了解流量調(diào)節(jié)內(nèi)皮基因的表達(dá)在轉(zhuǎn)錄和體內(nèi)外遺傳性染色質(zhì)易訪問(wèn)性水平,我們和其他人使用批量rna或dna從池獲得ECs暴露s-flow或維使用鼠標(biāo)部分頸動(dòng)脈結(jié)扎(PCL)模型或豬動(dòng)脈。我們建立了PCL模型，并顯示在2周內(nèi)，d-flow快速誘導(dǎo)，而s-flow阻止，高膽固醇小鼠***的發(fā)展。PCL模型包括結(jié)扎左側(cè)頸總動(dòng)脈(LCA)的4個(gè)遠(yuǎn)端分支中的3個(gè)以誘導(dǎo)d-血流，同時(shí)使用繼續(xù)暴露于s-血流的對(duì)側(cè)右側(cè)頸總動(dòng)脈(RCA)作為內(nèi)部控制。我們進(jìn)一步開(kāi)發(fā)了一種管腔沖洗方法，使我們能夠從PCL后的lca和rca中獲得內(nèi)皮富集的rna和dna。然后用mRNA微陣列、microRNA微陣列和RNA測(cè)序(RNA-seq)分析這些聚合的整體RNA，以識(shí)別mRNA轉(zhuǎn)錄組和受ECs流量調(diào)節(jié)的microRNAs。促*分泌體通過(guò)外泌體傳遞和運(yùn)輸是轉(zhuǎn)移前微環(huán)境形成和轉(zhuǎn)移的關(guān)鍵?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題實(shí)驗(yàn)外包
第三步：上傳附加文件（可以選擇性上傳）
附加文件中可以包括平臺(tái)、批次等信息。 例如，在平臺(tái)列中，“1”表示數(shù)據(jù)來(lái)自 Affymetrix U133 plus2 平臺(tái)，“2”表示來(lái)自安捷倫微陣列芯片的數(shù)據(jù)，“3”表示來(lái)自 Illumina Hiseq 2000 的數(shù)據(jù)等。
第四步：填寫(xiě)電子郵箱（選填，建議填寫(xiě)）
如果填寫(xiě)郵箱，結(jié)果會(huì)以郵件形式發(fā)送至該郵箱。
第五步：提交
數(shù)據(jù)文件全部上傳后，點(diǎn)擊“Submit”進(jìn)行提交，頁(yè)面會(huì)自動(dòng)跳轉(zhuǎn)至結(jié)果頁(yè)。也可以根據(jù)頁(yè)面給出的job ID查詢結(jié)果。
總而言之，我們可以使用Rank-In對(duì)**的芯片和 RNA-seq中的混合數(shù)據(jù)進(jìn)行綜合轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析。 黑龍江課題推薦咨詢完善的實(shí)驗(yàn)平臺(tái)提供可視化的建模服務(wù)。
此外，circPDE4B不影響MID1水平(圖4E)。RPD和序列IP分析都顯示circPDE4B促進(jìn)了RIC8A和MID1的結(jié)合(圖4F，G)。與這一發(fā)現(xiàn)相一致的是，體外結(jié)合試驗(yàn)表明，circPDE4B增加了重組RIC8A和MID1蛋白之間的關(guān)聯(lián)(圖4H)。通過(guò)co-IP，MID1與RIC8A在N端調(diào)控域結(jié)合(圖4I)。此外，我們檢測(cè)了RIC8A的功能位點(diǎn)。在HCs中免疫沉淀RIC8A并進(jìn)行MS分析，證實(shí)了RIC8A中氨基酸殘基的泛素化(圖4J)。在RIC8A、K143和K187中鑒定出10個(gè)泛素化位點(diǎn)，并且在人類和小鼠之間并不保守(圖4J)。因此，我們將保守的RIC8A位點(diǎn)從賴氨酸(K)突變?yōu)榫彼?R)，以排除泛素化。IP結(jié)果表明，與WT相比，K415的取代**降低了RIC8A的泛素化位點(diǎn)(圖4K)。有趣的是，K415在哺乳動(dòng)物中高度保守(圖4L，M)。此外，在K415突變后，circPDE4B過(guò)表達(dá)或抑制不再調(diào)節(jié)RIC8A的泛素化水平(圖4N)。這些結(jié)果表明circPDE4B可以作為促進(jìn)RIC8A和MID1之間聯(lián)系的支架。
