二代測序

來源: 發(fā)布時間:2021-10-27

Pex誘導(dǎo)肝纖維化微環(huán)境,促進(jìn)PDAC肝轉(zhuǎn)移從小鼠正常胰腺(Npex)和小鼠PDAC細(xì)胞分離的外泌體呈現(xiàn)典型的外泌體結(jié)構(gòu),大小約為50-150nm(圖1A,B)。進(jìn)一步的westernblot分析證實了分離的外泌體的存在(圖1C)。為了確定Pex在PDAC肝轉(zhuǎn)移中的作用,我們首先進(jìn)行了“教育”程序,并進(jìn)一步通過脾內(nèi)注射建立了PDAC肝轉(zhuǎn)移模型(圖1D)。在“教育”過程后,STE和原子力顯微鏡(AFM)顯示,與Npex組相比,Pex組小鼠的肝臟剛度***增加(圖1E,F(xiàn))。此外,肝組織膠原密度增加(圖1G),肝ECM明顯重構(gòu)(圖1H,I)。同樣,PDAC原位植入模型也顯示原位**可增加肝臟膠原沉積。肝轉(zhuǎn)移模型顯示,與Npex組相比,Pex組肝轉(zhuǎn)移更多,肝質(zhì)量更高(圖1J)。這些數(shù)據(jù)表明,Pex可以通過重構(gòu)肝臟ECM來誘導(dǎo)肝纖維化微環(huán)境,促進(jìn)PDAC肝轉(zhuǎn)移英拜生物致力于分子生物行業(yè)十余年。二代測序

人PTC組織中tRFs和tiRNAs的表達(dá)為了鑒定人PTC組織中的tRFs和tiRNAs,收集3對PTC*組織和*旁組間,用于高通量測序,其結(jié)果比對至tRNAlibraryGtRNAdb文庫,并從中去除線粒體tRNA。**終累計獲得1723個tRN**段,其中594個片段只存在于**組織,136個只存在于*旁組織(圖1A-B)。成分分析顯示,**中tiRNAs的數(shù)量遠(yuǎn)超*旁組織,而tRFs則主要存在于*旁(圖1C)?;鹕綀D可以看出5個在**組織中***上調(diào)的tRN**段:5’-tiRNA-Gly-GCC,5’-tiRNA-Lys-CTT,5’-tiRNA-Glu-CTC,5’-tRF-Val-CAC,pre-tRNA-Ser-TGA(Fig.1D)。圖1E顯示tRN**段1260,1293,1297和1385明顯來源于**組織。tRN**段1293和1297都是5’-tiRNA-Gly-GCC剪切自tiRNA-Gly-GCC的不同部分的。tRN**段1260切割自tRNA-Glu-CTC,tRN**段1358切割自tRNA-Lys-CTT。課題整包課題實驗外包提供整體課題外包實驗構(gòu)思。

為了進(jìn)一步研究MAO-A是否作為巨噬細(xì)胞自主因子直接調(diào)控TAM極化從而影響抗**免疫,進(jìn)行了巨噬細(xì)胞過繼轉(zhuǎn)移**實驗。從Maoa WT和KO小鼠中獲取BM細(xì)胞,然后培養(yǎng)成骨髓源性巨噬細(xì)胞(bone marrow macrophages, BMDMs)。然后將這些Maoa WT或KO BMDMs與B16-OVA黑色素瘤細(xì)胞混合,皮下注射到BoyJ WT受體小鼠中建立實體**(圖2g)。在本實驗中,MAO-A缺乏的比較***于TAM細(xì)胞。在接受Maoa KO BMDMs小鼠中觀察到**生長抑制(圖2h-i),TAM免疫抑制markers下調(diào)(圖2j),免疫刺激markers上調(diào)(圖2k-l),以及增強**浸潤CD8+T細(xì)胞***(圖2m)。綜上所述,這些體內(nèi)研究表明MAO-A作為一種直接調(diào)節(jié)TAM極化的自主因子,從而影響T細(xì)胞抗**反應(yīng)性和影響**生長。

