為了使細(xì)胞在G1/S檢查點(diǎn)同步，我們對(duì)它們施加雙胸腺嘧啶脈沖。這種處理有效地抑制了PTEN-WT和PTEN-398A細(xì)胞在G1/S邊界(圖4B)。然后在正常生長(zhǎng)培養(yǎng)基中釋放細(xì)胞，在S期進(jìn)展期間用IR處理，6小時(shí)后收集細(xì)胞，用流式細(xì)胞術(shù)分析細(xì)胞周期分布(實(shí)驗(yàn)方案見補(bǔ)充圖7A)。大部分PTEN-WT細(xì)胞被阻滯在s期，而PTEN-398A細(xì)胞未能阻滯細(xì)胞周期，而是發(fā)展到G2/M期(圖4C)。通過測(cè)定表達(dá)磷酸化組蛋白H3(Ser10)的細(xì)胞比例，證實(shí)了這一觀察結(jié)果。磷酸化組蛋白H3(Ser10)標(biāo)志著細(xì)胞處于有絲分裂階段。(圖4d)。完善的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)提供可視化的建模服務(wù)。microRNA課題產(chǎn)學(xué)研合作
越來越多的證據(jù)表明細(xì)胞外囊泡（EVs）通過促進(jìn)實(shí)體**中**-內(nèi)皮細(xì)胞之間的通訊來刺激血管生成。先前的研究表明miR-144是鼻咽*（NPC）細(xì)胞來源的EVs中的內(nèi)含物之一，但EVs miR-144對(duì)**內(nèi)皮細(xì)胞和血管生成的影響尚不清楚。2021年3月發(fā)表于“Molecular Therapy”（IF=11.454）的文章“miR-144 delivered by nasopharyngeal carcinoma-derived EVs stimulates angiogenesis through the FBXW7/HIF-1a/VEGF-A axis”對(duì)此展開了研究。本研究旨在探討**源性細(xì)胞外囊泡(EVs)在鼻咽*血管生成中的作用。我們初步采集鼻咽*活檢標(biāo)本。代謝組學(xué)課題代發(fā)服務(wù)產(chǎn)生關(guān)于環(huán)境影響疾病的病因和分子機(jī)制的可測(cè)試的假設(shè)。
七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高
對(duì)小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實(shí)驗(yàn)中獲得的大量RNA-seq進(jìn)行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關(guān)。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細(xì)胞類型的豐度。PT_VCAM1估計(jì)比例在iri后24h***增加，并持續(xù)至少7天;與正常近端小管細(xì)胞比例下降相對(duì)應(yīng)(圖7a)。有趣的是，未手術(shù)控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計(jì)比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對(duì)非**腎樣本進(jìn)行反卷積，估計(jì)PT_VCAM1細(xì)胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的snRNA-seq和snatc-seq估計(jì)一致。接下來，我們分析了來自2型糖尿病患者腎臟活檢的大量RNA-seq。與對(duì)照組和早期糖尿病腎病患者相比，晚期糖尿病腎病患者PT_VCAM1的比例明顯更高(圖7e)，提示PT_VCAM1和小管損傷可能與糖尿病腎病的疾病進(jìn)展有關(guān)。從小鼠IRI到人類的細(xì)胞類型標(biāo)記轉(zhuǎn)移表明，大部分PT_VCAM1與我們**近在小鼠中發(fā)現(xiàn)的修復(fù)失敗的近端小管細(xì)胞(FR-PTC)群體有關(guān)(圖7c)。
數(shù)據(jù)組織和訪問
