藥物基因組學(xué)（老年保護(hù)化合物）模塊
該老年保護(hù)化合物模塊專注于老年保護(hù)劑，允許用戶查詢與衰老相關(guān)的化合物，根據(jù)衰老表型、靶點(diǎn)、途徑和與年齡相關(guān)的疾病，提供應(yīng)用于模型生物的相關(guān)化合物的匯總數(shù)據(jù)。該模塊目前包含來(lái)自藥物治療分析（體內(nèi)和體外）的數(shù)百種化合物和組學(xué)數(shù)據(jù)集的列表，揭示由特定壽命/延長(zhǎng)健康壽命的藥物引起的基因表達(dá)變化。在該模塊的首頁(yè)，用戶可以瀏覽“熱門小分子”功能，每周更新列出搜索**多的化合物；“臨床試驗(yàn)”提供了老年保護(hù)劑的臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)；“專題文章”展示了衰老領(lǐng)域的***研究。重要的是，用戶可以通過(guò)藥物名稱、目標(biāo)基因或來(lái)源論文的 DOI 輕松搜索，以獲取有關(guān)老年保護(hù)化合物的詳細(xì)信息。該模塊不僅提供了延長(zhǎng)壽命和延長(zhǎng)健康期的化合物列表，還提供了有關(guān)藥物引起的基因調(diào)控和表達(dá)變化的信息。 也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。泌尿課題國(guó)家自然科學(xué)基金
在TYRO3-OE 4T1**細(xì)胞中，阻斷鐵死亡的基因上調(diào)（Slc40a1、Slc7a11、Slc3a2、Gpx4、Fth1和Blvrb），而增強(qiáng)鐵死亡的基因下調(diào)（Slc5a1、Tfrc）。在接受抗PD-1***的黑色素瘤患者中，阻止脂質(zhì)過(guò)氧化和鐵死亡的分子SLC3A2與TYRO3***共表達(dá)?？筆D-1***后，Tyro3-OE CD45-**細(xì)胞的脂質(zhì)ROS水平低于4T1-P CD45-**細(xì)胞，而加入抗PD-1***增加4T1-P**細(xì)胞的脂質(zhì)ROS，但不增加Tyro3-OE**細(xì)胞的脂質(zhì)ROS，表明Tyro3抑制抗PD-1誘導(dǎo)的**細(xì)胞鐵死亡。在體外用鐵死亡誘導(dǎo)劑erastin和鐵死亡抑制劑ferrostatin 1(Fer-1)處理4T1-P和Tyro3-OE 4T1細(xì)胞。與親代細(xì)胞相比，Tyro3過(guò)表達(dá)抑制了鐵死亡誘導(dǎo)劑誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡。當(dāng)Fer-1阻斷鐵死亡時(shí)，Tyro3過(guò)表達(dá)抑制誘導(dǎo)劑誘導(dǎo)的脂質(zhì)ROS。Tyro3缺失增加了誘導(dǎo)劑誘導(dǎo)的細(xì)胞死亡和脂質(zhì)過(guò)氧化，F(xiàn)er-1消除了這些作用。這些結(jié)果表明TYRO3對(duì)于保護(hù)**細(xì)胞免受鐵死亡至關(guān)重要。常規(guī)課題整體服務(wù)我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測(cè)序基因表達(dá)譜。
1）circMAPK1的鑒定和circMAPK1的臨床特征
由于MAPK信號(hào)通路在**發(fā)生和進(jìn)展中起著重要的病理作用，我們首先根據(jù)在線數(shù)據(jù)庫(kù)circBase中的circRNA測(cè)序數(shù)據(jù)分析了來(lái)自MAPK通路相關(guān)基因的circRNA。然后我們清點(diǎn)了MAPK通路相關(guān)的circRNAs，發(fā)現(xiàn)大部分細(xì)胞系可以表達(dá)數(shù)以百計(jì)的MAPK通路的circRNAs(圖1a)。在來(lái)源于MAPK1的circRNA中，circ-0006203、circ0004872和circ-0008870在超過(guò)三個(gè)**的測(cè)序數(shù)據(jù)集中被***檢測(cè)。我們利用qRT-PCR檢測(cè)了這三種circRNA在胃*患者的胃*組織和*旁組織中的表達(dá)水平(圖1b)。結(jié)果顯示circ-0004872的表達(dá)變化**為***。circ-0004872在*組織/細(xì)胞中的reads明顯低于正常組織/細(xì)胞(圖1c)。此外，GSE121445和GSE100170數(shù)據(jù)庫(kù)中也證實(shí)了GC中circMAPK1的下調(diào)(圖1d)。這些數(shù)據(jù)提示circ-0004872具有潛在的抑制作用，從而促使我們進(jìn)一步研究其在胃*惡性**中的作用。
