結(jié)果1）circPDE4B在OA組織中表達較低
我們之前對3個臨床OA和3個對照樣本的軟骨細胞核糖體RNA缺失的總RNA進行了RNA-seq分析。在數(shù)量**多的50個***調(diào)控異常的circRNA中，circPDE4B的表達水平排名***。我們評估了每個病例的OA嚴重程度(圖1A)。同時，我們進行了組織形態(tài)學(xué)和熒光原位雜交實驗，結(jié)果顯示軟骨降解程度增加對應(yīng)軟骨細胞中circPDE4B的表達降低(圖1B)。RT-qPCR檢測到嚴重OA組織軟骨細胞中circPDE4BRNA水平下調(diào)，而mPDE4BmRNA水平保持相對一致(圖1C)。綜上所述，circPDE4B的表達與OA的嚴重程度呈負相關(guān)?？紤]到circPDE4B在人和小鼠之間是保守的，我們也檢測了circPDE4B在人/小鼠軟骨細胞中的表達，發(fā)現(xiàn)IL-1β和TNF-α處理***降低了HCs（人）/MCs（鼠）中circPDE4的表達，且呈時間依賴性(圖1D)。核分離實驗結(jié)合RT-qPCR分析和FISH分析發(fā)現(xiàn)，circPDE4B/circPde4b主要位于HCs/MCs的細胞質(zhì)中(圖1E、F)。綜上所述，circPDE4B在OA中被下調(diào)，因此可能參與了OA的進展。 circNDUFB2未***改變IGF2BPs的mRNA水平。浙江標書國家自然科學(xué)基金
1.下載GEO數(shù)據(jù)并進行預(yù)處理
下載數(shù)據(jù)集GSE28829，GSE41571和GSE43292，使用Perl腳本和R軟件的sva軟件包進行原始數(shù)據(jù)的合并和預(yù)處理。然后，使用Perl腳本將每個基因的探針I(yè)D轉(zhuǎn)換為基因名。
2.CIBERSORT分析免疫浸潤
CIBERSORT的LM22基因文件用于定義22個免疫細胞亞群，這些數(shù)據(jù)可從CIBERSORT網(wǎng)站進行下載。使用CIBERSORT對表達文件的P值和均方根誤差進行計數(shù)，獲得免疫細胞收據(jù)，使用R包，corplot，vioplot和ggplot2進行結(jié)果的可視化。
四川標書細胞實驗CircRNA在NSCLC發(fā)生、發(fā)展中誘導(dǎo)免疫反應(yīng)的行為和機制尚未見報道.
磷酸甘油酸激酶1 (PGK1)是糖酵解途徑的重要組成部分，與多種**的發(fā)***展有關(guān)。然而，PGK1抑制劑在*細胞中的***機制和生理意義尚不清楚。因此，***給大家介紹于2021年4月發(fā)表于“Molecular Therapy”（IF=8.986）的文章“FOXO3A-induced LINC00926 suppresses breast tumor growth and metastasis through inhibition of PGK1-mediated Warburg effect”。在這里，我們鑒定了一個負調(diào)控PGK1表達的lncRNA LINC00926，并預(yù)測乳腺*良好的臨床預(yù)后。我們的研究建立了FOXO3A/LINC00926/PGK1作為調(diào)節(jié)乳腺*生長和進展的關(guān)鍵軸。靶向PGK1或補充LINC00926或FOXO3A可能是乳腺*的潛在***策略。
5）MAPK1-109aa對胃*有抑制作用
