二、阻斷atm依賴的PTEN磷酸化導(dǎo)致基因組
了確定ATM介導(dǎo)的PTEN磷酸化如何調(diào)節(jié)DDR，構(gòu)建Pten398A/398A和Pten+/+littermatesMEFs細(xì)胞模型。PTEN蛋白水平不受398A突變的影響(補充圖3A,B)。此外，磷酸化AKT(PI3K通路活性的標(biāo)記物)水平在Pten398A/398A和PTEN+/+MEFs中相似(補充圖3B)。構(gòu)建人乳腺上皮細(xì)胞系(MCF10A)，穩(wěn)定表達(dá)野生型PTEN(PTEN-wt)，或PTEN的突變形式，不能被ATM磷酸化(PTEN-398a)。在這些細(xì)胞中，內(nèi)源性的PTEN基因被CRISPR/Cas9編輯刪除，創(chuàng)建了PTEN空細(xì)胞，然后用野生型或突變型的蛋白質(zhì)穩(wěn)定轉(zhuǎn)導(dǎo)重組。在表達(dá)PTEN-wt和PTEN-398a的MCF10A細(xì)胞中，PTEN蛋白和磷酸化AKT水平相似(補充圖3A)，使這些細(xì)胞成為ATM磷酸化PTEN分子作用研究的合適替代模型。Pten+/+和Pten398A/398Amef在10gyIR作用下，通過測定每個細(xì)胞的γH2AX和53bp1病灶數(shù)量來評估其修復(fù)DNA損傷的能力。在Pten+/+mef中，我們觀察到在照射后4小時，每個細(xì)胞的病灶數(shù)量達(dá)到峰值，24小時后恢復(fù)到接近基線水平(圖2AC)。Pten+/+和Pten398A/398A在ir后4小時，每個細(xì)胞聚集的病灶數(shù)量相似。然而，Pten398A/398Amef在24小時時間點比Pten+/+mef保留了更多的病灶數(shù)，表明DNA修復(fù)能力降低(圖2C)。 大黃酸可以改變腸道菌群組成。上海滲透性應(yīng)激科研
遷移體（migrasome）是清華大學(xué)生命科學(xué)院俞立團(tuán)隊新發(fā)現(xiàn)的胞外分泌囊泡，該研究成果已于2015年發(fā)表在Cell Research期刊（IF=20.509）[1]。遷移體是在遷移細(xì)胞后部回縮纖維的前列或交叉處生長的大囊泡，直徑約為0.5μm到3μm，并且包含許多較小的囊泡（**多300余個，**少不足10個），掃描電子顯微鏡觀察下呈石榴狀結(jié)構(gòu)。細(xì)胞遷移后，回縮纖維**終斷裂，遷移體分離。遷移體及其內(nèi)容物，包括細(xì)胞溶質(zhì)成分和來源不明的囊泡，被釋放到細(xì)胞外空間——這一過程稱為遷移。俞立團(tuán)隊推測遷移體可能在細(xì)胞間通訊中發(fā)揮重要作用。
2017年俞立團(tuán)隊進(jìn)一步研究發(fā)現(xiàn)，整合素與 ECM 蛋白的配對結(jié)合決定了遷移體的形成[2]，該研究成果也發(fā)表在Cell Research期刊。2108年俞立團(tuán)隊明確闡述了收集和檢測遷移體的實驗方法[3]。2019年，俞立團(tuán)隊發(fā)現(xiàn)Tspan4和膽固醇在遷移體形成時組織成為微米級大型微結(jié)構(gòu)域，這一結(jié)構(gòu)即遷移體的基本結(jié)構(gòu)，還證實遷移體的形成是局部富集的Tspan4使遷移體所在膜結(jié)構(gòu)的剛度增加而產(chǎn)生的一種生物物理過程[4]，該研究成果發(fā)表于Nature Cell Biology期刊中（IF=20.041）。 骨代謝科研省自然科學(xué)基金METTL14上調(diào)促進(jìn)胰腺*生長和轉(zhuǎn)移。
急性髓系白血病(AML)的靶向***的實施一直具有挑戰(zhàn)性。FTO是一種m6A去甲基酶，作為一種致*基因，促進(jìn)白血病*基因介導(dǎo)的細(xì)胞轉(zhuǎn)化和白血病發(fā)生。因此為大家介紹于2021年3月發(fā)表于影響因子為8.579的Theranostics上文章“Saikosaponin D exhibits anti-leukemic activity by targeting FTO/m6A signaling”。在這里，我們研究了Saikosaponin-d (SsD)在AML中***的抗增殖作用中的作用，并通過靶向SsD的FTO來評估m(xù)6A去甲基化活性。SsD在體外和體內(nèi)均能***抑制AML細(xì)胞增殖，促進(jìn)細(xì)胞凋亡和細(xì)胞周期阻滯。機制上，SsD直接靶向FTO，從而增加了m6A RNA的甲基化，降低了下游基因轉(zhuǎn)錄本的穩(wěn)定性，導(dǎo)致相關(guān)通路的抑制。重要的是，SsD還克服了FTO/m6A介導(dǎo)的白血病對酪氨酸激酶抑制劑的耐藥性?？傊現(xiàn)TO依賴的m6A RNA甲基化介導(dǎo)了SsD的抗白血病作用，使SsD成為一種***白血病的藥物。
2、miR-208b由結(jié)腸*細(xì)胞以外泌體的方式分泌
隨后，作者探究了miR-208b的存在方式是否由外泌體介導(dǎo)。分離鑒定了3株CRC細(xì)胞系的外泌體，并檢測了其中miR-208b的表達(dá)。外泌體中miR-208b的表達(dá)模式和在細(xì)胞中的模式一致，在SW480-OXA***高于SW480***高于NCM460。這些結(jié)果表明CRC中miR-208b的是以外泌體的模式分泌，這可能和順鉑化療敏感性有關(guān)。
