circ_0072083 沉默通過(guò)調(diào)節(jié) ALKBH5 介導(dǎo)的 TMZ 抗性神經(jīng)膠質(zhì)瘤細(xì)胞中的去甲基化抑制 NANOG 水平
為了探索ALKBH5和NANOG是否需要通過(guò)circ_0072083調(diào)節(jié)TMZ抗性，在TMZ抗性組織和細(xì)胞中檢測(cè)了它們的水平。與敏感組相比，TMZ抗性組織和細(xì)胞中ALKBH5和NANOG mRNA水平顯著升高。與敏感組相比，TMZ抗性組的NANOG mRNA m6A水平明顯降低。此外，在TMZ抗性組織和細(xì)胞中，ALKBH5和NANOG蛋白水平明顯增加。并且使用sh-ALKBH5轉(zhuǎn)染通過(guò) ALKBH5沉默顯著降低了NANOG 表達(dá)。RIP分析顯示NANOG可以在 U251/TR和U87/TR 細(xì)胞中被 ALKBH5 富集。此外，ALKBH5沉默明顯增強(qiáng)了NANOG mRNA的m6A水平并降低了響應(yīng)放線(xiàn)菌素D的NANOG mRNA穩(wěn)定性。此外，在 U251/TR 和 U87/TR 細(xì)胞中評(píng)估了circ_0072083對(duì)ALKBH5 和NANOG表達(dá)的影響。結(jié)果表明，circ_0072083 沉默顯著降低了ALKBH5和 NANOG 的豐度，并增加了 NANOG mRNA 的 m6A 水平。顯示多蛋白復(fù)合物（METTL3、METTL14 和 WTAP）介導(dǎo) NANOG mRNA 的 m6A 修飾以誘導(dǎo)其降解。circ_0072083 可以上調(diào) ALKBH5 表達(dá)，其介導(dǎo) NANOG mRNA 3'UTR 的去甲基化，導(dǎo)致NANOG mRNA 穩(wěn)定性增加。這些數(shù)據(jù)表明circ_0072083可以通過(guò)調(diào)節(jié)ALKBH5介導(dǎo)的去甲基化來(lái)調(diào)節(jié)NANOG的表達(dá)。 動(dòng)物建模模型實(shí)驗(yàn)的整體服務(wù)。熱休克蛋白
進(jìn)一步檢測(cè)S100A4的功能，結(jié)果顯示敲除S100A4***降低高轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞系的遷移和侵襲能力，過(guò)表達(dá)S100A4則***增強(qiáng)低轉(zhuǎn)移性HCC細(xì)胞系的遷移和侵襲能力（圖3d）。然后作者收集了S100A4敲除和S100A4過(guò)表達(dá)的HCC細(xì)胞的外泌體，結(jié)果得到了類(lèi)似的結(jié)論，S100A4過(guò)表達(dá)外泌體***增強(qiáng)HCC細(xì)胞的遷移和侵襲，以及體內(nèi)肺部轉(zhuǎn)移的能力（圖3e-f）。這些結(jié)果證實(shí)了外泌體S100A4具有增強(qiáng)HCC細(xì)胞轉(zhuǎn)移潛力的功能。
4、外泌體S100A4通過(guò)STAT3磷酸化***OPN轉(zhuǎn)錄
接下來(lái)探究了S100A4的作用機(jī)制，首先選擇了21個(gè)**干性相關(guān)基因，然后下載了GEO數(shù)據(jù)進(jìn)行相關(guān)性分析，結(jié)果顯示S100A4主要和11個(gè)基因正相關(guān)（圖4a）。隨后檢測(cè)了不同HCC細(xì)胞系中敲除和過(guò)表達(dá)S100A4后11個(gè)基因的表達(dá)水平的改變，結(jié)果顯示只有OPN是S100A4的下游基因，其表達(dá)受到S100A4的調(diào)控（圖4b-f）。OPN是促進(jìn)HCC轉(zhuǎn)移和干性的關(guān)鍵因子，但外泌體S100A4調(diào)節(jié)OPN的機(jī)制仍不清楚。 凋亡芯片高通量測(cè)序的后續(xù)成文服務(wù)。
RIT1M90I***降低了MAD2-CDC20和BubR1-CDC20的相互作用(圖4E和4F)；表明致病RIT1蛋白水平阻礙MCC的完整性，符合RIT1從CDC20中隔離MAD2并促進(jìn)MCC拆卸的模型。用重組RIT1補(bǔ)充這些提取物增加了CyclinB1和Securin的泛素化和降解，表明APC/C活性增加，可能是由于MCC抑制緩解(圖4G)。RIT1缺失細(xì)胞顯示CyclinB1降解延遲(圖4H)。此外，RIT1M90I的表達(dá)加速了正常細(xì)胞生長(zhǎng)下CyclinB1的降解(圖4I);然而，其對(duì)CyclinB1降解的影響在藥理學(xué)誘導(dǎo)的有絲分裂阻滯下被消除(圖S4M)，這表明致病性水平的RIT1不能抑制過(guò)度活躍的SAC反應(yīng)。
