TransCirc數(shù)據(jù)庫(kù)整合了各種與翻譯相關(guān)的證據(jù)，檢索的結(jié)果能直觀的呈現(xiàn)翻譯產(chǎn)物的相關(guān)證據(jù)信息。數(shù)據(jù)共分析了328080種已知人類circRNA的翻譯潛能，有蛋白質(zhì)譜證據(jù)（MS）的circRNA有168個(gè)，核糖體印跡或多聚核糖體分析（RP/PP）的證據(jù)4284個(gè)circRNA，潛在翻譯產(chǎn)物序列分析（SeqComp）的301100個(gè)circRNA。有IRES預(yù)測(cè)結(jié)果的314138個(gè)circRNA，有m6A修飾位點(diǎn)信息的39397個(gè)circRNA，有翻譯起始位點(diǎn)信息（TIS）的9394個(gè)circRNA，有ORF信息的305016個(gè)circRNA。
食道*是世界上第六大**常見的**，據(jù)報(bào)道患者5年生存率只有12-20%。N6-甲基腺苷(m6A)修飾是真核生物mRNA中**豐富的RNA修飾，主要由m6A調(diào)節(jié)劑介導(dǎo)。m6A修飾調(diào)節(jié)RNA穩(wěn)定性和翻譯效率、染色質(zhì)狀態(tài)、替代聚腺苷酸化和前體mRNA剪接。***我們來講一篇刊登在NatureCommunications（IF=14.91）上的一篇文章，題名為METTL3promotestumourdevelopmentbydecreasingAPCexpressionmediatedbyAPCmRNAN6-methyladenosine-dependentYTHDFbinding。
上調(diào)METTL3與ESCC患者的不良生存相關(guān)為探討食管*中中METTL3的表達(dá)譜，分析了**基因組圖譜（TCGA）數(shù)據(jù)，發(fā)現(xiàn)與11個(gè)相鄰的正常食管上皮組織相比，95個(gè)食管*標(biāo)本中METTL3的表達(dá)***上調(diào)。對(duì)包含81對(duì)ESCC標(biāo)本和鄰近正常食管上皮組織的組織芯片進(jìn)行IHC染色顯示，ESCC組織中的METTL3表達(dá)水平***高于配對(duì)鄰近正常組織。Kaplan-Meier分析顯示，高表達(dá)METTL3的患者總生存時(shí)間比低表達(dá)METTL3的患者短。9種不同ESCC細(xì)胞系中METTL3mRNA和蛋白質(zhì)的表達(dá)水平高于Het-1a永生化正常食管上皮細(xì)胞。這些結(jié)果表明，METTL3在食管鱗*中表達(dá)上調(diào)，并與食管鱗*患者生存時(shí)間呈負(fù)相關(guān)。 rDNA測(cè)序也是***PDAC肝轉(zhuǎn)移的潛在靶點(diǎn)。
二、阻斷atm依賴的PTEN磷酸化導(dǎo)致基因組
為了確定ATM介導(dǎo)的PTEN磷酸化如何調(diào)節(jié)DDR，構(gòu)建Pten398A/398A和Pten+/+littermatesMEFs細(xì)胞模型。PTEN蛋白水平不受398A突變的影響(補(bǔ)充圖3A,B)。此外，磷酸化AKT(PI3K通路活性的標(biāo)記物)水平在Pten398A/398A和PTEN+/+MEFs中相似(補(bǔ)充圖3B)。構(gòu)建人乳腺上皮細(xì)胞系(MCF10A)，穩(wěn)定表達(dá)野生型PTEN(PTEN-wt)，或PTEN的突變形式，不能被ATM磷酸化(PTEN-398a)。在這些細(xì)胞中，內(nèi)源性的PTEN基因被CRISPR/Cas9編輯刪除，創(chuàng)建了PTEN空細(xì)胞，然后用野生型或突變型的蛋白質(zhì)穩(wěn)定轉(zhuǎn)導(dǎo)重組。在表達(dá)PTEN-wt和PTEN-398a的MCF10A細(xì)胞中，PTEN蛋白和磷酸化AKT水平相似(補(bǔ)充圖3A)，使這些細(xì)胞成為ATM磷酸化PTEN分子作用研究的合適替代模型。Pten+/+和Pten398A/398Amef在10gyIR作用下，通過測(cè)定每個(gè)細(xì)胞的γH2AX和53bp1病灶數(shù)量來評(píng)估其修復(fù)DNA損傷的能力。在Pten+/+mef中，我們觀察到在照射后4小時(shí)，每個(gè)細(xì)胞的病灶數(shù)量達(dá)到峰值，24小時(shí)后恢復(fù)到接近基線水平(圖2AC)。Pten+/+和Pten398A/398A在ir后4小時(shí)，每個(gè)細(xì)胞聚集的病灶數(shù)量相似。然而，Pten398A/398Amef在24小時(shí)時(shí)間點(diǎn)比Pten+/+mef保留了更多的病灶數(shù)，表明DNA修復(fù)能力降低(圖2C)。
circNDUFB2觸發(fā)NSCLC細(xì)胞的免疫防御反應(yīng)
