TNF-α處理AS-MSC樣品后，METTL14表達(dá)下降進(jìn)而導(dǎo)致m6A水平降低，ELMO1RNA降解
已有研究發(fā)現(xiàn)m6A修飾可降低mRNA的穩(wěn)定性及表達(dá)。作者發(fā)現(xiàn)ELMO1的m6A修飾水平隨著TNF-α濃度而改變，經(jīng)過100ng/mlTNF-α處理后，AS-MSC中ELMO1m6A修飾水平遠(yuǎn)低于HC-MSC。此外，在100ng/mlTNF-α刺激下，AS-MSC的ELMO1mRNA半衰期比HC-MSC更長(zhǎng)，說(shuō)明AS-MSC的mRNA穩(wěn)定性更好。然后檢測(cè)m6A相關(guān)甲基轉(zhuǎn)移酶和去甲基化酶的表達(dá)水平。結(jié)果表明，TNF-α處理后，METTL3，ALKBH5和FTO表達(dá)增加，METTL14和TNF-α表達(dá)降低。當(dāng)用100ng/mlTNF-α處理AS-MSC時(shí)，METTL14表達(dá)低于HC-MSC。而其他與m6a相關(guān)的甲基轉(zhuǎn)移酶和去甲基化酶無(wú)***差異。與此同時(shí)，AS樣品中CD105+MSC中的METTL14表達(dá)明顯低于健康對(duì)照組。這些結(jié)果表明，TNF-α?xí)?dǎo)致AS-MSC中METTL14表達(dá)降低，m6A水平下降，ELMO1RNA降解。 致力于醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)和相關(guān)生物醫(yī)學(xué)課題的研究。蛋白組學(xué)課題一站式
miR-335-5p在來(lái)源于轉(zhuǎn)移性CRC細(xì)胞的外泌體中高表達(dá)
作者進(jìn)行miRNA測(cè)序以確定SW480-exo或SW620-exo中的miRNA表達(dá)譜。結(jié)果發(fā)現(xiàn)SW480-exo和SW620-exo具有顯著不同的miRNA表達(dá)譜，并確定了77個(gè)miRNA的倍數(shù)變化大于5。通過定量PCR，證實(shí)miR-335-5p在SW620-exo中的表達(dá)比在SW480-exo中更高。并使用來(lái)自TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的miRNA和mRNA表達(dá)數(shù)據(jù)，證實(shí)了CRC中的miR-335-5p相對(duì)于正常樣本顯著升高，以及miR-335-5p高表達(dá)的病例的總體存活率較低。為了探索miR-335-5p在CRC中的功能，作者對(duì)miR-335-5p高或低表達(dá)的CRC樣本中表達(dá)的基因進(jìn)行了基因集富集分析(GSEA)分析。確定了兩種生物學(xué)途徑的顯著富集：Ras蛋白信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)和Ras蛋白信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)的調(diào)節(jié)。這些結(jié)果表明SW620外泌體具有較高水平的miR-335-5p，miR-335-5p在CRC中的功能可能與Ras信號(hào)通路的***有關(guān)。 靶基因驗(yàn)證課題基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)外包阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配
膀胱*是世界上第九大流行**，占**相關(guān)死亡的相當(dāng)大比例。目前多數(shù)研究熱點(diǎn)在microRNAs 可以通過間充質(zhì)干細(xì)胞來(lái)源的外泌體傳遞到**細(xì)胞中發(fā)揮其功能?，F(xiàn)在有***研究探討了miR-139-5p向膀胱*細(xì)胞的外泌體轉(zhuǎn)移及其在**發(fā)生調(diào)控中的作用，支持了MSCs-衍生的外泌體分泌的miR-139-5p在膀胱*中的**抑制作用，突出了一個(gè)有前景的***策略。
PRC1在膀胱*中的表達(dá)模式及意義
