七、YTHDF1-FZD7-b-catenin軸促進(jìn)胃*進(jìn)展
A和B, Western blot分析YTHDF1、FZD7、B -catenin和***的B -catenin在YTHDF1敲低的MGC-803 (A)和HGC-27 (B)細(xì)胞中轉(zhuǎn)染FZD7構(gòu)建物或空載體對照。C和D，如上所述MGC-803 (C)和HGC-27 (D)細(xì)胞的增殖。E，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細(xì)胞的遷移分析。F，如上所述MGC-803(左)和HGC-27(右)細(xì)胞的侵襲分析。G，熱圖顯示YTHDF1, FZD7，(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達(dá)結(jié)果(n= 79)。H, YTHDF1、FZD7和(總)b-catenin在人胃*樣本中的表達(dá)的相關(guān)性分析(n= 79;Pearson和Spearman相關(guān)檢驗(yàn))。I，三對胃**及鄰近正常組織中YTHDF1、FZD7、活化b-catenin的代表性IHC芯片結(jié)果。J，胃*患者YTHDF1、FZD7、(total) b-catenin (low, n 39; high, n 40)及總生存率Kaplan Meier分析(log-rank with Mantel Cox test)。K，顯示YTHDF1如何調(diào)節(jié)b-catenin信號通路促進(jìn)胃*進(jìn)展的示意圖。 外泌體miR-934誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化促進(jìn)CRC肝轉(zhuǎn)移。腸道運(yùn)輸科研中標(biāo)率高
目前，CTD中超過247000種化學(xué)-表型相互作用使用了870個(gè)解剖學(xué)術(shù)語。 用戶可以通過選擇門戶圖標(biāo)向下鉆取可導(dǎo)航層次結(jié)構(gòu)或使用 CTD 關(guān)鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項(xiàng)，從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數(shù)據(jù)，允許用戶從解剖學(xué)角度探索交互；這可用于識別不同生理系統(tǒng)（例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統(tǒng)）獨(dú)有或共享的化學(xué)物質(zhì)和表型，或發(fā)現(xiàn)例如影響影響的 1158 種化學(xué)物質(zhì) 心臟中有 600 種表型。同樣，已經(jīng)開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學(xué)相結(jié)合，使環(huán)境健康科學(xué)家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學(xué)應(yīng)激誘導(dǎo)表型的細(xì)節(jié)。***，為了幫助提高數(shù)據(jù)庫的互操作性。真核生物科研2108年俞立團(tuán)隊(duì)明確闡述了收集和檢測遷移體的實(shí)驗(yàn)方法。
3.IRES序列由于circRNA是共價(jià)閉環(huán)分子，沒有游離末端，因此circRNA的翻譯必須使用一種非經(jīng)典的啟動機(jī)制，即不依賴5’-帽子的翻譯啟動。這種起始途徑往往通過IRES（內(nèi)部核糖體進(jìn)入位點(diǎn)）驅(qū)動，IRES是具有特殊二級結(jié)構(gòu)的短RN**段。在病毒中發(fā)現(xiàn)并證明了大量的IRES元件，在一些特殊情況下，哺乳動物內(nèi)源性的IRES元件也可以起始翻譯。作者團(tuán)隊(duì)也曾針對circRNA中IRES元件進(jìn)行了系統(tǒng)性的篩選驗(yàn)證。數(shù)據(jù)庫也使用了所有可用的IRES信息作為支持circRNA翻譯的證據(jù)。
4.m6A位點(diǎn)N-6-甲基腺苷（m6A）是**常見的RNA修飾，存在于許多類型的編碼和非編碼RNA中。作者團(tuán)隊(duì)曾報(bào)道circRNA具有***的m6A修飾，并可以通過募集YTHDF3及相互作用的翻譯起始因子（例如eIF4G2）起始circRNA翻譯。數(shù)據(jù)庫采用了REPIC數(shù)據(jù)庫已發(fā)布的m6A修飾數(shù)據(jù)（由三種不同的工具識別），并將其比對到circRNA序列中。circRNA中已經(jīng)過實(shí)驗(yàn)驗(yàn)證的m6A位點(diǎn)也整合到該數(shù)據(jù)庫中。
