大連細(xì)胞功能標(biāo)書

單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué) (scRNA-Seq) 模塊

scRNA-seq 模塊系統(tǒng)地組織了基因表達(dá)隨年齡增長(zhǎng)的組織和細(xì)胞類型特異性異質(zhì)變化。該模塊提供不同細(xì)胞類型或亞型的高分辨率、綜合參考圖，以及它們的時(shí)空分布信息，以及在不同衰老相關(guān)或疾病條件下每種細(xì)胞類型或亞型的基因表達(dá)模式。該模塊目前包括來(lái)自大鼠、猴子和人類的 14 種衰老組織的單細(xì)胞 RNA 測(cè)序數(shù)據(jù)集。這些數(shù)據(jù)包括從單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)圖譜中的多個(gè)哺乳動(dòng)物組織中提取的細(xì)胞類型注釋和細(xì)胞類型特異性 DEG，用于衰老和熱量限制 (CR)。該模塊還包含單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)，涵蓋非人類靈長(zhǎng)類動(dòng)物的卵巢、胰島、主動(dòng)脈、視網(wǎng)膜和心肺衰老，以及老年 COVID-19 患者中人類循環(huán)免疫細(xì)胞的單細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)景觀。 circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細(xì)胞的免疫防御反應(yīng)。大連細(xì)胞功能標(biāo)書

野生型小鼠和Caspase11缺陷小鼠肝臟中pro-caspase-1(圖5A和F)和cleavedcaspase-1(圖5A和G)的蛋白水平相似。在野生型小鼠和Caspase-11缺陷小鼠中，MCD處理***降低了pro-caspase1的蛋白水平(圖5A和F)，而增加了活性Caspase-1的蛋白水平(圖5A和G)。此外，Caspase-11缺陷小鼠的活性caspase-1水平明顯低于野生型小鼠，說(shuō)明MCD處理Caspase-11缺陷小鼠肝臟中Caspase-1的***較少。同樣，我們?cè)贛CD處理的Caspase-11缺陷小鼠的肝細(xì)胞中檢測(cè)到較少的Gsdmd-N表達(dá)(圖5H和I)。這些結(jié)果表明，Caspase-11缺失減弱了MCD誘導(dǎo)的Gsdmd和IL-1β的***。

6.Caspase-11缺乏抑制脂多糖誘導(dǎo)的肝細(xì)胞焦亡和體外損

傷我們?cè)隗w外評(píng)價(jià)Caspase-11缺乏對(duì)肝細(xì)胞焦亡的影響。我們用脂多糖(LPS)處理野生型小鼠原代肝細(xì)胞，發(fā)現(xiàn)LPS誘導(dǎo)了pro-caspase-11和caspase-11的表達(dá)(圖6A和B)，表明LPS誘導(dǎo)了原代肝細(xì)胞中caspase-11的***。我們進(jìn)一步處理來(lái)自野生型和Caspase-11缺陷小鼠的原代肝細(xì)胞，并監(jiān)測(cè)Gsdmd的表達(dá)和***。如圖6C和D所示，LPS處理未在野生型和Caspase-11缺陷的原代肝細(xì)胞中誘導(dǎo)pro-Gsdmd的表達(dá)。我們檢測(cè)到LPS處理的野生型小鼠原代肝細(xì)胞中Gsdmd-N明顯增加。

褪黑素標(biāo)書國(guó)家自然科學(xué)基金短鏈脂肪酸與運(yùn)動(dòng)恢復(fù)/腸屏障通透性的相關(guān)性。

為了研究鑒定出的lncRNAs是否下調(diào)了PGK1的表達(dá)，我們分別用這三個(gè)lncRNAs分別轉(zhuǎn)染了乳腺*細(xì)胞。我們的結(jié)果表明，在mRNA水平不變的情況下，只有LINC00926導(dǎo)致MCF-7和MDA-MB-231細(xì)胞中PGK1蛋白水平***下降(圖1E)，表明LINC00926下調(diào)了乳腺*細(xì)胞中PGK1的表達(dá)。此外，與非**組相比，13/14(92.9%)例乳腺*患者的LINC00926表達(dá)降低，12/14(85.7%)例乳腺*患者的PGK1表達(dá)上調(diào)。在乳腺*樣本中，LINC00926的表達(dá)與PGK1的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(圖1 F)。有趣的是，我們發(fā)現(xiàn)內(nèi)源性PGK1蛋白水平和LINC00926水平在5種乳腺*細(xì)胞系(MCF-7、T47D、ZR75-1、MDA-MB-453、MDA-MB-231)中均呈負(fù)表達(dá)。在相對(duì)轉(zhuǎn)移性細(xì)胞系MDA-MB-231中PGK1表達(dá)量比較高，LINC00926表達(dá)量比較低；而惡性程度較低的細(xì)胞系MCF-7中PGK1表達(dá)量較低，LINC00926表達(dá)量較高(圖1G)。敲除LINC00926后，MCF-7細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***增加，而過(guò)表達(dá)LINC00926后，MDA-MB-231細(xì)胞中PGK1的表達(dá)***降低(圖1H)。這些結(jié)果表明，LINC00926下調(diào)PGK1的表達(dá)，可能與PGK1介導(dǎo)的乳腺*發(fā)展呈負(fù)相

5）缺氧主要通過(guò)FOXO3A轉(zhuǎn)錄抑制LINC00926的表達(dá)，***PGK1的表達(dá)