然而，在單細(xì)胞方法中，尚未出現(xiàn)一種適用于所有三種模式的統(tǒng)一方法，這種方法可以應(yīng)用于高度特定的功能免疫細(xì)胞類型。我們系統(tǒng)地測(cè)試了PBMCs的全細(xì)胞和核純化和制備方法，以克服以往的分析只限于測(cè)量細(xì)胞表面的核成分(ATAC和核rna)或蛋白質(zhì)的局限性。我們發(fā)現(xiàn)完整的透性細(xì)胞的scATAC-seq表現(xiàn)非常好，在某些測(cè)量中超過(guò)了傳統(tǒng)的細(xì)胞核scATAC-seq(圖1b)。這一發(fā)現(xiàn)使得一種類似于轉(zhuǎn)錄組和表位的細(xì)胞索引(CITE-seq)的新方案能夠測(cè)量表面蛋白豐度和染色質(zhì)可及性:染色質(zhì)景觀和表位的整合細(xì)胞索引(ICICLE-seq，圖1a和3)。***，我們證明了我們優(yōu)化的可滲透細(xì)胞方法可以與基于液滴的多組學(xué)平臺(tái)相結(jié)合，從而能夠同時(shí)測(cè)量細(xì)胞的三個(gè)不同的分子隔間:mRNA(通過(guò)scRNA-seq)，蛋白質(zhì)(使用寡聚標(biāo)記抗體)和DNA(通過(guò)scATAC-seq)，我們根據(jù)轉(zhuǎn)錄、表位和可及性將其稱為T(mén)EA-seq(圖4)?？傊?，對(duì)單細(xì)胞水平上基因調(diào)控和表達(dá)的分子基礎(chǔ)有了新的、更統(tǒng)一的看法。英拜生物致力于分子生物行業(yè)十余年。
二、npm1突變AML患者聚集的分子基礎(chǔ)
CDH2是鈣粘蛋白家族的一員，被認(rèn)為是決定干細(xì)胞命運(yùn)的調(diào)節(jié)因子15。類似地，G蛋白偶聯(lián)受體12 (GPR12)在原始亞型中上調(diào)，已知在干細(xì)胞維持和**干細(xì)胞的體細(xì)胞重編程中發(fā)揮作用。MyoD家族抑制劑(MDFI)在原始亞型中表達(dá)增加，據(jù)報(bào)道它是WNT信號(hào)通路的調(diào)節(jié)因子，只在造血干細(xì)胞祖細(xì)胞中表達(dá)。鋅指蛋白521 (ZNF521)是一種轉(zhuǎn)錄因子，其在人類白血病細(xì)胞系中被敲低可以減少增殖但在原始亞型中卻有***的高表達(dá)。 Pex調(diào)節(jié)HSC的ECM分泌。青海課題實(shí)驗(yàn)可參觀
ATM對(duì)PTEN的磷酸化驅(qū)動(dòng)細(xì)胞周期進(jìn)程?？臻g轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題實(shí)驗(yàn)外包
四、scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)整合
目前尚無(wú)人類胚胎HSPCs的染色質(zhì)可及性圖譜，研究者基于基因體可及性繪制細(xì)胞圖譜來(lái)整合scRNA-seq和scATAC-seq數(shù)據(jù)。首先使用6種豐富的細(xì)胞類型對(duì)scRNA-seq實(shí)驗(yàn)中篩選出的CD34+CD38-細(xì)胞進(jìn)行分類，結(jié)果顯示scATAC-seq數(shù)據(jù)集中指定細(xì)胞類型的頻率與scRNA-seq數(shù)據(jù)中的頻率高度一致，這表明染色質(zhì)可及性和轉(zhuǎn)錄組具有相關(guān)性。然而，不同類型的細(xì)胞在整個(gè)軌跡上有相當(dāng)大的混合，如HSCs/MPPs-Cycle***分布在七個(gè)集群中，這表明在HSCs/MPP群體中存在***的染色質(zhì)啟動(dòng)，從而導(dǎo)致了異質(zhì)性。之后研究者比較了7個(gè)集群中HSCs/MPPs中選定的譜系特異性TF基序的可及性，結(jié)果顯示在轉(zhuǎn)錄同源的HSCs/MPPs集群中，一些先于基因表達(dá)的TFs的活性存在***差異。***，研究者進(jìn)一步探索分化過(guò)程中染色質(zhì)可及性和基因表達(dá)之間的“時(shí)滯”，結(jié)果顯示在HSCs/MPS中，GATA1-調(diào)節(jié)子靶基因的啟動(dòng)子在任何明顯基因表達(dá)之前均是開(kāi)放的，這證實(shí)HSCs/MPP中染色質(zhì)的可及性早于轉(zhuǎn)錄變化。 空間轉(zhuǎn)錄組學(xué)課題實(shí)驗(yàn)外包
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫(xiě)SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開(kāi)發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開(kāi)放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
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4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)