circACTN4促進(jìn)BC細(xì)胞增殖并調(diào)節(jié)細(xì)胞凋亡
為了探索 circACTN4 在 BC 細(xì)胞中的生物學(xué)功能，將circACTN4過(guò)表達(dá)質(zhì)粒和circACTN4的siRNA轉(zhuǎn)染到BC細(xì)胞中。qRT-PCR驗(yàn)證敲低過(guò)表達(dá)效率及不影響ACTN4線(xiàn)性轉(zhuǎn)錄本的表達(dá)水平。集落形成、EdU和CCK-8檢測(cè)表明 circACTN4的過(guò)表達(dá)顯著增強(qiáng)了BC細(xì)胞的增殖能力，而circACTN4的敲低顯著抑制了細(xì)胞活力。hoechst 33342染色顯示，轉(zhuǎn)染si-circACTN4后，BC細(xì)胞出現(xiàn)明顯的凋亡形態(tài)特征，包括熒光更強(qiáng)、核片段、染色質(zhì)聚集和凋亡小體。使用AnnexinV/PI染色通過(guò)流式細(xì)胞術(shù)檢測(cè)細(xì)胞凋亡率，結(jié)果表明circACTN4敲低可以誘導(dǎo)BC的細(xì)胞凋亡。WB結(jié)果顯示，circACTN4 的下調(diào)導(dǎo)致更高水平的caspase-3和Bax以及更低的Bcl-2表達(dá)。 Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。發(fā)育芯片
6）SsD抑制患者原代細(xì)胞
我們從吉林大學(xué)***醫(yī)院**組織/生物標(biāo)本庫(kù)獲取AML患者外周血，進(jìn)一步評(píng)估SsD對(duì)白血病進(jìn)展的影響。SsD***抑制了白血病細(xì)胞增殖(圖6A)、集落形成能力(圖6B)、誘導(dǎo)細(xì)胞周期阻滯(圖6C)。在機(jī)制上，這是由FTO介導(dǎo)的m6ARNA甲基化及其在SsD處理的原代細(xì)胞中的靶點(diǎn)調(diào)控的(圖6D-G)。當(dāng)我們使用“人-鼠”異種移植白血病模型來(lái)評(píng)估SsD在體內(nèi)對(duì)白血病進(jìn)展的影響時(shí)(圖6H)，與上述類(lèi)似，使用SsD******抑制AML進(jìn)展，包括降低WBC，減少BM中的白血病母細(xì)胞，減少脾腫大，抑制肺轉(zhuǎn)移，延長(zhǎng)AML原代細(xì)胞異種移植小鼠的存活時(shí)間(圖6I-N)。因此，這些體內(nèi)研究結(jié)果表明SsD具有***FTO介導(dǎo)的AML的潛力。 芯片定制服務(wù)公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。
2021年，美國(guó)華盛頓大學(xué)生物醫(yī)學(xué)信息學(xué)與醫(yī)學(xué)教育系和華盛頓大學(xué)兒科等團(tuán)隊(duì)合作在Elife（IF=7.08） 雜志上發(fā)表了文章“Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq.”。此報(bào)道開(kāi)發(fā)了一種新的scATAC-seq工作流程，增加了信噪比，并允許對(duì)細(xì)胞表面標(biāo)記物和染色質(zhì)可及性進(jìn)行配對(duì)測(cè)量:染色質(zhì)環(huán)境和表位的整合細(xì)胞索引，稱(chēng)為ICICLE-seq。用基于液滴的多組學(xué)平臺(tái)擴(kuò)展了這種方法，開(kāi)發(fā)了一種三峰分析方法，可以同時(shí)測(cè)量數(shù)千個(gè)單細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組學(xué)(scRNA-seq)、表位和染色質(zhì)可及性(scATAC-seq)，并稱(chēng)之為T(mén)EA-seq。這些多模式單細(xì)胞檢測(cè)提供了一個(gè)新的工具箱來(lái)識(shí)別基于表型定義的細(xì)胞類(lèi)型的類(lèi)型特異性基因調(diào)控和表達(dá)。
三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動(dòng)態(tài)
由于技術(shù)限制，scRNA-seq難以檢測(cè)低豐度轉(zhuǎn)錄本（如轉(zhuǎn)錄因子TFs），而通過(guò)染色質(zhì)的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測(cè)了人類(lèi)胚胎Lin- CD34+ CD38-細(xì)胞的單細(xì)胞染色質(zhì)可及性，分別對(duì)18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了測(cè)序，基于SNN算法，共得到7個(gè)不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數(shù)據(jù)中檢測(cè)了所選標(biāo)記基因的可及性，與干細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)記基因(如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2)的可及性較高，而與不同譜系相關(guān)的基因(如MPO、ALAS2、MPEG1和CD19)的可及性較低，這與分選細(xì)胞的未分化特性一致(圖3B)。生成的軌跡顯示出兩個(gè)分支，每個(gè)分支的染色質(zhì)可及性和分化有明顯的趨勢(shì)(圖3D和3E)。 進(jìn)一步了解阻斷atm依賴(lài)的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對(duì)基因毒性損傷的反應(yīng)。
