大約 1% 的人類基因組能夠折疊成 G 四鏈體 (G quadruplexes，G4s)——在富含 G 的基序上形成的非經(jīng)典鏈特異性 DNA 結(jié)構(gòu)。G4 的熱穩(wěn)定性不同，這可能會(huì)影響它們的功能。然而，G4s 也可能阻礙復(fù)制、轉(zhuǎn)錄和翻譯，并可能增加基因組的不穩(wěn)定性和突變率。因此，根據(jù)其基因組位置、熱穩(wěn)定性和功能性，G4 基因座可能會(huì)在不同的選擇壓力下進(jìn)化，而這一點(diǎn)從未被研究過(guò)。
一、基因組中G4基因座的密度不均勻
與全基因組平均值相比，CpG島、上游區(qū)域和轉(zhuǎn)錄鏈的G4密度的倍數(shù)差異特別**別為12.3、4.98和4.11。相比之下，內(nèi)含子的非轉(zhuǎn)錄和轉(zhuǎn)錄鏈、非轉(zhuǎn)錄外顯子鏈和3'UTR的非轉(zhuǎn)錄鏈具有G4密度接近全基因組平均值；校正G含量總體趨勢(shì)不變，復(fù)制起點(diǎn)和增強(qiáng)子具有特別高的G4密度：分別比全基因組平均值高6.88倍和3.03倍。 促*分泌體通過(guò)外泌體傳遞和運(yùn)輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵。免疫微環(huán)境
在整個(gè)細(xì)胞群中，2D-R和2W-R樣本之間沒(méi)有明顯的差異，這表明暴露在s-flow條件下2天或2周的細(xì)胞基本沒(méi)有變化。S-flow條件下(2D-R和2W-R)很少發(fā)現(xiàn)SMC，而急性d-flow條件下(2D-L)SMC數(shù)量增加至2.3%，慢性d-flow條件下(2W-L)SMC數(shù)量進(jìn)一步增加至18.2%。四種情況下都有成纖維細(xì)胞，其中在急性d-flow情況下**多(2D-L時(shí)為17%)(圖1D)對(duì)2D-R、2D-L、2W-R、2W-L4個(gè)樣本的序列reads使用R軟件包進(jìn)行分析。UMAP分析將總核群劃分為13個(gè)細(xì)胞群，它們以流量和時(shí)間依賴的方式分布(圖1E和1F)。通過(guò)Signac將scATAC-seq數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為基因活性指數(shù)，并使用上述scRNA-seq研究中描述的相同標(biāo)記基因確定細(xì)胞身份。在13個(gè)簇中，8個(gè)是內(nèi)皮簇(E1E8)，其次是SMCs、Fibro、巨噬細(xì)胞、dc、T細(xì)胞和未定義(ND)(圖1G)。股骨頭缺血性壞死課題CRO服務(wù)找上海英拜。
6）FPN蛋白在肺*細(xì)胞中的穩(wěn)定性需要USP35
USP35屬于DUBs家族，在控制各種蛋白質(zhì)的Ub依賴性降解中起關(guān)鍵作用。此外，F(xiàn)PN泛素化和隨后的內(nèi)吞作用導(dǎo)致鐵超載和鐵死亡。因此，我們研究了USP35是否通過(guò)影響其蛋白質(zhì)穩(wěn)定性來(lái)調(diào)節(jié)FPN表達(dá)。如圖8A所示，USP35敲除增加，而USP35過(guò)表達(dá)降低泛素化FPN水平。用MG132蛋白酶體抑制劑***后，shUSP35***細(xì)胞的全部或膜裂解物中FPN水平的降低被阻止(圖8B)。隨后，我們檢查了USP35是否是FPN的直接結(jié)合伙伴。IP分析的數(shù)據(jù)揭示了內(nèi)源性USP35和FPN之間的聯(lián)系(圖8C)?？傊?，這些數(shù)據(jù)表明USP35可以直接與FPN相互作用，并作為deubiquitinase發(fā)揮作用，以保持其蛋白質(zhì)穩(wěn)定性。
4）Pex來(lái)源的CD44v6對(duì)于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調(diào)控PDAC細(xì)胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗(yàn)證了CD44v6在外泌體中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達(dá)水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細(xì)胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測(cè)加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達(dá)水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細(xì)胞相比，CD44v6的表達(dá)水平保持不變(圖5B)。