為了檢測該多肽產(chǎn)物，我們使用了一種識別MAPK1中間部分的抗體(圖4d)。Western Blot檢測40對胃*組織(圖4e)和細胞系(圖4f)中MAPK1-109aa和MAPK1的水平。通過半定量分析，胃*組織中MAPK1-109aa水平較正常胃組織中降低。Kaplan-Meier生存分析顯示，MAPK1-109aa表達水平較高的胃*患者總生存期明顯長于MAPK1-109aa表達水平較低的胃*患者(圖4h)。一系列GC細胞系中MAPK1-109aa的含量也明顯低于正常胃粘膜細胞系GES-1。在內(nèi)源性circMAPK1水平較低且?guī)缀鯖]有MAPK1-109aa表達的MKN45細胞中，轉(zhuǎn)染circMAPK1和MAPK1-109aa質(zhì)粒均產(chǎn)生預(yù)測的MAPK1-109aa帶，而過表達circMAPK1 IRES突變質(zhì)粒則沒有產(chǎn)生預(yù)測的MAPK1-109aa帶(圖4i)。相反，在內(nèi)源性circMAPK1和MAPK1-109aa更高表達的GES-1細胞中，發(fā)現(xiàn)兩種特異性靶向circMAPK1連接的shRNA***降低了MAPK1-109aa的表達(圖4j)。使用anti-flag抗體進行免疫熒光檢測，證實MAPK1-109aa-Flag位于過表達MAPK1-109aa-Flag質(zhì)粒的MKN45細胞的胞質(zhì)中，如圖4k所示。動物建模模型實驗的整體服務(wù)。蛋白組學(xué)課題分子生物學(xué)實驗
四、在體內(nèi)和體外，NUPs的上調(diào)導(dǎo)致TDP-43/TBPH定位錯誤和聚集
為了檢測Nup上調(diào)對Tbph (Drosophila TDP-43)病理的影響，我們建立了一個位點特異性Nup62過表達(Nup62 OE)蠅線，并對內(nèi)源性Tbph進行染色。在eGFP對照(以下稱為對照)表達的果蠅幼蟲VNC中，Tbph的分布以細胞核為主，而Nup62 OE幼蟲VNC***改變了Tbph的定位，出現(xiàn)細胞質(zhì)聚集(圖4A)。定量分析顯示，與對照組相比，Nup62 OE果蠅幼蟲或成年大腦中斑點Tbph***增加(圖4B）。與對照組相比，Nup62 OE vnc的核Tbph強度***降低(圖4C)。此外，核細胞質(zhì)(N/C)分割進一步證實，與對照組相比，Nup62 OE動物的Tbph N/C比值***降低(圖4D和E)，表明Nup62的上調(diào)改變了Tbph在體內(nèi)的亞細胞定位。 代謝組學(xué)課題推薦咨詢Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。
三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動態(tài)
由于技術(shù)限制，scRNA-seq難以檢測低豐度轉(zhuǎn)錄本（如轉(zhuǎn)錄因子TFs），而通過染色質(zhì)的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測了人類胚胎Lin- CD34+ CD38-細胞的單細胞染色質(zhì)可及性，分別對18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個細胞進行了測序，基于SNN算法，共得到7個不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數(shù)據(jù)中檢測了所選標記基因的可及性，與干細胞相關(guān)的標記基因(如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2)的可及性較高，而與不同譜系相關(guān)的基因(如MPO、ALAS2、MPEG1和CD19)的可及性較低，這與分選細胞的未分化特性一致(圖3B)。
4）體外實驗表明，上調(diào)UCP1以減輕AKI期間的脂質(zhì)積累，可通過影響炎癥和凋亡，***抑制疾病進展