一、PBMC單核、單細(xì)胞ATAC序列優(yōu)化
A.snATAC、scATAC和ICICLE-seq方法的主要步驟概要。ficoll純化的PBMCs和白細(xì)胞分離純化的PBMCs之間的一個(gè)主要區(qū)別是ficoll純化樣品中存在殘留的中性粒細(xì)胞。我們使用熒光***細(xì)胞分選(FACS)從高中性粒細(xì)胞含量的PBMC樣本中檢測(cè)去除死細(xì)胞和碎片的方法，包括去除中性粒細(xì)胞和不去除中性粒細(xì)胞。
B.這種單核分析利用低滲裂解、洗滌劑和皂苷的組合來(lái)分離細(xì)胞核，而不保留線粒體DNA。使用這種方法進(jìn)行snATAC-seq，測(cè)序，并將數(shù)據(jù)質(zhì)量指標(biāo)(材料和方法)制成表格后，鑒定了兩個(gè)主要的細(xì)胞條碼群體。細(xì)胞核制備的scATAC-seq文庫(kù)包含更多來(lái)自核小體DN**段的reads，而來(lái)自細(xì)胞核的非細(xì)胞條形碼(灰線)包含的這些片段比細(xì)胞條形碼更多。 進(jìn)一步了解阻斷atm依賴的PTEN磷酸化如何影響細(xì)胞對(duì)基因毒性損傷的反應(yīng)。
作者構(gòu)建了 (WT) SLC7A113’-UTR和突變型(Mut) 3’-UTR兩種質(zhì)粒(圖6H)。結(jié)果表明，只有過(guò)表達(dá)YTHDC2WT降低SLC7A11 mRNA在H1299細(xì)胞中的穩(wěn)定性，敲除YTHDC2可以提高SLC7A11 mRNA在H1975細(xì)胞中的穩(wěn)定性。然而，與WT 3’-UTR相比，Mut報(bào)告基因的這些作用減弱(圖6I和J)。在檢測(cè)外源性F-Luc-SLC7A11融合mRNA的RNA穩(wěn)定性后，得到了類似的結(jié)果(圖6K-M)?？偟膩?lái)說(shuō)，3’-UTR上的m6A位點(diǎn)對(duì)于YTHDC2使SLC7A11 mRNA不穩(wěn)定至關(guān)重要。
7.抑制YTHDC2對(duì)XC-系統(tǒng)靶向***敏感，并與LUAD進(jìn)展相關(guān)
為了評(píng)估YTHDC2抑制在LUAD中的重要性，從cohort#1隨機(jī)抽取20例YTHDC2lowLUAD，其中50%屬于腺泡型(圖7A)。在cohort#2中，與相鄰組織相比，**中YTHDC2表達(dá)下調(diào)，62%(62/100)的腺泡組織被歸類為YTHDC2low(圖7B、C)。與無(wú)這種表達(dá)模式的腺泡性LUAD患者相比，YTHDC2low的患者總生存期要短得多(圖7D)，進(jìn)一步表明YTHDC2抑制可能對(duì)腺泡性LUAD的**進(jìn)展尤為重要。另外，相對(duì)于*旁組織，**中腺泡LUAD組織中SLC7A11mRNA和蛋白水平表達(dá)量都比較高(圖7E、F)。 根客戶的研究方向查閱相關(guān)文獻(xiàn)。醫(yī)學(xué)相關(guān)課題細(xì)胞實(shí)驗(yàn)
致力于醫(yī)學(xué)相關(guān)領(lǐng)域的實(shí)驗(yàn)技術(shù)服務(wù)和相關(guān)生物醫(yī)學(xué)課題的研究。泌尿課題國(guó)家自然科學(xué)基金
再次從老年和年輕小鼠中分離BMSCs，Dil染色劑標(biāo)記后體外增殖，脛骨內(nèi)注射到另一批年輕小鼠中，三天后收獲脛骨對(duì)成骨標(biāo)志物Runx2進(jìn)行熒光免疫染色。發(fā)現(xiàn)老年BMSCs處理的小鼠中Dil標(biāo)記細(xì)胞降低，表明老化過(guò)程中OPCs向骨形成表面的遷移能力降低。大部分遷移到骨形成表面的Dil標(biāo)記細(xì)胞表達(dá)Runx2，表明OPCs遷移到骨形成表面發(fā)生成骨分化，有助于體內(nèi)骨形成。與年輕BMSCs相比，老年BMSCs的體外遷移能力明顯受損，Macf1***下調(diào)，從Macf1基因位點(diǎn)轉(zhuǎn)錄而來(lái)的長(zhǎng)鏈非編碼RNA PMIF（即lnc-PMIF）表達(dá)***增高。上述提示，衰老過(guò)程中小鼠骨形成的減少伴隨著OPCs向骨形成表面遷移的減少和OPCs中l(wèi)nc-PMIF表達(dá)的升高。泌尿課題國(guó)家自然科學(xué)基金
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)