七、急性腎損傷和慢性腎臟疾病患者PT_VCAM1的比例升高
對小鼠缺血再灌注損傷(IRI)實驗中獲得的大量RNA-seq進行反卷積，以確定PT_VCAM1的比例是否與急性腎損傷有關(guān)。BisqueRNA使用基于scRNA-seq參考的反褶積方法從整體RNA-seq中估算細胞類型的豐度。PT_VCAM1估計比例在iri后24h***增加，并持續(xù)至少7天;與正常近端小管細胞比例下降相對應(yīng)(圖7a)。有趣的是，未手術(shù)控制小鼠腎臟中PT_VCAM1的估計比例在老齡小鼠中增加(圖7b)。用BisqueRNA對非**腎樣本進行反卷積，估計PT_VCAM1細胞的比例為2.6%(圖7d)，這與我們的snRNA-seq和snatc-seq估計一致。接下來，我們分析了來自2型糖尿病患者腎臟活檢的大量RNA-seq。與對照組和早期糖尿病腎病患者相比，晚期糖尿病腎病患者PT_VCAM1的比例明顯更高(圖7e)，提示PT_VCAM1和小管損傷可能與糖尿病腎病的疾病進展有關(guān)。從小鼠IRI到人類的細胞類型標(biāo)記轉(zhuǎn)移表明，大部分PT_VCAM1與我們**近在小鼠中發(fā)現(xiàn)的修復(fù)失敗的近端小管細胞(FR-PTC)群體有關(guān)(圖7c)。 血清代謝產(chǎn)物的豐度也發(fā)生了***變化.焦亡生物相關(guān)標(biāo)書細胞實驗
以上數(shù)據(jù)提示，miR-934異常高表達與結(jié)直腸***進展及肝轉(zhuǎn)移***相關(guān)。生存分析顯示，與miR-934表達較低的患者相比，miR-934表達較高的患者總生存期(OS)和無病生存期(DFS)較低（Fig.1f,g）。因此，在CRLM患者中，miR-934高表達與CRLM進展和預(yù)后不良呈正相關(guān)。
2、miR-934存在于CRC細胞衍生的外泌體中
miR-934在HCT-8和LoVo的CM中的表達***高于其它細胞（Fig.2a）。隨后，研究發(fā)現(xiàn)HCT-8和LoVo的CM中miR-934的表達***高于細胞核和細胞質(zhì)（Fig.2b,c）。并且，miR-934在CM中的表達不隨RNaseA的處理而改變，而隨RNaseA+TritonX-100的處理***下降（Fig.2d），這表明細胞外的miR-934被膜包裹，而不是直接分泌。因此，推測miR-934可能是被外泌體傳輸。電鏡和納米顆粒追蹤分析表明，miR-934表達水平較高的CRC細胞分泌的外泌體比miR-934表達水平較低的CRC細胞分泌的外泌體更多（Fig.2e,f）。各組外泌體標(biāo)志物CD9，ALIX，TSG101均被WB檢測到（Fig.2g）。為了闡明miR-934是否主要來源于CRC細胞的外泌體，使用GW4869抑制CRC細胞的外泌體分泌，發(fā)現(xiàn)miR-934在CRC細胞來源的外泌體中的表達水平明顯高于外泌體耗盡的CRC細胞（Fig.2h）。
湖北標(biāo)書歡迎咨詢研究腸道微生物組和宿主循環(huán)代謝產(chǎn)物之間的關(guān)系。
利用高通量RNA-seq和m6A-seq鑒定WTAP靶基因
為了進一步驗證WTAP介導(dǎo)的m6A甲基化對DLBCL細胞的影響，對對照組和WTAP缺失的SU-DHL-8細胞進行m6A測序(m6A-seq)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，一致motifDRACH在免疫純化的RNA中富集(圖5A)，m6A位點主要存在于外顯子和3’-UTR中，且m6A位點在終止密碼子附近富集程度比較高(圖5B)，并通過篩選差異表達基因中出現(xiàn)的m6A低甲基化峰，鑒定出136個基因(圖5C)。HK2基因有助于**高糖酵解率，同時DLBCL在缺氧脅迫下促進生長需要HK2。GSEA分析表明，WTAP的潛在靶基因與缺氧信號***相關(guān)(圖5D)，提示HK2是DLBCL中WTAP的關(guān)鍵靶基因。m6A-seq數(shù)據(jù)顯示，WTAP靶向HK2轉(zhuǎn)錄本的5’-UTR,WTAP的敲除導(dǎo)致5’-UTR的m6A水平***下降(圖5E)。***作者為了驗證HK2是否是WTAP靶基因，通過構(gòu)建熒光素酶報告載體和CRISPR/CAS9敲除實驗，證明了HK2是WTAP在DLBCL中的直接下游靶點(圖5F,5G,5H,5I,5J)。