越來越多的證據(jù)表明，在AKI中有明顯的脂質(zhì)積累和UCP1的異常表達，并與腎損傷的嚴重程度有很強的相關(guān)性。為了確定脂質(zhì)積累是否影響AKI期間的細胞功能，我們首先使用UCP1過表達慢病毒和UCP1激動劑CL316243構(gòu)建AKI細胞脂質(zhì)積累***模型。如圖4A所示，在AKI中上調(diào)UCP1***脂質(zhì)積聚，導(dǎo)致腎小管損傷指數(shù)、NGAL***下調(diào)，說明UCP1***脂質(zhì)積聚可***減輕模型細胞的損傷。鑒于炎癥和凋亡是AKI細胞損傷**重要和直接的原因，我們對上述細胞模型中的炎癥和凋亡標記物進行了量化。IL-1β、IL-6和TNF-α隨著UCP1的上調(diào)而***降低(圖4B-D)。在凋亡指標Bax和C-caspase3中也觀察到類似的趨勢，而Bcl-2升高(圖4E)。***，通過TUNEL熒光染色直接定量評估細胞凋亡，證實上調(diào)UCP1緩解AKI模型細胞的凋亡(圖4F)。 高通量測序的后續(xù)成文服務(wù)。
同時，circNDUFB2顯著增加了p-P65，p-IRF3，p-STAT1和p-STAT2。circNDUFB2還促進了IRF3和P65進入核內(nèi)的易位。免疫熒光分析證實circNDUFB2促進了IRF3的磷酸化，并隨后觸發(fā)其轉(zhuǎn)移到細胞核中。更重要的是，RIG-1的敲除顯著消除了這些基因的蛋白質(zhì)水平或磷酸化水平的上調(diào)以及由circNDUFB2誘導(dǎo)的A549細胞中IRF3和P65的核易位。ELISAs測量細胞培養(yǎng)上清液中的細胞因子水平，發(fā)現(xiàn)RIG-1敲低顯著消除了對CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的誘導(dǎo)。上述結(jié)果表明RIG-1在介導(dǎo)NSCLC細胞中circNDUFB2的免疫應(yīng)答中起關(guān)鍵作用，而circNDUFB2引發(fā)的免疫應(yīng)答不依賴于circNDUFB2中m6A的修飾。caspase-3抗體是一種***用于檢測凋亡細胞的標志物。cancer免疫課題國家自然科學(xué)基金
解決了對確定因果調(diào)節(jié)機制網(wǎng)絡(luò)的方法的關(guān)鍵需求。蛋白組學(xué)課題分子生物學(xué)實驗
為了驗證tRFs&tiRNA-Seq數(shù)據(jù)，作者檢測了91對PTC組織和*旁組織中tRFs&tiRNA的表達，其中，tiRNA-Gly在人類PTC組織中的表達水平比較高，并***高于*旁組織（圖1F-G）。WB顯示，tiRNA-Gly在PTC**中蛋白表達***高于*旁，但是tRNA-Gly的表達在*和*旁中無***差異（圖1H）。總之，tiRNA-Gly可能在PTC的進展中起致*作用。2、在小鼠模型中，tiRNA-Gly調(diào)節(jié)PTC細胞的增殖和遷移，并影響**生長
首先檢測了tiRNA-Gly在3株P(guān)TC細胞系中的表達，如圖2A所示，K1細胞系中tiRNA-Gly的表達***低于BC***和TPC-1細胞系。因此，對于功能獲得性實驗，合成帶有5’磷酸末端的tiRNA-Gly轉(zhuǎn)染至K1細胞系（圖2B）。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與對照組相比，tiRNA-Gly***促進K1細胞的增殖和遷移（圖2C-D）。對于功能缺失實驗，在BC***和TPC-1細胞系中轉(zhuǎn)染siRNA干擾tiRNA-Gly的表達，結(jié)果顯示細胞的增殖和遷移都***下降（圖2E-G）。體內(nèi)實驗得出了類似的結(jié)果，干擾tiRNA-Gly表達導(dǎo)致**體積減小，Ki67表達下降?？傊?，體內(nèi)體外實驗都表明tiRNA-Gly是PTC的惡性因子。 蛋白組學(xué)課題分子生物學(xué)實驗
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標書申請：提供標書課題設(shè)計、撰寫，標書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標書均符合科研前沿熱點，中標率很高。
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