盡管轉(zhuǎn)錄組學(xué)技術(shù)在過去幾十年中發(fā)展迅速，但由于芯片和RNA-seq之間固有的可變性差異，對混合數(shù)據(jù)的綜合分析仍然具有挑戰(zhàn)性。本文提出了Rank-In（/rank-in/）來糾正兩種技術(shù)之間的非生物效應(yīng)，從而能夠自由混合數(shù)據(jù)以進(jìn)行整合分析。網(wǎng)站首頁如下，支持上傳用戶自己的芯片、轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)。該網(wǎng)頁**終會給出調(diào)整后的矩陣、差異基因列表以及聚類結(jié)果圖第一步：上傳表達(dá)文件表達(dá)文件格式如下，需上傳***行為樣本名、***列為基因名的表達(dá)矩陣轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)表達(dá)量可以使用FPKM、TPM或TMM；芯片數(shù)據(jù)使用基因表達(dá)強(qiáng)度；如果下載GEO數(shù)據(jù)，需要對探針注釋為基因，然后上傳注釋后的表達(dá)文件。第二步：上傳分組文件分組文件***列文樣本名，第二列為分組?！?”表示來自正常組織的樣本，“2”表示**亞型1的樣本，“3”表示**亞型2的樣本，依此類推 英拜的員工福利待遇很好。北京結(jié)腸通透性科研
6）PTEN是miR-21的一個潛在靶點(diǎn)我們進(jìn)一步研究了腎小管細(xì)胞來源的外泌體miR-21介導(dǎo)成纖維細(xì)胞***的可能機(jī)制。TargetScan軟件預(yù)測PTEN基因的3'-UTR是miR-21的保守結(jié)合位點(diǎn)。為了驗(yàn)證miR-21與PTEN的關(guān)系，我們構(gòu)建了攜帶PTEN3’UTR的野生型PTEN(PTEN-WT)熒光素酶報告基因。將帶有PTEN-WT的miR-21模擬物轉(zhuǎn)染到NRK-49F細(xì)胞后，與Ctrl組相比，miR-21模擬物抑制了PTEN-miR-21轉(zhuǎn)染細(xì)胞中的熒光素酶活性。***，我們通過westernblot檢測NRK-49F細(xì)胞中PTEN和下游p-Akt的表達(dá)水平。當(dāng)使用miR-21模擬轉(zhuǎn)染的NRK-52E細(xì)胞的外泌體刺激時，PTEN明顯降低，p-Akt升高，但當(dāng)使用miR-21抑制物轉(zhuǎn)染的NRK-52E細(xì)胞的外泌體刺激時，這些變化被緩解。TH系列科研省自然科學(xué)基金外泌體miR-934誘導(dǎo)巨噬細(xì)胞M2極化促進(jìn)CRC肝轉(zhuǎn)移。
脂質(zhì)氧化先于胞質(zhì)Ca2+的增加和質(zhì)膜的破壞
體積細(xì)胞實(shí)驗(yàn)中Ferroptosis特征之間的詳細(xì)時間關(guān)系被***后群體細(xì)胞發(fā)生Ferroptosis的異質(zhì)性所掩蓋。為了解決這個問題，作者使用活細(xì)胞共聚焦顯微鏡在單細(xì)胞水平上量化了Fluo-4AM信號、細(xì)胞圓度和PI攝入量的增加。從單個細(xì)胞獲得的動力學(xué)曲線(圖2C,F,K)中，計(jì)算出每個ferroptotic表型(t50)實(shí)現(xiàn)50%變化所需的時間，這使得可以設(shè)置Ferroptosis各過程之間的滯后時間(圖2D,G,L)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與所使用的Ferroptosis觸發(fā)器無關(guān)，胞漿Ca2+的增加先于細(xì)胞圓縮和質(zhì)膜完全坍塌(圖2A,B)。從流式細(xì)胞術(shù)實(shí)驗(yàn)(圖1G)可以看出，Erastin-1存在時，胞質(zhì)Ca2+的增加是一個雙相行為的兩步過程(圖2C)。***個事件在比較大Ca2+信號的40%左右達(dá)到飽和，與不相關(guān)的鈣(Ca2+un)增加相對應(yīng)，因?yàn)樗鼪]有受到Ferroptosis的抑制(圖1G)。
7）miR-155負(fù)調(diào)控SOCS6表達(dá)，***NF-κB通路