另外，相對(duì)于對(duì)照組，在生理?xiàng)l件下，單獨(dú)使用siFth不能顯著增加ROS的產(chǎn)生。對(duì)鐵死亡的抗性與抑制BODIRY-C11氧化有關(guān)。與上述ROS結(jié)果一致。測(cè)量了鐵死亡的幾種推定生物標(biāo)志物，包括xCT，Cox2和4HNE表達(dá)。如預(yù)期的那樣，與對(duì)照組+刮擦損傷組相比，在siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細(xì)胞中，刮擦損傷的xCT表達(dá)顯著下降，而Cox-2和4HNE的表達(dá)顯著增加。重要的是，與未經(jīng)***的siFth組相比，用褪黑素處理siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細(xì)胞在刮傷后未能顯著改變xCT，Cox2和4HNE的表達(dá)。另外，在生理?xiàng)l件下，單獨(dú)的siFth與對(duì)照組之間上述蛋白質(zhì)的表達(dá)沒(méi)有顯著差異。這些結(jié)果表明，用siFth轉(zhuǎn)染的HT-22細(xì)胞易受機(jī)械性刮擦損傷誘導(dǎo)的脂質(zhì)過(guò)氧化和鐵死亡的影響，而褪黑素在統(tǒng)計(jì)學(xué)上并未減輕損傷后的鐵死亡，并且siFth不會(huì)影響褪黑素受體的表達(dá)。根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。
揭示轉(zhuǎn)錄因子如何隨著時(shí)間的推移在DNA、RNA和蛋白質(zhì)水平上調(diào)節(jié)其靶標(biāo)，對(duì)于定義基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)(GRN)和分配正常和疾病狀態(tài)的機(jī)制至關(guān)重要。RNA-seq是一種使用已建立的分析階段測(cè)量基因調(diào)控的標(biāo)準(zhǔn)方法。然而，目前可用的用于解釋有序基因組數(shù)據(jù)（在時(shí)間或空間上）的管道方法都沒(méi)有使用時(shí)間序列模型來(lái)分配GRN內(nèi)的因果關(guān)系。此外，也需要將有序的RNA-seq數(shù)據(jù)與蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)相結(jié)合以區(qū)分直接與間接相互作用的方法。
TIMEOR是***個(gè)基于Web的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法，它可以推斷基因調(diào)控事件之間的關(guān)系。TIMEOR通過(guò)利用時(shí)間序列RNA-seq、基序分析、蛋白質(zhì)-DNA結(jié)合數(shù)據(jù)和蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，解決了對(duì)確定因果調(diào)節(jié)機(jī)制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。 完善的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)提供可視化的建模服務(wù)。凋亡芯片
小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu)。熱休克蛋白
1、循環(huán)miR-208b是CRC中FOLFOX化療敏感性的一種很有前途的生物標(biāo)志物
如圖1所示，作者設(shè)計(jì)了一項(xiàng)多期研究，以確定新的血清miRNAs作為預(yù)測(cè)和監(jiān)測(cè)奧沙利鉑聯(lián)合亞葉酸和5-FU（FOLFOX）化療反應(yīng)的替代標(biāo)志物。
作者檢測(cè)了69個(gè)化療敏感和47個(gè)化療不敏感患者的血漿中miR-208b表達(dá)，結(jié)果顯示與未響應(yīng)組相比，miR-208b的表達(dá)水平在響應(yīng)組***下調(diào)（圖2A-B）。同時(shí)檢測(cè)了血清*胚抗原(CEA)水平，血清miR-208b的曲線(xiàn)下面積(AUC)與血清CEA的AUC相比，優(yōu)于血清CEA水平。在化療響應(yīng)組，在化療前miR-208b的表達(dá)高于化療后，而在未響應(yīng)組，化療前低于化療后水平（圖2C）。生存分析顯示，無(wú)進(jìn)展生存期化療響應(yīng)組***高于未響應(yīng)組，miR-208b低表達(dá)組***高于高表達(dá)組（圖2D）。這些結(jié)果表明miR-208b可作為預(yù)測(cè)CRC中FOLFOX化療敏感性的非侵襲性標(biāo)志物。 熱休克蛋白
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶(hù)可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)