PGE2 增強(qiáng) IL4Rα 信號(hào)以增強(qiáng)巨噬細(xì)胞的 M2 ***
巨噬細(xì)胞能夠響應(yīng)可變的局部微環(huán)境信號(hào)從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經(jīng)典的信號(hào)級(jí)聯(lián)（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細(xì)胞還可以整合由細(xì)胞外刺激觸發(fā)的代謝線索，以***它們的 M2表型。在這里，我們想知道 PGE2 是否也參與了 AP 損傷后胰腺巨噬細(xì)胞的 M2 極化。為此，我們首先檢查了 AP 損傷后 PGE2 的動(dòng)態(tài)表達(dá)。COX1 和 COX2 是產(chǎn)生前列腺素的兩種關(guān)鍵酶。在這里我們發(fā)現(xiàn)Ptgs2 (COX2)的表達(dá)在第 3 天達(dá)到峰值，而Ptgs1 (COX1)的表達(dá)在第 1 天下降并在第 3 天回到基礎(chǔ)水平。一致地，免疫熒光分析顯示 PGE2 在第 3 天升高，并在第 5 天迅速恢復(fù)到基礎(chǔ)水平。值得注意的是，PGE2在第 3 天主要與導(dǎo)管樣細(xì)胞（CK19 +細(xì)胞）共表達(dá)，以及部分與巨噬細(xì)胞（F4/80 +細(xì)胞）共表達(dá)。此外，根據(jù)我們的 RNA-seq 數(shù)據(jù)和流式細(xì)胞術(shù)分析，我們發(fā)現(xiàn)巨噬細(xì)胞中 COX2 的表達(dá)也在第 3 天達(dá)到峰值。更有趣的是，與 IL4Rα -巨噬細(xì)胞和單核細(xì)胞相比，IL4Rα +巨噬細(xì)胞表達(dá)了更高水平的 COX2。 circRNAs在**的發(fā)展和進(jìn)展中發(fā)揮著重要的調(diào)控作用.臨床醫(yī)學(xué)標(biāo)書技術(shù)指導(dǎo)
HOXBLINC的缺失擾亂了NPM1c+介導(dǎo)的轉(zhuǎn)錄程序和白血病發(fā)生
隨后鑒定了NPM1c+AML和NPM1cWTAML病人中的差異表達(dá)基因，與WT相比，有871個(gè)下調(diào)基因和980個(gè)上調(diào)基因，包括HoxBlinc和NPM1c+的特征基因HoxB2-5，HoxA7,9-11，Meis1，Runx1（圖1c）。然后，通過RNA-seq分析比較了對(duì)照組和HOXBLINCi細(xì)胞的全基因組轉(zhuǎn)錄組變化。一致地，NPM1c+細(xì)胞表現(xiàn)出HOXBLINClncRNA和常見的NPM1c+AML標(biāo)記基因的高表達(dá)(圖1d)。有趣的是，在OCI-AML3細(xì)胞中抑制HOXBLINC***抑制了許多NPM1c+標(biāo)志性基因的轉(zhuǎn)錄，如HOXB2-5、HOXA9-11、RUNX1和MEIS1(圖1d)。 內(nèi)分泌標(biāo)書歡迎咨詢檢測(cè)circNDUFB2是否作為miRNA海綿調(diào)節(jié)NSCLC的靶標(biāo).
其次，采用UPGMA、PCoA和NMDS評(píng)估不同群體的腸道菌群β-多樣性。UPGMA聚類方法將對(duì)照組和PCOS大鼠樣本分為兩組，表明PCOS大鼠和對(duì)照組的腸道微生物分布不同。雖然DHEA + tempol組不能完全與DHEA + PBS組分離，但與DHEA + PBS組有所不同，說明給藥tempol影響了PCOS大鼠的腸道微生物分布(圖4G)。PCoA和NMDS分析進(jìn)一步顯示，三組大鼠腸道總體微生物組成不同(圖4H-I)，而Permanova/ Anosim分析表明，三組間差異***(圖4J)。上述結(jié)果表明，DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。
5.ORF長(zhǎng)度潛在的開放閱讀框（ORF）的長(zhǎng)度是編碼RNA與非編碼RNA的共同預(yù)測(cè)指標(biāo)。通常在非編碼RNA中找不到長(zhǎng)的ORF，數(shù)據(jù)庫(kù)將ORF長(zhǎng)度>20aa作為circRNA編碼肽的比較低要求。值得注意的是，ORF長(zhǎng)度是一個(gè)相對(duì)較弱的預(yù)測(cè)因子，因?yàn)?*近發(fā)現(xiàn)許多小肽是由人類轉(zhuǎn)錄組中的“非編碼”RNA編碼的，而具有長(zhǎng)ORF的circRNA更有可能成為編碼RNA。
6.翻譯產(chǎn)物的序列組成所有天然蛋白質(zhì)的氨基酸（aa）序列*占據(jù)可能序列空間的一小部分，主要是因?yàn)橹挥幸恍〔糠中蛄锌梢孕纬煞€(wěn)定的蛋白質(zhì)。因此，具有“非天然”序列的蛋白質(zhì)傾向于快速降解，并且與所有天然蛋白質(zhì)的序列相似性可以作為強(qiáng)有力的預(yù)測(cè)指標(biāo)，以鑒定隨機(jī)氨基酸序列中的真實(shí)蛋白質(zhì)。使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法來預(yù)測(cè)天然蛋白給定序列的可能性，并應(yīng)用該預(yù)測(cè)來對(duì)circRNA編碼的給定ORF可以用作功能蛋白模板的可能性進(jìn)行評(píng)分。 我們證明circSDHC作為miRNA-127-3p的海綿.
