(fù)合物，并在HoxB前位點(diǎn)組織活躍的染色質(zhì)結(jié)構(gòu)域，促進(jìn)HoxB前基因的表達(dá)，NPM1c+或HoxBlincTg引起的HoxBlinc上調(diào)可以通過增強(qiáng)子/啟動(dòng)子染色質(zhì)可及性來***其在HSPC中的靶基因。為了驗(yàn)證這一點(diǎn)，使用WT、NPM1c/+和HoxBlincTg小鼠的LSK細(xì)胞進(jìn)行了轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)分析高通量測(cè)序 (ATAC-seq)。巧合的是，NPM1c/+和HoxBlincTg LSK細(xì)胞有相當(dāng)一部分基因表現(xiàn)出啟動(dòng)子可及性的增加(28.9%)或減少(24.3%)（圖4e）。此外，NPM1c+或HoxBlincTg使啟動(dòng)子可及性增加的基因中有相當(dāng)一部分也上調(diào)，這些基因包括NPM1c特征基因HoxB2-5、HoxA9-10、Meis1和Runx1，以及其他靶基因如Stat1和Cdr2（圖4f-g）。這些結(jié)果表明HoxBlinc lncRNA的過表達(dá)通過增強(qiáng)HSPC中增強(qiáng)子/啟動(dòng)子染色質(zhì)的可及性特異性***NPM1c+標(biāo)記基因。caspase-3抗體是一種***用于檢測(cè)凋亡細(xì)胞的標(biāo)志物。
4）circPDE4B促進(jìn)了RIC8A和MID1之間的三元配合物的形成，促進(jìn)了RIC8A的降解
我們?cè)噲D鑒定參與RIC8A蛋白酶體降解的E3連接酶。有趣的是，MS結(jié)果顯示circPDE4B也結(jié)合了兩個(gè)E3連接酶，包括RNF2和MID1。然而，由于RNF2定位于細(xì)胞核內(nèi)，我們選擇MID1進(jìn)行進(jìn)一步研究。實(shí)際上，通過免疫沉淀分析，MID1被發(fā)現(xiàn)與RIC8A結(jié)合(圖4A)。RIC8A和MID1的免疫熒光染色也證實(shí)了它們?cè)贖Cs***定位(圖4B)。IP結(jié)果表明，MID1敲低有效地削弱了RIC8A和MID1過表達(dá)的泛素化作用，增加了RIC8A泛素化作用(圖4C)。Co-IP實(shí)驗(yàn)也顯示，與對(duì)照組相比，circPDE4B敲低細(xì)胞中RIC8A和MID1的結(jié)合減少，而過表達(dá)circPDE4B則有相反的作用(圖4D)。 zVAD預(yù)處理也略微增加了IR后PTEN-398A細(xì)胞中未解決的DNA損傷灶的數(shù)量。耐藥性
英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。彌散圖
四、RIT1抑制MCC-MAD2結(jié)合，促進(jìn)APC/C底物降解
在MAD1與未連接的動(dòng)點(diǎn)結(jié)合后，MAD2從開放的構(gòu)象狀態(tài)(O-MAD2)轉(zhuǎn)化為封閉的構(gòu)象狀態(tài)(C-MAD2)， SAC信號(hào)被緊密調(diào)控和放大。MAD2的構(gòu)象變化啟動(dòng)了它與CDC20的結(jié)合。為了直接測(cè)試RIT1是否抑制了MAD2與CDC20或MAD1的關(guān)聯(lián)，進(jìn)行了競(jìng)爭(zhēng)性pull-down實(shí)驗(yàn)來測(cè)試RIT1-MAD2和MAD2-CDC20/ MAD1結(jié)合之間的互斥性(圖4A和4B)。MAD2結(jié)合肽1 (MBP1)是一種模擬CDC20和MAD1相互作用基序(MIM)的高親和合成肽，它取消了MAD2- rit1的結(jié)合。評(píng)估了RIT1與O-或c -狀態(tài)穩(wěn)定的MAD2突變體的結(jié)合(圖4C)。用過量的RIT1 c端尾肽孵育MAD2蛋白，并用凝膠過濾分離(圖4D)。
彌散圖
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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)