作者構(gòu)建了 (WT) SLC7A113’-UTR和突變型(Mut) 3’-UTR兩種質(zhì)粒(圖6H)。結(jié)果表明，只有過(guò)表達(dá)YTHDC2WT降低SLC7A11 mRNA在H1299細(xì)胞中的穩(wěn)定性，敲除YTHDC2可以提高SLC7A11 mRNA在H1975細(xì)胞中的穩(wěn)定性。然而，與WT 3’-UTR相比，Mut報(bào)告基因的這些作用減弱(圖6I和J)。在檢測(cè)外源性F-Luc-SLC7A11融合mRNA的RNA穩(wěn)定性后，得到了類似的結(jié)果(圖6K-M)。總的來(lái)說(shuō)，3’-UTR上的m6A位點(diǎn)對(duì)于YTHDC2使SLC7A11 mRNA不穩(wěn)定至關(guān)重要。
7.抑制YTHDC2對(duì)XC-系統(tǒng)靶向***敏感，并與LUAD進(jìn)展相關(guān)
為了評(píng)估YTHDC2抑制在LUAD中的重要性，從cohort#1隨機(jī)抽取20例YTHDC2lowLUAD，其中50%屬于腺泡型(圖7A)。在cohort#2中，與相鄰組織相比，**中YTHDC2表達(dá)下調(diào)，62%(62/100)的腺泡組織被歸類為YTHDC2low(圖7B、C)。與無(wú)這種表達(dá)模式的腺泡性LUAD患者相比，YTHDC2low的患者總生存期要短得多(圖7D)，進(jìn)一步表明YTHDC2抑制可能對(duì)腺泡性LUAD的**進(jìn)展尤為重要。另外，相對(duì)于*旁組織，**中腺泡LUAD組織中SLC7A11mRNA和蛋白水平表達(dá)量都比較高(圖7E、F)。 水蘇糖可減少卵巢囊泡數(shù)量黃體形成.焦亡活化標(biāo)書(shū)中標(biāo)率高
GF2BPs是circNDUFB2的下游功能性蛋白
IGF2BPs是致*蛋白，circNDUFB2可降低IGF2BPs的穩(wěn)定性，推測(cè)IGF2BPs介導(dǎo)circNDUFB2對(duì)NSCLC進(jìn)展的影響。IGF2BPs過(guò)表達(dá)***增加了A549細(xì)胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。IGF2BPs敲除***降低H1650細(xì)胞的遷移和侵襲能力以及集落形成能力。這些結(jié)果證實(shí)IGF2BPs是NSCLC的促瘤因子。隨后，觀察到IGF2BPs過(guò)度表達(dá)*部分恢復(fù)了circNDUFB2過(guò)度表達(dá)減少的遷移和侵襲能力以及集落形成能力，表明circNDUFB2部分通過(guò)降解IGF2BPs發(fā)揮**抑制作用。盡管circNDUFB2 MUT不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平但它仍然對(duì)NSCLC細(xì)胞的進(jìn)展具有抑制作用。這些數(shù)據(jù)表明circNDUFB2 MUT的抑制作用除了降解IGF2BPs外，還可能與circNDUFB2的其他機(jī)制有關(guān)。 武漢lncRNA標(biāo)書(shū)FMT處理調(diào)節(jié)SCI小鼠的腸道微生物組成。
circRNAs已經(jīng)成為重要的生物調(diào)節(jié)因子。小編***給大家?guī)?lái)2021年5月發(fā)表于影響因子為16.102的Ann Rheum Dis雜志上題為"circPDE4B prevents articular cartilage degeneration and promotes repair by acting as a scaffold for RIC8A and MID1"的文章。在本研究中，作者旨在闡明circPDE4B的作用，據(jù)報(bào)道，該circRNAs在骨關(guān)節(jié)炎(OA)組織中下調(diào)。我們體外研究了circPDE4B在人和小鼠軟骨細(xì)胞中的作用。通過(guò)RNA下拉-質(zhì)譜分析、免疫共沉淀、谷胱甘肽- S-轉(zhuǎn)移酶下拉、RNA免疫共沉淀，驗(yàn)證了circPDE4B與RIC8A)/ MID1復(fù)合物的相互作用。采用小鼠OA模型證實(shí)了circPDE4B在體內(nèi)OA發(fā)病機(jī)制中的作用。本研究強(qiáng)調(diào)了circPDE4B-RIC8A軸在OA關(guān)節(jié)中的功能及其對(duì)MAPK-p38的調(diào)控，提示這一軸可能是OA的***靶點(diǎn)。
五、gata1調(diào)控靶基因的染色質(zhì)可及性及表達(dá)動(dòng)態(tài)
檢測(cè)了pySCENIC鑒定的**頂層gata1調(diào)控靶基因的scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)(根據(jù)AUCell評(píng)分排序)(圖5)。
