6.翻譯產(chǎn)物的序列組成
所有天然蛋白質(zhì)的氨基酸（aa）序列*占據(jù)可能序列空間的一小部分，主要是因為只有一小部分序列可以形成穩(wěn)定的蛋白質(zhì)。因此，具有“非天然”序列的蛋白質(zhì)傾向于快速降解，并且與所有天然蛋白質(zhì)的序列相似性可以作為強(qiáng)有力的預(yù)測指標(biāo)，以鑒定隨機(jī)氨基酸序列中的真實蛋白質(zhì)。使用機(jī)器學(xué)習(xí)方法來預(yù)測天然蛋白給定序列的可能性，并應(yīng)用該預(yù)測來對circRNA編碼的給定ORF可以用作功能蛋白模板的可能性進(jìn)行評分。
7.質(zhì)譜/蛋白質(zhì)組學(xué)證據(jù)
質(zhì)譜法是準(zhǔn)確鑒定和表征蛋白質(zhì)的重要方法。已經(jīng)進(jìn)行了數(shù)個大規(guī)模質(zhì)譜實驗來研究人類蛋白質(zhì)組，但是即使考慮蛋白質(zhì)的翻譯后修飾，也只能可靠地將約50％的MS指紋圖譜與人類mRNA編碼的已知肽匹配成功。這表明，非典型mRNA編碼了很大一部分“隱藏蛋白質(zhì)組”，其中也包括了可能來自circRNA的編碼產(chǎn)物。作者通過設(shè)計新的分析流程，從蛋白質(zhì)譜數(shù)據(jù)中挖掘分析了可能由circRNA編碼的多肽，并展示了所有原始質(zhì)譜圖，這些質(zhì)譜圖可支持circRNA編碼的跨接口位點的肽段。circRNA特異性O(shè)RF 動物建模模型實驗的整體服務(wù)。內(nèi)蒙古課題創(chuàng)新服務(wù)
2021年6月，***一篇發(fā)表在Nat Immunol.（IF=25.600）的文章（Mitochondrial stress induced by continuous stimulation under hypoxia rapidly drives T cell exhaustion.）當(dāng)**內(nèi)衰竭T細(xì)胞經(jīng)歷嚴(yán)重缺氧時，他們假設(shè)代謝應(yīng)激會改變其對其他信號的反應(yīng)，特別是持續(xù)的抗原刺激。在體外，盡管單獨經(jīng)歷連續(xù)刺激或缺氧的CD8 + T細(xì)胞分化為功能性效應(yīng)物，但這種組合迅速驅(qū)動了與衰竭一致的T細(xì)胞功能障礙。連續(xù)刺激促進(jìn)了Blimp-1介導(dǎo)的PGC-1α依賴性線粒體重編程阻遏作用，使細(xì)胞對缺氧的反應(yīng)較差。甘肅課題分子生物學(xué)實驗soRNA測序的 整套服務(wù)。
2、CFL1的高表達(dá)與HCC的不良預(yù)后相關(guān)單變量分析顯示，**大小、**數(shù)量、TNM分期、靜脈浸潤、HBV***和CFL1水平與HCC患者的總體生存率***相關(guān)（表2）。多變量分析顯示，***大小、**數(shù)量、靜脈浸潤和CFL1水平是HCC總體生存率的**預(yù)后指標(biāo)（表2）。并且，可以看出CFL1的高表達(dá)與HCC的不良預(yù)后相關(guān)。
3、CFL1促進(jìn)HCC的增殖，遷移和侵襲如圖2所示，在高表達(dá)CFL1的HCCLM3和MHCC97h細(xì)胞中，敲除CFL1(圖2A)。隨后實驗發(fā)現(xiàn)敲除CFL1后HCCLM3和MHCC97h細(xì)胞的增殖，遷移和侵襲能力被抑制，表明CFL1促進(jìn)HCC的增殖，遷移和侵襲。
在確定了UCP1與AKI中的脂質(zhì)積累負(fù)相關(guān)后，我們試圖闡明其潛在的關(guān)系。首先，我們使用UCP1特異性過表達(dá)慢病毒載體和UCP1激動劑CL316243構(gòu)建UCP1上調(diào)的細(xì)胞模型(圖3A)。如圖3B所示，UCP1過表達(dá)***降低了順鉑暴露HK2的脂質(zhì)積累。UCP1激動劑CL316243也得到了類似的結(jié)果。這些結(jié)果表明，UCP1參與了AKI中脂質(zhì)積累的調(diào)節(jié)。為了進(jìn)一步驗證這一調(diào)控關(guān)系，提高證據(jù)的可靠性，我們采用腎多點注射UCP1特異性過表達(dá)腺病毒的方法建立AKI過表達(dá)UCP1的動物模型(圖3C-D)。油紅O染色顯示，過表達(dá)UCP1可***緩解AKI動物模型中的脂質(zhì)積累(圖3E)。***，使用UCP1激動劑CL316243在AKI動物模型中誘導(dǎo)UCP1過表達(dá)，也觀察到了相同的結(jié)果(圖3F-H)。因此，所有證據(jù)表明，隨著UCP1表達(dá)的增加，AKI模型中的脂質(zhì)含量降低。提供分子生物以及到后續(xù)動物建模的一整套服務(wù)。
6）MAPK1-109aa通過競爭性結(jié)合MEK1來抑制MAPK1的磷酸化