為了進一步研究MAPK1-109aa的生物學(xué)功能，我們將circMAPK1ATG突變質(zhì)粒、circMAPK1IRES突變質(zhì)粒和circMAPK1過表達質(zhì)粒轉(zhuǎn)染到MKN45和BGC823細胞中。如預(yù)期的那樣，當(dāng)轉(zhuǎn)染ATG突變質(zhì)粒和IRES突變質(zhì)粒時，沒有出現(xiàn)circMAPK1編碼的MAPK1-109aa13-kDa帶(圖5a)。CCK8實驗(圖5b)、集落形成實驗(圖5c，d)和EdU實驗(圖5e，f)顯示過表達circMAPK1明顯抑制了細胞的增殖能力。流式細胞術(shù)顯示，處于S期的GC細胞數(shù)量也明顯減少(圖5g)。然而，當(dāng)circMAPK1的ATG或IRES序列發(fā)生突變時，MKN45和BGC823細胞的增殖能力沒有明顯變化。 circNDUFB2可通過破壞CARDs與其解旋酶結(jié)構(gòu)域之間的分子內(nèi)相互作用。
JMJD1C在體內(nèi)促進M1巨噬細胞極化，抑制膠質(zhì)瘤通過EdU染色和CCK-8法對穩(wěn)定過表達JMJD1C的LN-229和U251細胞進行細胞增殖篩選，結(jié)果顯示JMJD1C過表達對體外膠質(zhì)瘤細胞增殖有作用。然后，通過皮下注射表達OE-NC或OE-JMJD1C的LN-229細胞構(gòu)建**小鼠模型。我們觀察到過表達JMJD1C可抑制**的生長。IHC和TUNEL檢測結(jié)果顯示，過表達JMJD1C誘導(dǎo)的TUNEL陽性細胞更多，Ki67陽性細胞更少。采用流式細胞術(shù)檢測M1巨噬細胞標記物CD86和M2巨噬細胞標記物CD206，結(jié)果顯示JMJD1C過表達導(dǎo)致**組織中CD206+細胞減少，CD86+細胞增多。RT-qPCR表明，相對于OE-NC，在OEJMJD1C處理的小鼠中M1標記IL-1β，TNF，CXCL9，IL-23，ROS1，IL-12和IL-12b水平增加，而M2標記TGFB1，VEGFA，EGF，IL-6，IL-10，ARG1，RETNLA和CCL22減少。這些結(jié)果提示，JMJD1C本身并不影響膠質(zhì)瘤細胞增殖，但能抑制膠質(zhì)瘤細胞在體內(nèi)的生長，這可能與M1巨噬細胞極化增強、M2巨噬細胞極化減弱有關(guān)。FMT處理可以改善脊髓損傷小鼠的運動恢復(fù)。糖尿病標書創(chuàng)新服務(wù)
與未接受FMT***的受傷小鼠相比接受FMT***的小鼠表現(xiàn)出相對更大的運動恢復(fù)。浙江標書國家自然科學(xué)基金
3.構(gòu)建微生物群共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)并進行聚類分析
使用SparCC算法構(gòu)建差異ASV共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)。
分析并比較了腺瘤和對照組中生物標志物的模式，將它們進一步組裝成具有不同分類學(xué)組成的四個簇。這些簇與患者的年齡，性別和BMI等特征沒有緊密聯(lián)系。此外，還探討了CRC患者腸道菌群在24種生物標記物組中的共發(fā)生網(wǎng)絡(luò)，并產(chǎn)生了三個簇。聚類1的細小螺旋藻科物種被分配的ASV**少，而聚類2在分類學(xué)上是異質(zhì)的，在CRC個體中患病率較高。
4.結(jié)腸*、腺瘤分類模型的驗證
結(jié)果表明，微生物來源的生物標志物組在檢測大腸腺瘤方面優(yōu)于FIT，并且它們的組合可以提高非侵入性腺瘤診斷的準確性。
5.在**隊列中驗證結(jié)直腸腺瘤標志物
本研究納入了另外兩個來自美國（驗證組1）和中國（驗證組2）的**隊列。驗證隊列1由70名對照和102例腺瘤患者組成，而驗證隊列2中有57例腺瘤患者和52例CRC患者。 浙江標書國家自然科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標書申請：提供標書課題設(shè)計、撰寫，標書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標書均符合科研前沿?zé)狳c，中標率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細胞增殖，凋亡，流式等細胞功能學(xué)實驗