NF-κB信號(hào)的組成性***在結(jié)直腸*(CRC)的發(fā)***展中起著關(guān)鍵作用。然而，NF-κB信號(hào)通路過(guò)度***的潛在機(jī)制在很大程度上尚不清楚。circPLCE1編碼的一種新蛋白circPLCE1-411被鑒定為NF-κB***的關(guān)鍵蛋白。機(jī)制上，circPLCE1-411通過(guò)直接結(jié)合HSP90α/RPS3復(fù)合物促進(jìn)RPS3從復(fù)合物中分離，促進(jìn)了關(guān)鍵NF-κB調(diào)節(jié)因子RPS3的泛素依賴性降解，從而減少了CRC細(xì)胞中NF-κB核轉(zhuǎn)位。在功能上，circPLCE1抑制CRC細(xì)胞中的**增殖和轉(zhuǎn)移，以及患者來(lái)源的異種移植瘤和原位異種移植瘤模型。臨床上，circPLCE1在CRC組織中下調(diào)，并與晚期臨床階段和低生存率相關(guān)。本文于2021年8月發(fā)表在Molecular Cancer（IF=27.401）期刊上。FOXO3A誘導(dǎo)的LINC00926限制乳腺瘤細(xì)胞的生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移。江蘇陽(yáng)性染色科研
藥物篩選確定**類腸道中HIF-2α的合成易損性
作者構(gòu)建Apc缺失型（Cdx2-ERT2Cre；Apcfl/fl）和CRCHIF-2α過(guò)表達(dá)小鼠模型（Cdx2-ERT2Cre；Apcfl/flHIF-2αLSL/LSL），從這2個(gè)小鼠模型中分離腸類藥物，并用化療藥物培養(yǎng)，生長(zhǎng)被監(jiān)測(cè)了5天。在Cdx2-ERT2Cre;在Apcfl/flHIF-2αLSL/LSL小鼠中，他莫昔芬可誘導(dǎo)HIF-2α，并特異性地破壞結(jié)腸上皮細(xì)胞中的Apc。來(lái)自Cdx2-ERT2Cre；Apcfl/fl**腸系膜的小鼠對(duì)doxorubicin,mitoxantrone,irinotecan,以及eribulin等藥物高度敏感，與來(lái)自Cdx2-ERT2Cre；Apcfl/flHIF2αLSL/LSL的不同。RSL3、sorafenib索拉菲尼、erastin和DMF被認(rèn)為是***的小分子，可以***降低Cdx2-ERT2Cre；Apcfl/flHIF2αLSL/LSL**腸道類物質(zhì)的生長(zhǎng)。Erastin和RSL3是經(jīng)典的ferroptosis***劑，分別抑制xCT(由Slc7a11基因編碼，是xC系統(tǒng)的一個(gè)組成部分)和GPX4。DMF一種細(xì)胞可滲透的線粒體衍生物，在一些**細(xì)胞系中具有細(xì)胞毒性這些結(jié)果表明，HIF-2α表達(dá)的**可以被氧化應(yīng)激***劑選擇性靶向。 葡萄糖科研整體服務(wù)m6A表達(dá)水平較高的**患者淋巴轉(zhuǎn)移***增加。
7）USP35敲除增強(qiáng)肺*細(xì)胞的化療敏感性
鑒于USP35在肺*細(xì)胞中的高表達(dá)及其在調(diào)節(jié)鐵死亡中的作用，我們**終評(píng)估了USP35沉默是否能使肺*細(xì)胞對(duì)化療藥物敏感。如圖9A-C所示，USP35缺乏的H460和H1299細(xì)胞在體外對(duì)DDP和PTX的毒性作用更敏感，細(xì)胞活力和定殖的降低證明了這一點(diǎn)。相應(yīng)地，接種USP35缺陷*細(xì)胞的荷瘤小鼠經(jīng)DDP或PTX***后**體積和重量均減少(圖9D，E)。酪氨酸激酶抑制劑(TKI)已成為常規(guī)化療的替代藥物，并為肺*患者提供了***的生存益處。然后，我們?cè)贖460和H1299細(xì)胞中測(cè)量了USP35敲除和TKI之間的協(xié)同效應(yīng)，數(shù)據(jù)表明USP35沉默在體內(nèi)和體外使H460和H1299細(xì)胞對(duì)GFB化療敏感(圖9F-H)。
四、TEA-seq轉(zhuǎn)錄本、表位和可及性的三峰測(cè)量
A.隨著從單個(gè)核中同時(shí)捕獲RNA-seq和ATAC-seq的商業(yè)平臺(tái)的發(fā)布，我們推斷通透細(xì)胞可以用于同時(shí)捕獲三個(gè)主要的分子隔間:DNA可以用scATAC-seq捕獲，RNA可以用scRNA-seq捕獲，蛋白質(zhì)表位豐度可以用聚腺苷化抗體條形碼捕獲，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄本、表位表位和可及性將其稱為TEA-seq。經(jīng)過(guò)試驗(yàn)和關(guān)鍵步驟的優(yōu)化后，我們能夠在10倍基因組MultiomeATAC+基因表達(dá)平臺(tái)上獲得文庫(kù)，該平臺(tái)使用46個(gè)低聚標(biāo)記抗體組合了數(shù)千個(gè)單細(xì)胞的所有三種測(cè)量結(jié)果.
