五、NF-κB調節(jié)表達VCAM1的近端小管亞群的分子特征
檢測了一組近端小管細胞，VCAM1的表達和染色質可及性增加，我們將其命名為PT_VCAM1(圖1)。免疫熒光研究表明，VCAM1在近端小管上皮中呈散在分布的表達(圖5a)。我們的單細胞研究估計PT_VCAM1占總細胞數(shù)的2%，近端小管上皮細胞數(shù)的6%。我們還證實，在LTL+ PT細胞中，VCAM1+小管細胞占4.19 1.58%，而在腎皮質的UMOD+ TAL細胞中，VCAM1+細胞未被檢測到(圖5b)。雖然之前的研究表明VCAM1在亨利氏襻(dTL)的降肢表達，但我們*通過AQP1對腎臟切片進行鏈紋檢測，觀察到VCAM1在dTL的一個亞組表達(圖5c)。這些數(shù)據(jù)表明，VCAM1+小管細胞大部分位于皮質內(nèi)近端小管內(nèi)。與VCAM1+ PT細胞相比，有少數(shù)dTL小管表達VCAM1。免疫熒光分析確定了一個VCAM1+近端小管細胞亞群表達CD24或CD133(圖5d)。 FMT處理促進神經(jīng)元存活和突觸重建。肝脂肪變性標書北京
HoxBlinc的過表達通過提高HSPC+中增強子/啟動子染色質的可及性***NPM1c+標記基因
為了進一步確定HOXBLINC是否是NPM1c+的下游介質，以維持HSPC中NPM1c+標記基因的***，對8周齡小鼠的WT和HoxBlincTgLSK細胞進行了RNA-seq，總計鑒定到1281個差異表達基因（圖4a）。其中，上調的有718個，下調的有563個。值得注意的是，在NPM1c/+vs.WTLSK細胞中，27.3%的上調基因和21%的下調基因基因重疊（圖4b）。GSEA分析HoxBlincTgvs.WTLSK細胞差異表達基因揭示了與NPM1c/+與WTLSK細胞相似的轉錄特征和富集通路，包括NPM1-mutated特征，HOXA9致*途徑，HSC增殖，細胞命運的承諾，骨髓分化，Wnt和JAK-STAT信號通路（圖4c-d）。 VEGF標書國家自然科學基金circNDUFB2敲低可降低細胞培養(yǎng)上清液中這些細胞因子的水平。
4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調控PDAC細胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達，發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比，CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外，westernblot檢測表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強烈減弱了Pex誘導的IGF-1信號通路的***(圖5D)。同時，在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導的HSC活化(圖5E，F(xiàn))、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導的HSC***中的作用，我們進一步研究了過表達CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過表達CD44v6并沒有像預期的那樣提高α-SMA的表達(圖5H)。這些結果表明，CD44v6在Pex誘導的HSC***中發(fā)揮了重要作用。
環(huán)狀RNA（circRNA）是動植物中一類豐富且保守的RNA。**近的研究表明，circRNA可以通過充當非編碼RNA或編碼RNA發(fā)揮多種生物學作用。體外合成的circRNA可以不依賴于帽的方式進行翻譯。但鑒定circRNA編碼的蛋白質是困難的，主要是因為circRNA序列及其宿主基因的同源線性mRNA具有較大的重疊。近期NucleicAcidsResearch雜志在線發(fā)表了題名為：TransCirc:aninteractivedatabasefortranslatablecircularRNAsbasedonmulti-omicsevidence的文章，該文章主要講述了circRNA翻譯預測和分析的數(shù)據(jù)庫——TransCirc。短鏈脂肪酸在神經(jīng)退行性疾病中發(fā)揮***和神經(jīng)保護作用。
判定上述巨噬細胞中miR-138-5p表達上調的原因，檢測了巨噬細胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結果顯示共培養(yǎng)和對照組間原代和前體miR-138的水平?jīng)]有差異，表明miR-138-5p是外源供應的（圖1A）。此外，使用RNaseA處理miR-138-5p水平不變，使用TritonX-100其水平***下降。提示miR-138-5p被膜狀結構包裹（圖1B）。進一步分析表明使用外泌體抑制劑GW4869處理組和外泌體刪除組的培養(yǎng)基中miR-138-5p的表達***下降（圖1C）。表明外泌體來源于乳腺*細胞。類似的，外泌體抑制劑GW4869處理導致共培養(yǎng)的巨噬細胞中miR-138-5p的水平***下降，而KDM6B的水平***上升（圖1D-E）。乳腺*細胞外泌體增加TPH-1細胞中miR-138-5p的表達但***KDM6B的表達，但這種作用被miR-138-5p抑制劑處理廢除（圖3F-G）。轉染miR-138-5pmimic的乳腺*細胞增加了外泌體miR-138-5p的水平（圖3H）。過表達miR-138-5p的乳腺*細胞外泌體增加了miR-138-5p水平，***了THP-1細胞中KDM6B的表達（圖3I-J）。總之，這些結果表明，*細胞分泌的外泌體miR-138-5p被傳遞到巨噬細胞中。 脊髓損傷（Spinal cord injury, SCI）患者表現(xiàn)出腸道菌群紊亂而腸道失調加重SCI模型中的神經(jīng)損傷。外泌體標書江蘇
circNDUFB2作為一個支架增強IGF2BP蛋白與TRIM25的結合。肝脂肪變性標書北京
為了探究MIR210HG是否參與了一個新的MIR210HG- miRNA -HMGA2調控網(wǎng)絡，我們使用TargetScan、miRanda、CLIP-Seq和miRDB生物信息學數(shù)據(jù)庫來預測與HMGA2結合的mirna(圖3F)。選擇3個軟件程序分析交叉處的miRNAs作為候選miRNAs。通過將野生型雙熒光素酶載體介導的HMGA2構建物共轉染HEK293T細胞，共鑒定和篩選了110個miRNAs。轉染后，23個miRNA轉染細胞的熒光素酶活性***降低(圖3G)。在上述23種miRNAs中，轉染miR-3373p、miR-137、let-7c-5p和miR-98-5p時，熒光素酶活性***降低，其中轉染miR-337-3p和miR-137時，熒光素酶活性降低**多。利用生物信息學數(shù)據(jù)庫TargetScan預測miR-337-3p和miR-137中與HMGA2結合的位點。雙熒光素酶基因報告基因檢測結果顯示，miR-337-3p和miR-137在其預測的結合位點上結合HMGA2(圖3H)。qPCR結果顯示，miR-337-3p和miR-137負調控HMGA2的表達(圖3I)。采用Pearson’s秩相關法分析MIR210HG與HMGA2表達的相關性，發(fā)現(xiàn)HMGA2的表達與MIR210HG呈正相關(圖3 J和K)。這些結果表明MIR210HG可能參與了新的MIR210HG-miR-337-3p/137-HMGA2調控網(wǎng)絡。肝脂肪變性標書北京
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設計外包、撰寫SCI論文一站式服務。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導下完成。
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