為了研究參與circNDUFB2的信號(hào)通路，使用RNA測(cè)序（RNA-seq）進(jìn)行了轉(zhuǎn)錄組分析。結(jié)果表明circNDUFB2過表達(dá)影響934個(gè)基因的表達(dá)水平，其中743個(gè)基因上調(diào)，191個(gè)基因被下調(diào)?；虮倔w生物學(xué)過程（GO_BP）和KEGG途徑富集分析表明circNDUFB2觸發(fā)了免疫防御和I型干擾素（IFNs）信號(hào)傳導(dǎo)。基因集富集分析（GSEA）也表明目標(biāo)基因的信號(hào)傳導(dǎo)途徑參與了免疫反應(yīng)。確認(rèn)了在circNDUFB2過表達(dá)的NSCLC細(xì)胞中一組免疫基因表達(dá)被上調(diào)，而circNDUFB2敲低降低了NSCLC細(xì)胞中這些基因的水平。這些結(jié)果表明，過量表達(dá)circNDUFB2，而不是其具有相同序列的線性RN**段，導(dǎo)致免疫基因上調(diào)。 酶聯(lián)免疫吸附試驗(yàn)（ELISA）證實(shí)circNDUFB2過表達(dá)顯著增加了細(xì)胞培養(yǎng)上清液中CXCL10，CXCL11，CCL5和IFNβ的水平，而circNDUFB2敲低降低了細(xì)胞培養(yǎng)上清液中這些細(xì)胞因子的水平。這些結(jié)果證明circNDUFB2在NSCLC細(xì)胞中引發(fā)免疫應(yīng)答。 我們接下來研究了Pex對(duì)HSCs生物學(xué)行為的影響。
為了確定EVs介導(dǎo)的ELNAT1在體內(nèi)促進(jìn)LN轉(zhuǎn)移，首先構(gòu)建一個(gè)小鼠腘窩的淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移模型。小鼠隨機(jī)分為2組（n=12），每3天接受由載體（UM-UC-EVVector）或ELNAT1（UM-UC-3-EVELNAT1）轉(zhuǎn)染的UM-UC-3細(xì)胞分泌的EVs瘤內(nèi)注射，當(dāng)原發(fā)**大小達(dá)到200mm3時(shí)采集**和腘窩的LNs（Figure3D）。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，通過體內(nèi)成像系統(tǒng)（IVIS）發(fā)現(xiàn)，與UM-UC-EVVector相比，UM-UC-3-EVELNAT1促進(jìn)了UM-UC-3細(xì)胞向腘窩LNs的轉(zhuǎn)移，LNs體積更大（Figure3E-I）。
由于淋巴管生成是淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵步驟，因此進(jìn)一步評(píng)估了EVs介導(dǎo)的ELNAT1在體內(nèi)對(duì)淋巴管生成的影響。結(jié)果顯示，UM-UC-3-EVELNAT1組***增加了小鼠足底**瘤內(nèi)和瘤旁區(qū)域的淋巴管內(nèi)皮透明質(zhì)酸受體1陽性（LYVE-1positive）（Figure3J,K）。以上結(jié)果表明，EVs介導(dǎo)的ELNAT1促進(jìn)BCa體內(nèi)淋巴管生成和淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移。 根客戶的研究方向查閱相關(guān)文獻(xiàn)?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題動(dòng)物模型構(gòu)建
ATM對(duì)PTEN的磷酸化驅(qū)動(dòng)細(xì)胞周期進(jìn)程。轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
4）Pex來源的CD44v6對(duì)于HSCs的***是必要的，但不是充分的
我們之前的研究揭示了CD44v6參與調(diào)控PDAC細(xì)胞的IGF-1通路。因此，我們首先驗(yàn)證了CD44v6在外泌體中的表達(dá)，發(fā)現(xiàn)CD44v6在Pex中的表達(dá)水平明顯高于Npex(圖5A)。為了研究CD44v6是否能夠被傳遞到受體細(xì)胞中，我們采用蛋白合成抑制劑環(huán)己酰亞胺檢測(cè)加入Pex后CD44v6的蛋白水平。westernblot分析顯示，加入Pex后，HSCs中CD44v6的表達(dá)水平明顯增加(圖5B)。與Npex-孵育的細(xì)胞相比，CD44v6的表達(dá)水平保持不變(圖5B)。我們還進(jìn)行了免疫熒光分析，檢測(cè)出HSC膜中CD44v6與Pan-cadherin共定位(圖5C)。這些結(jié)果表明，Pex可將CD44v6輸送到HSC膜 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)