1、白樺素作為SREBP加工特異性抑制劑的鑒定
構(gòu)建了一個(gè)由含SRE啟動(dòng)子驅(qū)動(dòng)的熒光素酶報(bào)告基因，并從人肝*細(xì)胞系Huh-7中生成了穩(wěn)定表達(dá)該報(bào)告基因的細(xì)胞系(命名為Huh-7/SRE-Luc)。然后將該細(xì)胞與不同化合物孵育，并進(jìn)行熒光素酶活性測(cè)定。有趣的是，只有白樺素[lup-20(29)-ene-3b,28-diol]有效降低了熒光素酶的活性。白樺素是一種天然存在的五環(huán)三萜，可以很容易地從樺樹皮中提取出來(比較高可達(dá)干重的30%)。
作者直接檢測(cè)了白樺素對(duì)SREBP加工的影響和特異性，并與25-HC進(jìn)行比較。25-HC有三個(gè)主要作用：通過抑制SREBP-2的切割降低n-SREBP-2(圖1A)；***LXR，進(jìn)而上調(diào)SREBP-1的轉(zhuǎn)錄，導(dǎo)致n-SREBP-1的增加(圖1A)；促進(jìn)HMG-CoA還原酶(HMGCR)的降解，HMGCR是膽固醇生物合成中的限速酶(圖1B)。另一方面，白樺素有效降低了內(nèi)源性的n-SREBP-1和n-SREBP-2(圖1A)，表明白樺素在不***LXR的情況下抑制了SREBP的加工。 PCOS大鼠血清水蘇糖水平升高。北京microRNA標(biāo)書
USF2促進(jìn)circACTN4在BC中的表達(dá)為了研究 circRNA 在 BC發(fā)展中的功能，利用芯片分析檢測(cè)了4對(duì)BC組織和*旁組織中circRNA表達(dá)特征。共發(fā)現(xiàn)85個(gè)***差異表達(dá)的circRNAs， 63 個(gè)上調(diào)和22個(gè)下調(diào)circRNAs。熱圖顯示了14個(gè)上調(diào)的circRNA，其中circACTN4是失調(diào)**嚴(yán)重的一個(gè)，差異高達(dá)10倍。根據(jù)circBase數(shù)據(jù)庫(kù)發(fā)現(xiàn)circACTN4來自位于人類19號(hào)染色體上的ACTN4基因，產(chǎn)生于ACTN4外顯子2至外顯子7（共571bp），通過 Sanger 測(cè)序驗(yàn)證了反向剪接連接點(diǎn)。為了驗(yàn)證circACTN4的環(huán)形結(jié)構(gòu)，使用聚斂引物和發(fā)散引物擴(kuò)增環(huán)狀 circACTN4 和線性 ACTN4。通過FISH和核質(zhì)分離PCR觀察到circACTN4主要位于BC細(xì)胞的細(xì)胞核中， circACTN4在*組織中的表達(dá)高于*旁組織。深圳壞死標(biāo)書水蘇糖可減少卵巢囊泡數(shù)量黃體形成.
隸屬于隸屬于梭狀芽孢桿菌目丁酸生成菌在移植后早期的腸道中枯竭,而變形菌門和乳酸菌門(如腸球菌)豐度增加,可能由于缺乏丁酸時(shí)腸腔內(nèi)的氧氣水平增加和***素耐藥性所致。然而，到目前為止，HSCT患者的微生物群動(dòng)態(tài)主要在HSCT后的***個(gè)月進(jìn)行詳細(xì)監(jiān)測(cè)，而不是長(zhǎng)期監(jiān)測(cè)。因此，目前尚不清楚微生物群是否以及何時(shí)恢復(fù)到造血干細(xì)胞移植前類似微生物群落結(jié)構(gòu)。條件誘導(dǎo)的腸上皮通透性可促進(jìn)細(xì)菌易位和菌血癥，被認(rèn)為是急性移植物抗宿主病(aGvHD)發(fā)病機(jī)制的第一步。急性GvHD是同種異體造血干細(xì)胞移植的常見副作用，同種異體供體T細(xì)胞對(duì)宿主體內(nèi)健康組織(包括腸道上皮)表現(xiàn)出細(xì)胞毒性活性。根據(jù)受影響***的程度，急性GvHD的嚴(yán)重程度可分為四個(gè)等級(jí):0級(jí)I表現(xiàn)為無或輕度，II級(jí)IV表現(xiàn)為中度至重度aGvHD。**近，研究表明較低的腸道微生物群多樣性與aGvHD和aGvHD死亡率相關(guān)，并且某些細(xì)菌類群在HSCT后可能參與促進(jìn)aGvHD。然而，在HSCT之前的微生物群組成是否在預(yù)測(cè)可能的aGvHD嚴(yán)重程度方面具有預(yù)測(cè)價(jià)值尚未被檢驗(yàn)，本研究對(duì)此進(jìn)行了探討。
三、染色質(zhì)可及性與細(xì)胞類型特異性轉(zhuǎn)錄因子活性和染色質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)有關(guān)
