tRNA上存在大量的轉(zhuǎn)錄后修飾,而且tRNA需與氨基酸形成氨?;鵷RNA方可參與蛋白翻譯。當(dāng)tRNAs被切割為tRFs&tiRNAs時,這些修飾(包括甲基化修飾、氨?;┒诵揎棧炕虿糠值谋A粝聛?。tiRNAs常由RNA內(nèi)切酶Angiogenin切割產(chǎn)生,這類內(nèi)切酶會在切割位點產(chǎn)生5‘羥基(5’-OH)末端與3’環(huán)磷酸(3‘-cP)末端。然而,5’端與3‘端的接頭連接步驟,需要底物小RNA 5’端為磷酸,3‘端為羥基。此外,某些tRFs&tiRNAs的內(nèi)部修飾比如m1A, m1G與m3C會嚴(yán)重阻礙反轉(zhuǎn)錄過程。因此為了準(zhǔn)確檢測tRFs&tiRNAs,這些修飾必須被有效的去除。高通量測序方法能夠檢測更多類型的RNA,例如+RNA、rRNA、snoRNA和ScaRNA。綜合tiRNA創(chuàng)新服務(wù)
上海英拜生物tRF&tiRNA實時定量PCR技術(shù)服務(wù)流程
1.引物設(shè)計、合成設(shè)計并合成目的tRF&tiRNA的特異性PCR引物。
2.樣品RNA抽提a.若實驗對象為組織樣品,取適量(50-100mg)新鮮組織樣品或正確保存的組織樣品,加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),勻漿后抽提RNA。b.若實驗對象為細胞樣品,每份樣品取1×106~1×107細胞,完全吸去培養(yǎng)液后加1ml的RNA抽提試劑Trizol(Invitrogen),裂解后抽提RNA。
3.RNA質(zhì)量檢測a.紫外吸收測定法測定RNA在波長260nm和280nm的吸收值,獲得RNA的濃度并通過A260/280及A260/230的吸收比值判斷RNA的純度。b.甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳檢測RNA純度和完整性。注:用于tRF&tiRNA實時定量PCR檢測的RNA樣品,必須高純度、完整,沒有RNase污染(降解的樣品不能用于實時定量PCR檢測),同時提取方法必須保證所得樣品包含完整的小RNA部分。
4.RNA預(yù)處理(可選)使用rtStar?tRF&tiRNAPretreatmentKit(Cat#AS-FS-005,Arraystar)進行預(yù)處理,去除3’氨?;┒伺c3‘環(huán)磷酸末端,磷酸化5’羥基末端,并移去m1A,m3C等多種甲基化修飾。 綜合tiRNA創(chuàng)新服務(wù)tRFs是來源于成熟tRNA或前體tRNA的小片段,可進一步分為tRF-5,tRF-3,tRF-1和i-tRF等,長度約為15-30nt。
逆轉(zhuǎn)錄合成cDNA
使用rtStar?First-StrandcDNASynthesisKit(3’and5’adaptor)(Cat#AS-FS-003,Arraystar)試劑盒進行接頭連接和反轉(zhuǎn),合成cDNA***鏈。
實時定量PCR
以合成的cDNA作為模板進行實時定量PCR擴增,梯度稀釋的標(biāo)準(zhǔn)同時進行實時定量PCR擴增,根據(jù)Ct值制備標(biāo)準(zhǔn)曲線。以同樣的方法測定每個樣品中的內(nèi)參,校正上樣誤差。6分析結(jié)果、提供實驗報告
分析實時定量PCR結(jié)果,根據(jù)標(biāo)準(zhǔn)曲線定量樣品中的目的tRF&tiRNA。提供實驗報告,包括詳細的實驗方法,實時定量PCR實驗數(shù)據(jù)和圖表。
轉(zhuǎn)運RNA (tRNA)是一種參與解碼mRNA、翻譯蛋白質(zhì)的接頭分子。近年來的研究表明tRNA還能作為小非編碼RNA (sncRNA)的主要來源之一,具有獨特且多樣的功能1。這些tRNA來源的ncRNA并非隨機降解的產(chǎn)物,而是通過精確的生物發(fā)生過程產(chǎn)生的。
轉(zhuǎn)運RNA (tRNA)是一種參與解碼mRNA、翻譯蛋白質(zhì)的接頭分子。這些tRNA來源的ncRNA并非隨機降解的產(chǎn)物,而是通過精確的生物發(fā)生過程產(chǎn)生的 。
源自tRNA的ncRNA大致分為兩大類:tiRNA (或者tRNA halves) 和tRFs (tRNA 衍生片段) tRFs&tiRNAs的組成和數(shù)量高度依賴于細胞類型和疾病狀態(tài)。