再生胰腺中胰腺巨噬細(xì)胞的動態(tài)轉(zhuǎn)錄組譜
為了進(jìn)一步了解AP恢復(fù)過程中巨噬細(xì)胞的表型和功能，分離出胰腺巨噬細(xì)胞用于RNA-seq分析。顯著性差異表達(dá)基因繪制熱圖。為了評估這些基因簇的功能，使用網(wǎng)絡(luò)工具DAVIDGeneOntology(GO)進(jìn)行了功能注釋分析。值得注意的是，在急性炎癥期（簇32，D1特征簇）高度表達(dá)的基因特別富集炎癥反應(yīng)和CCR2依賴性趨化性。簇25和27包含在ADM階段（第3天）高表達(dá)的基因，具有不同的表達(dá)模式和功能，表明該階段的巨噬細(xì)胞異質(zhì)性。例如，與ECM-受體相互作用和PI3K-AKT信號通路相關(guān)的基因在簇27中富集，而與細(xì)胞周期相關(guān)的基因在簇25中富集。 Caspase-11介導(dǎo)的肝細(xì)胞焦亡促進(jìn)非酒精性脂肪性肝炎的進(jìn)展。
單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)可以在單細(xì)胞水平下研究復(fù)雜的多細(xì)胞生物的轉(zhuǎn)錄組譜。這為科學(xué)家提供了一種研究表達(dá)模式中細(xì)胞異質(zhì)性的新工具，尤其是疾病細(xì)胞的異質(zhì)性。更重要的是，scRNA-seq的快速發(fā)展帶來了在疾病微環(huán)境中探索細(xì)胞亞群的見識，這有助于研究疾病的發(fā)***展，耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病例對照研究中差異表達(dá)基因的識別以及細(xì)胞亞群之間差異的識別。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=11.502），題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個(gè)人工收集的數(shù)據(jù)庫，能為研究者提供各種疾病的各種細(xì)胞類型準(zhǔn)確的基因表達(dá)譜資源。該網(wǎng)站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻(xiàn)，并開發(fā)了SC2disease數(shù)據(jù)庫，通過疾病、組織和細(xì)胞類型整理數(shù)據(jù)。SC2disease包含946481條數(shù)據(jù)，對應(yīng)341種細(xì)胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數(shù)據(jù)庫中的每個(gè)條目都包含不同細(xì)胞類型、組織和疾病相關(guān)健康狀況之間差異表達(dá)基因的比較。 文章使用FMT(糞微生態(tài)移植)來確定大黃酸改變的腸道菌群是否對結(jié)腸炎有療效。細(xì)胞功能科研
**近科研技術(shù)的開發(fā)。腸道運(yùn)輸科研中標(biāo)率高
支持了轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析，流式細(xì)胞術(shù)表明帶有**記憶(Tcm)表型(CD44+CD62L+)的CD8+ TILs的比例***更高，這在不同的**模型中是一致的(Fig. 1H)。為了檢驗(yàn)抑制CDK4/6對抗**T細(xì)胞免疫的長期功能效應(yīng)，用CDK4/6i在短時(shí)間 (抗**T細(xì)胞反應(yīng)**活躍的3-13天)處理MC38-OVA荷瘤小鼠，然后停藥。在停止***時(shí)，CDK4/6i處理小鼠和對照小鼠的**體積是相等的(Fig. 1I-J)。引人注目的是，在停止***后，既往使用CDK4/6i***的小鼠中有21只小鼠**完全***，而對照組只有9只(Fig. 1K)?？傊?，這些數(shù)據(jù)表明CDK4/6的藥理抑制促進(jìn)T細(xì)胞記憶，并產(chǎn)生能夠驅(qū)動有效和持續(xù)的抗**反應(yīng)的瘤內(nèi)T細(xì)胞室。腸道運(yùn)輸科研中標(biāo)率高
公司特色是以各式高通量二代測序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)