六、多組學(xué)方法分析表征近端小管細(xì)胞子集
Cicero研究了從PT到PT_VCAM1轉(zhuǎn)變過(guò)程中染色質(zhì)可及性的變化。VCAM1和TPM1轉(zhuǎn)錄增加(圖6a)與VCAM1基因體和啟動(dòng)子區(qū)域染色質(zhì)可及性增加相關(guān)(圖6b,c)。同樣，SLC5A12和SLC4A4轉(zhuǎn)錄降低(圖6c)與染色質(zhì)可及性降低相關(guān)(圖6c，補(bǔ)充圖15)。通過(guò)評(píng)估chromVAR轉(zhuǎn)錄因子的活性，我們發(fā)現(xiàn)了可能調(diào)節(jié)近端小管和PT_VCAM1之間過(guò)渡的轉(zhuǎn)錄因子。有趣的是，近端小管顯示出強(qiáng)大的HNF4A活性，該活性在PT_VCAM1簇中降低，并與增加的REL和RELA活性相一致(圖6d)。我們?cè)赑T_VCAM1細(xì)胞核中驗(yàn)證了減少的HNF4A蛋白表達(dá)(圖6e)。我們從VCAM1基因體中鑒定出一個(gè)約60kb的開(kāi)放染色質(zhì)區(qū)域，該區(qū)域包含一個(gè)與VCAM1啟動(dòng)子相互作用的RELA基序(通過(guò)ciscoaccessibilitynetwork)。實(shí)際上，ChIP-qPCR擴(kuò)增了該位點(diǎn)，使其能夠與RELA結(jié)合(圖6f，補(bǔ)充圖17b)，為該細(xì)胞類(lèi)型中RELA調(diào)控VCAM1表達(dá)提供了實(shí)驗(yàn)證據(jù)。 這些細(xì)胞表現(xiàn)出更強(qiáng)的攻擊性和增殖能力.江蘇TBI標(biāo)書(shū)
6）MAPK1-109aa通過(guò)競(jìng)爭(zhēng)性結(jié)合MEK1來(lái)抑制MAPK1的磷酸化
為了研究MAPK1-109aa抑制GC的分子機(jī)制，我們將標(biāo)記的MAPK1-109aa質(zhì)粒轉(zhuǎn)染HEK293T細(xì)胞。在flag標(biāo)記的MAPK1-109aa免疫沉淀復(fù)合物中，潛在的相互作用蛋白被拉下(圖7a)。采用蛋白MS分析對(duì)差異表達(dá)蛋白進(jìn)行鑒定。在被識(shí)別的蛋白質(zhì)列表中，豐度比較高的蛋白質(zhì)是MEK1，表明MEK1是MAPK1-109aa潛在的相互作用蛋白(圖7b，c)。此外，flag標(biāo)記的MAPK1-109aa可以與MEK1相互作用，證實(shí)了MAPK1-109aa與MEK1之間的直接相互作用(圖7d)。免疫熒光染色顯示MAPK1-109aa與MEK1共定位(圖7e)。此外，我們采用MEK1抗體免疫共沉淀，探討MAPK1-109aa對(duì)MAPK1通路的潛在調(diào)控作用。 細(xì)胞功能標(biāo)書(shū)SCI小鼠的握力在損傷后逐漸持續(xù)恢復(fù)。
我們進(jìn)一步發(fā)現(xiàn)，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠顯示更低的血清谷丙轉(zhuǎn)氨酶(ALT)水平(圖2D)、血清天冬氨酸轉(zhuǎn)氨酶(AST)水平(圖2E)和肝臟甘油三酯水平(圖2F)?？傊?，我們的結(jié)果表明Caspase-11缺陷減輕了MCD誘導(dǎo)的小鼠肝臟脂肪變性。
3.Caspase-11缺乏減弱NASH小鼠的肝纖維化
通過(guò)測(cè)量纖維化相關(guān)因子的表達(dá)我們?cè)u(píng)估Caspase-11缺失對(duì)MCD誘導(dǎo)的肝纖維化的影響。在正常條件下，野生型和Caspase-11缺陷小鼠的TGF-β(圖3A)、α-Sma(圖3B)和Col1a1(圖3C)表達(dá)相似。MCD處理的野生型小鼠中TGF-β、α-Sma和Col1a1的表達(dá)***上調(diào)。相比之下，MCD處理的Caspase-11缺陷小鼠TGF-β、α-Sma和Col1a1的mRNA水平***降低。這些結(jié)果表明，Caspase-11缺乏可減少M(fèi)CD處理小鼠的肝纖維化。
三、INPP4B促進(jìn)晚期核內(nèi)體上PI(3,4)P2到PI(3)P的轉(zhuǎn)化
使用了幾種基于無(wú)偏性蛋白質(zhì)組學(xué)的技術(shù)來(lái)表征INPP4B在pik3a突變ER+乳腺*中的下游信號(hào)功能。首先，利用液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜(LC-MS/MS)進(jìn)行全細(xì)胞蛋白質(zhì)組學(xué)研究，確定GFP-INPP4B與gfp載體表達(dá)MCF-7細(xì)胞中蛋白水平的差異(2倍)。功能注釋分析顯示，inpp4b過(guò)表達(dá)細(xì)胞中上調(diào)的蛋白與內(nèi)溶酶體系統(tǒng)密切相關(guān)，內(nèi)溶酶體系統(tǒng)是介導(dǎo)細(xì)胞外受體和貨物內(nèi)化和降解的囊泡運(yùn)輸途徑(圖3a)。免疫沉淀質(zhì)譜(IP-MS)對(duì)受EGF刺激的MCF-7細(xì)胞進(jìn)行GFP-INPP4B蛋白復(fù)合物的分析，以***I類(lèi)PI3K信號(hào)。從該分析中鑒定出的**富集的結(jié)合伙伴是RAB7A (Rab7)，這是一種定位于晚期核內(nèi)體的小GTPase(圖3b)。GFP-INPP4B與內(nèi)源性Rab7的共免疫共沉淀證實(shí)了INPP4B與Rab7的結(jié)合(圖3c)。通過(guò)免疫電鏡進(jìn)一步分析INPP4B定位于晚期核內(nèi)體，結(jié)果顯示GFPINPP4B定位于晚期核內(nèi)體的限制膜和內(nèi)膜(圖3d)，之前的研究已經(jīng)確定了PI(3,4)P2和PI(3)P。在皂苷處理的MCF-7細(xì)胞中，觀察到內(nèi)源性INPP4B與HARab7WT或HA-Rab7Q67L共同定位于cd63陽(yáng)性的晚期核內(nèi)體(圖3e)。 circRNAs在腎細(xì)胞*(RCC)中的表達(dá)模式和生物學(xué)功能.