我們還進(jìn)行了免疫熒光分析，檢測(cè)出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結(jié)果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜。此外，westernblot檢測(cè)表明，敲除CD44v6或使用抗CD44v6抗體的Pex強(qiáng)烈減弱了Pex誘導(dǎo)的IGF-1信號(hào)通路的***(圖5D)。同時(shí)，在CD44v6-kdPex或CD44v6抗體的作用下，Pex誘導(dǎo)的HSC活化(圖5E，F(xiàn))、ECM重塑(圖5G)的積極作用***減少。為了闡明CD44v6在Pex誘導(dǎo)的HSC***中的作用，我們進(jìn)一步研究了過(guò)表達(dá)CD44v6在HSC中是否與Pex具有同樣的***HSC的作用。然而，過(guò)表達(dá)CD44v6并沒(méi)有像預(yù)期的那樣提高α-SMA的表達(dá)(圖5H)。這些結(jié)果表明，CD44v6在Pex誘導(dǎo)的HSC***中發(fā)揮了重要作用。 IGF-1信號(hào)在Pex誘導(dǎo)的肝纖維化中起重要作用。
與對(duì)照組相比，乳腺*來(lái)源的外泌體miR-138-5p降低了M1相關(guān)表型，相反，M2標(biāo)志物增加并伴隨著CD163陽(yáng)性細(xì)胞數(shù)的增加（圖6G-I）。用從乳腺*細(xì)胞中分離出來(lái)的外泌體處理THP-1細(xì)胞導(dǎo)致了M2極化，抑制miR-138-5p的表達(dá)可挽救這種極化（圖4J-L）?？傊?，這些結(jié)果表明外泌體miR-138-5p通過(guò)抑制KDM6B表達(dá)調(diào)節(jié)巨噬細(xì)胞極化。
5、KDM6B去甲基化酶活性增加了M1相關(guān)基因的表達(dá)
抑制KDM6B的組蛋白去甲基化酶活性可抑制其靶基因的轉(zhuǎn)錄。因此，使用雙熒光素酶實(shí)驗(yàn)來(lái)分析M1靶基因的啟動(dòng)子活性。KDM6B的過(guò)表達(dá)特異性地刺激了促炎因子IL-6、IL-1β和TNF-α編碼基因的啟動(dòng)子活性（圖5A）。相反，沉默KDM6B活性則導(dǎo)致他們的啟動(dòng)子活性抑制，而過(guò)表達(dá)KDM6B降低了H3K27me3的水平（圖5B）。ChIP檢測(cè)顯示，與對(duì)照相比，THP-1細(xì)胞中KDM6B的過(guò)表達(dá)或敲除***增加或減少了KDM6B啟動(dòng)子在不同區(qū)域的占用(圖5C-D)。與此結(jié)果一致，啟動(dòng)子區(qū)域H3K27me3的募**降低或增加當(dāng)KDM6B過(guò)表達(dá)或沉默時(shí)（圖5E-F）?？傊?，下調(diào)KDM6B可提高H3K27me3水平和促炎因子編碼基因的轉(zhuǎn)錄活性，導(dǎo)致抑制M1極化。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測(cè)序基因表達(dá)譜。異丁醇
TIMEOR是***個(gè)基于 Web 的自適應(yīng)時(shí)間序列多組學(xué)管道方法。免疫微環(huán)境
二、腸道微生物群落動(dòng)態(tài)變化
確定每個(gè)個(gè)體部位12個(gè)**豐富的科。HSCT后，在腸內(nèi)第II期Lachnospiraceae的豐度減少，從檢查前的13%減少到第1周的4.7%，然后在第III期開(kāi)始的第3個(gè)月恢復(fù)到27.5%(圖2A)。同時(shí)，腸球菌科在II期的擴(kuò)張(檢查前:6.1%;第1周:22.8%)和第二階段的乳酸菌科(預(yù)檢:2%;第3個(gè)月后，第三階段分別減少到0.2%和0.6%(圖2A)。LDA在腸道中顯示了19個(gè)支系(共102個(gè)ASVs)，這些支系在時(shí)間點(diǎn)上對(duì)樣品的分離效果比較好(圖2B)。兩個(gè)相當(dāng)有鑒別能力且LDA系數(shù)為正的進(jìn)化支系包括腸球菌科(Enterococcaceae)和乳酸桿菌科(Lactobacillaceae)的ASVs(圖2B)。從第3個(gè)月開(kāi)始，它們的豐度再次下降到與預(yù)處理時(shí)間相當(dāng)?shù)乃?圖2C)。其中，ASV 78的數(shù)量**多，觀察頻率比較高(圖2D)，其16S rRNA部分基因序列與wexlerae序列相似性較高。另一項(xiàng)PCA分析也支持這些發(fā)現(xiàn)(圖2E)。腸球菌科(Enterococcaceae)在II期樣品中更為豐富，Lachnospiraceae和Ruminococcaceae在I期和III期樣品中更為豐富(圖2E)。 免疫微環(huán)境
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5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)