作者對(duì)5個(gè)膀胱*數(shù)據(jù)集進(jìn)行差異表達(dá)分析，通過生信分析發(fā)現(xiàn)PRC1是一個(gè)高表達(dá)基因，與其他基因***相關(guān)。此外，GSE7476、GSE65635、GSE40355和GSE3167數(shù)據(jù)集中顯示了PRC1在膀胱*中高表達(dá)。接下來(lái)，通過逆轉(zhuǎn)錄-定量聚合酶鏈反應(yīng)、免疫組織化學(xué)和westernblot分析，確定膀胱*及*旁正常組織中PRC1mRNA和蛋白的表達(dá)模式。結(jié)果顯示，與對(duì)照組相比，膀胱*組織中PRC1mRNA和蛋白表達(dá)***增加，PRC1陽(yáng)性表達(dá)率***升高。采用卡方檢驗(yàn)分析PRC1表達(dá)與臨床資料的相關(guān)性，發(fā)現(xiàn)PRC1表達(dá)與**淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移分期、組織學(xué)分級(jí)呈正相關(guān)，而與年齡、性別、淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移或**數(shù)量。此外，與正常膀胱上皮細(xì)胞HCV29相比，膀胱*細(xì)胞株中PRC1mRNA和蛋白表達(dá)量較高，其中T24細(xì)胞表達(dá)量比較高。因此，選擇T24細(xì)胞進(jìn)行進(jìn)一步實(shí)驗(yàn)。
4、LncHrt改善心肌梗死后心臟代謝穩(wěn)態(tài)
通過RNA-seq分析發(fā)現(xiàn)LncHrt在MI后調(diào)控代謝過程，因而作者思考LncHrt如何在心臟重構(gòu)和應(yīng)激反應(yīng)中緩解心臟代謝應(yīng)激，改善代謝表型。研究發(fā)現(xiàn)，LncHrt敲除導(dǎo)致線粒體的氧通路增強(qiáng)，脂肪酸氧化***提高，氧化磷酸化增加，呼吸作用復(fù)合體增加。這些研究表明心臟LncHrt過表達(dá)改善心肌梗死后心臟氧化磷酸化代謝能力。此外，考慮到MI后氧氣供應(yīng)減少，葡萄糖利用代謝轉(zhuǎn)變，作者檢測(cè)了葡萄糖關(guān)鍵酶蛋白HK1，PGK1，和能量代謝酶CS，IDH2的表達(dá)。結(jié)果顯示，他們的表達(dá)在LncHrt過表達(dá)后***上調(diào)。此外，LncHrt過表達(dá)也***增加了ATP水平。而敲除LncHrt則導(dǎo)致線粒體氧代謝的指標(biāo)***下降。總之，這些結(jié)果表明LncHrt能保持心肌代謝穩(wěn)態(tài)，改善心肌梗死后的心功能。 根客戶的研究方向查閱相關(guān)文獻(xiàn)。
二、YTHDF1缺乏可抑制胃*進(jìn)展和轉(zhuǎn)移
YTHDF1在不同胃*細(xì)胞株中的蛋白表達(dá)水平，遠(yuǎn)高于正常胃腺細(xì)胞GES-1。為了進(jìn)一步探討YTHDF1在胃*中的作用，采用了胃*細(xì)胞系、細(xì)胞系來(lái)源的異種移植(CDX)和PDX模型(圖2A)。首先，通過產(chǎn)生兩種穩(wěn)定的shRNA表達(dá)人胃*細(xì)胞株MGC-803和HGC-27，研究了YTHDF1的抑制作用，這兩種細(xì)胞株在所有被檢測(cè)的胃*細(xì)胞株中YTHDF1的表達(dá)相對(duì)較高(補(bǔ)充圖S2B)。YTHDF1基因敲除確實(shí)降低了胃*細(xì)胞的增殖(圖2B)。此外，在MGC-803和HGC-27細(xì)胞中YTHDF1敲除降低細(xì)胞的遷移和侵襲能力(圖2C)。隨后通過皮下注射YTHDF1敲除的MGC-803細(xì)胞到免疫缺陷裸鼠，研究YTHDF1的抑制是否會(huì)影響體內(nèi)胃*的發(fā)生。 了解客戶的研究方向以及所能提供的樣本類型和樣本量確定研究思路。河北課題歡迎咨詢
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點(diǎn)擊該結(jié)構(gòu)的圖像可以獲得放大的圖像。為了幫助用戶精細(xì)化搜索，PROTAC-DB還包含基于物理化學(xué)的過濾工具屬性(例如分子量、log P、log S、拓?fù)錁O性表面積)，包含了搜索結(jié)果中每個(gè)屬性的最小值和最大值。對(duì)于PROTAC，除了二維結(jié)構(gòu)、化合物ID和靶蛋白外，數(shù)據(jù)表中還顯示了生物活性，包括降解能力、結(jié)合親和力和細(xì)胞活性。該數(shù)據(jù)表可以根據(jù)生物活動(dòng)的值進(jìn)行排序。對(duì)于彈頭和E3配體，搜索結(jié)果中只顯示了初始結(jié)構(gòu)。修改后PROTAC中的結(jié)構(gòu)匯總在其相應(yīng)的詳細(xì)信息頁(yè)面中。此外，數(shù)據(jù)表中還顯示了初始結(jié)構(gòu)的生物活性。同樣，也可以根據(jù)這些標(biāo)準(zhǔn)對(duì)數(shù)據(jù)表進(jìn)行排序。對(duì)于Linker，數(shù)據(jù)表中只顯示了2D結(jié)構(gòu)、化合物ID和目標(biāo)蛋白。結(jié)構(gòu)中的‘R1’和‘R2’分別**彈頭和E3配體的結(jié)合位點(diǎn)。蛋白組學(xué)課題一站式
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