由于缺氧是**的一個(gè)關(guān)鍵現(xiàn)象，我們確定了LINC00926/PGK1軸是否在缺氧下糖酵解的調(diào)節(jié)中發(fā)揮作用。缺氧刺激了PGK1在mRNA和蛋白水平上的表達(dá)，并降低了LINC00926的表達(dá)(圖5A)。為了確定缺氧如何抑制乳腺*細(xì)胞中LINC00926的表達(dá)，我們研究了缺氧后對(duì)LINC00926啟動(dòng)子的抑制。對(duì)不同的LINC00926啟動(dòng)子缺失報(bào)告基因的分析顯示，啟動(dòng)子區(qū)域在300-200bp之間包含一個(gè)缺氧抑制元件(圖5B)。該區(qū)域假定的FOXO3A結(jié)合位點(diǎn)的突變會(huì)導(dǎo)致抑制的喪失。在常氧或缺氧條件下，F(xiàn)OXO3A影響LINC00926和PGK1的表達(dá)，說(shuō)明FOXO3A是LINC00926調(diào)控的特異性轉(zhuǎn)錄因子(圖5C和5D)。ChIP分析表明，在常氧條件下，F(xiàn)OXO3A被募集到LINC00926啟動(dòng)子內(nèi)包含F(xiàn)OXO3A結(jié)合位點(diǎn)的區(qū)域，但沒(méi)有被募集到LINC00926啟動(dòng)子上游的區(qū)域，在缺氧條件下募集減少(圖5E)。FOXO3A提高了LINC00926水平，降低了PGK1水平，而且重要的是，在正常或缺氧條件下，下調(diào)LINC00926均嚴(yán)重?fù)p害了FOXO3A調(diào)節(jié)LINC00926和PGK1表達(dá)的能力(圖5F)。此外，敲除LINC00926還**削弱了缺氧對(duì)PGK1上調(diào)的影響。這些數(shù)據(jù)表明，缺氧主要通過(guò)FOXO3A轉(zhuǎn)錄抑制LINC00926的表達(dá)，***PGK1的表達(dá)。 注射circSDHC敲低*細(xì)胞的小鼠比對(duì)照組表現(xiàn)出更少的惡病質(zhì).

三、在體內(nèi)，tbi介導(dǎo)的NCT缺陷和致死率被核輸出抑制劑抑制

為了確定TBI是否會(huì)損害體內(nèi)的核質(zhì)運(yùn)輸，我們?cè)诠夁\(yùn)動(dòng)神經(jīng)元中過(guò)表達(dá)了一個(gè)帶有核定位序列(NLS)和核輸出序列(NES)標(biāo)記的GFP蛋白(OK371-gal4)。在表達(dá)nlsnes -GFP的大腦中，GFP信號(hào)分布在細(xì)胞核和細(xì)胞質(zhì)中(圖3A)。然而，定量分析顯示，在nls - nes -GFP表達(dá)的vnc暴露于TBI中，核GFP信號(hào)減少的細(xì)胞百分比***增加，而核GFP強(qiáng)度***降低(圖3B和C)，說(shuō)明GFP核進(jìn)口受到抑制和/或GFP核出口增加。接下來(lái)，我們?cè)谶\(yùn)動(dòng)神經(jīng)元中表達(dá)了一種用NLS和突變的NES (ΔNES)標(biāo)記的沒(méi)有核輸出活性的GFP蛋白。表達(dá)NLS的非創(chuàng)傷性腦損傷動(dòng)物的腦細(xì)胞-ΔNES-GFP顯示了GFP在細(xì)胞核的強(qiáng)大定位(圖3A)，而創(chuàng)傷性腦損傷動(dòng)物的vnc顯示了核GFP減少的細(xì)胞數(shù)量***增加，核GFP強(qiáng)度降低((圖3B和C)。果蠅幼蟲暴露于TBI，并在DMSO單獨(dú)、KPT-350(0.05、0.1或0.5 mM)或KPT-276(50、200或1000 nM)上飼養(yǎng)。對(duì)經(jīng)歷過(guò)TBI的果蠅幼蟲的羽化試驗(yàn)顯示，KPT-350處理的動(dòng)物(圖3D)或KPT-276處理的動(dòng)物(圖3E)具有***的劑量依賴性的致死抑制。kpt -350處理的果蠅核GFP信號(hào)***高于dmso處理的對(duì)照組(圖3G）。 circSDHC通過(guò)充當(dāng)miR-127-3p的海綿促進(jìn)ccRCC的進(jìn)展和轉(zhuǎn)移.TRF標(biāo)書北京

DHEA和tempol處理可影響腸道微生物的β-多樣性。大連細(xì)胞功能標(biāo)書

氧化應(yīng)激與阿爾茨海默病(AD)的發(fā)病機(jī)制有關(guān)。線粒體功能障礙與AD期間神經(jīng)毒性中的氧化應(yīng)激和活性氧(ROS)有關(guān)。線粒體代謝受損與AD腦損傷中的線粒體功能障礙有關(guān)。雖然已確定NOX4在腦損傷中的作用，但NOX4調(diào)控AD中星形膠質(zhì)細(xì)胞鐵死亡的機(jī)制尚不清楚。因此，小編給大家介紹于2021年3月發(fā)表于影響因子為9.986的“Redox Biology”上的文章“NOX4 promotes ferroptosis of astrocytes by oxidative stress-induced lipid peroxidation via the impairment of mitochondrial metabolism in Alzheimer’s diseases”。我們的結(jié)果表明，NOX4通過(guò)脂質(zhì)過(guò)氧化損傷AD中線粒體代謝，促進(jìn)星形膠質(zhì)細(xì)胞的鐵死亡。大連細(xì)胞功能標(biāo)書

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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序

5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)

7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)