MIR210HG與子宮內(nèi)膜*患者的低生存率相關(guān)
為了識(shí)別子宮內(nèi)膜*組中異常表達(dá)的lncRNA，我們分析了來(lái)自TCGA的數(shù)據(jù)。表達(dá)陣列分析顯示332個(gè)lncRNA的表達(dá)差異有統(tǒng)計(jì)學(xué)意義。7個(gè)lncRNA表達(dá)上調(diào)(圖1A和1B)。然后，我們分析了GEO數(shù)據(jù)集，發(fā)現(xiàn)在子宮內(nèi)膜*GSE17025隊(duì)列中MIR210HG的表達(dá)也上調(diào)(圖1C)。qPCR顯示MIR210HG在子宮內(nèi)膜*中的表達(dá)明顯高于正常子宮內(nèi)膜組織(圖1D)。此外，我們分析了MIR210HG的表達(dá)與子宮內(nèi)膜*患者臨床病理參數(shù)的關(guān)系，發(fā)現(xiàn)MIR210HG在從I、II期到III、IV期的進(jìn)展過(guò)程中增加。MIR210HG的表達(dá)與淋巴結(jié)轉(zhuǎn)移***相關(guān)(圖1E)。原位雜交實(shí)驗(yàn)結(jié)果顯示，MIR210HG在子宮內(nèi)膜*中的表達(dá)水平高于正常子宮內(nèi)膜組織(圖1F)。MIR210HG高表達(dá)的子宮內(nèi)膜*患者生存率較低(圖1G)。 ***ATM對(duì)PTEN的磷酸化增加了DNA損傷后AKT和p27Kip1的***。信號(hào)通路課題產(chǎn)學(xué)研合作
比較SLE-1和SLE-2組的轉(zhuǎn)錄表達(dá)譜，結(jié)果顯示，除ISGs外，mtDNA編碼的OXPHOS基因的表達(dá)差異比較大（Fig. 1c, d）?？傊琒LE患者純化T細(xì)胞的轉(zhuǎn)錄組學(xué)分析根據(jù)ISG表達(dá)水平將其分為兩組，表達(dá)高I型IFN標(biāo)記的患者顯示線粒體編碼基因和線粒體相關(guān)代謝途徑的表達(dá)減少，在CD8 + T細(xì)胞中更明顯。這表明SLE中與I型IFN相關(guān)的線粒體功能失調(diào)。
2、ISGs高表達(dá)患者CD8+T細(xì)胞線粒體異常
在研究I型IFN信號(hào)與線粒體異常之間的潛在聯(lián)系之前，應(yīng)用計(jì)算機(jī)模擬和體外相結(jié)合的方法，根據(jù)I型IFN信號(hào)的強(qiáng)弱程度對(duì)SLE患者進(jìn)行分層：高水平的ISGs(IFN-high)、低水平的ISGs(IFN-low)和無(wú)ISGs(IFN-Neg)。隨后，探究IFN-high和IFN-Neg的SLE患者中T細(xì)胞的線粒體基因型，以類風(fēng)濕性關(guān)節(jié)炎（RA）患者為疾病對(duì)照。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與健康組，IFN-Neg組和RA組相比，來(lái)源于IFN-high的SLE患者的CD8+T細(xì)胞表現(xiàn)出線粒體大小增加（圖2a,b）和線粒體膜超極化（圖2c）。在IFN-High的SLE患者中，也觀察到細(xì)胞ROS(cROS)陽(yáng)性CD8+T細(xì)胞比例增加，但只是線粒體ROS(mROS)染色細(xì)胞比例有上升趨勢(shì)（圖2d）。在IFN-Neg的SLE患者中也檢測(cè)到更高比例cROS陽(yáng)性細(xì)胞，這表明了一種疾病特異性效應(yīng)（圖2d）。 信號(hào)通路課題課題設(shè)計(jì)阻斷atm依賴的磷酸化會(huì)損害DNA損傷后PTEN的亞細(xì)胞再分配
