C.為了評估這種差異對每種方法獲得的數(shù)據(jù)的影響，在TSS和CTCF轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點附近覆蓋了Tn5足跡。在透性細胞中，TSS的信號被保留，但是與孤立的核相比，TSS的側(cè)翼位置(被鄰近的核小體占據(jù))的信號減少了
D.用白細胞分離純化的pbmc比用Ficoll梯度離心純化的pbmc始終具有更高的FRIP評分和更少的非細胞條形碼。
E.F.FACS獲得的完整通透細胞具有比較高的frp和FRITSS評分，**少的非細胞條形碼和比較大的細胞捕獲效率，線粒體閱讀量*略有增加. circNDUFB2與IGF2BPs相互作用促進泛素/蛋白酶體介導(dǎo)的IGF2BPs降解.江蘇甘油三酯標書
根據(jù)文獻報道KDM6B是巨噬細胞的***的關(guān)鍵分子，因此，作者首先檢測了乳腺*細胞系MB-MDA-231對巨噬細胞系TPH-1中KDM6B表達的影響，結(jié)果表明乳腺*細胞及其條件培養(yǎng)基都可***下調(diào)KDM6B的表達，表明存在一種乳腺*細胞來源的分泌因子產(chǎn)生此種影響。因此，通過生物信息學(xué)預(yù)測了KDM6B結(jié)合的miRNA，以及結(jié)合文獻，通過在乳腺*中上調(diào)的，同時符合條件的有3個。隨后將乳腺*細胞和巨噬細胞共培養(yǎng)，檢測三個miRNA的表達，如圖1B所示，只有miR-138-5p和miR-146a的表達在共培養(yǎng)后***上調(diào)。進一步檢測發(fā)現(xiàn)，只有miR-138-5p處理后KDM6B的表達***下降而非miR-146a（圖1C-D）。生信分析預(yù)測了miR-138-5p和KDM6B的結(jié)合位點，并進行了熒光素酶實驗檢測，證實了兩者間存在結(jié)合關(guān)系。 FISH標書江蘇為鑒定IGF2BPs泛素化的E3連接酶對RNA下拉沉淀物進行質(zhì)譜分析。
7）FOXO3A/LINC00926/PGK1軸調(diào)節(jié)乳腺***生長和肺轉(zhuǎn)移
為了證實FOXO3A/LINC00926/PGK1通路的體內(nèi)表型，我們首先通過將MDA-MB-231細胞注射到BALB/c小鼠的乳腺脂肪墊上，研究了LINC00926/PGK1軸對乳腺*生長的影響。與預(yù)期的一樣，下調(diào)LINC00926***增加了乳腺**的生長。相反，當PGK1被敲除時，**生長被抑制。更重要的是，當PGK1被敲除時，LINC00926敲除對**生長的影響***減弱(圖7A-7C)。接下來，我們研究了FOXO3A/LINC00926軸對乳腺*生長的影響。結(jié)果顯示FOXO3A過表達***降低了乳腺*的生長。當LINC00926敲低時，**生長增加，F(xiàn)OXO3A過表達對**生長的影響***減弱(圖7D-7F)。接下來，我們研究了該途徑對乳腺*轉(zhuǎn)移的影響。與對照組相比，LINC00926基因抑制組在整個肺區(qū)域擴散的結(jié)節(jié)數(shù)量明顯增加(圖7G)。相反，PGK1基因敲低導(dǎo)致乳腺*細胞向肺轉(zhuǎn)移擴散的減少。然而，PGK1下調(diào)極大地減弱了下調(diào)LINC00926調(diào)節(jié)肺轉(zhuǎn)移的能力(圖7G)。與**生長實驗結(jié)果一致，下調(diào)LINC00926***減弱了FOXO3A調(diào)控肺轉(zhuǎn)移的能力(圖7H)。
7.抑制NF-kB可抑制LPS和MCD誘導(dǎo)的Caspase-11表達
NF-kB已被證明在Caspase-11的表達和NASH發(fā)展中起重要作用。為了檢測NF-kB是否參與LPS和MCD誘導(dǎo)的Caspase-11表達，我們在LPS處理的原代肝細胞和MCD處理的小鼠中使用NF-kB抑制劑JSH-23。如圖7A所示，LPS處理促進了Caspase-11mRNA的表達，而JSH-23則抑制了LPS誘導(dǎo)的caspase-11的上調(diào)。相應(yīng)的，我們檢測到LPS處理的原代肝細胞中pro-caspase-11蛋白水平***升高，而JSH-23/LPS處理的原代肝細胞中pro-caspase-11蛋白水平***降低(圖7B和C)。MCD處理誘導(dǎo)野生型小鼠肝臟中Caspase-11mRNA(圖7D)和蛋白(圖7E和F)的表達。相比之下，JSH-23***可抑制MCD誘導(dǎo)的Caspase-11的表達。 FMT***也***提高了平均能量消耗。
MB患者血漿來源的外泌體中miR-101-3p和miR-423-5p水平上調(diào)，這些miRNA可通過外泌體轉(zhuǎn)移到**細胞中
在初步篩選中，使用超離心法從MB患者和健康對照組的血漿中分離出外泌體。通過透射電子顯微鏡分析分離出的外泌體，確定外泌體的平均大小和形態(tài)，顯示出典型的直徑<150nm的雙層球形結(jié)構(gòu)。為了進一步驗證我們的外泌體制劑，我們通過westernblot檢測了外泌體標志物CD9、CD63和GM130的表達。分離的顆粒外泌體**蛋白標記CD9和CD63陽性，GM130陰性。此外，我們通過miRNA-seq研究了血漿外泌體的miRNA表達譜。我們發(fā)現(xiàn)與健康對照組相比，MB患者中有35個miRNA上調(diào)，5個miRNA下調(diào)。 神經(jīng)絲(NF-200)是神經(jīng)元軸突中富含的細胞特異性蛋白。西安信號通路標書
與未接受FMT***的受傷小鼠相比接受FMT***的小鼠表現(xiàn)出相對更大的運動恢復(fù)。江蘇甘油三酯標書
4）Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調(diào)控PDAC細胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達，發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細胞相比，CD44v6的表達水平保持不變(圖5B)。我們還進行了免疫熒光分析，檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結(jié)果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜 江蘇甘油三酯標書
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5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
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