第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳）
附加文件中可以包括平臺(tái)、批次等信息。 例如，在平臺(tái)列中，“1”表示數(shù)據(jù)來(lái)自 Affymetrix U133 plus2 平臺(tái)，“2”表示來(lái)自安捷倫微陣列芯片的數(shù)據(jù)，“3”表示來(lái)自 Illumina Hiseq 2000 的數(shù)據(jù)等。
第四步：填寫(xiě)電子郵箱（選填，建議填寫(xiě)）
如果填寫(xiě)郵箱，結(jié)果會(huì)以郵件形式發(fā)送至該郵箱。
第五步：提交
數(shù)據(jù)文件全部上傳后，點(diǎn)擊“Submit”進(jìn)行提交，頁(yè)面會(huì)自動(dòng)跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁(yè)。也可以根據(jù)頁(yè)面給出的job ID查詢(xún)結(jié)果。
總而言之，我們可以使用Rank-In對(duì)**的芯片和 RNA-seq中的混合數(shù)據(jù)進(jìn)行綜合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。 阻斷atm依賴(lài)的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配?；罴?xì)胞成像
上海英拜提供課題外包服務(wù)。發(fā)育芯片
此外，生存分析顯示，EV中CD44v6和C1QBP高表達(dá)的患者的生存結(jié)局明顯較差(圖7F)。循環(huán)外泌體的隨訪(fǎng)數(shù)據(jù)也顯示了一致的結(jié)果。PDAC患者中循環(huán)外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于健康對(duì)照組(圖7G)， PDAC伴有肝轉(zhuǎn)移的患者中循環(huán)外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于無(wú)肝轉(zhuǎn)移的患者(圖7G)。免疫電子顯微鏡顯示，CD44v6和C1QBP在PDAC患者的循環(huán)外泌體***表達(dá)(圖7H)。高循環(huán)外泌體表達(dá)CD44v6和C1QBP的患者比其他患者更容易發(fā)生肝轉(zhuǎn)移 (圖7I)。然而，高表達(dá)循環(huán)外泌體CD44v6和C1QBP的患者生存率明顯較差(圖7J)?？傊?，我們的研究結(jié)果證實(shí)了CD44v6和C1QBP在組織源性EV和循環(huán)外泌體中的表達(dá)可以預(yù)測(cè)PDAC患者的預(yù)后和肝轉(zhuǎn)移。
結(jié)論：我們揭示了原代PDAC細(xì)胞和HSCs之間通過(guò)PDAC來(lái)源的外泌體進(jìn)行遠(yuǎn)距離的細(xì)胞通信。此外，Pex通過(guò)促進(jìn)肝纖維化微環(huán)境的形成來(lái)指示肝特異性轉(zhuǎn)移。更重要的是，我們發(fā)現(xiàn)外泌體CD44v6/C1QBP復(fù)合物傳遞到HSC的質(zhì)膜上誘導(dǎo)IGF-1信號(hào)通路的***。外泌體CD44v6和C1QBP可能是預(yù)測(cè)PDAC患者預(yù)后的有前途的生物標(biāo)志物，也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。 發(fā)育芯片
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀(guān)，客戶(hù)可隨時(shí)參觀(guān)實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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2.標(biāo)書(shū)申請(qǐng)：提供標(biāo)書(shū)課題設(shè)計(jì)、撰寫(xiě)，標(biāo)書(shū)部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開(kāi)展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書(shū)均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀(guān)遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)