7、CFL1/PLD1軸介導(dǎo)低氧誘導(dǎo)的HCC細(xì)胞中AKT途徑的***之前的一項(xiàng)研究表明，PLD1***AKT及其下游mTOR通路促進(jìn)HCC細(xì)胞增殖、侵襲。與此一致，作者觀察到CFL1敲除降低了p-AKT水平，在HCCLM3細(xì)胞中通過(guò)PLD1恢復(fù)增強(qiáng)了p-AKT水平（圖7A，C）。此外，PLD1沉默逆轉(zhuǎn)了CFL1誘導(dǎo)的Hep3B細(xì)胞中AKT信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路的活化（圖7B，D）。值得注意的是，CFL1或PLD1敲除抑制了肝*細(xì)胞中缺氧誘導(dǎo)的AKT通路***和EMT過(guò)程（圖7E，F(xiàn)）。之后，進(jìn)行拯救實(shí)驗(yàn)探討HIF-1α-CFL1-PLD1軸中PLD1的功能。在HCCLM3細(xì)胞中過(guò)表達(dá)的PLD1可以逆轉(zhuǎn)低氧條件下CFL1-shRNA引起的對(duì)AKT磷酸化或EMT過(guò)程的抑制（圖7G，H）?？偟膩?lái)說(shuō)，證實(shí)CFL1/PLD1軸在缺氧誘導(dǎo)的HCC進(jìn)展中起重要作用。
總之，該研究表明HCC中過(guò)表達(dá)CFL1與較差的臨床病理學(xué)參數(shù)呈正相關(guān)。體外和體內(nèi)實(shí)驗(yàn)證實(shí)CFL1是HCC**生長(zhǎng)和轉(zhuǎn)移的驅(qū)動(dòng)因素。PDL1/AKT通路介導(dǎo)CFL1的致*功能。此外，CFL1是一個(gè)缺氧反應(yīng)基因，通過(guò)***PLD1/AKT信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)參與缺氧誘導(dǎo)的HCC進(jìn)展（圖8）。綜上所述，該研究表明CFL1是低氧微環(huán)境與HCC進(jìn)展之間的一種新的連接體。 短鏈脂肪酸與運(yùn)動(dòng)恢復(fù)/腸屏障通透性的相關(guān)性。江蘇流式標(biāo)書(shū)
E2F1是一種有效的轉(zhuǎn)錄調(diào)控因子.江蘇TBI標(biāo)書(shū)
A.29名兒童在進(jìn)行異體造血干細(xì)胞移植前、移植時(shí)、移植后即刻以及后期隨訪時(shí)均進(jìn)行了監(jiān)測(cè)。監(jiān)測(cè)患者的基線特征、臨床結(jié)果、免疫細(xì)胞計(jì)數(shù)以及炎癥和***標(biāo)志物。表S1(附加文件1)詳細(xì)描述了患者特征。宿主免疫系統(tǒng)參數(shù)與腸道、口腔和鼻腔微生物群的縱向動(dòng)力學(xué)相關(guān)，這些微生物群在指定的時(shí)間點(diǎn)進(jìn)行了評(píng)估。
B.每個(gè)身體部位HSCT前、移植時(shí)和移植后的細(xì)菌α多樣性以log10變換后的y軸顯示。星號(hào)表示時(shí)間點(diǎn)間的中值逆Simpson指數(shù)存在***差異。C.相對(duì)于HSCT的時(shí)間點(diǎn)LDA分析。對(duì)于糞便樣本，HSCT后立即采集的樣本LDA評(píng)分為陽(yáng)性。對(duì)于口腔和鼻腔樣本，在HSCT前和后期隨訪時(shí)間點(diǎn)樣本的LDA評(píng)分均為陽(yáng)性 江蘇TBI標(biāo)書(shū)
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)