為了進(jìn)一步探討外泌體miR-155誘導(dǎo)EndoMT和線粒體功能障礙的潛在機(jī)制，我們重點(diǎn)研究了miR-155的下游基因。首先，利用在線miRNA靶標(biāo)數(shù)據(jù)庫預(yù)測了84個潛在靶基因。SOCS6是具有3’UTR的下游mRNA之一，可能與miR-155結(jié)合(圖7A)。結(jié)合GSE49329和GSE49330數(shù)據(jù)庫，我們發(fā)現(xiàn)miR-155的表達(dá)與SOCS6的表達(dá)呈負(fù)相關(guān)(圖7B)。為了進(jìn)一步證實(shí)SOCS63’UTR是miR-155的直接靶標(biāo)，我們根據(jù)預(yù)測的結(jié)合位點(diǎn)(圖7C)構(gòu)建了SOCS63’UTR野生型(WT)和突變型(MUT)序列。熒光素酶報告實(shí)驗(yàn)顯示，與對照組相比，共轉(zhuǎn)染SOCS6的WT-3’UTR時，miR-155過表達(dá)明顯降低了熒光素酶活性(圖7D)。qRT-PCR和westernblot進(jìn)一步顯示，miR-155過表達(dá)導(dǎo)致SOCS6表達(dá)降低，而miR-155敲低上調(diào)SOCS6mRNA和蛋白水平(圖7E和F)。GO分析顯示miR-155可以負(fù)向調(diào)控細(xì)胞-細(xì)胞粘附，參與調(diào)控成纖維細(xì)胞增殖(圖7G)。從GO分析可知，miR-155可能介導(dǎo)NF-κB信號通路(圖7G)。過表達(dá)miR-155可***提高細(xì)胞質(zhì)和細(xì)胞核中p65蛋白的水平，而敲低miR-155可起到相反的作用(圖7H)。 英拜生物您隨身的科研小助手。
蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物
MarkerDB中142個蛋白質(zhì)生物標(biāo)志物覆蓋了160多種疾病。MarkerDB中的所有蛋白質(zhì)生物標(biāo)記物數(shù)據(jù)都是從OncoMX、CBD和UPBD原始文獻(xiàn)中提取的，結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)從蛋白質(zhì)數(shù)據(jù)庫PDB收集。目前，MarkerDB中的所有蛋白質(zhì)標(biāo)記都有一個或多個疾病關(guān)聯(lián)，以及MarkerDB ID、序列、結(jié)構(gòu)、詳細(xì)的蛋白質(zhì)描述、蛋白質(zhì)名稱/同義詞、蛋白質(zhì)理化數(shù)據(jù)、疾病濃度、正常濃度、性別、年齡范圍，生物流體、一個或多個文獻(xiàn)參考和其他在線數(shù)據(jù)庫的外部超鏈接。 英拜潤色的標(biāo)書的中標(biāo)率**提高。湖北胰島素抵抗芯片科研
這些數(shù)據(jù)表明大黃酸***可以改善DSS誘導(dǎo)的結(jié)腸炎。北京結(jié)腸通透性科研
接下來，評估苯乙肼聯(lián)合***的潛力，特別是聯(lián)合其他ICB***，如PD-1/PD-L1阻斷***（圖5k）。盡管大多數(shù)ICB療法針對的是CD8+T細(xì)胞，但這些細(xì)胞實(shí)際上受到TME中的TAMs的密切調(diào)控，使靶向TAMs成為免疫***的另一種潛在途徑。在B16-OVA和MC38**模型中，苯乙肼******抑制了預(yù)先建立的實(shí)體**的進(jìn)展，其水平與抗PD-1***相當(dāng)，重要的是，苯乙肼與抗PD-1聯(lián)合***具有協(xié)同抑制**的療效（圖5l-o）?？偟膩碚f，這些小鼠**模型研究為MAOIs通過靶向TAM重編程從而增強(qiáng)抗**T細(xì)胞反應(yīng)的**免疫***潛力提供了證據(jù)。北京結(jié)腸通透性科研
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4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)