2）circPDE4B調(diào)節(jié)軟骨細(xì)胞活力和ECM代謝
為了評(píng)估circPDE4B在ECM代謝中的作用，我們分別用三種circPDE4BsiRNA轉(zhuǎn)染HCs(圖2A)。我們使用CCK-8方法評(píng)估了circPDE4B對(duì)軟骨細(xì)胞活力的影響。結(jié)果顯示，敲低circPDE4B的表達(dá)降低了軟骨細(xì)胞的活力(圖2B)。此外，shRNA腺病毒抑制circPDE4B***提高了MMP3、MMP13和ADAMTS4的表達(dá)，而SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan在HCs/MCs中的表達(dá)下調(diào)(圖2C和圖2D)。免疫熒光進(jìn)一步證實(shí)，circPDE4B敲除影響了HCs/MCs的MMP3、MMP13、COL2和aggrecan水平(圖2E、F)。同時(shí)，HCs的阿爾新藍(lán)染色顯示，circPDE4B抑制導(dǎo)致軟骨細(xì)胞功能障礙，蛋白多糖藍(lán)染較少(圖2G)。然后通過CCK-8實(shí)驗(yàn)(圖2H)發(fā)現(xiàn)，過表達(dá)circPDE4B增加了軟骨細(xì)胞的活力。在過表達(dá)circPDE4B-HCs中，MMP3、MMP13和ADAMTS4的mRNA和蛋白水平下調(diào)，SOX9、COL2A1(或COL2蛋白)和aggrecan的mRNA和蛋白水平上調(diào)(圖2I-L)。此外，HCs的阿爾新藍(lán)染色表明，與單獨(dú)IL-1β***相比，circPDE4B過表達(dá)和IL-1β共處理減少了軟骨破壞(圖2M)。這些數(shù)據(jù)表明，circPDE4B/circPde4b在HCs中可以促進(jìn)細(xì)胞活力，抑制分解代謝作用。 研究了所有三組循環(huán)代謝產(chǎn)物豐度與腸道微生物群之間的聯(lián)系.生物相關(guān)標(biāo)書免費(fèi)設(shè)計(jì)
circSDHC在ccRCC中過表達(dá)且其過表達(dá)與低存活率相關(guān).臨床醫(yī)學(xué)標(biāo)書技術(shù)指導(dǎo)
3）CircMAPK1在體內(nèi)抑制胃*的發(fā)生和轉(zhuǎn)移
為了進(jìn)一步證實(shí)體外研究結(jié)果，我們?cè)隗w內(nèi)驗(yàn)證了circMAPK1在影響致瘤性方面的生物學(xué)作用。circMAPK1的沉默可***促進(jìn)**的生長(zhǎng)。相比之下，過表達(dá)circMAPK1***抑制了皮下**的生長(zhǎng)(圖3a)。接下來，我們通過對(duì)增殖細(xì)胞標(biāo)記物Ki67的染色來監(jiān)測(cè)異種移植瘤的增殖。穩(wěn)定敲除circMAPK1的**組織表現(xiàn)出更強(qiáng)的Ki67染色，而過表達(dá)circMAPK1的**組織表現(xiàn)出更弱的Ki67染色(圖3b和c)。為了研究circMAPK1在體內(nèi)的轉(zhuǎn)移潛能，我們用熒光素酶質(zhì)粒穩(wěn)定地轉(zhuǎn)染上述細(xì)胞系，然后注射到裸鼠的尾靜脈中。結(jié)果顯示，circMAPK1的敲低有效地增加了肺轉(zhuǎn)移病灶的數(shù)量和大小。相比之下，生物發(fā)光成像(圖3d和e)和H&E染色(圖3f和g)顯示，過表達(dá)circMAPK1減少了肺轉(zhuǎn)移病變。 臨床醫(yī)學(xué)標(biāo)書技術(shù)指導(dǎo)
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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)