為了研究MAPK1-109aa抑制GC的分子機(jī)制，我們將標(biāo)記的MAPK1-109aa質(zhì)粒轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞。在flag標(biāo)記的MAPK1-109aa免疫沉淀復(fù)合物中，潛在的相互作用蛋白被拉下(圖7a)。采用蛋白MS分析對差異表達(dá)蛋白進(jìn)行鑒定。在被識別的蛋白質(zhì)列表中，豐度比較高的蛋白質(zhì)是MEK1，表明MEK1是MAPK1-109aa潛在的相互作用蛋白(圖7b，c)。此外，flag標(biāo)記的MAPK1-109aa可以與MEK1相互作用，證實了MAPK1-109aa與MEK1之間的直接相互作用(圖7d)。免疫熒光染色顯示MAPK1-109aa與MEK1共定位(圖7e)。此外，我們采用MEK1抗體免疫共沉淀，探討MAPK1-109aa對MAPK1通路的潛在調(diào)控作用。我們發(fā)現(xiàn)，在circMAPK1穩(wěn)定下調(diào)的SGC7901和MGC803細(xì)胞中，與對照組相比，MAPK1-109aa與MEK1的結(jié)合明顯減少，而MAPK1與MEK1的結(jié)合增加(圖7f)。 Pex衍生的CD44v6/C1QBP復(fù)合物介導(dǎo)了Pex對肝纖維化和PDAC肝轉(zhuǎn)移的積極作用。湖北課題動物模型構(gòu)建
根據(jù)自身需要檢索相關(guān)基因或者化學(xué)品。內(nèi)蒙古課題創(chuàng)新服務(wù)
單細(xì)胞RNA測序（scRNA-seq）技術(shù)可以在單細(xì)胞水平下研究復(fù)雜的多細(xì)胞生物的轉(zhuǎn)錄組譜。這為科學(xué)家提供了一種研究表達(dá)模式中細(xì)胞異質(zhì)性的新工具，尤其是疾病細(xì)胞的異質(zhì)性。更重要的是，scRNA-seq的快速發(fā)展帶來了在疾病微環(huán)境中探索細(xì)胞亞群的見識，這有助于研究疾病的發(fā)***展，耐藥性和免疫逃逸。scRNA-seq技術(shù)已被廣泛應(yīng)用于病例對照研究中差異表達(dá)基因的識別以及細(xì)胞亞群之間差異的識別。
***我們來講一篇刊登在Nucleic Acids Research期刊（IF=11.502），題名為SC2disease: a manually curated database of single-cell transcriptome for human diseases的文章。SC2disease是一個人工收集的數(shù)據(jù)庫，能為研究者提供各種疾病的各種細(xì)胞類型準(zhǔn)確的基因表達(dá)譜資源。該網(wǎng)站通過回顧2020年3月之前使用scRNA-seq研究人類樣本疾病的文獻(xiàn)，并開發(fā)了SC2disease數(shù)據(jù)庫，通過疾病、組織和細(xì)胞類型整理數(shù)據(jù)。SC2disease包含946481條數(shù)據(jù)，對應(yīng)341種細(xì)胞類型、29種組織和25種疾病。SC2disease數(shù)據(jù)庫中的每個條目都包含不同細(xì)胞類型、組織和疾病相關(guān)健康狀況之間差異表達(dá)基因的比較。 內(nèi)蒙古課題創(chuàng)新服務(wù)
公司特色是以各式高通量二代測序為基礎(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實驗平臺，提供課題整體設(shè)計外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實驗平臺落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實驗平臺開放參觀，客戶可隨時參觀實驗并參與實驗課題的進(jìn)度，保證您的實驗是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計的課題均具有后續(xù)實驗課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請：提供標(biāo)書課題設(shè)計、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實驗的開展，設(shè)計的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測序：轉(zhuǎn)錄組測序、smallRNA測序、snoRNA測序、TRF測序
5.芯片：信號通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實驗：DNA甲基化實驗（BSP,MSP，焦磷酸測序），RNA甲基化實驗
7.實時定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗證實驗(靶基因驗證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實驗以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