3、SW480細(xì)胞分泌的外泌體miR-208b促進(jìn)Treg擴增
前人研究表明順鉑會影響**免疫微環(huán)境。MiRNA可能通過促進(jìn)Treg擴增誘導(dǎo)免疫侵襲。因此，作者探究了CRC分泌外泌體miR-208b對T細(xì)胞分化的影響。使用siRNA去除miR-208b，然后收集外泌體，將含有不同水平miR-208b的外泌體與原代CD4+T細(xì)胞共培養(yǎng)（圖4A-B）。6h后，受體CD4+T細(xì)胞中miR-208b***增加，尤其是SW480-OXA組，而外泌體miR-208b缺失組則沒有***改變，表明CD4+T細(xì)胞中miR-208b是由外泌體傳輸（圖4C-D）。此外，SW480和SW480-OXA來源外泌體處理組的CD4+CD25highFoxp3+Tregs細(xì)胞數(shù)***增加，而外泌體miR-208b缺失對其陽性細(xì)胞數(shù)則沒有明顯影響。表明外泌體miR-208b促進(jìn)Treg擴增。 英拜的員工福利待遇很好。
英拜生物立足于生命科學(xué)實驗技術(shù)服務(wù)的公司，服務(wù)平臺有細(xì)胞生物學(xué)研究平臺、分子生物學(xué)研究平臺、病理學(xué)研究平臺、免疫學(xué)研究平臺、蛋白質(zhì)與多肽研究平臺、測序和芯片研究平臺，高通量/高內(nèi)涵篩選平臺、分子表觀遺傳學(xué)研究平臺，提供專業(yè)檢測服務(wù)、技術(shù)合作和轉(zhuǎn)化服務(wù)指導(dǎo)。英拜生物服務(wù)項目分子生物學(xué)檢測蛋白質(zhì)與免疫學(xué)動物實驗實時熒光定量PCR，ELISA（酶聯(lián)免疫吸附法）技術(shù)Western-blot實驗服務(wù)，雙熒光素酶報告基因檢測，染色質(zhì)免疫共沉淀（ChIP），pullDown，過表達(dá)/干擾腺病毒包裝純化細(xì)胞整體實驗外包動物整體實驗外包腺相關(guān)病毒包裝純化肺炎大鼠模型肝炎-肝硬化-肝cancer模型蛋白芯片原代細(xì)胞培養(yǎng)肝纖維化模型細(xì)胞因子芯片骨髓間充質(zhì)干細(xì)胞培養(yǎng)膽結(jié)石模型脂肪干細(xì)胞培養(yǎng)急性胰腺炎模型生長因子芯片心肌成纖維細(xì)胞培養(yǎng)急性腎衰竭模型炎癥因子芯片軟骨細(xì)胞培養(yǎng)體內(nèi)血栓模型血管生成因子芯片血管內(nèi)皮細(xì)胞培養(yǎng)關(guān)節(jié)炎模型凋亡因子芯片神經(jīng)元細(xì)胞培養(yǎng)趨化因子芯片內(nèi)皮組細(xì)胞原代培養(yǎng)裸鼠成瘤動物整體實驗服務(wù)細(xì)胞生物學(xué)檢測高通量測序代謝組學(xué)細(xì)胞原代培養(yǎng)mRNA測序LncRNA測序細(xì)胞凋亡檢測全基因組測序核磁共震NMR細(xì)胞周期檢測RNA-Seq測序細(xì)胞克隆形成實驗外顯子測序Trans。巨噬細(xì)胞表型協(xié)調(diào)急性胰腺炎損傷后的炎癥和修復(fù)再生。合成甲基化科研實驗可參觀
英拜注重客戶的隱私。上海滲透性應(yīng)激科研
四、scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)整合
目前尚無人類胚胎HSPCs的染色質(zhì)可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細(xì)胞圖譜來整合scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)。首先使用6種豐富的細(xì)胞類型對scRNA-seq實驗中篩選出的CD34+ CD38- 細(xì)胞進(jìn)行分類，結(jié)果顯示scATAC-seq數(shù)據(jù)集中指定細(xì)胞類型的頻率與scRNA-seq數(shù)據(jù)中的頻率高度一致，這表明染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄組具有相關(guān)性。然而，不同類型的細(xì)胞在整個軌跡上有相當(dāng)大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質(zhì)啟動，從而導(dǎo)致了異質(zhì)性。之后研究者比較了7個集群中HSCs /MPPs中選定的譜系特異性TF基序的可及性，結(jié)果顯示在轉(zhuǎn)錄同源的HSCs/MPPs集群中，一些先于基因表達(dá)的TFs的活性存在***差異。 ***，研究者進(jìn)一步探索分化過程中染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)之間的“時滯”，結(jié)果顯示在HSCs/MPS中，GATA1-調(diào)節(jié)子靶基因的啟動子在任何明顯基因表達(dá)之前均是開放的，這證實HSCs/MPP中染色質(zhì)的可及性早于轉(zhuǎn)錄變化。 上海滲透性應(yīng)激科研
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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3.提供熱點**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