2021年3月，劍橋大學(xué)血液學(xué)系A(chǔ)naCvejic教授團(tuán)隊(duì)?wèi)?yīng)用scRNA-seq和scATAC-seq技術(shù)對(duì)來(lái)自胚胎肝臟和骨髓的8,000多個(gè)免疫表型HSPCs進(jìn)行綜合分析，探索人類發(fā)育過(guò)程中造血功能的調(diào)節(jié)機(jī)制。該項(xiàng)工作以“Integrativesingle-cellRNA-seqandATAC-seqanalysisofhumandevelopmentalhematopoiesis”為題發(fā)表在CellStemCell上。在胚胎發(fā)育過(guò)程中，造血干細(xì)胞(HSCs)需要快速分化為成熟的血細(xì)胞。我們目前對(duì)胎兒造血干細(xì)胞和祖細(xì)胞(HSPCs)的認(rèn)識(shí)主要是通過(guò)小鼠和體外模型系統(tǒng)取得的。已有研究表明，胎兒造血過(guò)程包括發(fā)育過(guò)程中不同***上罕見造血干細(xì)胞的分化、遷移和分化的幾個(gè)**波。在人類中，**終的造血功能開始于懷孕27天后，造血干細(xì)胞出現(xiàn)在造血集群的背主動(dòng)脈內(nèi)。
TRIM25的RNA結(jié)合活性對(duì)于其對(duì)底物的泛素連接酶活性是必需的。構(gòu)建了一個(gè)帶有FLAG標(biāo)記RNA結(jié)合域（RBD）缺失突變體。TRIM25ΔRBD不影響IGF2BPs的蛋白質(zhì)水平，對(duì)IGF2BPs的泛素化水平?jīng)]有明顯影響，表明TRIM25完整的RBD對(duì)于IGF2BPs的有效泛素化和降解是必要的。這些結(jié)果表明，TRIM25通過(guò)泛素-蛋白酶體途徑促進(jìn)NSCLC細(xì)胞中IGF2BPs的降解，并且TRIM25的RNA結(jié)合活性對(duì)其在底物泛素化中的作用至關(guān)重要。
已經(jīng)顯示，TRIM25使用RNA作為其靶標(biāo)有效泛素化的支架。然后，探討了TRIM25對(duì)IGF2BPs的泛素連接酶活性是否取決于circNDUFB2的存在。 circNDUFB2的丟失顯示了TRIM25對(duì)IGF2BPs泛素化和降解的顯著減弱作用。進(jìn)一步驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)并檢查circNDUFB2是否充當(dāng)支架來(lái)增強(qiáng)TRIM25與IGF2BP的結(jié)合，進(jìn)行了Co-IP分析。在帶有circNDUFB2但沒有circNDUFB2-MUT過(guò)表達(dá)的A549細(xì)胞中，TRIM25和IGF2BP之間的關(guān)聯(lián)得到增強(qiáng)。由于circNDUFB2對(duì)RNA核酸外切酶的抗性，使用RNase A***會(huì)嚴(yán)重破壞相互作用。此外，在METTL3 / 14敲低后，IGF2BP的泛素化作用顯著降低。結(jié)果表明，circNDUFB2充當(dāng)支架，以增強(qiáng)TRIM25和IGF2BPs之間的相互作用，隨后促進(jìn)TRIM25介導(dǎo)的IGF2BPs泛素化和降解。 有肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者外泌體CD44v6和C1QBP的表達(dá)明顯高于無(wú)肝轉(zhuǎn)移的PDAC患者。
抑制piRNA-30473可降低DLBCL的發(fā)生
為了進(jìn)一步探索piRNA-30473在DLBCL中的功能作用，作者使用antiagomir-30473在DLBCL細(xì)胞中去除piRNA-30473。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，與對(duì)照組相比，在DLBCL細(xì)胞中耗盡piRNA-30473導(dǎo)致增殖減少(圖2A)。此外，細(xì)胞周期分析顯示，在DLBCL細(xì)胞中抑制piRNA-30473可以增加G1期細(xì)胞的比例，減少S期和G2期細(xì)胞的比例(圖2B,2C)。然而，耗盡piRNA-30473并不誘導(dǎo)細(xì)胞凋亡(圖2D)。