一、PBMC單核、單細胞ATAC序列優(yōu)化
A.snATAC、scATAC和ICICLE-seq方法的主要步驟概要。ficoll純化的PBMCs和白細胞分離純化的PBMCs之間的一個主要區(qū)別是ficoll純化樣品中存在殘留的中性粒細胞。我們使用熒光***細胞分選(FACS)從高中性粒細胞含量的PBMC樣本中檢測去除死細胞和碎片的方法，包括去除中性粒細胞和不去除中性粒細胞。
B.這種單核分析利用低滲裂解、洗滌劑和皂苷的組合來分離細胞核，而不保留線粒體DNA。使用這種方法進行snATAC-seq，測序，并將數(shù)據(jù)質(zhì)量指標(材料和方法)制成表格后，鑒定了兩個主要的細胞條碼群體。細胞核制備的scATAC-seq文庫包含更多來自核小體DN**段的reads，而來自細胞核的非細胞條形碼(灰線)包含的這些片段比細胞條形碼更多。 提供***科研設計咨詢及輔助實驗。電鏡課題檢測服務
目前，CTD中超過247000種化學-表型相互作用使用了870個解剖學術語。 用戶可以通過選擇門戶圖標向下鉆取可導航層次結構或使用 CTD 關鍵字搜索框中的“解剖”選擇列表選項，從主頁訪問 CTD Anatomy。CTD Anatomy 頁面組織和合并數(shù)據(jù)，允許用戶從解剖學角度探索交互；這可用于識別不同生理系統(tǒng)（例如腎臟、肝臟、大腦和心血管系統(tǒng)）獨有或共享的化學物質(zhì)和表型，或發(fā)現(xiàn)例如影響影響的 1158 種化學物質(zhì) 心臟中有 600 種表型。同樣，已經(jīng)開始將 CTD 暴露與 CTD 解剖學相結合，使環(huán)境健康科學家能夠調(diào)查暴露研究和組織和系統(tǒng)暴露化學應激誘導表型的細節(jié)。***，為了幫助提高數(shù)據(jù)庫的互操作性。外泌體課題分子生物學阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配
四、INPP4B促進pi3kα依賴的晚期核內(nèi)體形成
五、阻斷atm依賴的磷酸化會損害DNA損傷后PTEN的亞細胞再分配
對MCF-7細胞內(nèi)溶酶體室的檢查顯示，GFP-INPP4B不影響eea1陽性的早期內(nèi)溶體，但***增加了cd63陽性的晚期內(nèi)溶體(2.5倍)和lamp1陽性的溶酶體(1.7倍)(圖4a,b)。
提示INPP4B促進晚期內(nèi)吞體/溶酶體的形成。使用bsa-gold標記MCF-7細胞內(nèi)溶酶體室，在電鏡下進行超微結構分析。GFP-INPP4B增加了類似晚期核內(nèi)體的bsa陽性空泡結構的數(shù)量(圖4c)。利用染料淬滅的BSA(BSA-dq)檢測了運往溶酶體的貨物運輸，BSA-dq通過液相內(nèi)吞進入內(nèi)吞體，溶酶體水解酶隨后促進去淬和***熒光信號。GFP-INPP4B***增加了bsa-dq陽性結構的數(shù)量(2倍)(圖4d,e)，表明INPP4B增強了內(nèi)吞貨物通過晚期內(nèi)吞體到溶酶體的運輸。相比之下，使用泛I類PI3K抑制劑BKM120、PI3Kα特異性抑制劑BYL719(補充圖5f)或使用兩種不同的siRNAs耗盡PIK3CA抑制GFP-INPP4B細胞中晚期核內(nèi)體形成的增加(圖4f,g和補充圖5i,j)。
6）M1-Exos通過傳遞miR-155上調(diào)ROS水平，損害bEnd.3細胞線粒體功能