LncExpDB 的中心實(shí)體是 lncRNA 基因，每個(gè) lncRNA 基因都有一個(gè)對(duì)應(yīng)的頁面，由兩個(gè)主要部分組成，即基本信息（例如基因符號(hào)、基因組上下文、長(zhǎng)度、外顯子數(shù)、分類和對(duì)應(yīng)的轉(zhuǎn)錄本信息）和表達(dá)譜。對(duì)于每個(gè) lncRNA，LncExpDB 在所有收集的條件下分析其基因表達(dá)譜，并以交互方式可視化其表達(dá)譜。它以結(jié)構(gòu)化的方式組織所有相關(guān)數(shù)據(jù)，以促進(jìn)基于基因、數(shù)據(jù)集和基于上下文的數(shù)據(jù)瀏覽/搜索。它可以在一頁中可視化特定 lncRNA 的各種表達(dá)譜，促進(jìn)對(duì)特征基因及其相關(guān)共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)的探索，并提供有用的功能來捕獲不同生物條件下的表達(dá)情況。 也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。
接下來為了證明，SUMOylation對(duì)BCas誘導(dǎo)的淋巴內(nèi)皮管的形成和遷移作用，通過其特異性抑制劑阻斷SUMOylation （2D-08）明顯抑制了該誘導(dǎo)過程（Figure 1 G-I）。以上數(shù)據(jù)表明，UBC9異常高表達(dá)與膀胱*進(jìn)展和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移正相關(guān)，SUMOylation參與膀胱*的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。
2.EVs介導(dǎo)的ELNAT1過表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移相關(guān)
EVs介導(dǎo)的lncRNA轉(zhuǎn)運(yùn)是**細(xì)胞與TME之間通過信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)發(fā)生的一個(gè)關(guān)鍵過程。作者采集各5例的健康志愿者與BCas患者的尿液，通過NGS測(cè)序確定了EVs中l(wèi)ncRNA的整體表達(dá)譜，結(jié)合與SUMOylation途徑的相關(guān)性，**終篩選出EVs中異常高表達(dá)的lncRNAELNAT1（Figure2A,B）。結(jié)合BCa與LN轉(zhuǎn)移，ELNAT1在BCa與LN轉(zhuǎn)移中高表達(dá)（Figure2C,D），并且ELNAT1過表達(dá)與BCa患者預(yù)后不良相關(guān)（Figure2E,F）。另外，在瘤內(nèi)和瘤旁區(qū)域ELNAT1的表達(dá)與淋巴管密度正相關(guān)（Figure2G,H），提示ELNAT1***參與BCa的淋巴管生成。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測(cè)序基因表達(dá)譜。肝脂肪變性課題協(xié)同創(chuàng)作
英拜提供生物醫(yī)學(xué)課題外包服務(wù)。microRNA課題產(chǎn)學(xué)研合作
PGE2 增強(qiáng) IL4Rα 信號(hào)以增強(qiáng)巨噬細(xì)胞的 M2 ***
巨噬細(xì)胞能夠響應(yīng)可變的局部微環(huán)境信號(hào)從一種功能表型切換到另一種功能表型。除了經(jīng)典的信號(hào)級(jí)聯(lián)（例如，IL4/IL4Rα），巨噬細(xì)胞還可以整合由細(xì)胞外刺激觸發(fā)的代謝線索，以***它們的 M2表型。在這里，我們想知道 PGE2 是否也參與了 AP 損傷后胰腺巨噬細(xì)胞的 M2 極化。為此，我們首先檢查了 AP 損傷后 PGE2 的動(dòng)態(tài)表達(dá)。COX1 和 COX2 是產(chǎn)生前列腺素的兩種關(guān)鍵酶。在這里我們發(fā)現(xiàn)Ptgs2 (COX2)的表達(dá)在第 3 天達(dá)到峰值，而Ptgs1 (COX1)的表達(dá)在第 1 天下降并在第 3 天回到基礎(chǔ)水平。一致地，免疫熒光分析顯示 PGE2 在第 3 天升高，并在第 5 天迅速恢復(fù)到基礎(chǔ)水平。值得注意的是，PGE2在第 3 天主要與導(dǎo)管樣細(xì)胞（CK19 +細(xì)胞）共表達(dá)，以及部分與巨噬細(xì)胞（F4/80 +細(xì)胞）共表達(dá)。此外，根據(jù)我們的 RNA-seq 數(shù)據(jù)和流式細(xì)胞術(shù)分析，我們發(fā)現(xiàn)巨噬細(xì)胞中 COX2 的表達(dá)也在第 3 天達(dá)到峰值。更有趣的是，與 IL4Rα -巨噬細(xì)胞和單核細(xì)胞相比，IL4Rα +巨噬細(xì)胞表達(dá)了更高水平的 COX2。 microRNA課題產(chǎn)學(xué)研合作
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)