B.D.在對(duì)裝入4孔的細(xì)胞進(jìn)行初始數(shù)據(jù)處理后，我們鑒定出29264個(gè)通過(guò)上述scATAC-seqQC標(biāo)準(zhǔn)的細(xì)胞條形碼，有2,500,500個(gè)獨(dú)特的ATAC-seq片段(中值=8762個(gè)獨(dú)特的ATAC片段)，有>500個(gè)基因被scRNA-seq檢測(cè)到(中值=2399個(gè)RNAUMIs;中位數(shù)=檢測(cè)到129,249個(gè)基因)，500個(gè)ADTUMIs.
G.H.更敏感的蛋白質(zhì)豐度測(cè)量允許檢測(cè)許多附加的相關(guān)標(biāo)準(zhǔn)物質(zhì)，例如CCR2/CD192.
I.J.一種單核細(xì)胞上表達(dá)的趨化因子受體和CD38，一種表達(dá)于多種免疫細(xì)胞表面的糖蛋白. 神經(jīng)元中FTH的敲除抵消了褪黑素對(duì)創(chuàng)傷性腦損傷鐵死亡的保護(hù)作用。
然后使用單細(xì)胞RNA-seq來(lái)描述移植后30天脾臟中存留的T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄譜（Fig. 4G）。使用pseudobulk RNA-seq分析和預(yù)轉(zhuǎn)移體外培養(yǎng)的基因比較，生成了持續(xù)細(xì)胞的基因標(biāo)記，其標(biāo)志是記憶相關(guān)基因(Sell，F(xiàn)oxp1，Tcf7，Cd7，Il7r，Klf2，Ccl5)的高表達(dá)和效應(yīng)相關(guān)基因(Gzmd，Ifng，Prf1，Gzma，Gzmb)的低表達(dá)(Fig. 4H-I)。對(duì)先前的體外單細(xì)胞數(shù)據(jù)（Fig. 2H-J）的進(jìn)一步分析顯示，CDK4/6i處理后，具有這種持續(xù)性特征的細(xì)胞頻率從7.5%增加至26.8%（Fig. 4J-K）。這些數(shù)據(jù)表明，抑制CDK4/6促進(jìn)T細(xì)胞向真實(shí)的記憶表型分化，其特征是功能的長(zhǎng)期持久性。2108年俞立團(tuán)隊(duì)明確闡述了收集和檢測(cè)遷移體的實(shí)驗(yàn)方法。北京胃腸道科研
發(fā)現(xiàn)乳酸菌上清液降低了尿酸濃度。江蘇陽(yáng)性染色科研
如圖5所示，E8中的d-flow改變了白細(xì)胞流量和炎癥標(biāo)志物(Il1β、Il6、Ccl2和Ccl3);ECM調(diào)節(jié)(Adamts4, Lamb1, Timp3，和Timp4);血管調(diào)節(jié)(Nos3, Ptgs2，和Edn1);和脂質(zhì)代謝(Tm6sf2、Lsr和Mgll)，并與E2的s-flow進(jìn)行比較(圖5A-5D)。這些結(jié)果表明，d-flow***了致***的內(nèi)皮反應(yīng)，同時(shí)通過(guò)改變轉(zhuǎn)錄和染色質(zhì)可及性水平上的基因表達(dá)來(lái)抑制抗***通路。
三、體內(nèi)血流依賴TF結(jié)合基序的鑒定
使用Signac和ChromVar軟件包通過(guò)我們的scATAC-seq數(shù)據(jù)集來(lái)識(shí)別流敏感的TF結(jié)合基序(圖6)。在每個(gè)內(nèi)皮聚類(E1- E8)中識(shí)別出前20個(gè)TF結(jié)合基序，并繪制成熱圖(圖6A)。圖6B和6C顯示了TF結(jié)合基序和它們被發(fā)現(xiàn)的各自的細(xì)胞簇。 江蘇陽(yáng)性染色科研
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)