我們觀察了兩個(gè)基因啟動(dòng)子(距轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)3kb[TSS])和遠(yuǎn)端調(diào)控區(qū)域(距TSS50kb)的可及性，以及沿MEMP分化軌跡所選靶基因的表達(dá)水平(圖5A)。我們觀察到，在造血干細(xì)胞/mpp中，gata1調(diào)控靶基因的啟動(dòng)子在任何明顯的基因表達(dá)之前通常是開(kāi)放的(圖5A)。因此，與我們之前的觀察一致，造血干細(xì)胞/mpp的染色質(zhì)可及性發(fā)生在*存在于分化程度更高的細(xì)胞中的轉(zhuǎn)錄變化之前。有趣的是，與第1類(hsc/MPPs)相比，第6類(MEMPs)中GATA1靶基因的啟動(dòng)子可及性總體較低(圖5B、5D和5E)，與拮抗基因(即針對(duì)不同譜系的基因)的啟動(dòng)子共可及性較低相吻合(圖5F)。相比之下，簇6中遠(yuǎn)端調(diào)控元件/增強(qiáng)子的可及性高于簇1(圖5C)。這可能表明gata調(diào)控基因可能在啟動(dòng)子上啟動(dòng)，而增強(qiáng)子則提供細(xì)胞類型特異性的表達(dá)。 circSDHC通過(guò)充當(dāng)miR-127-3p的海綿促進(jìn)ccRCC的進(jìn)展和轉(zhuǎn)移.
1）circPDE4B在OA組織中表達(dá)較低
我們之前對(duì)3個(gè)臨床OA和3個(gè)對(duì)照樣本的軟骨細(xì)胞核糖體RNA缺失的總RNA進(jìn)行了RNA-seq分析。在數(shù)量**多的50個(gè)***調(diào)控異常的circRNA中，circPDE4B的表達(dá)水平排名***。我們?cè)u(píng)估了每個(gè)病例的OA嚴(yán)重程度(圖1A)。同時(shí)，我們進(jìn)行了組織形態(tài)學(xué)和熒光原位雜交實(shí)驗(yàn)，結(jié)果顯示軟骨降解程度增加對(duì)應(yīng)軟骨細(xì)胞中circPDE4B的表達(dá)降低(圖1B)。RT-qPCR檢測(cè)到嚴(yán)重OA組織軟骨細(xì)胞中circPDE4BRNA水平下調(diào)，而mPDE4BmRNA水平保持相對(duì)一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達(dá)與OA的嚴(yán)重程度呈負(fù)相關(guān)?？紤]到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測(cè)了circPDE4B在人/小鼠軟骨細(xì)胞中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達(dá)，且呈時(shí)間依賴性(圖1D)。核分離實(shí)驗(yàn)結(jié)合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現(xiàn)，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細(xì)胞質(zhì)中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調(diào)，因此可能參與了OA的進(jìn)展。 轉(zhuǎn)座酶染色質(zhì)可及性單核測(cè)序(snATAC-seq)也是一種單細(xì)胞表觀遺傳組測(cè)序技術(shù)。北京TBI標(biāo)書(shū)
采用UPGMAPCoA和NMDS評(píng)估不同群體的腸道菌群β-多樣性.焦亡活化標(biāo)書(shū)中標(biāo)率高
2021年5月，在Elife 雜志上發(fā)表了文章“Traumatic injury compromises nucleocytoplasmic transport and leads to TDP-43 pathology.”。此報(bào)道在體內(nèi)，反復(fù)的創(chuàng)傷會(huì)上調(diào)核孔蛋白，改變核孔蛋白的穩(wěn)定性，改變NCT蛋白，改變Ran***1和核孔蛋白的分布，改變NCT。此外，核輸出的藥理抑制可以防止tbi介導(dǎo)的致命性和NCT缺陷。有趣的是，在體內(nèi)和體外，核孔蛋白的上調(diào)導(dǎo)致TDP-43定位錯(cuò)誤、聚集、磷酸化和溶解性改變，并降低運(yùn)動(dòng)功能和壽命。對(duì)NUP62病理和CTE患者腦組織中NUP62濃度升高的研究結(jié)果表明NCT缺陷與創(chuàng)傷損傷有關(guān)，這可能介導(dǎo)了TDP-43的病理變化。焦亡活化標(biāo)書(shū)中標(biāo)率高
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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)