6.大腸腺瘤預(yù)測模型的特異性驗證
提高標(biāo)志物的特異性可以減少臨床診斷中的假陽性，因此有必要進一步評估腺瘤標(biāo)志物的特異性，在此分析中，考慮了5種非CRC疾病，包括克羅恩?。–D），潰瘍性結(jié)腸炎（UC），腸易激綜合征（IBS），非酒精性脂肪肝疾?。∟AFLD）和2型糖尿?。═2D）。非CRC疾病模型的AUC值明顯低于**腺瘤模型的AUC值。
7.大腸腺瘤的微生物功能改變分析
在腺瘤和對照之間的比較中，腺瘤中富含碳水化合物的生物合成途徑（例如，ADP-庚糖生物合成），無機營養(yǎng)代謝以及核苷和核苷酸的生物合成，而芳香化合物降解的途徑和次級代謝產(chǎn)物的生物合成則更為豐富。腺瘤樣本減少。比較腺瘤和CRC，輔助因子，輔基，電子載體，維生素生物合成（例如MK-10生物合成）以及氨基酸降解和發(fā)酵的途徑富含**。另一方面，腺瘤的細胞結(jié)構(gòu)生物合成以及脂肪酸和脂質(zhì)的生物合成/降解途徑減少。 大量數(shù)據(jù)支持腸道微生物組在SCI中發(fā)揮重要作用。
IGF2BP結(jié)合區(qū)域包含“GGAC”N6-甲基腺苷（m6A）**基序。IGF2BPs是m6A結(jié)合蛋白。為了探索circRNA和IGF2BP之間的相互作用是否通過m6A依賴性的方式進行調(diào)節(jié)，對circNDUFB2進行了MeRIP，并觀察到circNDUFB2中m6A的顯著富集。敲低METTL3和METTL14顯著降低了circNDUFB2中m6A修飾的水平，并且沒有改變circNDUFB2的水平。METTL3/14敲低顯著削弱了circNDUFB2和IGF2BP之間的相互作用。這些數(shù)據(jù)表明，circNDUFB2以依賴于m6A的方式與三個IGF2BP物理相互作用。circNDUFB2過表后IGF2BPs的mRNA無***變化，蛋白質(zhì)水平***降低。此外，circNDUFB2突變體不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平。因此推測circNDUFB2可能通過相互作用使IGF2BP蛋白失穩(wěn)。發(fā)現(xiàn)circNDUFB2的過度表達***降低了IGF2BP蛋白的水平，這可以通過MG132（蛋白酶抑制劑）恢復(fù)。circNDUFB2***增加了IGF2BPs的泛素化水平，但這種作用因其突變而受損。這些結(jié)果表明circNDUFB2通過促進泛素/蛋白酶體依賴性降解降低IGF2BPs的穩(wěn)定性。我們使用miR-127-3p抑制劑和模擬物在circSDHC缺失或過表達后進行拯救實驗.蛋白組學(xué)標(biāo)書動物模型構(gòu)建
FMT處理可恢復(fù)SCI小鼠中糞便短鏈脂肪酸(SCFAs)。焦亡生物相關(guān)標(biāo)書細胞實驗
4）SsD通過直接抑制FTOm6A去甲基化活性來誘導(dǎo)m6A修飾
為了檢測m6A在RNA上的變化，我們在SsD處理的白血病細胞中進行了m6A點印跡實驗。如圖4A所示，SsD***增加了m6A在轉(zhuǎn)錄組中的豐度。此外，HPLC-MS/MS定量證實了SsD處理的NB4和Kas-1細胞mRNA中細胞m6A的增加(圖4B)。接下來，我們檢測了FTO的兩個直接靶點MYC和RARA在SsD處理的細胞中的表達。SsD在mRNA和蛋白水平***下調(diào)了NB4和Kas-1細胞的MYC，而上調(diào)了RARA(圖4C-D)。有趣的是，SsD依賴的MYC和RARA的減少是由于FTO過表達細胞中mRNA和蛋白穩(wěn)定性的降低(圖4E-4H)。綜上所述，這些結(jié)果證明了FTO及其下游靶點(如MYC,RARA)是FTO過表達白血病細胞中SsD的主要效應(yīng)因子。 焦亡生物相關(guān)標(biāo)書細胞實驗
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