此外，通過(guò)SU-DHL-8異種移植DLBCL模型，以評(píng)估piRNA-30473對(duì)體內(nèi)DLBCL進(jìn)展的影響(圖2E)。結(jié)果發(fā)現(xiàn)，抑制piRNA-30473抑制**增長(zhǎng)(圖2F)。這些數(shù)據(jù)表明沉默piRNA-30473可以抑制DLBCL細(xì)胞在體內(nèi)和體外的活性。 我們比較了Pex和Npex組間的HSC的RNA測(cè)序基因表達(dá)譜。外泌體課題產(chǎn)學(xué)研合作
公共比較毒理基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫(kù)。信號(hào)通路課題產(chǎn)學(xué)研合作
生物標(biāo)志物是生物體中可測(cè)量的物質(zhì)或特征，它指示某些現(xiàn)象，例如狀況，疾病，飲食，干預(yù)措施或環(huán)境暴露。在這方面，生物標(biāo)記物可分為三種類型：（i）分子（化學(xué)物質(zhì)，蛋白質(zhì)或基因），（ii）細(xì)胞（細(xì)胞類型，細(xì)胞形態(tài)，組織組織學(xué)）或（iii）成像（X射線，CT） ，PET或MRI功能）。生物標(biāo)記物類型的選擇在很大程度上取決于所研究的現(xiàn)象和所研究的生物系統(tǒng)。在醫(yī)學(xué)中，生物標(biāo)志物的主要目的是診斷，預(yù)后或預(yù)測(cè)疾病。它們還可以用于評(píng)估藥物，***，污染物，食物或其他攝入物質(zhì)的暴露。信號(hào)通路課題產(chǎn)學(xué)研合作
公司特色是以各式高通量二代測(cè)序?yàn)榛A(chǔ)，利用生物數(shù)據(jù)信息分析手段，通過(guò)英拜生物自有的分子、病理以及細(xì)胞實(shí)驗(yàn)平臺(tái)，提供課題整體設(shè)計(jì)外包、撰寫SCI論文一站式服務(wù)。公司實(shí)驗(yàn)平臺(tái)落座在漕河涇開發(fā)區(qū)浦江園區(qū)，實(shí)驗(yàn)平臺(tái)開放參觀，客戶可隨時(shí)參觀實(shí)驗(yàn)并參與實(shí)驗(yàn)課題的進(jìn)度，保證您的實(shí)驗(yàn)是在您的指導(dǎo)下完成。
1.整體課題外包服務(wù)：RNA甲基化研究專題，外泌體研究專題，wnt/VEGF/toll等經(jīng)典通路研究，設(shè)計(jì)的課題均具有后續(xù)實(shí)驗(yàn)課題的延展性，為您的標(biāo)書奠定較好的基礎(chǔ)
2.標(biāo)書申請(qǐng)：提供標(biāo)書課題設(shè)計(jì)、撰寫，標(biāo)書部分基礎(chǔ)實(shí)驗(yàn)的開展，設(shè)計(jì)的標(biāo)書均符合科研前沿?zé)狳c(diǎn)，中標(biāo)率很高。
3.提供熱點(diǎn)**文獻(xiàn)技術(shù)支持，探討科研前沿?zé)狳c(diǎn)研究：trfRNA，DNA/RNA甲基化，外泌體，自噬，WNT等相關(guān)研究
4.二代測(cè)序：轉(zhuǎn)錄組測(cè)序、smallRNA測(cè)序、snoRNA測(cè)序、TRF測(cè)序
5.芯片：信號(hào)通路pcr芯片蛋白芯片
6.表觀遺傳實(shí)驗(yàn)：DNA甲基化實(shí)驗(yàn)（BSP,MSP，焦磷酸測(cè)序），RNA甲基化實(shí)驗(yàn)
7.實(shí)時(shí)定量PCR（mRNA,LncRNA,microRNA,circRNA）,WB，RNA功能驗(yàn)證實(shí)驗(yàn)(靶基因驗(yàn)證，過(guò)表達(dá)，干擾),基因突變及SNP檢測(cè)，F(xiàn)ISH，RNA-PULLdown，rip，chip實(shí)驗(yàn)以及細(xì)胞增殖，凋亡，流式等細(xì)胞功能學(xué)實(shí)驗(yàn)