4)Pex來源的CD44v6對于HSCs的***是必要的,但不是充分的

我們之前的研究揭示了CD44v6參與調(diào)控PDAC細(xì)胞的IGF-1通路。因此,我們首先驗證了CD44v6在外泌體中的表達(dá),發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達(dá)水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細(xì)胞中,我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示,加入Pex后,HSCs中CD44v6的表達(dá)水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細(xì)胞相比,CD44v6的表達(dá)水平保持不變(圖5B)。我們還進(jìn)行了免疫熒光分析,檢測出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結(jié)果表明,Pex可將CD44v6輸送到HSC膜 IGF-1信號在Pex誘導(dǎo)的肝纖維化中起重要作用。

抑制piRNA-30473可降低DLBCL的發(fā)生

為了進(jìn)一步探索piRNA-30473在DLBCL中的功能作用,作者使用antiagomir-30473在DLBCL細(xì)胞中去除piRNA-30473。結(jié)果發(fā)現(xiàn),與對照組相比,在DLBCL細(xì)胞中耗盡piRNA-30473導(dǎo)致增殖減少(圖2A)。此外,細(xì)胞周期分析顯示,在DLBCL細(xì)胞中抑制piRNA-30473可以增加G1期細(xì)胞的比例,減少S期和G2期細(xì)胞的比例(圖2B,2C)。然而,耗盡piRNA-30473并不誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡(圖2D)。此外,通過SU-DHL-8異種移植DLBCL模型,以評估piRNA-30473對體內(nèi)DLBCL進(jìn)展的影響(圖2E)。結(jié)果發(fā)現(xiàn),抑制piRNA-30473抑制**增長(圖2F)。這些數(shù)據(jù)表明沉默piRNA-30473可以抑制DLBCL細(xì)胞在體內(nèi)和體外的活性。 高通量測序后續(xù)的機制實驗。rip

soRNA測序的 整套服務(wù)。二代測序

2、miR-138-5p介導(dǎo)*細(xì)胞誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞KDM6B表達(dá)抑制構(gòu)建了miR-138-5p過表達(dá)的乳腺*細(xì)胞系,取其培養(yǎng)基與巨噬細(xì)胞共培養(yǎng),結(jié)果巨噬細(xì)胞中miR-138-5p表達(dá)***上調(diào),同時KDM6B的表達(dá)***下降。證實miR-138-5p介導(dǎo)*細(xì)胞誘導(dǎo)的巨噬細(xì)胞KDM6B表達(dá)抑制。

3、*細(xì)胞來源的外泌體miR-138-5p下調(diào)KDM6B的表達(dá)

隨后為了判定上述巨噬細(xì)胞中miR-138-5p表達(dá)上調(diào)的原因,檢測了巨噬細(xì)胞中原代(pri-)和前體(pre-)miR-138的水平。結(jié)果顯示共培養(yǎng)和對照組間原代和前體miR-138的水平?jīng)]有差異,表明miR-138-5p是外源供應(yīng)的(圖1A)。此外,使用RNaseA處理miR-138-5p水平不變,使用TritonX-100其水平***下降。提示miR-138-5p被膜狀結(jié)構(gòu)包裹(圖1B)。進(jìn)一步分析表明使用外泌體抑制劑GW4869處理組和外泌體刪除組的培養(yǎng)基中miR-138-5p的表達(dá)***下降(圖1C)。表明外泌體來源于乳腺*細(xì)胞。 二代測序

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5.芯片:信號通路pcr芯片蛋白芯片

6.表觀遺傳實驗:DNA甲基化實驗(BSP,MSP,焦磷酸測序),RNA甲基化實驗

7.實時定量PCR(mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA),WB,RNA功能驗證實驗(靶基因驗證,過表達(dá),干擾),基因突變及SNP檢測,F(xiàn)ISH,RNA-PULLdown,rip,chip實驗以及細(xì)胞增殖,凋亡,流式等細(xì)胞功能學(xué)實驗