HNF4A編碼驅(qū)動(dòng)近端小管分化的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子。chromVAR檢測(cè)到近端小管DAR中HNF4A結(jié)合基序的富集(圖3b，基序活性)，這是HNF4A中染色質(zhì)可及性增強(qiáng)(圖3b，基因活性)和snRNA-seq數(shù)據(jù)集中HNF4A轉(zhuǎn)錄增強(qiáng)(圖3b，基因表達(dá))所支持的。我們通過染色質(zhì)免疫沉淀，然后定量PCR (ChIP-qPCR)驗(yàn)證了HNF4A與腎近端小管上皮細(xì)胞(RPTEC，補(bǔ)充圖8a)中選定的靶基因位點(diǎn)(SLC34A1, SLC5A2, HNF4A) DAR中預(yù)測(cè)的HNF4A結(jié)合位點(diǎn)的結(jié)合。 然而，在RPTEC中可檢測(cè)到HNF4A的表達(dá)水平低于腎皮質(zhì)，這表明HNF4A與該細(xì)胞類型中的這些位點(diǎn)具有強(qiáng)大的相互作用(補(bǔ)充圖8b)。 FMT處理對(duì)脊髓損傷后小鼠腸道屏障通透性有影響。
三、沿著推斷分化軌跡的Motif可及性動(dòng)態(tài)
由于技術(shù)限制，scRNA-seq難以檢測(cè)低豐度轉(zhuǎn)錄本（如轉(zhuǎn)錄因子TFs），而通過染色質(zhì)的可及性可推斷出這些TFs的活性，因此整合scRNA-seq和scATAC-seq方法具有重要意義。研究者利用scATAC-seq檢測(cè)了人類胚胎Lin- CD34+ CD38-細(xì)胞的單細(xì)胞染色質(zhì)可及性，分別對(duì)18、20和21PCW胚胎的肝臟和股骨中的4,001個(gè)細(xì)胞進(jìn)行了測(cè)序，基于SNN算法，共得到7個(gè)不同的可明顯分離的集群 (Figure 3A)。scRNA-seq數(shù)據(jù)中檢測(cè)了所選標(biāo)記基因的可及性，與干細(xì)胞相關(guān)的標(biāo)記基因(如MLLT3、PROM1、FLI1和GATA2)的可及性較高，而與不同譜系相關(guān)的基因(如MPO、ALAS2、MPEG1和CD19)的可及性較低，這與分選細(xì)胞的未分化特性一致(圖3B)。生成的軌跡顯示出兩個(gè)分支，每個(gè)分支的染色質(zhì)可及性和分化有明顯的趨勢(shì)(圖3D和3E)。 我們使用miR-127-3p抑制劑和模擬物在circSDHC缺失或過表達(dá)后進(jìn)行拯救實(shí)驗(yàn).成都細(xì)胞功能標(biāo)書
檢測(cè)circNDUFB2是否作為miRNA海綿調(diào)節(jié)NSCLC的靶標(biāo).北京microRNA標(biāo)書
為了確定METTL3誘導(dǎo)的APC表達(dá)下調(diào)在小鼠**生長(zhǎng)中的作用，將KYSE180細(xì)胞皮下注射到裸鼠體內(nèi)。發(fā)現(xiàn)通過APC去除，METTL3去除使**大小、體積和重量減小，并且**組織中的乳酸量恢復(fù)。此外，IHC染色顯示，METTL3缺失增加AP的表達(dá)，相應(yīng)地減少了**組織中β-連環(huán)蛋白、cyclind1、c-Myc和PKM2的表達(dá)。這些結(jié)果表明METTL3抑制APC的表達(dá)可以促進(jìn)**的發(fā)展。
APC表達(dá)下調(diào)與食管鱗*標(biāo)本METTL3上調(diào)及食管鱗*患者預(yù)后不良相關(guān)
為了確定METTL3抑制APC表達(dá)的臨床相關(guān)性，分析TCGA數(shù)據(jù)， APC mRNA表達(dá)與ESCC中METTL3 mRNA表達(dá)呈負(fù)相關(guān)。發(fā)現(xiàn)與正常組織相比，ESCC標(biāo)本中APC的表達(dá)***下調(diào)。81例ESCC標(biāo)本的IHC染色觀察到METTL3蛋白表達(dá)與APC蛋白表達(dá)呈負(fù)相關(guān)，METTL3蛋白表達(dá)與β-連環(huán)蛋白表達(dá)呈正相關(guān)。此外，APC的高表達(dá)與ESCC患者的長(zhǎng)期總生存時(shí)間***相關(guān)。這些結(jié)果提示APC表達(dá)下調(diào)與METTL3表達(dá)上調(diào)及ESCC患者預(yù)后不良相關(guān)。 北京microRNA標(biāo)書
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)