我們研究了外泌體miR-155與bEnd.3細胞中線粒體功能的關系。我們發(fā)現(xiàn)，與miR-NCOE-Exos相比，miR-155OE-Exos處理上調(diào)了ROS水平(圖6A和B)，線粒體超氧化物水平(圖6C和D)和線粒體電位(圖6E)；然而，miR-155KD-Exos處理則顯示了相反的結果(圖6A-E)。此外，miR-155OE-Exos可使線粒體腫脹更大，形態(tài)更短，線粒體碎片細胞比例更高，而miR-155KD-Exos可減輕線粒體腫脹(圖6F和G)。miR-155OE-Exos處理后的OCR、基礎呼吸、ATP產(chǎn)生、呼吸能力和呼吸逆轉(zhuǎn)均明顯下降，而miR-155KD-Exos處理減輕了氧化呼吸功能障礙(圖6H和I)。這些結果表明，上調(diào)外泌體miR-155可導致過度ROS的產(chǎn)生和線粒體功能障礙。 TRF測序課題整體服務。
造血干細胞早期命運決定的機制在很大程度上尚不清楚。據(jù)推測，譜系特異性轉(zhuǎn)錄因子(TFs)在噪聲閾值以上的隨機表達可以鎖定一個細胞進入一個獨特的細胞命運。與此相一致的是，在多能造血細胞中觀察到與拮抗譜系相關的基因的共表達，包括關鍵的TFs，這表明在多能細胞室中存在一些細胞亞群，這些亞群允許細胞在譜系承諾之前的命運相反，這一現(xiàn)象被稱為啟動。**近，人類hspc的單細胞RNA測序(scRNA-seq)引入了一個不同的啟動概念。對成人骨髓和胎兒肝臟造血的研究已經(jīng)確定了造血干細胞和多能祖細胞(MPPs)的亞群，這些亞群具有協(xié)調(diào)表達的標記基因，特異于不同的單胎分化程序，并沿著所有分化分支逐漸增加。有一些跡象表明，星狀細胞間室的譜系啟動可能不僅發(fā)生在轉(zhuǎn)錄水平，也發(fā)生在表觀遺傳水平。來自成人骨髓表型hspc的轉(zhuǎn)座酶可及染色質(zhì)測序(scATAC-seq)的單細胞分析數(shù)據(jù)顯示，表型MPPs在染色質(zhì)可及性方面存在差異。Pex衍生的CD44v6/C1QBP復合物介導了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。電鏡課題檢測服務
致力于醫(yī)學相關領域的實驗技術服務和相關生物醫(yī)學課題的研究。電鏡課題檢測服務
4、白樺素能改善小鼠血液、肝臟和脂肪組織中的脂質(zhì)參數(shù)
測量了血液和其他組織中的脂質(zhì)水平，如圖5所示。洛伐他汀和白樺素處理的小鼠的血清總膽固醇（TC）和甘油三酸酯（TG）的水平顯著低于對照***的小鼠（圖5A和5B）。值得注意的是，與洛伐他汀相似，白樺素降低了LDL膽固醇（LDL-c）的含量并增加了HDL膽固醇（HDL-c）（圖5C和5D）。有趣的是，盡管白樺素和洛伐他汀均降低了肝臟的TC水平，但只有白樺素顯著降低了肝臟的TG含量（圖5E和5F）。組織學分析表明，白樺素可以減少白色脂肪細胞組織（WAT）和棕色脂肪細胞組織（BAT）的細胞大小，而洛伐他汀*可以減少棕色脂肪細胞的大?。▓D5G）。油紅色O切片染色表明，與用WD喂養(yǎng)的對照***小鼠的肝臟相比，洛伐他汀或白樺素處理的小鼠的肝臟具有較低的脂質(zhì)蓄積（圖5G）。這與洛伐他汀和白樺素降低肝脂質(zhì)含量的先前數(shù)據(jù)一致（圖5E和5F）。 電鏡課題檢測服務
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學實驗