實時熒光定量PCR技術(shù)是在普通PCR反應(yīng)體系中加入熒光試劑,利用熒光信號實時檢測PCR進程,***通過標(biāo)準(zhǔn)曲線對未知模板進行定量分析的方法。 實時熒光定量PCR能夠?qū)R?、靈敏、快速、高重復(fù)性地精確定量起始模板濃度。tRF & tiRNA是由tRNA切割產(chǎn)生,長度約15-45個核苷酸的小RNA。由于tRF & tiRNA長度太短,且與tRNA序列完全重疊,不能通過傳統(tǒng)的實時定量PCR進行檢測。本公司通過在tRF & tiRNA兩端引入人工合成序列(adaptor),設(shè)計特殊的跨連接位點的定量PCR引物,可以精確檢測微量樣品中tRF & tiRNA表達水平。tiRNA是源于成熟tRNA的半分子,血管生成素會在壓力應(yīng)激下介導(dǎo)tRNA切割成5'和3'tRNA半分子,長度約30-35nt。單細胞相關(guān)課題tiRNA國家自然科學(xué)基金
重點介紹了tRF&tiRNA分子在人類疾病中的潛在應(yīng)用,并提出了目前存在的問題和未來的研究方向。綜合tiRNA創(chuàng)新服務(wù)
英拜生物為您提供microRNA實時定量PCR技術(shù)服務(wù),您只需要提供保存完好的組織或細胞標(biāo)本,本公司專業(yè)的技術(shù)服務(wù)人員就可替您完成microRNA實時定量PCR實驗操作和數(shù)據(jù)分析,提供給您完整的實驗報告,為您節(jié)省大量的時間和精力。英拜生物microRNA實時定量PCR技術(shù)服務(wù)流程如下:引物設(shè)計、合成設(shè)計并合成目的microRNA的莖環(huán)RT引物、PCR引物。樣品RNA抽提a.組織樣品:取適量(50~100mg)新鮮組織或正確保存的組織樣品,勻漿后抽提RNA。b.細胞樣品:取1×106~1×107細胞,吸去培養(yǎng)液后用TRIZOL試劑抽提RNA。RNA質(zhì)量檢測a.紫外吸收測定法測定RNA在波長260nm和280nm的吸收值,獲得RNA的濃度并通過A260/280及A260/230的吸收比值判斷RNA的純度。b.用甲醛變性瓊脂糖凝膠電泳,檢測RNA純度和完整性。注:用于microRNA實時定量PCR檢測的RNA樣品,必須高純度、完整,沒有RNase污染(降解的樣品不能用于實時定量PCR檢測),同時提取方法必須保證所得樣品包含完整的小RNA部分。綜合tiRNA創(chuàng)新服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ),利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段,通過英拜生物自有的分子、病理以及細胞實驗平臺,提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū),實驗平臺開放參觀,客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進度,保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù):RNA甲基化研究專題,外泌體研究專題,wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究,設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性,為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請:提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫,標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展,設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c,中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻技術(shù)支持,探討科研前沿?zé)狳c研究:trfRNA,DNA/RNA甲基化,外泌體,自噬,WNT等相關(guān)研究
4.二代測序:轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達,干擾),基因突變及SNP檢測,F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細胞增殖,凋亡,流式等細胞功能學(xué)實驗